後來，袁世彤從老家趕到北京，向袁世凱力陳帝製的大弊。他質問袁世凱：“兄長為何忽然想幹這種事呢？縱然是做成了，兄也是清室逆臣，袁家不肖子孫。我勸兄盡快收回成命才是！”袁世凱沒有答應，說：“現在事已至此，無力挽回。何況天與人歸，我也是順從萬民之意！”兄弟間爭執數次，各不相讓。世彤知道勸阻無效，於是星夜趕回故裏，招募兵丁，揭豎起反袁大旗，號稱“勤王”。
如此一來河南地方長官犯愁了，因為事關袁世凱兄弟間的事，他們不好強加過問，自作主張，於是星夜馳電告袁。袁世凱接到電報，長歎一聲，說：“老六和我鬧家庭革命了。”於是命當時督理河南軍務的趙倜將袁世彤所募兵丁驅散了事。
袁世凱的胞妹袁書貞也極力反對其兄稱帝。她嫁的是山東巡撫張汝梅的兒子。書貞女紅翰墨無一不工，是個名門閨秀，很得袁世凱的疼愛。平時和妹妹常有平安書信來往，逢年過節，總要饋送禮物。袁世凱自為帝製那年，正好是袁書貞50整壽。袁世凱命自己的五子克權，帶一份豐厚的禮物到山東祝壽。但袁克權萬沒想到，他一到姑母家，袁書貞拒不接待，而且讓別人傳話說：“我娘家無兄，也無內侄。”袁克權隻得掃興而歸，將姑母的話轉告其父。正當袁世凱納悶之際，他收到了妹妹的來信，信中說：
“袁張兩姓，世受清恩。兄代清而為民國總統，猶得曰是民主也，非篡竊神器可比。今茲稱帝，兄何以見隆裕太後於地下乎？雖雲順從民意，以妹視之，直叛逆耳！妹幼讀詩書，稍知君臣大義，請自今日始，兄為君主，妹願為前清遺老之婦。” 這封信雖然令袁世凱不快，尚是家書，過不久，更令袁世凱沮喪的事發生了，六弟世彤與妹妹書貞共同具名，在北京、天津各大主要報紙上發表聲明：“袁氏世凱，與予二人，完全脫離兄弟姊妹關係。將來帝製告成，功名富貴，概不與我弟妹二人相幹；帝製失敗，一切罪案，我弟妹二人亦毫不負究；特此聲明。”表達了他倆反對帝製的態度。袁世凱無可奈何。
袁世凱仍然一意孤行，親人的勸告也聽不進去。他在全國有幾十萬軍隊，自信有把握能消滅護國軍。至於西方列強忙於世界大戰，無暇東顧。日本雖然可慮，但可以拉攏。上年10月，袁曾作出決定以駐日公使陸宗輿為慶賀專使，參加日皇加冕典禮。此時又特派農商總長周自齊為赴日賀禮贈勳特使，名義上是將和大總統同等大勳章贈與日皇，實際上是暗中送禮，進一步出賣主權。為示鄭重，袁特加周“上卿”銜，提高周的身份。
1月5日，袁世凱下了一道申令，說蔡鍔“糾合亂黨，潛赴雲南，誘脅該省長官及一部分軍人謀叛國家，破壞統一”，“喪心病狂”，“好亂性成”，特著鄰近雲南各省將軍、巡按使對護國軍一體嚴籌防剿，毋稍疏忽，派虎威將軍曹錕督率各軍進攻雲南。同時在新華宮豐澤園設立臨時軍務處，一切用兵計劃都由他直接掌握。
