袁世凱看過電報，有如五雷轟頂，精神支拄一下於坍塌了。
這五位將軍全是地方實力派，都是他一手提拔起來的，而今公開向他的權力挑戰，北洋集團從內部崩潰的危險邊在眉睫。他悲哀地對夏壽田說：“完了，一切都完了！我昨天晚上看見天上有一顆巨星掉下來，這是我生平所見的第二次。第一次文忠公（李鴻章）死了，這次也許輪到我。”他又十分沮喪地提到其曆代祖先都是在59歲以前死亡的。而他已經58歲，因此非常害怕過不了59歲這一關。
3月17日，袁世凱找來智囊楊士琦問計。楊處此境況，亦無回天之力，隻得勸其和平解決西南問題，而要做到這一點，必須取消帝製。袁同意妥協，但擔心取消帝製後，連總統也當不成。
袁世凱又召來梁土詒，梁同樣束手無策。袁在桌上用手蘸著茶沫亂畫了半天，最後對梁說：“事已至此，吾意決矣！今分數段進行。撤銷帝製後，中央政事由徐菊人（世昌）、段芝泉（祺瑞）任之。安定中原軍事，由馮華甫（國璋）任之。君為我致電二庵（陳綾，時任四川將軍），囑其一麵嚴防，一麵與蔡鬆坡言和。君與卓如（梁啟超）有舊，以私人情誼，請他疏通滇桂；並複長素（康有為）函，請其婉勸卓如。倘有法能令國家安定，吾無論犧牲至何地步，均無不可者。”袁世凱想通過取消帝製來擺脫危機。
袁世凱當皇帝是由國民代表大會代表“推戴”的，取消帝製也應有個法律手續，通過立法機關的表決才行，否則，有損聲譽。2月28日，為標榜“尊重民意，力求刷新政治”起見，他曾下令提前於5月1日召集立法院會議。現在準備再提前，以完成取消帝製法律手續，並作出一個讓他仍任總統的決議，這樣他由皇帝再變為總統。
3月20日，袁世凱召集了有國務卿、各部總長、參政院參政、肅政廳肅政史、平政院院長參加的會議，討論撤銷帝製問題，與會者一致同意，決定當晚下達撤銷帝製令。
可是，袁克定堅決反對。他提出，西南因為不滿帝製，才以獨立相要抉！取消帝製後，假若仍然不滿，又以獨立相要挾取消總統怎麼辦？如此下去，得寸進尺，沒有止境。經他一嚷嚷，袁世凱又動搖了。急令印鑄局將令文送回修改。 除了以孫中山為首的革命黨人憤怒討袁外，立憲黨人、進步黨人也群起攻之。如：唐紹儀、譚延、湯化龍、吳景濂、彭程萬、胡景伊、張繼、孫洪伊、張耀曾、井勿幕及一大批國會議員和社會名流，以各省“旅滬公民”或各界人士名義紛紛通電，或者指出袁“盜國奴民”，“久已喪失總統資格”；或揭露袁“帝夢不成，皇冠強卸，又複退攫總統”，“無非忍辱一時，思為卷土重來”；或表示“吾四萬萬國民絕非無血氣者，安能一再受其愚弄”，“戴茲罪魁”；或要求“撲殺此獠，以絕亂種”。全國各階層紛紛發出聲討，對袁世凱展開了猛烈的輿論攻勢。
在這一片攻擊、討伐聲中，也不乏對袁世凱誠懇批評、真心開導、勸其醒悟的逆耳忠言。
為了推翻袁世凱，人民繼續起義。在廣東，3月30日，團長莫擎宇獨立於潮州、汕頭，鎮守使隆世儲於廉州、欽州起而響應。4月4日，寶壁、江大、江固軍艦反正。徐勤等在肇慶、三水，陳炯明、朱執信等在惠州、湖州，林虎等在高雷地區，同時樹起討袁大旗。龍濟光急電袁世凱求援。袁決定調駐上海的第十師一部乘軍艦到廣州馳援，但當北洋軍將要開拔時，龍在民軍的壓下於4月6日宣布”獨立”。袁世凱隻得放棄派兵入粵的計劃，而企圖派遣北洋軍入浙江。於是，又馬上激起浙江人民和地方軍隊反對北洋軍人浙的風潮。在中華革命黨人的策動下，寧波、嘉興先後宣布獨立，一批浙軍軍官趨勢把興武將軍朱瑞趕走，於4月12日宣布浙江獨立，推巡按使屈映光為都督。不久，因屈暗通袁世凱，又被趕下台，改推嘉湖鎮守使呂公望繼任。
