1892年（光緒十八年），朝鮮新鑄洋式錢幣，上麵隻鑄有“大朝鮮開國若幹年”，而沒有清王朝年號，袁世凱立即電稟李鴻章：“朝錢向不紀年。近見韓交換局鑄洋式銀銅錢，俱注大朝鮮開國若幹年，無華年號以作通寶，殊乖奉朔”。同時與朝鮮當局交涉。朝鮮政府被迫答應刪去“大”字，達成妥協。
袁世凱維護上邦體製，對朝鮮幾乎達到吹毛求疵的程度。1884年6月，朝外署致袁世凱的公文中，稱朝王為“主上”，並抬高一格，袁世凱即以有違體製，拒不接受，並責令更改。朝鮮趙太妃去世，朝派赴中國的告訃使節錄上諭電告韓廷，電文與上諭小有出入，袁世凱即說這是“朝人欺罔故習”，有意“與原旨不符”而電稟李鴻章，連清廷都認為袁世凱是橫生枝節，“殊屬冒昧，著李鴻章傳旨申飭”。
第三，堅持在朝鮮對外事務中的中國宗主權。對於朝鮮危及中國宗主權的離心行動，袁世凱毫不猶豫地持強硬態度對待，絲毫不作讓步。1886年夏，朝俄第二次密約事發，袁世凱即采用了一些超乎尋常的強硬手段。一麵向朝鮮官員大發雷霆，聲言請中國派兵來朝武力解決，一麵起用朝王政敵大院君李昰應，派他入朝宮對朝王、趙太妃以及閔妃施加壓力，一麵向李鴻章建議“速派大員率兵查辦”，並主張“廢此昏君，另立李氏之賢者”，甚至已經為李昰應代擬了致各國照會的草稿。李鴻章亦采納了袁世凱的意見，準備扶植大院君行廢立之事。隻是清廷權衡利弊，密令采勸先以整軍備俄為主”和外交解決的方針，俄國和朝王迫於形勢，亦極力否認有密約之事，事情才不了了之，廢立之事才告平息。
朝俄第二次密約風波剛過，次年，1887年，即又發生了中朝關係史上著名的朝鮮遣使樸定陽赴美案。朝鮮君臣打算以獨立遣使之舉動表明對清朝宗主權的挑戰，袁世凱則在李鴻章的支持下，采取強硬態度，步步為營，節節阻撓，堅持上國體製。事前對遣使之舉訂立種種約束，事後更要求處分“違紀”使臣。麵對袁世凱、李鴻章步步緊逼，朝鮮則處處敷衍塞責，拒不實行。雙方僵持不下，交涉拖宕四年之久，最後還是乘袁世凱回國探親不在朝鮮之機，朝鮮政府才通過代理職務的唐紹儀之手了結此案。
第四，迫使朝鮮政府遵守宗藩禮儀。1890年朝鮮趙太妃病故，袁世凱認為這是向各國，和朝鮮君臣凸現強調清韓宗藩關係的大好時機。在趙太妃病危時，袁世凱即獻計於李鴻章，“頃聞趙太妃已殂，尚未發喪，似明日必可頒布。惟查朝有大喪，例派吊使，而各國磨駐漢城，朝王欲存自主體，或不願華派欽使。然值此機會，正宜明彰體製，宣示各國。可否乞預商樞廷核辦”。果然，趙太妃去世後，朝王命朝駐津商務委員向李鴻章請求“照順付之例”，不專派欽使。袁世凱則再次向李鴻章進言阻攔：“順付祭賻，未見有此成案”，“趙太妃為朝王母，曆事回朝，傾心慕華，乒不荷祭賻，似無此禮”。倘此時“華派吊使，王例須郊迎”，正可特別顯示兩國間宗藩關係。朝王請求“順付”不成，又請求清朝欽使在馬山浦下船，而不在仁川登陸。袁世凱明白朝王知道：“朝此請似乎恐在仁徉人瞻，損體麵”，堅持欽使在仁川登陸。最後，朝王不得不遵守舊式典禮，按昭藩屬禮儀，親自出漢城，行跪拜大禮，郊迎清朝致祭欽使，極不情願地在臣民和外國人麵前表明其藩屬國地位。
