有一個疑問是，周敦頤後來的《通書》中並沒有出現“無極”，這又該如何解釋呢？其實，不但“無極”不曾出現，就是“太極”也僅一見，因為《通書》的目的本不在於描繪一幅宇宙生成的圖景，而在於借助《中庸》的“誠”從形而上的角度規定天道流行的實體並以此奠定道德原則和價值判斷的基礎，因此，它用以規定“誠”的“無為”、“寂然不動”、“靜無動有”、“純粹至善”等概念與其說適用於“太極”倒不如說更適用於“無極”，因而《通書》中沒有“無極”一詞並不足以證明周敦頤不再同意以無極作為宇宙萬化的終極根源。
第二，《圖說》承襲了《易傳》從天道以推人事的路線，把天道運行的原理最終落實到人類的道德實踐上，從而既與道家的絕仁棄義有著原則的界限，又和孔孟的心性傳統存在著致思方向的差別。按照《圖說》，無極、太極、陰陽、五行的依次流布，最終產生了萬物，而人是其中最靈的東西，因為它稟受了氣中最秀的部分；但隨著人形智的生發，五行之性感於外物而動，於是有善惡的出現；聖人為了揚善去惡，遂製訂了中正仁義的標準並歸本於靜，從而樹立了“人極”。但是，由於《圖說》的高度濃縮，使它無法詳細地闡釋何以從“五性感動”而突然產生出善惡以及聖人根據什麼樹立人極，對此，周敦頤在《通書》中都作了補充和發揮。
首先，《通書》借用《中庸》的範疇進一步把天道實體規定為“誠”。周敦頤認為“誠”意味著“寂然不動”（《聖》第四）、“無思”（《思》第九）、“無為”（《誠幾德》第三）、“純粹至善”（《誠上》第一），它既是五常之本，又是百行之源。誠賦於人即性，因此人性也是純粹至善的，完整地體現人性的即為聖人。但是，“至誠則動”（《擬議》第三十五），有動，善惡之分遂以產生，此即所謂“幾”：“動而未形、有無之間者，幾也。”（《聖》第四）具體到人來說，則“五性感動而善惡分”。這就需要通過靜、思、立誠的功夫來恢複人本然之善，此即所謂成聖成賢的功夫：“性焉安焉之謂聖，複焉執焉之謂賢。”（《誠幾德》第三）
其次，《通書》非常強調天道對人事的決定作用，遵從天道運行的原理行事本身就是仁義，就是道德，而聖人所能做的也隻不過是“希天”（《誌學》第十）、“法天”（《刑》第三十六）和“同天”（《聖蘊》第二十九）而已。聖人的作用在於給天的這種生成作用以輔助：“天以陽生萬物，以陰成萬物。生，仁也；成，義也。故聖人在上，以仁育萬物，以義正萬民。天道行而萬物順，聖德修而萬民化”（《順化》第十一）。這樣，天道本身獲得了至高無上的地位，所謂善惡，所謂道德，所謂教化都無不以天道為標準，留給人的隻不過是對於“仁義中正之道”在行為上，包括動靜、言貌、視聽上均無違而已，其結果便是：“君君、臣臣、父父、子子、兄兄、弟弟、夫夫、婦婦，萬物各得其理。”（《禮樂》第十三）
總的來說，周敦頤通過融合儒道，建構了比較係統的宇宙生成模式，然後又把這種模式提升到天道的高度，以作為道德原理和價值準則的終極根源，從而繼承和發展了《易》《庸》一係的天道觀。他所提出的許多問題都成了後來道學家們熱烈爭論的中心。
三
但有意思的是，周敦頤的這種思想係統並沒有得到他自己的兩位著名學生——程顥、程頤的理解和認可。