4月2日，程潛率領從雲南帶來的一營護國軍占領湖南靖縣。貴州護國軍乘機側擊洪江、辰奚穀。到10日為止，湘西已有助餘縣獨立。26日，湖南護國軍召開討袁大會，有48縣派代表參加，程潛被推為湖南護國軍總司令。5月1日，兩廣都司令部成立，岑春煊為都司令，梁啟超為都參謀。此時，江蘇、安徽、奉天等省，亦先後燃起反袁鬥爭的烈火。
隨著反袁形勢的迅速發展，南方獨立各省即籌劃成立政府。經陸榮廷和梁啟超等人的籌劃，獨立各省於5月8日在肇慶（今高要縣）宣布成立“中華民國軍務院”，遙戴黎元洪為大總統，推唐繼堯為撫軍長，岑春煊為副撫軍長，梁啟超、蔡鍔、陸榮廷、劉顯世、龍濟光、李烈鈞等為撫軍，又推舉唐紹儀為駐滬外交專使。獨立各省斷然拒絕了袁世凱提出的議和條件，一致表示非袁退位，無協商善後之餘地。
在此同時，袁世凱企圖取得列強援助的希望也徹底破滅了。他想借錢，很難借。好不容易與美商李？希金遜公司於4月7日簽訂了500萬美元的借款合同，但立即遭到全國人民的反對，在上海的原國會議員200多人聯名致電中國駐美公使和美國國務卿，聲明拒絕承認。美商見勢不妙，隻交付了100萬元，就停止交付了。袁世凱指令陸宗輿向日本求援，日本政府不但不予理睬，反而支持護國軍方麵壓迫袁氏退位，以便乘機“確定在華優勢地位”。
然而，前線敗局已定，後院又已起火，再不取消帝製怎能控製局麵？袁世凱搜索枯腸，終無良策。誌大才疏的袁克定，同樣拿不出妙方。袁世凱無路可走，還是決定下達了撤銷帝製令。
3月21日，袁世凱在新華宮召集會議，參加的人有楊土琦、張鎮芳、朱啟鈐、梁士詒、倪嗣衝等。袁世凱親自邀請徐世昌、段祺瑞、黎元洪出席會議。袁世凱無可奈何地提出取消帝製。22日，袁世凱申令撤銷承認帝製案，由徐世昌副署發表。這又是一篇妙文。
在這個申令裏，袁有自我批評，好不容易說了句“萬方有罪，在予一人”，但更多的是推卸責任。他繼續狡辯，顛倒是非，把帝製禍首說成是“愛國”者，主觀願望是好的，為他開脫罪責，使之免受懲罰。他混淆鬥爭的原則區別，叫喊反對者應“激發天良”，不要“同室操戈”，“危及國家”，企圖模糊人民的認識，讓人民放下武器。他厚顏無恥地自封為總統，繼續統治全國人民，並威嚇說，如果誰再反對，即實行鎮壓。盡管他講得振振有詞但他再也騙不了人民，再也壓不住人民。
3月23日，袁世凱免去馮國璋的參謀總長兼職，任命段祺瑞為參謀總長。申令廢止洪憲年號，仍以本年為中華民國五年。29日又公布焚毀帝製文電共八百餘件，以此表示不再稱帝的決心。
從袁世凱稱帝的那一天（12月12日）起，至取消帝製之日（1916年3月22日）止，總共隻有102天；如果從洪憲改元（1916年元旦）算起，至頒令廢止洪憲年號之日（3月23日）止，則隻有83天。他當了83天的閉門天子，終於過了一把皇帝癮。但還未趕上登極大典，未發一張“聖旨”，就被全國人民從皇帝的寶座上趕了下來，他的皇帝夢就做到頭了。
雖然取銷了帝製，袁世凱深知當總統也難以為獨立各省承認。因此，他隻好借重黎元洪、徐世昌和段祺瑞的名聲，來推動議和，自己在幕後指揮。25日，他用黎、徐、段三人的名義致電獨立各省說：“帝製取消，公等目的已達，務望先戢幹戈，共圖善後。”同時指令陳綾與蔡鍔商議停戰。
蔡鍔對袁世凱被迫取消帝製，以緩和國入之心理，孤立護國軍的勢力，以圖卷土重來的陰謀看得很清楚，本想率領護國軍乘勝進攻，一氣嗬成，消滅北洋軍，但前線的情況不盡人意，隊伍需要休整，彈藥裝備需要補充，於是虛與委蛇，與袁軍達成局部停戰的協議，從3月31日起至4月6日止，停戰一周，期滿後可陸續展延。
