首先，地方政府部門對擇校亂收費“睜隻眼閉隻眼”。具體來說，有兩方麵原因：其一，以擇校亂收費減少政府對學校的投入。由於學校可以通過收取擇校費來獲得辦學經費，政府部門便可借此減少對學校的投入。當地方財政本就比較吃緊，或者地方政府不願意加大教育投入時，出台政策讓學校收取擇校費甚至成為政府部門的一項措施。近年來，有的地方政府就在謀求將擇校費變身為“捐資助學費”，並將其合法化。其二，地方政府教育管理部門從擇校費中分一杯羹。目前，有一些地方收取擇校費是用捐資助學的名義，教育部門和學校為規避被查處，所想的辦法是由學校口頭通知家長把“捐資助學費”交到教育部門，由教育部門給家長出具捐資助學收款憑證，事後教育部門和學校再“三七”或“四六”分賬。這種做法已被媒體曝光，但被曝光之後，有關教育部門和學校並未被查處，因為學校和教育部門如果咬定是“捐資助學費”，且這一費用不是進入學校賬號，而是進入政府賬號，就很難追究其責任。
其次，學校資源的不均衡成為教育係統和學校的“資源”。在義務教育不均衡的大局下，教育部門和名牌學校時刻被包圍在“條子生”中。這種被社會認為是權錢交易、權勢交易的潛規則，在教育部門和學校那裏，卻顯示出了不均衡的“價值”。正是由於不均衡，才有旺盛的擇校需求，才會有“條子生”，才會有官員、老板找教育部門和學校，否則，如果義務教育均衡了，各校的辦學質量都相當，上任何一所公辦義務教育學校都差不多，教育部門和學校還會那麼吃香嗎？所以，保持不均衡的格局對教育部門和現有的名牌、重點學校來說，是最優的選擇。這就是教育部門並不願意真正推進義務教育均衡發展的原因。
再次，在傳統的“錦標主義”辦學思維中，政府部門關注的是本地區內能否辦出幾所高質量的好學校，並通過這些學校獲得較高的中考升學率，這種辦學思維並沒有得到扭轉。因此，在一方麵可以享受不均衡的好處，另一方麵可以獲得辦學政績的情況下，地方政府是不會有動力去推進吃力不討好的均衡工作的。這也是教育部反複下發文件的重要原因——如果文件得以執行，並不需要反複下發。
另外，政府部門官員的子女沒有上學難以及上不了好學校的壓力。目前，在有的省市還存在與機關對口的中小學，而即使沒有這樣的中小學，官員子女上公辦的重點學校也並不是什麼難事。也就是說，在當前的教育環境下，官員們的子女可以免費上公辦的好學校。與之相比，在美國，官員和富豪的子女如果要選擇好的學校，則需自己掏錢進私立學校。從個人私利出發，目前采取的教育管理方式、義務教育的不均衡現狀對官員子女上學也是有利的。所以，治理教育不均衡，推進教育公平，如果僅由政府部門主導，就極容易成為口號，隻做表麵文章，而強調道德也是表麵文章之一。
我國義務教育的不均衡問題，根源在於義務教育撥款體係不合理，而擇校亂收費屢禁不止，則與受教育者（家長）沒有參與學校管理、監督、評價的渠道，導致受教育者權益被漠視有關。要徹底治理擇校亂收費，必須調整我國義務教育經費保障機製，同時建立現代學校製度，在中小學推進民主管理、設立家長委員會。
我國義務教育經費長期以來主要由縣鄉財政保障，統計顯示，縣鄉財政在義務教育經費保障中占到80%左右，這種經費保障機製直接造成義務教育嚴重不均衡的現實。由於各縣鄉的財力水平相差巨大，所以義務教育存在區域差異、城鄉差異和校際差異。要推進義務教育均衡發展，就必須針對造成不均衡的根源采取措施，如果還是按照原有的義務教育經費保障機製推進均衡，實現均衡就遙遙無期。為此，有必要強調義務教育的省級統籌，由省級財政統籌本省區內的義務教育資源配置，做到所有公辦義務教育學校有相同的辦學標準，同時加大中央財政的轉移支付力度，這是推進均衡、縮小差距的最為直接有力的措施。在發達國家，中央財政和省（州）財政統籌義務教育經費是基本做法，這種保障機製一方麵保障力度大，另一方麵可在全國（或省）範圍內盡可能地做到均衡。
我國政府從2006年以後加大了中央財政的轉移支付力度，其效果是明顯的，不但提高了國家財政性教育經費支出占GDP的比例——根據2013年的《政府工作報告》，2012年這一比例達到4%，而且也完成了地方難以完成的推進教育公平的任務，包括實現城鄉義務教育全免費、對中西部農村特困生進行生活補助、推出農村貧困生營養改善計劃、設立中職國家助學金等等。因此，要堅持這一做法，同時逐漸建立起由中央財政和省級財政共同保障義務教育的新機製。