維持體製和名分與否，在中朝雙方看來都是勢必力爭、至關重要的。在清朝看來，這是不可更移的祖製，它體現、代表著天朝上邦的權威；在朝鮮君臣看來，這是有損民族形象、最傷民族感情的事情。每有交涉，均遭朝方的強烈反感和抵製，袁世凱執行起來，也經常不能得心應手，在許多情況下，都隻得視朝方能夠接受的程度而提出折中的條件，例如朝鮮鑄新錢上的年號一事，李鴻章就指示袁世凱，僅堅持去掉“大朝鮮”的“大”字，而不強求加鑄清朝皇帝年號或幹支紀年，以免“伊必不從”，而可“容易收束”。有的時候，甚至不得不僅做做維持體製的樣子，而睜一隻眼閉一隻眼了事。
袁世凱除了盡力維持“體製”外，還把“內修政治”、穩定朝鮮政局作為匡扶朝政的重要任務。袁世凱使朝麵臨著一個十分動蕩的局勢，內憂外患，天災人禍，三年兩次政變。他深感隻有使朝鮮保持一個相對穩定的社會環境，保持一個居於藩屬地位而具有牢固統治地位的政府，方能實現自己的目的。袁世凱在上任伊始就說：朝鮮之“急務大端，最要有二：曰內憂，曰外侮。以今日時勢而論，內憂急而外侮尚緩也”。他在就職前後，利用幫助練兵和平息政變所取得的好感，以上國使臣的身份，通過一係列上書，如《摘奸論》《上朝鮮國王書》及其附陳《諭言四條》和《時弊十款》《朝鮮大局論》等，以及多次同朝鮮國王的晤談，為朝鮮設計了“內修政治”的藍圖。概括起來是：（一）“親中國”，恪守同清朝的宗藩關係，依恃中國以自立。中國可依恃的條件有六：“中朝毗連水陸，緩急能通，其勢可待”；“為將出師，不索兵費、不責供給……其德可待”；“不郡縣其國，不租稅其地，但期唇齒相固，人民相安……其心可侍”；“中國撫恤朝鮮已數百年……其澤可侍”；“強鄰憬伺”而“中朝固結，無隙可乘……其威可侍”；“降待中以為固，內亂不作，外侮無恐，及時修明刑政，任用賢能，圖治勵精，富強徐致，其機可待”。（二）“慎修內政，以固根本”。其最要之點是：第一，“收民心”。“民心渙散，急須挽回。民為邦本，未有本動而枝葉能茂者”。應該嚴政令，蘇已極之民困，除“極弊之政”，“議舉賢守，令與民興利去害”。第二，“明賞罰”。“質必信，罰 必行，人心亦翕然歸服”。第三，“節財用”。“量入為出”，“開源節流。迨國帑充裕”然後而“吸國局、製藥局、種桑局、機器輪船等局”，“次第為之，徐圖富強”。第四，“慎聽聞”，任賢臣，遠小人。
袁世凱不僅為朝鮮國王設計了一個傳統的“賢君”的模式，勸說其去實行，還儼然以朝鮮一國柱石的姿態自居。他把朝鮮和中國比作一個院落的東偏院和正堂，而自稱為“派在東偏之司門者”。他又把當時的朝鮮局勢比作“木已朽腐”的“破舟”，朝鮮國王及“諸臣民皆舟中人也”，而自稱為修複破船，易木換篷，以求其固的“舟匠”。還在甲申之年，袁世凱就在政變突發、與國內文報不通、請示授權不及的緊迫情況下，獨立決斷，率領軍隊，以武力平息了變亂。在他正式使朝以後，又多次策劃雇請刺客，或派朝人赴日本，刺殺流亡“謀叛首犯”金玉均。當金玉均在上海 被刺後，袁世凱又電請李鴻章“設法救護”刺客洪鍾宇。
