上次，從殯儀館驗屍回來，吳小麗告訴孔隊長，邱紹忠的妻子說，那不是她男人的屍體。第二天，車禍受害人的家屬把市公安局告上法院，訴稱公安局包庇肇事司機毀屍滅證。局領導向孔隊長下達命令，限期破案。
恰巧這時又發生了蓮花穀盜屍案，從表麵上看殯儀館丟屍案和蓮花穀盜屍案是南轅北轍，但孔隊長隱約覺得兩者有某種內在的聯係。他突然又想起，近一個階段交通事故超常增加，雖然采取了一係列預防措施，也遏製不住交通事故上升的勢頭。對此，孔隊長一直納悶，現在聯想起這一係列丟屍、盜屍案，他生出一種模糊的認識：某些交通事故很可能是一個陰謀！
午夜時分，孔隊長和吳小麗依約來到蓮花穀。剛才，駐蓮花穀的偵察員大木電話報告孔隊長，附近有個村子白天出殯，老拐子上午到死者家裏轉了一趟，並探問了死亡原因。中午老拐子家來了兩個人，三人一起吃酒，歡天喜地像過節似的。孔隊長說，毒蛇可能出洞，他要隊員們盯緊了，說自己馬上到。
到達目的地，孔隊長和吳小麗徑直向村西北角老拐子家摸去。老拐子家漆黑一團，沒有一絲動靜，一副人去屋空的樣子。孔隊長他們沒有在預定的地點找到偵察員，心下正在疑惑，突然不遠處傳來兩聲槍響。孔隊長拉著吳小麗尋槍聲跑去……
五、線索中斷，急尋他策
孔隊長和吳小麗在山道上跑了一陣，發現前麵不遠的山道上走來三個人，其中一個好像是腿腳不便，腳拖著地走路，發出“嚓啦嚓啦”的聲音。吳小麗眼尖，她道：“是大木和二龍，還押著一個人呢。”
“誰？幹什麼的？”對麵的人也發現了孔隊長他們，朝這邊喊。吳小麗急忙應道：“大木，我是吳小麗，孔隊也來了。”很快兩處人馬會合到一起。吳小麗用手電照過去，看到大木和二龍押著一個蓬頭垢麵的老頭。大木說：“孔隊，這就是老拐子。”
原來，夜裏十點多鍾，老拐子一行三人偷偷溜到後山墳場，瞄準白天剛堆起的新墳包就挖。大木和二龍藏在隱處一聲不響地觀看。一頓飯功夫，他們挖出屍體，裝入編織袋。老拐子扛著屍體下了山，後麵剩下二人回填墳包。
老拐子在山腳下學了三聲布穀鳥叫，叢林裏開出一輛小貨車。老拐子把屍體丟進後車箱，發出“嘭”的一聲鈍響。隻聽一個聲音道：“小心點，別碰壞了。”老拐子道：“放心吧，這家夥膘肥體壯，聽人講笑話笑死的。”那人給老拐子點錢。趁老拐子點煙的機會，大木記下了貨車的車號。老拐子道：“多給點兒，這位爺零部件都好著呢。”那人道：“已經不少了。”兩人又為價錢討價還價地磨蹭了一氣，最後那人又甩給老拐子一些錢，駕上車，也不開大燈，摸著黑一溜煙跑沒影了。老拐子大步流星地往家趕，嘴裏哼著下流小曲兒，“劉寡婦洗過澡，焦心地把心上人兒等，細想起那遝事兒臉紅耳又熱呀…… ”大木和二龍悄悄靠過去，不想二龍踩翻了一塊石頭，驚了老拐子，小曲戛然而止，那老家夥像一隻受驚的兔子撒腿就跑，被大木開槍示警，擦傷了小腿，才停下來。
孔隊長現場審問老拐子，老拐子擠牙膏似的交代了一些皮毛。孔隊長問老拐子把屍體賣給誰、拿屍體做什麼用，老拐子搖頭道：“這就不知道了，那年秋上，一個收購山貨的販子告訴我盜賣屍體發財，我就幹了，我每次有了貨，白天在牆頭放一盆花，晚上在下山的小路口交貨，別的一概不知。”孔隊長又問：“那接貨的人是誰？”老拐子道：“也不一定，經常換人，我也不敢問他們叫什麼、住哪裏，這是規矩。”
審問結束，孔隊長他們押著老拐子去抓拿另外兩個盜墓賊。
回到局裏，老拐子又交代了兩個重要情況，一個是每次盜屍前，都要看一看屍體的完好程度，越是完好的屍體越值錢。這印證了孔隊長和吳小麗的一種猜想，兩人相視會心地一笑。另一個是在那輛運屍車和司機的身體上，都裝有衛星跟蹤儀和遙控引爆裝置，一旦發現車子異常或司機不忠，就會被引爆，所以每次行動司機都非常謹慎。孔隊長倒吸了一口冷氣，暗暗慶幸大木他們沒有捉捕運屍車的司機。
