時間：1999年11月——2000年04月。
中國第十六次南極夏季科學考察是在南極現場執行“九五”國家重點科學計劃（攻關）項目的最後一年，共安排科學考察項目10項，除國際GPS聯測外，其餘所執行的均為“九五”攻關計劃。
長城站科學考察：
GPS國際聯測執行：
南極夏季1月20日至2月20日國際全南極的GPS觀測。目的是針對大地形變開展的觀測研究，共取得30天的聯測數據光盤。
南設德蘭群島新生代研究。考察的目的是：①采集新生代火山岩樣品，為恢複群島的形成、抬升、剝蝕與環境變遷的演化過程收集野外資料。調查長城站火山機構的分布、形態、產物；②與韓國合作共同采集火山岩樣品，為研究海峽拉張積累資料；③對南安第斯山脈開展包括構造、沉積盆地、岩漿活動、礦產及火山岩同位素地球化學等方麵的調查。通過野外考察，獲取了大量寶貴的標本和資料，為深入研究創造了良好的條件。
站區自然界麵環境過程與全球變化專題考察。本次考察圍繞全新世表生地球化學過程進行，著重采集有關環境樣品和數據，目的在於探討不同高度上古新湖泊沉積所表達的氣候、汙染物、生物活動的環境演化過程及其環境事件。
站區環境影響評價長城站區環境影響。評價的目的是：①科學考察活動環境影響因子跟蹤識別、汙染源調查；②站區環境治理及環境管理措施評估；③站區水質、底質質量狀況監測評價；④環境評估公眾參與調查。除地質采樣因客觀原因未能按計劃完成外，通過現場考察和調查，所取得的樣品和資料將為長城站環境保護提供依據。
中山站科學考察站：
站區附近及近岸地區生態環境監測與研究。
該項考察屬於國家“九五”攻關第四專題的內容，以站區為基地，對站區及近岸地區常規生態環境因子進行係統監測，與第十五次隊的工作進行比較，做出階段性的總結。該次考察共獲取環境化學、環境生物學、大氣及其他常規要素67份樣品，194組數據，基本涵蓋了中山站區及近岸地區的環境生態現狀，為長期監測提供了背景資料。
站區環境影響評價。中山站區環境影響評價的目的是：①科學考察活動環境影響因子跟蹤識別與汙染源調查；②站區環境治理及環境管理措施評估；③站區水質底質監測評價；④環境評估公眾參與調查。通過現場考察和調查，針對存在的問題，提出了初步的改進建議，所取得的樣品和資料將為中山站環境保護提供依據。
風化殼和原始環境形成過程。該項目開展了兩項現場考察工作：環境中有機汙染物調查；企鵝傳染病調查。第一項的考察和取樣對象分別是：生物樣、岩土、水樣、固體廢物等。第二項完成部分現場采樣，因客觀條件限製，部分未能完成，樣品分析在國內進行。
全程臭氧和紫外輻射的監測和變化機製研究。通過安裝在“雪龍”船的高精度紫外輻射和地麵臭氧觀測儀器，獲取整個航線的資料，對中山、長城兩站的常規氣象觀測也進行了全麵了解，通過對資料的綜合分析，揭示紫外和臭氧變化規律，並與國內外和站上的同期資料相比，分析南極地區臭氧和紫外輻射的變化過程及其在全球變化中的作用。
格羅夫山綜合考察：
基本完成了預期的目標，主要成果和進展是：完成核心區110km2第一張1∶2.5萬地形圖；收集28塊隕石；采集了大量沉積岩轉石；發現並確認6條懸浮終磧堤；考察了分布在各島峰山體上的冰川；發現了係列古土壤（據了解該發現尚屬首次）；在藍冰區鑽設定位標杆；首次實施冰縫內部直接觀測並取樣；在核心區主峰大本營樹立了半永久性紀念標。
南大洋和普裏茲灣考察：
該考察是執行“九五”攻關計劃的最後一個航次，同時又是執行國家重點基金項目“南大洋碳循環”的關鍵航次，重點保證了“碳循環”項目的實施，在普裏茲灣著重於從陸隆與深海洋區之間的直達海底作業，完成了中美合作沉積物捕捉器的回收和重新布放作業，走航觀測按照計劃要求執行，取得了大量寶貴的資料和樣品。