4月1日，袁世凱以黎、徐、段三人名義向護國軍提出議和條件六項：（1）滇黔桂三省取消獨立；（2）三省治安由各該省軍民長官維持；（3）三省添募的新兵一律解散；（4）三省開赴戰地的軍隊一律撤回原駐地點；（5）三省軍隊自即日起，不準與官兵交戰；（6）三省各派代表一人來京籌商善後。這些條款沒有一點議和味道，仿佛是戰勝者對戰敗者開列的投降條款，上級對下級下達的不可抗拒的命令。三省護國軍豈能接受這樣的“議和”方案，經過電商，他們也提出六條作為對袁的回答。
當時，全國反袁的輿論中心在上海。孫中山從日本回到上海聯絡各方麵人士，堅決主張把反袁鬥爭進行到底。他發表（討袁檄文》，曆數了袁的罪惡，揭露了袁“停戰議和”的險惡用心，號召各地反袁力量猛向前進，完全推翻袁的反動統治。檄文寫得很有氣勢，很有號召力。
5月18日南京會議一開場，就遇到袁世凱的退位問題。
多數代表主張讓袁世凱下台，張勳和倪嗣衝的代表則堅決反對，雙方相持不下。倪因衝率衛隊三營到會，進行威脅。馮國璋提出承認袁世凱為總統，召開新國會後，由袁世凱提出辭職，再選新總統。這個方案也不能為大家接受。許多代表提議請獨立各省派代表參加，共同解決袁世凱的去留問題，倪嗣衝和張勳的代表堅決反對，獨立各省亦拒絕參加。會議開了五天，終無結果。
全國人民的反抗怒潮越來越洶湧，迫使袁世凱安插在各地方的爪牙趕忙改變對袁的順從態度，宣布“獨立”以保住自己的權位。4月底，奉天二十七師師長張作霖公然把袁派往東北的鎮安上將軍段芝貴趕回北京，還揚言要追究段“盜賣奉荒林及虧空若幹”之事。接著，陝南鎮守使陳樹藩在蒲城於5月9日宣布“獨立”。
他率兵進據西安，驅逐了陝西將軍陸建章，自稱都督。22日，當南京會議失敗的消息傳到北京時，陳綾宣布四川獨立的通電也到達了。
陳的通電與眾不同，特別強調了同袁個人斷絕關係。電文中敘說他三次電請袁退位，均未接受。“綾為川民請命，項城虛與委蛇，是項城先自絕於川，綾不能不代表川人與項城告絕，自今日始，四川省與袁氏個人斷絕關係。袁氏在任一日，其以政府名義處分川事者，川省皆視為無效……”
袁世凱一向視陳綾為心腹爪牙，陳同袁克定曾拜為把兄弟，袁在推行帝製時，特命他入川，坐鎮西南。萬沒想到他會背叛自己，而且還要斷絕個人關係，這對袁世凱是一次最沉重的打擊。他拿著電報，氣得直哆嗦，大叫“人心大變”，然後半天不說一句話。到了次日，他實在忍不住，又發申令，駁斥陳綾，並下令將陳開缺，同時令第十五師（川軍第一師改編）師長周駿為重武將軍，督理四川軍務，率兵進攻成都。
袁世凱喘息未定，又一記悶棍向他打來。29日，他的另袁權一個親信湯薌銘宣布湖南獨立討袁。湯當初支持帝製很賣力，是其欣賞的一條忠實走狗。這個消息傳來，使袁世凱一下於變得難於控製自己。他時而頓足怒罵近侍，“語多倫促，不可入耳”；時而又呆若木雞，陷人絕望的沉思。
自雲南起義後，袁世凱已形神憔悴，精力衰減。自取消市製後，夜間失眠，喜怒不定，又思腰痛。此後病情逐日加重。“失其自信勇斷之力，僅存一形骸矣”。據5月中旬謁見他的禁衛軍團長說：“仰望神氣，大失常態，麵帶愁容矣。”在這種情況下，他口頭上不得不一再表示“極願早日退位”，實際仍借口須先“妥籌善後”，拖延時間，還是不肯放棄一點權力。多次傳諭阮忠摳等人，所有緊要文件必須呈送親閱。當他不能坐寫字椅時，便在躺椅上躺著批閱公文。後來，不能執筆，仍閱公事，口授阮忠樞、夏壽田二氏代行批答，或由袁克定代閱，夏壽田代批。
另據其他人回億，袁世凱病危時，由法國醫生打了一針強心針，他由昏迷狀態蘇醒過來。他用僵硬的舌頭十分吃力地吐出了最後的四個字：“他害了我！”這個“他”指的是誰？是他的兒子，是朋友還是部下？這個竊國大盜懷著對人民革命運動的恐懼、對帝國主義遺棄的怨懟、對爪牙背叛的忿恨，結束了罪惡的一生。