同一天，袁世凱又給各省長官發電報，自我吹噓道：“天生民而立之君，使司牧之。以藐藐之躬，舉數萬萬人之生命財產，賴一人以保護之，舉數萬萬人之知識能力，賴一人以發育之，昔人所謂夙興以求、夜寐以思者，責任何等重大！”他把自己打扮成了“救世主”，因此人民是不應該反對他的。又說：“予昔養屙洹上，無心問他，不幸全國崩解，環球震動，遂毅然以救國救民為己任，支持四載，困苦備嚐，真不知尊位之有何樂。無如國民仰望甚切，責備甚嚴，同為國民，敢自暇逸？責任所在，盡力以為，不惜一身，隻知愛國，皇天後土，實鑒此心。明知暴亂之眾、狂妄之徒，斷不可以謀國，然果使中有傑出之才，可以治國保民，為人民所信仰，極願聽其為之，予得釋此艱巨之仔肩，詎非幸事！然能安大局，環顧何人？為智愚所共見。”在他把自己打扮成愛國愛民的英雄、救苦救難的菩薩的同時，申令各省長官曉諭人民說說：“蔡鍔之流權利熏心，造謠煽亂，非不知人民之狀況，時局之艱危，但思僥幸一逞，償其大欲，即塗炭生靈，傾覆祖國，亦所不顧。”為避免“貽禍全國”起見，他“惟有執法從事，以謝國民”。聲明他對護國軍進剿是“理所當然的”、“正義”的，叫人民不要附“逆”。
袁世凱一意孤行，1916年1月5日，他命令虎威將軍曹錕督師入川。曹錕統率的部隊兵分兩路：一路進軍四川，迎擊進入四川境內的護國軍。總司令是第七師師長張敬堯，兵力有第7師、第3師和第8師一旅，作為正麵進攻的主力。另一路進軍湘西，從側麵反擊，總司令是策6師師長兼幫辦江西軍務馬繼增，兵力有第6師、唐天喜的混成旅、20師之一部和安徽的安武軍。北洋軍餉足械精，久經戰陣，在袁看來，雲南“兵僅萬餘，餉難月給”，隻要大軍壓境，不難剿平。
為防止雲南起義帶來連鎖反應，袁世凱於1月7日又命令各省將軍簡撥精銳，聽候調動，並對防紮地域務須嚴密戒備。各省軍閥均回電報告“亂黨”無隙可乘，保證不會出現重大變端，同時派出大批警察、暗探，對人民大肆搜查。如被人稱作“屠夫”的湯薌銘，在其統治的湖南長沙，“偵察逐家逐戶，進行清查‘亂黨’，翻箱倒篋，老百姓人人自危，不可終日。”安徽、奉天等省，還對旅客“實行裸體檢查，雖婦女亦不予稍懈。”袁怕反對者潛入北京，下令說：“戴戡、任可澄曾為政客，頗有黨徒”，“京師為首善之區，難保無此項黨徒潛藏煽誘”。“著京師警察廳、步軍統領衙門遵飭所屬，通有此等匪徒”，“無論何人，均按軍法懲處，勿稍姑息，貽害地方。”北京成了恐怖世界。東西兩個車站和城內布滿了便衣偵探，遇有形跡可疑之人，即拘留審訊；談及雲南問題往往招致橫禍，被拘捕者無日不有。
正是在此情況下，新華宮內偏偏出了謀殺案，袁世凱吃驚非小。1月18日，在新華官發現了炸彈，這件謀殺案是袁世凱的侄兒袁乃寬之子袁英（字不同）所為。此人反袁比較堅以隻是做法有些荒唐。1915年11月，程潛在上海問他帝製進行情況時，他曾說：“一股走狗，不顧百姓死活，瘋狂地忙著籌備大典，已定明年元旦登殿。情急萬分，希望有人起義討逆，我也可以從中做點小玩意兒給大家看看。”新華宮放炸彈就是他搞的一點小玩意。後來他寫信給張作霖，勸其起義，張作霖將信轉給段芝貴，段又轉給天津警察廳長楊以德，楊即將袁英逮捕，派人送到北京交與其父袁乃寬。袁乃寬將袁英綁送軍政執法處處長雷震春，並向定謝罪。袁世凱說：“小孩子胡鬧，不值得小題大作，”就令人放了袁英，交還給袁乃寬管束。
盡管袁世凱，不可一世，但是，很快地就在外交和軍事兩方麵碰得鼻青臉腫。
