主持人：現在許多人認為，現代科學技術的成功已經證明了發源於西方的現代主流科學的觀察和研究問題的方法是正確的，而中醫的這種觀察和研究事物的方法是失敗的。您是如何看待這個問題的？
朱清時：我不同意這種意見。從大曆史的角度來看，發源於西方的現代主流科學隻是在過去的幾百年中取得了成功，這幾百年在人類曆史中隻是短短一瞬間，不能以這幾百年的表現來論成敗。事實上，現代自然科學已經開始研究複雜性科學的問題，科學界發現把複雜事物分解為基本組成單元（即還原論），再用實驗加上分析和推理的方法已經不能夠解決所有的問題，還需要一套全新的方法作為補充來進一步認識世界。
什麼是科學研究的“還原論”方法呢？下圖是黃山的照片，其中有大家都喜歡的山石、流水和雲霧。還原論的科學研究方法，就把石頭還原為由許多分子和原子聯結成的固體晶格，岩石的性質就是由這些分子、原子和晶格的性質決定的。水是液體，可以看成是一些無規則運動的分子構成的，但是它們的結構仍然比較密集。雲霧是氣體，是由大量相互之間沒有固定聯係的、雜亂無章運動的自由分子形成的。
總之，還原論方法就是將宏觀事物還原為其微觀組成單元，先研究這些微觀組成單元的性質和規律，以及它們的組裝方式，例如從氣體分子運動論或者晶格振動理論入手，然後根據這些定律進行推算，就可以把整個物體的性質得出來。這就是還原論的科學研究方法。
主持人：許多人對“還原論”這個名詞並不熟悉，您能否把它解釋得更通俗一些？另外，中醫用的方法是什麼呢？請您比較一下這兩類方法。
朱清時：我舉個大家都熟悉的挑西瓜的例子。許多人都有這樣的經驗：在買西瓜的時候，麵對一大堆西瓜，如何選出一個好的？這個時候有兩種辦法。
一是把它切開，看一看，嚐一嚐，判斷會準確。這就是還原論方法，其優點是容易借助工具，結論準確；缺點是一旦切開，西瓜就不再處於本來的狀態，有些東西已丟掉，至少切開後就不能再複原，空氣和微生物進去了，切開的西瓜很快就會壞掉。因此，很多人不願意用切開的方法。
如果不能切開，有的人根據經驗，仍然有辦法判斷西瓜的好壞。他們知道，西瓜是一個整體，其各個部分之間都有緊密聯係。因此，隻要仔細觀察外部的信息，如用手掂掂重量，拍拍聲音，看看顏色和瓜蒂形狀等等，就可以知道好壞。這類方法就是“整體觀”方法。中國傳統文化強調“天人合一”和事物的整體性，用的就是這種方法。
人體、地球、宇宙在認識論的角度上都類似西瓜，人類自古以來就有還原論和整體觀這兩類認識它們的方法。它們都既使用推理，又使用歸納法，隻是前者較多使用推理，後者更多使用歸納。它們都以實踐為檢驗理論的標準，它們的理論都經過了大量實踐的檢驗，因此它們都是科學。不同的是，還原論方法把複雜事物的整體進行分解，並加以抽象，然後研究得到簡單的基本單元，進而從這些基本單元的性質推出整體的性質。西方科學的主流就是使用這種方法。但是，持整體觀的人認為，複雜事物是不可分割的整體，對它進行分割和抽象會丟掉一些東西，這樣研究得出的整體性質並不真實。因此，他們堅持從整體上研究複雜事物。以中國傳統文化為代表的東方文化的主流，就是持這種觀點的。
主持人：許多人認為，近代科學技術的迅速發展已經證明了“還原論”方法的有效性，而近代科學技術沒有在中國誕生正是由於“整體觀”阻礙了近代科學技術的發展。您如何看這個問題？