袁世凱的死訊傳出，全國人民無不拍手稱快，南方起義各省更懸旗相慶，三軍雀躍，萬眾歡騰。北京政府則懷著複雜的心情籌辦喪事。6月7日，黎元洪就任大總統，他為了自己的威信，表麵上也維護著袁世凱的威信。他發表了一道命令：“民國肇興，由於辛亥之役，前大總統讚成共和，奠定大局，苦心擘畫，昕夕勤勞。天不假年，遘疾長逝。追懷首績，薄海同悲。本大總統患難周旋，尤深痛愴。所有喪葬典禮，應由國務院轉飭辦理人員，參酌中外典章，詳加擬議，務極優隆，用副國家崇德報功之至意！”國務院確定了治喪負責人以及有關事項。
6月28日，袁世凱遺體在中南海後仁堂停靈27天後，正式出殯。
靈柩出新華門時，繼任大總統黎元洪向袁世凱靈柩行鞠躬禮，然後就回他的辦公室去了。靈柩繼續由海陸軍儀仗隊約2000人開道，送到前門火車站。
1918年6月，袁世凱逝世兩年後，在河南省省長田文烈的主持下，袁世凱墓最後竣工。袁墓仿照美國總統格蘭德瀕河廬墓形式，造成了林苑攬勝之區。它中西合壁，坐落在今安陽洹上村以東，占地約139畝，典置祭田1000畝。袁世凱臨終前遺言：“扶柩回籍，葬吾洹上。”便是根據他的遺言選擇此地的。墓地從南向北，按順序為影照壁、石橋、牌樓門、大丹陛、東西兩側的望柱、石馬、石獅、石虎、武官、文官。神路正中為墓碑，上有徐世昌手書的“大總統袁世凱之墓”8個大字。
袁世凱墓稱為“袁公林”，而並不稱“袁陵”。
袁克定曾建議袁墓稱袁陵，並征求徐世昌的意見。袁克定本是帝製中堅人物，袁氏大業未成，袁世凱竟命喪九泉。袁克定為告慰貞靈，主張命為“袁陵”。但徐世昌聽後，不以為然，他說：“項城生前稱帝未成，未克身居大室，且已取消洪憲年號，如果采用袁陵之名，實為不妥。”
袁克定爭辯說：“如伯父所言，先父在大殮時為何身穿冕服。”
徐世昌答：“冕服在棺內，外人看不見。而袁陵二字，則永垂於世，兩者不能相提並論。依我之見，不如叫“袁公林”。林與陵諧言，但“說文解字”上所載陵與林二字可以互相借用，避陵之名，仍陵之實，這多好啊！”
“袁公林”雖然高大、堅固、氣派，但並不能使世人產生敬仰之情，得到的隻是鄙夷和指責。“骨朽人間罵未銷”——袁世凱的倒行逆施，隻能得到如此的曆史報答。曆史自有公論。
袁世凱一死，以反對袁世凱稱帝為宗旨的護國戰爭，就失去了目標，無形終止了。在廣東肇慶成立的護國軍軍務院也於7月14日宣告解散。護國戰爭在維護資產階級共和製度，反對複辟封建帝製方麵，符合社會發展的客觀要求，因而得到人民群眾的支持。袁世凱死後，黎元洪依袁世凱的“遺令”繼任了大總統，段祺瑞以國務總理的名義總攬了北洋政府大權。以梁啟超為首的進步黨人急忙投到段祺瑞的門下謀取官祿，大地主大買辦階級的擁袁派和反袁派合流，中國仍是北洋軍閥的黑暗天下。繼袁氏而起的段祺瑞、馮國璋、曹錕、吳佩孚以及張作霖等，都沿襲袁的老譜，實行同樣的反動政治，並為爭奪北洋政權，各以不同的帝國主義為靠山，展開了長期的混戰。袁死以後，北洋軍閥集團分崩離析，各霸一方，日益走向沒落。
與此同時，以孫中山為首的革命民主派利用在護國戰爭中形成的西南滇、桂軍閥和北洋軍閥之間的矛盾，在廣州組成護法軍政府，繼續同北洋軍閥鬥爭。由於沒有發動人民群眾，依靠軍閥反軍閥，孫中山一再受挫，處境艱難。經驗證明，在當時的曆史條件下，軟弱的資產階級不可能領導中國革命取得勝利。中國要前進必須另覓新路。人民期待著新的領導階級、新的政黨和新的主義。