巴西考察
“貝格爾”號最後一站是巴西人流放犯人的費爾南多迪諾羅尼亞小島。這是一個約一千英尺的火山島，有許多一千英尺以上的山。“貝格爾”號停在巴西的第一站，是巴伊亞市，或者叫做聖薩爾瓦多市。達爾文對展現在麵前的風景讚不絕口。高大的房子是白色的。古城傍海而建，海灣裏停泊了許多船，四周是茂密的熱帶植物森林。達爾文又陶醉在新鮮的空氣、優美的風景之中，此時達爾文感到亞曆山大·洪保德那如入仙境的描寫一點也不誇張。
他走遍荒無人煙的熱帶森林。這種寂寞的生活簡直令人無法想像。在森林的一些地方，含羞草像幾英寸厚的地毯一樣覆蓋著地麵。達爾文從上麵走過去，就留下了一行腳印；這是由於含羞草敏感的小葉閉合下降和色彩變化而形成的。他收集了很多漂亮的陸生扁平軟體多腸目動物的化石，並對昆蟲進行了大量的研究，對其習性經常進行觀察。許多熱帶大型蝶類引起了他的興趣，這些蝶類可以雙翅張開成平麵，在陸地上奔跑，發出很大的劈啪聲。達爾文由於對甲蟲十分熟悉，所以毫不費力就發現裏約熱內盧附近的甲蟲同美國的甲蟲不是同一個科。他特別努力收集這些小的品種，他認為，巴西的甲蟲在美國昆蟲學家的搜集品中，主要都是些大品種。他還發現了許多直翅目、半翅目和針尾膜翅目的昆蟲。一次，他走進一座深山，看見幾隻黃蜂圍著一隻蜘蛛，把它蜇得半死，然後把蜂卵產在蜘蛛的身體裏。這個蜘蛛便成了黃蜂幼蟲的點心了。黃蜂這種養育幼蟲的特殊方法，使達爾文大為驚訝。
在巴伊亞停留了將近二十天。達爾文遊覽了熱帶森林，並采集了動植物的標本，觀察了黑奴居民的生活，還了解到了有關美洲奴隸製度殘酷到令人發指的各種事實。在對奴隸製的觀點上，身為輝格黨的達爾文與身為托利黨的費茨·羅伊之間也發生了爭執。費茨·羅伊想要維護、誇耀奴隸製度，他認為奴隸甘願被統治，達爾文則嘲笑他這種觀點。費茨·
羅伊是一個脾氣暴躁的人，他勃然大怒，差點把達爾文趕下船。不過費茨·羅伊也是一個有理智的人，也許他認識到了錯誤，派了一名軍官去向達爾文道歉，並且請達爾文一如既往地和他一起生活。達爾文坦率的性格，和氣的笑容，有趣的談吐，在工作中表現出來的充沛精力和熱情，這一切都贏得了人們對他的尊敬。人們開始稱他為“親愛的科學家”，有時幹脆稱他為“我們的捕蠅人”。
達爾文在巴伊亞參觀了美國的大型軍艦“三寶壟艦”。
在演習中，“貝格爾”號成績卓著，戰勝了所有的船隻，這足以表明他們的航行技術。由於在船上呆了這麼長時間，達爾文對“貝格爾”號產生了深厚的感情。很快“貝格爾”號又啟航了，從巴伊亞開往裏約熱內盧。
4月1日，“貝格爾”號上所有的人都在這愚人節裏大開玩笑。午夜，人們把所有穿著睡衣的人從下麵叫到甲板上來，叫來木匠是為了修理爐子，叫來後甲板上的工匠，其借口是桅杆哢嚓直響，叫來海軍練習生是要他們把風帆降低一些。大家在回到各自的吊床上時，有的罵，有的笑。對於達爾文，人們想出了一個合適的誘惑物。謝利萬喊道：“達爾文，您看見過逆戟鯨嗎?現在出現這種動物了，您快點來看！”聽到喊聲，達爾文翻身從吊床上爬下來，一腔熱情地向甲板上跑去，想看一看這個南方的海豚。但是，迎接他的卻是值班人員發出的哈哈大笑聲。