袁世凱整頓了一下士兵，立即開始登陸。吉人自有天相，袁世凱帶兵登陸，岸上隻有幾十個朝鮮士兵，一見大清的船隊，立刻排隊迎候，哪有心思抵抗，袁世凱不費吹灰之力就完成任務，他頓時在軍中聲名鵲起。
清軍入朝以後，士兵因為遠離本土，於是縱情奸淫劫掠，朝鮮人民不堪其苦，當地士紳找到吳長慶申述，吳長慶非常惱火，袁世凱又主動請纓，願意擔當整頓軍紀之任。吳當即頒給令箭，委派袁世凱全權督查軍紀。
其實早在清軍入朝之後，袁世凱眼見軍紀敗壞，曾向吳長慶報告過：“王朝勘亂，紀律若斯，遺笑藩邦，玷汙國體，帥其勉旃，我請從此辭矣”。
吳長慶也覺得在異國軍紀如此敗壞有損大清聲威，於是對袁世凱信誓旦旦地說：“汝放手為我約束，有聽讒謗者，非吳氏子孫！”
也是該袁世凱建功，當天晚上，又有當地士紳來營中向吳長慶訴苦，說清軍士兵又去民間搶劫。吳長慶當即把袁世凱召來詢問。
袁世凱回答：“剛才我已請出大帥的令箭，在軍營外將為首的7人正法，請大帥驗明首級”。說著，命人拎著7個人頭進帳。
吳長慶沒想到袁世凱如此雷厲風行，連聲稱讚袁世凱：“好孩子，好孩子，你不愧是將門虎子！將門虎子！”
袁世凱通過這幾件事得到吳長慶的信任，就把軍營中的內務雜事交給袁世凱處理。
袁世凱整肅軍紀的時候，就連吳長慶的麵子都不給。吳長慶曾經提醒軍中自己的親戚故友要遵守軍紀，否則落在袁慰亭的手裏，就連他自己都救不了。
袁世凱在整治軍紀的時候顯露出權謀家的本色。他先嚴厲整頓了一番軍紀，接著遍邀軍官，排擺宴席。席間袁世凱端起酒杯，向軍官們講明整頓軍紀的必要性。
有的軍官劫掠慣了，未免不服，不滿之心溢於言表，假說怕士兵鬧事，袁世凱早就料到這一手，他說：“諸位放心，我如果沒有這點膽量，就不會接受大帥的委任了，何況我手裏還握著令箭呢！”
袁世凱又將各項軍規公諸於眾，此外挑選了300名親兵，每天晚上，袁世凱派出親兵在軍營內外巡查暗訪，聽見有人發牢騷，就將名字記下，第二天即嚴厲訓斥該士兵，三軍以為袁世凱在軍中遍插親信，於是對他都頗為心服。
袁世凱深知單靠高壓政策無法震懾軍心，況且自己資曆尚淺，那些久經戰陣的官兵未免不服，因此他也千方百計收買人心。嚴守軍紀的士兵，他會予以獎勵，對於士兵頗為體恤。而且袁世凱與士卒同甘共苦，他平日起居和普通士卒一樣，他的親兵管帶患病不起，袁世凱找來軍醫為他治療，並親自在營帳中為他生火煎藥，可憐這名管帶病重不治，管帶死後，袁世凱撫屍痛哭，拿出錢來操辦後事。從此軍中都知道袁世凱體恤下屬。
慶軍入朝之前，吳長慶對部下軍官的暮氣沉沉感到不滿。張謇對吳長慶說：“我於移營登州之後，亦頗感軍氣不如在浦江時之張揚，宜乘此時擢用青年，使軍中耳目一新”。現在袁世凱初露鋒芒，吳長慶大為賞識，吳長慶還曾經向張謇道謝：“慰亭（袁世凱）真不錯，不負張先生識拔，我應向張先生道謝！”