1893年，朝鮮東學黨起事。袁世凱一麵亟“勸朝廷嚴緝懲辦”，並指出局勢的嚴重性：“邪教不除，誠為禍根。如敢犯京，剿滅尚易。倘居險號召，恐非時日能殄滅。似宜即派重臣，率京兵及江華兵千名，前往撫諭，誅其渠魁，倘拒即剿”。同時還通告在朝鮮外國使節，對於東學黨起事，“華有彈壓責”，“有華彈壓，毋過慮”。一麵電請李鴻章：“即電飭水師迅遣兩船來仁，以盡彈壓責”，又代朝方請李鴻章為朝鮮購置或借給朝鮮鎮壓所需的槍炮。袁世凱在致其堂弟袁世承的私人通信中，顯得更為跋扈自信，他說：“朝匪幸散，然未翦除，其渠仍生事。有容（袁自號容庵）在此，小醜豈可猖獗。如再胡鬧，隻取滅耳”。1894年即甲午年間，東學黨再起，袁世凱即應朝鮮政府之請，電請清政府直接派兵代為鎮壓，從而成為中日甲午戰爭導火索。
袁世凱駐朝期間，幾乎成為朝鮮內部動亂的清道夫，同時又參與朝鮮重大對外交涉的最後決策（有關內容，後文將述及），忠實地執行了清政府“隱為扶持，相機匡救”的使命。
此外，袁世凱還通過賑災一類救濟措施，幫助朝鮮政府穩定社會秩序，收拾民心。袁世凱使朝期間，朝鮮曾發生數次饑荒，袁世凱都電請國內上海、天津各海關開禁，並免稅出口米糧，運往朝鮮，以平抑米價，救災度荒。
袁世凱以扶植親華勢力，間接插手朝鮮內政決策，作為“明尊”“定惑”，“匡救”朝鮮局勢的主要輔助手段。為了擴大清朝在韓政壇上的影響，袁世凱十分注重利用傳統思想，扶植、網羅朝鮮政界的親華勢力，即所謂“事大黨”。觸角所至，自王公親貴、近臣、中官以至中下級官員。清政府改變初衷，送回大院君李昰應，其目的也在於此。袁世凱在護送李昰應回朝之後，即在使朝王清楚地意識到李昰應始終都是自己的牽製力量的同時，又著力調解他們父子之間的關係，使之達到相安共處，起碼能使李昰應容身的地步。
袁世凱結交的重臣主要有金允植、魚允中、韓圭禹、閔泳翊等。袁世凱曾說：“朝廷中能明大義者，允植而外，更無其人”。朝鮮保存的鈔本《袁世凱書牘》中有袁世凱致金允植十餘封信函，尤可概見袁金交往之密切。1885年夏，清政府有送大院君回韓之議，尚在籌謀而無定局之時，袁世凱即私函告知金允植說：“泰西及都下士大夫多謂朝鮮為無父之國，傅相深以為憂，欲顧存朝鮮局麵，因有歸太公之議。商於政府，尚無定局”。甲申事變之後，袁世凱遭攻訐，被迫回國，金允植致函慰問，袁世凱複函痛陳心境遭際之後，引金允植為知己說：“孟軻宿晝，大夫留行。閣下與弟也”。而1886年四月，金允植被貶官逐出漢城之後，袁世凱則大鳴不平並善言和慰，寄以厚望說：“清流浮言，無時不然。為大臣當大事者，當任勞任怨也”。“此時外交方在相持，內憂時將防範，凡我輩力啟大局者，固直任勞任怨，一片赤心，永矢千古，天下後世，自有公論”。袁世凱甚至借用李鴻章的名義，出麵壓迫朝鮮當局收回成命，恢複金允植原職。並明告朝鮮國王近臣，起複金允植，是朝鮮“可釋華疑，可安民心，可靜各國”的惟一決定因素。
