為什麼最初的創業組合是5個人而不是3個或4個人呢？直到今天，才顯示出了馬化騰這個“方案”的明智和正確。試想，如果隻是馬化騰和張誌東、曾李青3人的話，這3個非常有自己獨特個性的人一旦遇到分歧，很容易一拍而散。而5人決策體係的建立，就很好地避免了這種情況的發生。
2001年後，隨著業務的做大，騰訊做了第二次組織結構調整：讓R線（研發線）和M線（市場線）並舉，其他職能部門形成支持體係的結構。R線由張誌東統帥，M線由曾李青帶隊。這個調整凸顯了曾李青和張誌東的強項和地位，同時也能起到相互製衡這兩個人的作用。
不過這個劃分也有其弊端，問題在於，哪些屬於研發範疇，哪些屬於市場範疇，多少還是有些劃分不清。因為很多產品並不是一開發出來就能賺錢的，如何平衡新產品的短期營收和長期回報之間的矛盾，本身就是個難題，所以這個劃分所起到的製衡作用是有限的。
不過基於QQ的會員業務增值項目，是最容易得到支持的。這個項目對張誌東和曾李青都是有關聯和觸動的，這也是為什麼這個項目第一輪被馬化騰槍斃掉還能通過的原因，因為還有另外兩位重量級人物在支持。
伴隨著薪酬體係的調整，騰訊在2006年後，又在內部組織結構上作了一次大的調整，“四橫四縱”的格局由此誕生。
“四橫”是4個支持體係，一個是行政職能部門體係，一個是運營維護支持體係，一個是創新研發體係，另一個是員工成長體係。“四縱”和資本市場息息相關，是4個產生正現金流的業務單元，分別為：互聯網增值業務、移動互聯網、網絡廣告和互動娛樂。
4個支持體係中，行政職能和員工成長體係屬於陳一丹的管轄範圍，運營和創新研發屬於CTO熊明華的管轄範圍。4個業務單元則由提拔上來的業務幹部以執行副總裁的身份來管，分別是劉成敏掌管移動互聯網業務、吳宵光掌管互聯網增值業務、劉勝義掌管網絡廣告業務、任宇昕掌管互動娛樂業務。
曾李青和許晨曄的權限伴隨著新的組織結構調整，開始變得模糊起來。新的業務體係中，陳一丹的權限得到放大，張誌東也得到更多對業務的主導權，特別是對產品端的推動。
2007年3月，劉熾平被任命為執行董事，權限大了許多。張誌東也為執行董事。相對來說，兩者之間有著明確的分工：劉熾平傾向偏成熟的、和騰訊即時通信平台（QQ）關聯不大的業務進行縱深（主抓網絡廣告業務單元，同時管互動娛樂業務單元），而張誌東更多的是與騰訊即時通信平台關聯較大的兩個業務模塊（主抓互聯網增值業務單元，同時管移動互聯網業務單元）。
但不論怎麼調整，馬化騰都牢牢地控製和掌握著騰訊的命運，這個不張揚、低調的潮汕小子一直處在騰訊發展的正中心，不曾偏離。
騰訊發獎勵股票，上千員工受益
騰訊公司於2009年7月10日晚間發布公告稱，將向1250員工授出818118萬股股票作為獎勵，並同時宣布一個約230萬股的購股權（期權）計劃，行權價為每股903港元。
據悉，此次騰訊將發出818118萬股股票，對該公司1250人進行獎勵，約占該公司現有發行股本的0453％，以及經配後繼續擴大的已發行股本的0451％。按截至當月13日的8705港元價格計算，騰訊此次用於員工激勵的股票總價值為712億港元，約合人民幣628億元。如果按照簡單平均分配，每個被獎勵員工將得到約50萬元人民幣的獎勵。新股配發後，獨立受托人將以信托方式先行為受獎勵人士持有該股份，當董事會授予獎勵條件滿足後，獨立受托人持有的股份須無償轉讓給受獎勵人士。
其中四分之一的員工都將得到公司股票的獎勵，這在已上市企業中已經很少見，在金融危機的背景下則更為難得。不過，關於騰訊此次重金激勵的具體細節目前尚未公布。
當然，平均計算的方式隻是一種調侃，事實上這些股票並非平均分配，“員工將按照不同的業績水平獲得獎勵。”騰訊一位內部人士對北京晨報記者表示，“得到獎勵的大部分是老員工，但也不全是老員工，還會包括一些業績突出的新員工。”騰訊表示，此次采取股權獎勵計劃，主要是為了更好地利用公司資源，嘉獎這1250名員工所作的貢獻。
此外，騰訊董事會還同時宣布授出230745萬份購股權，行使該購股權時按行使價每股903港元認購1股股份，購股權有效期為7年。
在全世界範圍的金融危機背景下，像騰訊如此大手筆的員工獎勵並不多見，這不僅說明騰訊對人才的重視，而且說明了騰訊公司的運營情況良好，巨額的激勵方式跟騰訊自身的財力有關，根據公司2009年一季度的財報，其總收入為人民幣25044億元，比去年同期增長748％，包括網絡遊戲、虛擬物品銷售等互聯網增值服務的收入為人民幣19046億元，比去年同期增長907％。