慶軍整肅了軍紀之後，吳長慶分析了朝鮮的局勢，和丁汝昌、馬建昌等將領商議對策。他們根據情報，認為兵變的起因是拖欠軍餉，隻是一般的兵變，但是大院君李昰應卻借機奪權，隻要把李昰應捉拿押解回國，兵變很容易就可以平定了。
但是兵變後大院君李昰應在深宮中又有親兵護衛，如果強攻，戰事必將擴大，經過商議，幾人定下擒賊先擒王的計策，決定擺下鴻門宴，捉拿大院君李昰應。
26日，吳長慶等三人到宮中覲見大院君李昰應，和李昰應相言甚歡。告別的時候約好吳長慶邀請李昰應到清軍營中回訪。
次日，李昰應如約來到清軍營中。吳長慶率眾將領在大帳外迎候。而袁世凱則按照事先的安排守住帳門，他彬彬有禮地將跟隨大院君的衛隊請到旁邊的營中款待。衛隊一進帳中，伏兵四起，還沒等他們反應過來，就已命喪黃泉。
袁世凱回到中軍大帳，眾人早就等著他，一擁上去把李昰應捆得結結實實，塞進一頂密封的轎子，幾個清兵抬起轎就走，丁汝昌帶一隊人馬護送到軍艦上，押往國內，後來大院君李昰應長期被幽禁在保定府內。
在這場誘捕行動中立了大功的袁世凱，見禍首已去，向吳長慶請纓，連夜去平定漢城的亂軍。當晚袁世凱統領一哨人馬，突然出現在叛軍的駐地，許多叛軍還在酣睡之中就做了刀下之鬼，袁世凱大聲喊道：“大院君已經被押往中國，你們還不投降？”叛軍們跪了一地投降。城裏的其他叛軍也被袁世凱逐一收拾。
雖然屢立奇功，他並不滿足，對於雄心勃勃的袁世凱來說，這些全在他的預料之中，他還要進一步去實現他控製朝鮮政權的野心。
次日上午，奮戰了一夜的袁世凱又是第一個進入皇宮，找到出使中國求援的金允植帶路，在後宮謁見國王李熙。
這位國王看起來確實昏庸無能，袁世凱自然沒把他放在眼裏，他在李熙麵前把清軍智擒大院君，連夜平叛的過程活靈活現地說了一通，當然，袁世凱不會錯過這個機會，他把自己所立的戰功也大肆渲染了一番。
李熙一想到自己又可以重掌政權，也不容多想，手寫致吳長慶、馬建昌的信讓袁世凱帶回，信中請求吳長慶等從速派兵討伐“亂黨”，同時告示全國，要求協助清軍平亂。
清軍將領分赴朝鮮各地平定叛亂，袁世凱則跟隨在吳長慶身邊，在王宮裏和朝鮮君臣打交道。
李熙對清軍幫他奪回政權，平定叛亂非常感激，對袁世凱更加親近。
李熙為了表示感謝，宴請吳長慶等清軍將領，酒宴上李熙大大誇獎了袁世凱一番，為了重振朝綱，李熙還單獨和袁世凱商談計策。
9月12日，避走民間的閔妃回到宮中。袁世凱深知朝鮮政權實際掌握在閔妃手中。當閔妃回到王宮，袁世凱搶先前往祝賀。
閔妃從李熙口中得知袁世凱為平亂立下的赫赫戰功，也很賞識袁世凱。
清軍的這次異國平叛，初出茅廬的袁世凱有勇有謀，英勇善戰，因此朝鮮的叛亂平定之後，吳長慶以“治軍嚴肅，調度有方，爭先攻剿，尤為奮勇”16字的評語，將袁世凱列為平定“壬午之變”的首功，請李鴻章、張樹聲會奏請獎。1882年10月12日，清廷準奏，袁世凱因戰功卓著，由原來的中書科中書提升為同知，並賞戴花翎。