先看外交。開始，日本政府對派贈勳特使表示歡迎，準備以親王之禮接待。外交部和陸宗輿確定了周自齊的行期和路線，預定1月17日離京啟程。布置既定，隨員已經上路，周亦整裝待發。14日，日本公使日置益在使館熱情設宴為周餞行。次日，日本使館突以電話通知外交部：接政府急電，請周特使暫緩赴日。16日晨，陸宗輿自東京打給北京政府外交部的電報中說：“今晨各報紛載，日政府已辭退中國特使，其要旨謂：中政府揚言，候周使歸國，實行帝政，頗啟列國猜疑，中國南方亦有賣國使節之目，日政府甚深迷惑。二謂將廢棄之共和國勳章，未便再贈日皇。詞旨均甚不堪。”午後，陸宗輿又回電說：“此次拒絕周使，即是蔑視元首之發端。其機關報口氣圖畫，已不以友誼相待。……彼政府亂暴舉動，每出意外，其欲倒我政府，計劃已非一日。萬望勿以常識觀察……”17日，陸再次電告：“彼國緩阻特使，已具重大決心，其外交方麵，聞亦妥洽。軍事正在準備。彼已得我南方軍情向背之詳報，著手聯絡。彼於國內已宣示決不承認及臨機處置之方針，且多方鼓煽……”這即是說，日本已經決心拋棄袁世凱了。
事實正是如此。1月20日，日本召開禦前會議專門討論對華問題。會上決定：再嚴詞警告中國政府延緩帝製，如不聽而自由行動，則派兵駐中國要地。一麵認雲南為交戰團體，一麵宣告中國現政府妨害東亞平和。
日本拒絕特使，公開聲明不承認帝製，表明袁世凱最後哀求帝國主義支持帝製遭到完全失敗，對袁是一個沉重打擊。袁世凱陷於想當皇帝而不可得的悲哀之中。
再看軍事。北洋軍的情形完全出乎袁世凱的意料，他們土氣低落，行動緩慢，而護國軍鬥誌昂揚，進展迅速，戰場很快擴大。在戴戡率領下，護國軍一部進入貴州，黔軍團長王文華響應護國軍，貴州護軍使劉顯世在得到了袁世凱彙給他的30萬元軍餉後，卻趕走了派來監視他的巡按使陸建章，1月27日宣布貴州獨立。而貴州的獨立，在軍事上增強了反袁力量，在政治上擴大了雲南起義的影響。王文華率領黔軍攻人湘西，占領了晃縣、洪江、麻陽、芷江等縣，與北洋軍相持於辰州、寶慶一線。1月21日，入川護國軍占領敘府，31日劉存厚率領川軍第二師一旅在納溪例戈反袁，自稱護國軍川軍總司令，配合蔡鍔圍攻瀘州。四川將軍陳綾、湖南將軍湯薌銘向袁告急，所發之電，都有“萬急”、“萬萬急”字樣。
外交和軍事上的失敗，影響到袁政府內部的一些人物對帝製的態度。都肅政史莊蘊寬建議取消洪憲帝號，裁撤大典籌備處，停止參政院開會。袁世凱沒有接受這一建議。
1月25日，袁世凱再次電令進剿護國軍。
袁世凱與護國軍爭奪的重點是四川，急令陳綾奪回敘府。1月28日，袁軍開始反攻，雙方戰於宗場。激戰至第四天，護國軍突擊隊繞至敵後襲擊，正麵主力發起強攻，使袁軍腹背受敵，被擊斃、擊傷和墜岩而死者不計其數，袁軍第一次奪取敘府的企圖失敗。31日，馮玉祥的混成旅從南溪反撲過來，與護國軍一營在白沙場遭遇。由於力量懸殊，護國軍初受小挫。次日援軍趕到，終將馮旅打得落荒而逃，袁軍二奪敘府的企圖失敗。時隔不久，袁軍又從犍為和屏山兩路進攻，護國軍先將巡防軍一路打得屁滾尿流，接著又迎擊另一路來犯之敵。經過牛石坪一場激戰，敵人又被擊潰，從一月末到二月底，整整一個月，袁軍三次奪取敘府的企圖全部失敗。