閔泳翊是閔妃內侄、朝鮮重臣，袁世凱極為看重。1885年，閔泳翊曾因政見不合出走國外，袁世凱即稟告李鴻章，說閔泳翊“性本公直”，不滿“諸閔誤國，憤恨遠避”。“招其速回，相機維持”朝鮮政局。閔泳翊回國後，同袁世凱過從密切。袁世凱在致二姊的家書中說：“閔泳翊乃此間第一公忠臣也。前回來，方商辦一切內政外交，故日夜應酬商辦，或終日或終夜”。
袁世凱頗為重視籠絡朝野人士。他得悉金玉均在上海 被刺的消息後，立即請李鴻章派人焚毀金玉均來往書信，以免朝鮮當局據以興獄株連，以安朝鮮國內出於不同目的與金玉均有聯絡的人士。袁世凱在朝鮮結交十分廣泛，凡有用者皆利用之，甚至包括袁世凱自己已知其“在官稍貪，人頗短之”的李冕相，“每以聚斂生財等計，立效獻媚”，“眾怨叢歸”的閔泳駿這樣一類為人不甚清正的官員。
袁世凱培植親華勢力，一麵作為他在朝鮮推行宗藩政策的奧援，一麵也在於一旦出現不測，可以扶持親華勢力上台執政，使朝鮮能夠按照清政府要求，繼續甚或更一步“明尊親之義，定搖惑之誌”。但是，實際執行起來，卻並不能隨心所欲。除了朝鮮朝野離心情緒外，各種政治力量也各有自己的利益。大院君李昰應在第二次朝俄密約事發後，雖曾在袁世凱的支持下力圖再起，但終不能實現廢立之謀，而且從此使袁世凱更為韓王所忌。金允植則被韓王目為“袁黨”而旋起旋落，並最終被罷黜。閔泳翊在第二次朝俄密約風波陡起之後，不僅拒絕為自己事前向袁世凱的告密作證，反而公開了袁世凱曾與他密議過廢立之事，並交出了袁世凱代李昰應所擬的致各國照會。事後，又為朝鮮國王獻計，利用西方國家牽製清朝對朝政策，所謂“清素畏洋，我派使結洋，清必畏我”，從而促成了朝鮮派使赴美的決策，中朝關係史上的一個重要事件即因此而起。
袁世凱奉命駐紮朝鮮之時，西方列強已經來到東方多年，並深深介入中國、朝鮮等東方國家的社會生活，帶來了與東方傳統很不相同的西方文明和社會、政治、經濟學說。在新的世界格局中，袁世凱既必須處理一些傳統宗藩關係中所從未有過的事務，也從西方學來了一些新的統馭藩屬的辦法。其時，接受了西方社會學說，具有改革精神的先進思想家的“商戰”主張已經提出，有眼界的政治人物和接觸外國事物較多的外交界人士已經把這種主張付諸政治、經濟活動，成為同光新政的一個部分。1881年，清政府使日大臣黎庶昌就以“通商可以製外”的理由，勸誡朝鮮當局發展對外通商。袁世凱也秉承著李鴻章的旨意，從西方抄來發展通商這種形式，作為維護宗藩關係的手段。
正如袁世凱在向李鴻章的稟文中所說：“曆年來卑府仰承鈞誨，督飭各員，認真整頓，多方招徠，誠以在屬之商務日盛，即馭屬之事權日增”。增加馭屬事權，是袁世凱發展中國在朝鮮商務的主要指導思想。
中朝兩國之間，過去隻有宗藩性質的使行貿易和邊市貿易，而沒有兩國民間商人公開正式的到對方國家進行商業活動。光緒八年八月，中朝兩國訂立《水陸貿易章程》，雙方才有民間商業往來。袁世凱使韓以後，在增加馭屬事權的思想指導下，多方設法發展對朝鮮的商務事業，促使其逐漸發展起來。韓國藏檔案《舊韓國外交文書》中袁世凱同朝鮮當局關於商務的交涉文書充分顯示了這一點。據統計，此檔案中，袁世凱使朝九年間致朝鮮外督辦的交涉文件共存有七百九十一件，按其內容。