“壬午之變”平定之後，慶營奉命駐紮朝鮮，吳長慶成立駐守朝鮮的清軍司令部。司令部裏吳長慶自然是最高統帥。他手下的文武兩大幕僚，文的事務由後來考中狀元的張謇負責，其職位相當於今天的秘書長地位。武的就是袁世凱，袁世凱時年24歲，但是慶營的所有軍事事務都由他做主，相當於今天的參謀長地位。此外吳長慶還委派袁世凱全權負責處理外交事務。袁世凱入朝之初就立下雄心壯誌，準備“奪其政權歸我掌握”，而現在得以擔任這個職位，他就成了負責清軍和朝鮮交涉的官員，對他想控製朝鮮政府也非常有利。
壬午之亂後，朝鮮的統治者知恥而後勇，打算發憤圖強。當時朝鮮是清朝的屬國，因此朝鮮的事務由清朝的北洋大臣管理，李熙得到北洋大臣李鴻章的同意，聘請德國人穆麟德為總稅務司，聘請清朝的中書馬建常為外交顧問，同時準備聘請袁世凱為軍事顧問，負責整軍練兵。
李熙親自前往清軍營中拜訪吳長慶，向他商借袁世凱。吳長慶因為袁世凱要負責軍營中的一切軍事事務，所以回絕了，李熙再三懇求，吳長慶隻好答應讓袁世凱幫朝鮮練新軍。
此後，袁世凱不僅是駐朝鮮清軍的參謀長，同時還負責朝鮮新軍的編練工作。
其實，幫助朝鮮編練新軍這個差事也是袁世凱運用自己的手段得來的。
原來袁世凱曾經借機獨自進宮覲見李熙和閔妃，朝王夫婦對這位年輕英武的中國將軍非常感激，在宮中設宴款待他。酒酣耳熱之際，袁世凱乘機進言，分析了一番朝鮮的局勢，勸李熙編練新軍，抵禦外侮。這番話說到了閔妃的心坎上，酒宴後閔妃和袁世凱就這件事商議了一番，決定求助於清廷幫朝鮮編練新軍。
清廷非常讚同此舉，認為這樣有利於保障朝鮮和鞏固中朝宗藩關係。吳長慶得到朝廷的旨意，命袁世凱操辦此事。
袁世凱於是遴選了1000名精壯的兵丁，分為左右兩營，並將清軍的槍炮彈藥送給朝方，他看到朝鮮王室衰微，建議先建立國王的親衛軍，朝鮮新軍的編製和操法完全取法淮軍，並參照了德國等其他歐美強國的陸軍製度擬定規章。李熙又請袁於江華沁營舊軍中選調500名士兵，編為“鎮撫營”，如法訓練。
李熙對於袁世凱的這番計劃非常滿意，他請袁世凱移居到朝鮮的三軍府居住，以便指揮和督練朝鮮軍隊。袁世凱的這段經曆也為他日後爭取到負責編練新式陸軍一職起到積極的作用。
清朝正值多事之秋，北疆方定，南疆又起戰端。清朝的另一藩屬國越南和法國又起戰端，1884年，中法在越南的戰事進行正酣，清廷為了應付戰事，調派精銳軍隊以及著名的戰將，駐朝清軍統帥吳長慶奉命回國，擔任守衛遼東的重任，留下三營清軍駐守漢城，以記名提督吳兆有為統帶，袁世凱總理營務處，會辦朝鮮防務。袁世凱一躍而成為握有實力的統兵大員，成了清廷駐朝的重要武官，時年僅26歲。
1884年（光緒十年），朝鮮發生了“甲申事變”，朝鮮政府不得不公開請求清政府派兵幫助平息有日本人插手的國內政爭，這促使清政府下決心加強對朝鮮的控製。幾經反複權衡，清廷采納了李鴻章的主張，於1885年，任命在平息兩次政變中嶄露頭角的年僅26歲的袁世凱為“駐紮朝鮮總理通商交涉事宜”。其使命對外明講是“就近谘商”朝鮮政事，而真實用意則是“坐探國政”，對朝鮮政局“隱為扶持，相機匡救”，也就是“略其名而行其意”的監國。所以，就名分講，這個職務不過相當於總領事。