袁世凱擬起用段祺瑞替他分勞，可是，段答以“宿疾未痊”，一口回絕。袁世凱反觀自己，1911年清政府起用他南下討伐革命軍，他就是用“足疾未痊，尚難就道”來回答的。今天的段祺瑞，與當年袁世凱，何其相似乃爾！
內外交困，弄得袁世凱心力交瘁，頭昏腦脹。這時候的袁世凱才真正感到自己老了，老得有些力不從心了。
與護國軍在四川捷報頻傳的同時，革命黨人在其他地方也相繼開展起反袁鬥爭。1月6日，廣東中華革命軍在淡水等地起義，進攻惠州，占領平山。2月8日，居正、許祟智率領中華革命軍東北軍在山東起義，一周內連克樂昌、高密、益都、安邱、昌邑和壽光六座縣城。2月9日，朱執信串部進廣州。18日，蔡濟民等在武昌南湖策動軍隊起義。2月21日，楊王鵬率領百餘人在長沙分途襲擊將軍府和警察署。
自從雲南宣布起義，反帝製運動迅速發展以來，北京官場中人紛紛辭職或請假離京，就像清末“樹倒猢猻散”的景象一樣。袁下令嚴禁官吏請假，如確有請假之必要，須附有三人以上的連環保結。對於簡任級以上的高級官員，則一律派軍警加以“保護”。
為對付雲南起義，袁在公府豐澤園成立“征滇臨時軍務處”，親自處理軍事。內政外交，諸多煩惱，還要管軍事，實在忙不過來。他不得不把打入冷宮的段祺瑞請出來替他分勞，把他最討厭的徐樹錚撥為將軍府事務廳廳長，借以討好段，但段祺瑞借口“宿疾未愈”不肯出山。
袁世凱又想到了馮國璋，想把馮調到北京來，擔任參謀總長兼任征滇軍總司令。馮懼調虎離山，也裝起病來，拒絕北上。
2月13日，袁世凱派蔣雁行以探病為由到南京。馮本無病，他抓了蔣的手痛哭流涕地說：“我跟隨總統一輩子，總統要如何便如何，怎麼總統不把我當作自己人了！”
袁世凱接到蔣的密報，知道馮所患的是一種政治病，便又走馬燈似地派阮忠根、萌昌、田中玉到南京來疏通，暗中卻指使蔣雁行勾引江寧鎮守使王廷幀就近篡位，又想電召馮到北京，解除他的督理江蘇軍務一職。但因山東將軍靳雲鵬、江西將軍李純打來密電請勿調動馮，便又不敢下手。
最後，袁還想讓黎元洪再充當一次他的工具，以副元帥名義統率征滇軍進攻雲南。但這時的黎元洪，已非1913年的黎元洪，況且兩人之間的關係已經僵化，黎還和進步黨人有密切關係，越發講不得。無奈何，征滇的重擔還是自己挑了起來。
這種內外交困局麵的出現，使袁世凱焦頭爛額，坐臥不安，預感前途暗淡。他原來準備在元旦或2月3日（陽曆正月初一）登基，但不得不一再推遲。可是，地方上的官僚、商民、將軍巡按使無視大局的變化和袁世凱的困境，仍然一個勁地籲請他“早正大位”，而這些文電隻能增添他的煩惱。為了擺脫被動局麵，爭取列強的同情，緩和各方的對抗，袁世凱被迫於2月23日下令延續登極，禁止再遞籲請登基的電文。他說：“近據各文武官吏、國民代表以及各項團體、個人名義，籲請早正大位，文電絡繹，無日無之。在愛國者亟為久安長治之謀，而當局者應負度勢審時之責。現值滇、黔倡亂，驚擾閭閻、湘西、川南一帶，因寇至而蕩析離居者，耳不忍聞。痛念吾民，難安寢饋。加以奸人造言，無奇不有，以予救民救國之初心，轉資爭利爭權之借口，遽正大位，何以自安？予意已決，必須從緩辦理。凡我愛國之官吏士庶，當能相諒。此後凡有籲請早正大位各文電，均不許呈遞。”接著又通知各國公使，宣稱雲南事未平以前，決不登極。
