此次滬上戰事，至此也就告終，北軍也死傷不少。老袁聞滬上戰事，屢遣北軍來助。今見鄭告捷，遂頒洋來申犒賞士兵。並授鄭為上海鎮守使。鄭遵令受職，嗣聞敗兵皆逃至吳淞口，台官薑文舟已逃往他處，現為要塞總司令居正管轄，居與陳木一氣，鄭決意往攻，遂同海軍司令李鼎新遣水陸軍往攻。老袁又派海軍總長劉冠雄來攻吳淞。
且說黃興在寧，聞贛、徐、滬三路失敗，自料大事已去，又兼袁總統命令嚴拿亂黨，暗想此時不走，更待何時，遂改洋裝，邀日本人作伴，並撥兵隊一連護送出城。兵士送至江邊，看黃登舟，始行回城。黃到上海，意欲與孫文等商議行止。哪知上海領事團已飭捕房訪拿亂黨，第一名就是黃興。他如李烈鈞、柏文蔚、陳其美、鈕永建、劉福彪、居正等。又工部局出示，驅逐孫文、岑春煊等出境，不準在租界逗留。此時黃興無地棲身，遂往吳淞炮台，與鈕永建、居正話別。次日，即乘東洋船航海去了。黃興既走，江寧代理民政長蔡寅，即請第八師師長陳之驥，並第一旅旅長周應時等長官，出維秩序，先以取消獨立，再請程都督回寧，並擬出幾條出示宣布，人心稍定，於是舉代表至滬，往迎程督。並報告第一師師長洪承點在逃，眾人公舉旅旅長周應時為第一師師長。程督不肯下委，反要連旅長代他取消，於是軍士不服，險些變起。及至杜淮川到第一師上任，誰知馮國璋、張勳兩軍已南來，杜即前往歡迎。忽有民權報主筆何海鳴帶領黨人至寧，隻望恢複獨立，不料為第八師師長陳之驥看管起來，並將其黨亦並拘住，羈留監中，遂出示取消獨立。南京紳商恐張勳軍入城蹂躪，遂議迎馮軍使入城，並商請張軍不必入城。眾議已定，遂舉代表前往迎馮。當謁見時，所請之事，馮皆照準。複轉告陳之驥親去謁馮，不意第一師聞之驥出城，竟去搶劫第八師司令部，第八師倉猝遇變，敵不住第一師，遂一齊擁出。第一師將何海鳴放出，擁至督署，遂宣告獨立起來。何又用籠絡手段，哄誘第一、第八兩師，分守要隘。兩師被其所惑，竟遵命令，其餘不肯附和的，令繳械回籍。及張、馮兩軍到，未免要開仗了。
且說海軍總長劉冠雄，因吳淞口阻住，不得進，遂繞道浦東登陸至滬，住製造局。與鄭汝成等合攻吳淞，密令各艦駛抵吳淞，開炮轟擊，居正親自登台還擊，約一小時，兩下停炮。越二日，又一小戰，炮台破壞幾處。旋聞台兵因餉缺乏，皆無鬥誌。遂函致程德全，勸令居正反正，居、鈕二人不聽。劉福彪有意獻台，又被覺察，被炮轟而走，來投程督。劉冠雄得悉情形，並令水陸合攻。居因鈕知兵，遂將吳淞全權讓鈕執掌。鈕住寶山縣城，有紅十字會長沈敦和，央西醫柯某，借護傷兵為名，冒險入寶山城，投刺謁鈕。鈕問傷兵如何，柯答屍身滿地，不堪側目，遂進言道：“君是鬆人，獨不為桑梓計乎?君自命討袁，袁未討到，家鄉已討盡了。”鈕悔道：“我已知過，但今處此，何以教我?”柯勸道：“與其輕生受禍，不如全師而退，也免生靈塗炭。”鈕答道：“北軍能不傷我部下，我又何求?”柯道：“何不立一條件，我去謁劉總長冒險投遞。”鈕遂開一條件，交柯出城，徑投劉總長軍前，袖出條件，呈劉總長閱過，業已心許。又與鄭汝成、李鼎新協商，兩下皆允。遂致書寶山，請鈕踐言。鈕稱如約。柯仍以護傷兵為名，入寶山城，四麵察看，已無一兵，鈕亦不在，隻有職員四名與柯交涉。並將鈕留之書，交柯展閱。柯閱過，即馳至炮台，眾兵皆鈕密令，歡迎柯醫。柯到台，見各事皆定，又勸慰幾句，遂將紅旗一扯，各艦一見，陸續進口，駛至台下，共計八艘。劉總長亦登台，另派水兵，分道把守，隨將紅旗卸下，另易海軍旗，各軍遂向柯醫行禮道謝，柯醫遂將全體拍一照片，留作弭兵紀念，然後散去。劉遂電告中央，恢複吳淞，袁即令劉兼南洋巡閱使，仍令嚴拿亂黨。鈕因緝拿緊急，遂同居正航海去了。就是李烈鈞、柏文蔚、歐陽武、陳炯明，亦因政府懸賞緝拿，皆逃走了。