生物作證
“貝格爾”號駛向加拉帕戈斯群島。這些島嶼位於赤道線上，離美洲西部很遠。這純粹是一些火山島嶼，島上是各種各樣的大小不同的火山口。盡管這些島嶼位於赤道線上，但是由於南極的氣流能到達這裏，所以島上的熱度便有所減輕。達爾文登上的第一個島是查塔姆島，島上荒無人煙，地麵被太陽曬得滾燙，布滿了一層波狀的黑色玄武岩熔岩。這裏全是大戟科構成的灌木、洋槐樹和仙人掌，沒有什麼樹木。很多熄滅的圓井形火山口，以及很多懸崖峭壁和倒塌的火山口，使這個地方的地形顯得很不自然。達爾文覺得這個地方同斯塔福德郡那些鑄鐵廠很相似，而艦長費茨·羅伊諷刺地說，這個島是個適合於集中各種魔鬼的地方。達爾文在路上碰見兩隻大烏龜，每隻至少有九十二公斤。
9月23日，“貝格爾”號駛往查理島。那裏有很多來自厄瓜多爾的有色種族的流放犯，他們居住在近三百米高處的一個有幾百人的殖民區裏，那裏有茂密的植物和有色土壤。當地居民經常獵捕野豬、山羊和烏龜，他們隻種甘薯和香蕉。
達爾文竭力從這個島上收集各種動物和植物，以便像他在《航海日記》中所寫的那樣，“在將來的比較中弄清楚，這個群島上的有秩序的生物應當屬於生物的哪個範圍或哪個中心”。10月28日，“貝格爾”號從南麵駛抵加拉帕戈斯群島中的最大島嶼——阿爾貝馬爾島。第二天，“貝格爾”號繞過該島的西南端後，通過了這個島和納爾博羅島之間的海麵，晚上停泊在阿爾貝馬爾島的邦克灣。翌日晨，達爾文上岸去散步，他考察了一個很大的橢圓形火山口，在火山口底有一個藍色的淺湖。難以忍受的炎熱和灰塵使達爾文喘不過氣來。
於是他急速地來到淺湖處，貪婪地去喝水，但是水卻鹹得很。在沿岸的懸崖峭壁上，有很多灰黑色大蜥蜴，它們差不多有幾米長。而在丘崗上，則有很多另一種蜥蜴在跑來跑去，這種蜥蜴呈棕褐色，樣子很難看。前一種蜥蜴，腳上長有能遊水的蹼，蹼的邊緣處被蜥蜴的尾巴壓成了扁的。這種蜥蜴常常能遊到離岸好幾百米遠的地方。達爾文把這種蜥蜴的胃剖開後，發現它們吃的幾乎全是海中的藻類。這種海裏的蜥蜴在這裏所有的島上都能看到。陸地上的那種蜥蜴，尾巴是圓的，腳趾之間沒有蹼。這種蜥蜴隻有在阿爾貝馬爾島、詹姆斯島、巴林頓島和英第法替給勃爾島上才能看到，而在南麵和北麵的很多島上卻碰不到。
陸地上的蜥蜴也吃植物，它們吃仙人掌、各種樹葉，特別是洋槐樹葉和一種酸果。
這些島嶼上的居民告訴達爾文，他們區別各個島嶼的烏龜，不僅是根據其大小，而且還根據其他一些特征。達爾文在對生長在加拉帕戈斯群島上的動物和植物做了調查之後，得出了一個使人很感興趣的結論：鳥類、爬蟲類、昆蟲和其他一些種類的生物，都是這些島嶼上的“原有居民”，它們在其他地方是見不到的；從所指出的在各個島嶼上的烏龜之間的差別也可推及到其他各類動物。同時它們又都表現出與生長在美洲的動物有著明顯的種屬關係，盡管五百六十海裏這一廣闊的海洋地帶把它們同大陸隔離開來。當然，更確切的材料是他後來在英國經過專家們對收集品進行整理加工之後得到的。但是毫無疑問，這些事實本身他在當時當地就已經看清了。例如，他在這裏曾經找到了一隻特殊的、對美洲大陸來說是非常典型的白兀鷲、一隻鳳頭雞和一隻斑鳩。
這些動物都和美洲的很相似，但又有所不同。他還看到一些特殊的燕子(它與美洲的很接近)和幾隻反舌鶇(它們是美洲所特有的)。特別有意思的是幾隻花雞，它們的種類不同，嘴的形狀也不同：有寬形的，像蠟嘴雀的嘴；中等類型的，像海雀的嘴；有更尖細的，像知更鳥的嘴；有的像舍契德雀一類鳥的嘴；有的很像旋木雀的嘴。