討袁戰爭開始時，與蔡鍔正麵作戰的正是與他有結盟關係的陳綾。他們都是清朝末年由武學生得到總督提拔的，他們的門生故吏都分在四川、雲南兩省，而兩湖京官在北京又有大同鄉之誼，因此他們在北京時經常相互往來。陳綾由北京往四川時，蔡鍔介紹了三個湖南人做他的屬員。雲南獨立後，袁政府接二連三地命令各省文武機關撤換與蔡鍔有關的人員，陳綾不肯執行這個命令。特別是陳的高級將領伍祥禎、雷飆都是蔡鍔的舊將，而蔡鍔的前敵司令韓鳳樓又是陳的得意門生。
陳綾曾向他的機要人員說：“我所轄的三個混成旅和一個衛隊團，隊了玉亭（伍）一旅外，那兩旅都是不可靠的。”正因如此，當雲南獨立後，陳才由川調伍玉亭旅行敘州布防。川軍第二師熊祥生族，第二師師長劉存厚第二師的另一旅旅長雷飆則駐瀘州前方的納溪縣。馮玉祥旅駐守內江作為敘、瀘之間的策應隊，馮玉祥既不願效忠袁世凱，又不肯為陳綾賣力，他的目的是想等待機會把隊伍拖到陝西去，因為陝西將軍陸建章是他的舅父。 陳綾是袁的重要爪牙之一，但又與袁存在著很大矛盾。當他出京時，袁曾麵許將川、滇、黔三省軍事交他全權辦理，可他到四川不久，袁派張聯盞做他的參謀長，實際上是來監視的。陳私下說：“蔡鬆坡不是一個輕舉妄動的人，老頭子（指袁）也有‘彼直我曲’的表示，看來這個問題不是很容易解決的。”
此後袁派曹錕督師人川，事前並沒征求陳的意見，陳很清楚，即使打退了護國軍，四川將軍的位子也必然落於他人之手。因而陳對戰事采取了消極應付的態度。
蔡鍔的第一軍不足6000人，1915年12月下旬，第一、二兩梯團先後出發。
當護國軍進入敘州城外時，袁軍僅僅做了一些不重要的抵抗，就撤走了。因此蔡部第一梯團第二支隊楊蓁於1月21日占領敘州城。這是護國軍發動後首次取得的勝利。
1月25日，袁世凱再次申令進剿護國軍。
袁軍在川南、湘西的失敗，革命黨軍隊的掘起，再加上五國又提出口頭警告，日本在滿洲一帶策動宗社黨起事，迫使袁世凱不得不把帝製活動暫時延緩一下。接著，又通知各國公使，宣稱雲南事未平以前，決不登基。
正當袁世凱被一片告警、求援、索餉的呼聲弄得焦頭爛額、手足無措時，他又收到了宣隸巡按使兼將軍朱家寶轉來的五將軍請速取消帝製、懲辦禍首、以安人心的密電。這五將軍是：江蘇將軍馮國璋、江西將軍李純、山東將軍靳雲鵬、浙江將軍朱瑞和長江巡閱使張勳。馮國璋的如意算盤是：不開罪護國軍，拉攏北洋派，利用護國軍倒袁，依靠北洋派抵製護國軍，在護國軍、袁世凱之間造成第三種勢力，最後取袁而代之。這一手正是師法袁在辛亥革命時的作法。靳雲鵬、李純、朱瑞、張勳則是考慮自身的存亡，不願再盲目地追隨袁，因而讚成馮讓袁退位的建議。馮覺得五人聯名聲勢不大，又以五將軍名義致電各省征求意見。朱家寶即將密電呈袁。