接下來，在希特勒的陰謀籌劃下，德、意、英、法四個國家重新劃定了中歐的邊境線，納粹德國不費一槍一彈兼並了奧地利和捷克蘇台德地區。墨索裏尼成為其堅定的幫凶，而懼怕戰爭的英、法兩國則采取了消極的綏靖政策。
如果放在幾百年前，這些舉動自然都缺少不了羅馬教廷的參與，但是此刻蜷縮在梵蒂岡城牆內的天主教信仰中樞，已經是個人微言輕的角色。麵對那麼多篤信天主教的信徒失去家園或不情願的改變國籍，教皇也是無能為力。庇護十一世將《慕尼黑協定》形容為“民主製度向黑暗勢力有條件的投降！”但是這樣鏗鏘有力的話語已影響不到政治巨頭們的決策了。
1939年，被墨索裏尼和希特勒玩弄的精疲力竭的庇護十一世，在悲憤中離世。十年來，他親眼見證了兩位法西斯狂人一步步強大，一點點將歐洲拉入戰爭的深淵，而他自己已無力去改變什麼，梵蒂岡也將勢必背上助紂為虐的惡名。教皇閉上眼睛後沒幾天，便是《拉特蘭條約》簽署十周年紀念日。
半年後，德國坦克飛速碾過波蘭邊界，世界大戰再度爆發。
二戰行將結束之際，羅斯福、丘吉爾和斯大林設計出一套嶄新的世界體係。在這個體係裏，歐洲從德國中部到亞德裏亞海濱，亞洲從三八線到台灣海峽，一道無形的鐵幕構築起新的意識形態對抗，即基督教信仰對唯物論。
100之間，時代和環境，都已發生了翻天覆地的變化。梵蒂岡教廷意識到，無論是從政治還是普通民眾的角度，基督教信仰已不是那麼重要，但仍然不可缺少。因此，以羅馬教廷為代表的天主教會，處境尷尬，不得不進行自我調整以適應時代。
1962年10月11日，梵蒂岡第二屆大公會議在羅馬的聖彼得大教堂舉行，世界各地設有天主教分支機構的教會組織，均派代表從四麵八方來到羅馬。這次會議的一個最明顯的特征就是：放下姿態，學會低調。在幾百年前，那些足以致人於死地的教條和規則，統統被拋棄了。天主教的繁複禮儀得到簡化，可使用所在地的語言進行彌撒等聖禮，也沒有人再刻意強調“教皇永無謬誤”這樣的腔調……。
這次大公會議後，梵蒂岡教廷開始嚐試與其它教派修好。路德宗，這個當年被天主教會痛恨的咬牙切齒的宗派，與梵蒂岡達成了和解。而對於猶太人和穆斯林，教會適當的反思了曆史中的敵視姿態，承認他們的信仰，主動伸出示好和解的手。教皇保羅六世還與君士坦丁堡牧首阿德那哥拉一世發表聯合聲明，宣布撤銷雙方在1054年的絕罰令。
在1975年舉行的和解10周年慶典上，保羅六世在西斯廷禮拜堂裏，於眾目睽睽之下跪在君士坦丁堡牧首代表麵，親吻了對方的腳。這一幕令人大呼意外，教皇卻心安理得的解釋道：“當年耶穌不也是為使徒洗腳嗎？”貌似屈尊的行為，內心的潛台詞依然是顯示尊嚴，但是不管怎麼說，梵蒂岡教廷的思維已經靈活了許多。