從現存材料的記載看，周敦頤和二程的關係頗為微妙。史載：大程“自十五六時，與弟正叔聞汝南周茂叔論學，遂厭科舉之習，慨然有求道之誌”。程顥自己也說：“昔受學於周茂叔，每令尋仲尼、顏子樂處，所樂何事。”“自再見周茂叔後，吟風弄月以歸，有吾與點也之意。”似乎在精神生活和境界追求上，大程深受周敦頤的影響。但在述及個人思想發展的曆程時，大程卻明確地說：“吾學雖有所授受，但天理二字卻是自家體貼出來的。”小程在提到道統時，亦清楚地把其兄稱為孟子之後一人，其中並沒有周敦頤的位置。小程提到周敦頤的地方不多，《宋元學案》中有這樣一條材料：
伊川見康節，伊川指食桌而問曰：“此桌安在地上，不知天地安在何處？”康節為之極論其理，以至六合之外。伊川歎曰：“平生唯見周茂叔論至此。”
似乎小程對周邵之學相當歎服，可我們又知道，二程雖與邵雍私交不錯，但對其象數學始終抱有微詞。大程說：“堯夫欲傳數學於某兄弟，某兄弟哪得工夫？”小程甚至稱：“某與堯夫同裏巷居三十餘年，世間事無所不問，惟未嚐一字及數。”從程氏兄弟對邵雍太極先天之學的態度其實已不難推出他們對周敦頤《圖說》的看法了。更何況，邵氏的先天圖與周敦頤的太極圖還有一個共同的來源呢。
據宋祁寬的記載，周敦頤的《圖說》和《通書》均始出於程門侯師聖和尹和靖，他們並雲得自程氏，但二程平生並無一語道及這兩篇著作。如果原因並不像朱熹所推測的，二程之所以秘不示人是因為他們一直沒有發現能受之者，那麼二程對這兩篇著作肯定有保留意見。這一點借助於二程和周敦頤生活態度及思想傾向上的異同比較還可以得到更進一步的說明：
首先，在生活態度上，周敦頤儼然一副道家氣象，而二程，特別是小程，卻一步也不越出儒者的矩鑊。周敦頤不但樂遊山水，而且多方外之交，除《太極圖》相傳是由道士穆修所傳外，他和佛家壽涯、慧南、祖心等和尚都有來往。所以蒲宗孟（周的妻兄）說他“生平襟懷飄灑、有高致，常以仙翁隱者自許。尤樂佳山水，遇適意處，終日徜徉其間”，並“與高僧道人跨鬆蘿，躡雲嶺，放肆於山顛水涯，彈琴吟詩，經月不返”，當是可信的。這從周敦頤的詩文中也可找到佐證。周留下的詩文不多，其中大部分是遊記性質的，主要抒發其寓懷於塵埃之外的願望，如：“朝市誰知世外遊，鬆杉影裏入吟幽。爭名逐利千繩縛，度山登水萬事休。野鳥無語似得伴，白雲無語似相留。傍人莫笑憑欄久，為戀林居作退謀。”（《同石守遊》）因為對塵世中的爭名奪利太厭倦了，他竟至於真的要為高棲遐遁“作退謀”了。這點恰好和二程形成鮮明的對照，程顥有詩雲：“襟裾三日絕塵埃，欲上藍輿首重回。不是吾儒本經濟，等閑爭肯出山來？”（《下山偶成》）盡管山中美景讓人流連忘返，但儒家經邦濟世的責任感卻驅使他不得不重登藍輿。程頤更是言必忠信，動遵禮儀，一舉一動都堅守儒者規範：“衣雖布素，冠襟必整。食品簡儉，蔬飯必潔。致養其父，細事必親”，而當別人說他謹於禮四五十年應甚苦時，他卻答曰：“吾日履安地，何勞何苦？人日踐危地，此乃勞苦也。”正因為如此，二程堅決排斥異端“自私自利”之害，並在當時佛教勢力極盛的情況下，率先在行動上進行變革：“某家治喪，不同浮圖。在洛，亦一二人家化之，自不用釋氏。”由此看來，二程之所以把攀僧挾道的周敦頤罵為“窮禪客”也就毫不奇怪了。