這時，大木給孔隊長帶回一個令人失望的消息，那輛運屍車是一個大修廠的在修車輛，已丟失一年多了。案子剛有了一點眉目又陷入僵局，這使孔隊長感到很懊惱，吳小麗也是急得不行。
突然，孔隊長說：“有了，我有了一個好點子。”他把自己的點子說給吳小麗，誰知吳小麗頭搖得貨郎鼓一般，出口就是一連串的“不行、不行！”她朝孔隊長道：“虧你想得出，稍有差池白白讓盜墓賊發一筆外財，反正我不同意。”孔隊長卻斬釘截鐵地說：“不入虎穴，焉得虎子！”
六、孤膽英雄，勇赴虎穴
這天，蓮花穀附近張家村一個猝死的老光棍出殯，屍體入斂前，老拐子來到靈床前轉了一圈，掀開蒙屍布看了屍體，又打聽了死亡原因，然後向著哭啼啼的人說了一些勸慰的話，大搖大擺地走了。
當天晚上，老拐子帶著兩個人挖開墳墓，起出屍體裝入編織袋，丟進早已停在那裏的小貨車上……
這時，在市公安局遙控監測室的屏幕上，一輛小貨車在山路上快速爬行，身後揚起彌天塵霧……人們緊張地盯住大屏幕，眼睛一眨不敢眨。
老局長對吳小麗道：“你一定要把握時機打開‘基因鎖’，以便使孔隊長能夠適時開展工作。”吳小麗凝重地點了點頭，她深知自己責任重大，容不得一點失誤，因而緊張得渾身發抖。不知為什麼，這些日子孔隊長經常走進吳小麗的夢境，揮之不去，她不得不承認自己已暗戀上了這個離過婚的男人。吳小麗誓死不同意孔隊長隻身入虎穴偵察的方案，她認為他是在自尋死路，但她說服不了他，而局黨委竟同意了他的方案。這使吳小麗既緊張又無奈。
按孔隊長的方案，在自己身體內埋設“基因休克控製器”，提前關閉“基因鎖”，使他處於休克狀態，扮作僵屍打入盜屍賊的老巢，探明情況，然後將其一網打盡。這要把好兩個關口，第一是老拐子這一關，讓其假戲真做，驗屍盜屍賣屍，如常進行一絲不苟。第二是“基因休克控製器”這一關，遙控器必須控製自如，能夠適時打開“基因鎖”，開早了容易暴露目標，開晚了將會危及孔隊長的安全，一旦犯罪分子對孔隊長休克狀態下的“屍體”下了毒手，可就糟了，因此一點也馬虎不得。而基因的休克與複蘇都有一定的慣性，這更加大了控製的難度。
老拐子那裏的問題很快就解決了，給他講明了立功贖罪的政策，他表示一定積極配合公安演一場盜屍戲。當晚，老拐子被偷偷放回家，臨走時吳小麗在他身上安裝了衛星自動跟蹤儀，並安裝了一個自動引爆裝置，以防他動歪心。吳小麗把老拐子拉到“摹擬試驗室”，在大屏幕上演示了人體被引爆後，血肉橫飛的慘烈場麵，把老拐子嚇得屁滾尿流，發誓一定聽政府的，決不敢心存二意。
吳小麗來到“信息中心”打開萬能信息網，搜尋有關基因休克控製器的一切信息。信息證實，這一儀器已經成功地應用到了臨床治療惡性腫瘤，由控製器鎖住引發惡瘤的變異基因，直至萎縮死亡。吳小麗在網上訂購了一部質量上乘的基因休克控製器。
整個行動方案的每一個細節，都擺到局專家會議上論證過，任何一個那怕是極細小的漏洞，都被反複修改完善了。
“快看，到了 ……是虎頭山殯儀館！”吳小麗看著屏幕驚叫道。隻見車子開進虎頭山殯儀館，轉到假山後麵，假山自動開啟，車子駛進地下室。監測室裏的每一個人都瞪大了眼睛……
七、山重水複，陡現一村
市局馬上製定了一個嚴密周詳的行動方案，命令快速行動縱隊著便裝，立即趕到虎頭山殯儀館。
孔隊長隨電梯下降，在陰暗的大廳裏停住了。大廳裏陳列著無數水晶棺，裏麵的屍體隱然可見。吳小麗控製遙控器拉近鏡頭，景物逐漸放大。在場的人都驚呆了，吳小麗覺得胃腸蠕動得厲害，竟幹嘔起來。隻見一具具赤裸裸的屍體被浸泡在黃澄澄的液體裏，千姿百態。一個穿套頭白大褂的人，揮動剪刀鉸開了孔隊長的衣服……