而袁世凱卻心領神會地自稱為“小欽差局麵”。但是，袁世凱也深知其處境的尷尬與艱難，就袁世凱的使命而言，他並沒有對朝鮮政務“顯為幹預”的權力；就當時的清王朝而言，它既失去了盛世時的威儀，也缺乏保護朝鮮不被列強染指的能力，也就是說，袁世凱沒有保證執行使命的可靠的政治和經濟、軍事實力後盾；就朝鮮的李朝君臣而言，一方麵他們對清王朝的離心傾向日益增長，無時無刻不在謀求擺脫藩屬名分的羈絆，另一方麵，他們內外處境都十分艱難，又十分需要清王朝幫助維護在國內的統治地位，以至抵製東西方列強的侵入；而就東西方列強而言，他們各自從自己的利益出發，關心的是在這個遠東戰略要地上的力量平衡，多數完全否認中朝宗藩關係，而不承認袁世凱在朝的特殊政治地位。客觀局勢使袁世凱處於不利地位的夾縫之中，正如他自己所說的：“居半主之間”，“無成例可循”，“交際之間，卑亢均難”。
袁世凱受命於危難之際，他把自己使朝的任務概括為：在“各國通商”“友邦環伺”的客觀形勢下，“明尊親之義，定搖惑之誌，內修政治，外聯邦交”。其意思非常明白，那就是：在加強對朝鮮的控製以維護宗藩關係的前提下，對內幫助朝鮮李朝政權，穩定並鞏固其統治地位；對外依照清政府的“以夷製夷”的對外政策，幫助朝鮮政府抵製東西方列強的覬覦。袁世凱使朝九年，就是奉行的這個準則。
中朝宗藩關係史有定例，“必也正名”。麵對朝鮮日益增長的離心情緒，袁世凱把“尊上國之體用”，“嚴屬邦之名分”，作為他“扶持匡救”朝鮮政治的首要任務。
第一，確定自己在朝的特殊身份和地位，明白宣示他不同於各國駐朝使節，而是上國代表。同朝鮮國王的會晤，因無先例可循，經請示李鴻章，袁世凱為自己設計了一套比照司道謁見親郡王的禮儀，直入宮門至內署門前始降輿、揖禮、側坐。同各國駐朝使節之間的交往，袁世凱也認定，他的使朝“與供差邊防省同例，固不應自居外國人之列，至與各國使員往還，亦不應統入各公使之下”，“故每有公會知單，或不署名，或不應赴”，更不以使節身份與外國使節共同活動。朝趙太妃發喪，駐朝美國公使約袁世凱一起路祭，袁世凱明白以中朝兩國有舊章，不便與其同往為由拒絕，而單獨別行一套禮儀。遇有朝鮮官方與各國使節公會，袁世凱則堅持必須居於“賓中之主，應坐於朝鮮官主位之上”。總之，嚴格把握，隨時注意，絕對不與各國駐朝使節以平等身份交往，由此而引起糾紛口舌亦在所不惜。
第二，監視糾查朝鮮奉行清王朝正朔，遵守來往文書的禮儀格式。1888年（光緒十四年）6月，袁世凱收到的朝鮮電報局收條和電報封皮上，有“大朝鮮電報總局”和“大朝鮮開國若幹年”的字樣，立即行文向朝鮮外督辦指出：“查中國與朝鮮往來文函，或曰朝鮮，或曰敝邦，向未有大朝鮮等字，此時何遽以此稱謂？”嚴責電報局違製，迫使朝鮮外督辦立即道歉，並且責成電報局改具款式，將草本送袁世凱審查。