586年（至德四年），四十九歲
因所住靈耀寺過於偏隘，不便立眾安禪，乃移居光宅寺。後主於光宅寺舍身，大施僧眾，再請講《仁王般若經》。講畢，後主於大眾內起禮三拜，俯仰殷勤，以彰敬重。在寺為皇太子授菩薩戒，又為皇後沈氏取法名“海慧”。
587年（陳後主禎明元年），五十歲
於光宅寺詳細講述《法華經》。是年弟子灌頂二十七歲，聽取並記錄全部講解，後將講經內容整理成書，即為《法華文句》。
588年（禎明二年），五十一歲
楊堅任命其第二子晉王楊廣為行軍元帥，率賀若弼、韓擒虎等九十個行軍總管，士兵五十二萬，分八路進軍伐陳。
589年（隋文帝開皇九年），五十二歲
隋軍攻陷建康，後主被俘，陳朝滅亡。寺院遭毀，僧眾星散。智顗“策杖荊湘”，路途顛沛，止息於廬山。隋文帝三子秦孝王楊俊聞訊而遣使相邀，智顗示以“雖欲相見，終恐緣差”。
590年（開皇十年），五十三歲
隋文帝敕令智顗，以佛法配合隋朝政治。所謂“既已離世網，修己化人，必希獎進僧伍，固守禁戒，使見者欽服，聞即生善，方副大道之心，是為出家之業。若身從道服，心染俗塵，非直含生之類無所歸依，仰恐妙法之門更來謗。宜相勸勵，以同朕心”。
591年（開皇十一年），五十四歲
晉王楊廣在揚州致書累請，遣使招引。智顗“初陳寡德，次讓名僧，後舉同學”，三辭不免，乃以四願相約，前往揚州。晉王於金城殿設千僧會，請為己授菩薩戒。智顗授戒畢，又為之取法名“總持”。晉王則報以“智顗者”之號，故後世多名智顗為“智顗者大師”。授戒法會結束後，出居城外禪眾寺。
592年（開皇十二年），五十五歲
不日便欲還歸故林。晉王固請，答以“先有明約，事無兩違”。乃至“拂袖而起”，晉王不敢重邀，合掌送至城門。溯江而上，再上廬山，結徒行道。僧俗聞風而至，累跡相造。度夏畢，去潭州（治所在今湖南湘潭），轉赴南嶽以報師恩。後回故鄉荊州，以“答生地恩”。
593年（開皇十三年），五十六歲
於荊州當陽縣玉泉山建立精舍。隋文帝聞知，敕賜寺額，先名“一音”，後改名“玉泉”。又重修十住寺。在玉泉寺講說《法華玄義》，由灌頂記錄整理成書。
594年（開皇十四年），五十七歲
於玉泉寺講說《摩訶止觀》，由灌頂記錄整理成書。至此，“天台三大部”宣告完成。
595年（開皇十五年），五十八歲
晉王楊廣手疏邀請赴揚州傳法，曰：“戒為基址，信實行先，保解毗尼”，“即日欲伏膺智顗斷，率先名教，永泛法流，兼用治國”。不日再度邀請，曰：“智顗者昔入陳朝，彼國明試，瓦官大集，眾論鋒起。榮公強口，先被折角；兩瓊繼軌，才獲交綏；忍師讚歎，唯唱希有。弟子仰延之始，屈登無畏，釋難如流，親所聞見，眾鹹瞻仰。適承前往荊楚，講《法華經》，舊學名僧，莫不歸服。故知非禪不智顗，驗乎金口。”智顗頻辭不免，再度去揚州，住禪眾寺。並受晉王之托，撰《淨名經疏》。
596年（開皇十六年），五十九歲
春，以雅好泉石為由，辭歸天台，似有終老之意。曾立誓雲：“若於三寶有益者，當限此餘年；若其徒生，願速從化。”又告僧眾雲：“吾當卒此地矣，所以每欲歸山。”其時，吳民越俗掃巷淘溝，沿道令牧幡華交候。
597年（開皇十七年），六十歲
口授《觀心論》，隨語疏成，不加點潤。冬，晉王遣高孝信入山迎請。智顗奉命，隨使者成行。行至石城寺（今浙江新昌大佛寺），乃雲有疾。語其弟子智顗越：“大王欲使吾來，吾不負言而來也。吾知命在此，故不須進前也。”奉請進藥，曰：“病不與身合，藥何能遣？年不與心合，藥何所留？”又請進齋飯，雲：“吾生勞毒器，死悅休歸。世相如是，不足多歎。”又口授遺書七紙，與晉王別。即端坐大石像前入滅，時為十一月二十四日。世壽六十，僧臘四十。弟子遵師遺囑，歸葬於天台佛隴。