（三）管理體製不順
目前，絕大多數地方都沒有設立一個統一的具有權威性的管理非公有製經濟的機構，致使政出多門，管理混亂。要麼多頭管理，“婆婆”太多，致使非公有製經濟步人公有製經濟發展的誤途；要麼無人管理，使許多很有前途的非公有製經濟企業因缺乏必要的生存條件而白生自滅。既有交叉，又有漏洞。由於非公有製經濟在管理上缺乏統一協調和統一指導，導致局部地區行業競爭力加劇，生產經營不穩定。如遇上企業效益好，大家爭吃“唐僧肉”；遇上效益下滑，遇到困難則很少有人過問和關心。同時，由於政出多門，各自為政，致使“六假”（假經營、假集體、假外資、假校辦、假殘疾、假知青）企業增多，導致的後果是產權不清，分配不公，有的企業被迫解體。
（四）法律保障不足
黨和國家為了鼓勵非公有製經濟發展，先後出台了一係列政策和法規，如1988年修改了憲法，明確規定“私營經濟是社會主義公有製經濟的補充”。國務院也頒布了《私營企業暫行條例》及與其配套的所得稅等法規政策。特別是黨的十四屆三中全會通過的《決議》，對非公有製經濟的政策作出了更明確的規定，指出國家對不同所有製應一視同仁。十五大又鄭重指出公有製為主體、多種所有製經濟共同發展是我國初級階段的一項基本經濟製度。所有這些無疑為非公有製經濟發展提供了法律和政策保障。但目前根據上述原則而製定的具體法律還不健全，如對私有財產和私營企業缺乏健全的法律法規保障；沒有係統的個體經濟、私營企業的法律法規，企業的效益分配問題及勞資關係以及社會保險等都沒有明確的法規。由於法律不健全，合法的私有財產得不到法律保障，致使個體、私營企業不僅要吃“老三亂”（亂攤派、亂罰款、亂收費）的苦頭，還要遭“新三亂”（亂吃、亂拿、亂搶）的劫難。
（五）宏觀調控不力
由於政府對非公有製經濟的發展缺乏整體規劃和宏觀指導，特別是由於非公有製經濟企業本身單純追求利潤，加上生產水平和實力的限製，以致非公有製經濟發展存在較大的自發性和盲目性。如服裝加工、百貨商場、餐飲娛樂行業遍地開花，有的經營效益並不理想，造成非公有製經濟重複投資比較多、資源浪費比較大、環境汙染比較嚴重。有的企業主為了追求高利潤，走捷徑，不顧人民群眾的安危與國家的利益，製造假冒偽劣產品等。這些問題不解決，非公有製經濟的發展必然受到限製。
（六）自身素質較差
非公有製經濟由於建立時間不長，相當多的企業效益低、質量差，從事流通領域的多，單一經營、家庭經營多，小本經營多，未形成生產型、科技型、外向型、聯合型。競爭是初級的，相當多的企業自生自滅，多屬自發經營，大都處於初始發展階段，存在許多不容忽視的問題。一是人員素質偏低。不少非公有製企業人員，無論是政治素質、文化素質還是經營管理水平，都不適應當前以至今後市場經濟發展的需要。二是內部管理落後。目前多數個體、私營企業都實行家族式經營，血緣關係超過業緣關係，經營、管理、決策權高度集中在業主身上，管理完全靠經驗，決策缺乏科學性，無規章製度，許多企業仍停留在手工作坊階段，缺乏適應現代企業和社會化生產的管理機製，這在資本積累、企業發展的初始階段尚可維持，但長期實行這種家族式經營會嚴重製約企業實現現代化管理。三是競爭力不強。目前大多數私營企業的生產經營行為存在短期行為，無意擴大再生產，規模較小，生產的技術水平、管理水平以及產品的科技含量比較低，急需上規模、上質量、上水平。此外，一些個體、私營企業主見利忘義，鑽國家和法律的空子，不少企業存在偷稅漏稅問題，缺乏職業道德，法律意識淡薄，不依法經營，腐蝕政府官員，欺行霸市，坑蒙拐騙，偷稅漏稅嚴重，既損害了國家和消費者利益，又損害了自身社會形象。