《百科全書》的價值遠不止於此，它不僅是那個時代的各門科學知識的總彙和社會生活各個側麵的縮影，更重要的，它是“百科全書派”手中的一種戰鬥的武器，或者像人們所說的，它是一部“戰爭機器”，一門“可怕的大炮”。狄德羅及其戰友們在前後二十幾年的時間裏卓有成效地使用它向封建製度展開了連續不斷的進攻，從政治到經濟，從哲學到宗教，從意識形態到社會生活，一切舊製度、舊傳統、舊觀念無不在掃蕩之列，無不給以猛烈的轟擊。正如恩格斯所說：“法國的唯物主義者沒有把他們的批判局限於宗教信仰問題，他們把批判擴大到他們所遇到的每一個科學傳統或政治設施；而為了證明他們的學說可以普遍應用，他們選擇了最簡便的道路：在他們因以得名的巨著《百科全書》中，他們大膽地把這一學說應用於所有的知識對象。”《百科全書》是為18世紀的法國革命做思想的準備的，它的曆史意義也就在這裏。（陳啟偉）
《百科全書》與啟蒙運動
法國的啟蒙運動，從18世紀初開始，經過半個世紀的發展，到“百科全書派”登上曆史舞台而達到高潮。《百科全書》的出現標誌著法國啟蒙運動進入了一個新階段。啟蒙運動的基本武器是所謂理性的批判精神，而其批判的主要對象則是宗教迷信和封建專製。“百科全書派”把這種批判貫徹得比他們的前輩更加徹底，他們把對宗教迷信的批判提到了唯物主義和無神論的高度，把對封建專製的批判提到了民主主義的高度。這種批判的主要表現在狄德羅等人的著作中，尤其是他們的《百科全書》中。他們的同時代人卡巴尼斯說得很對：《百科全書》是“反對宗教狂熱和專製暴政的神聖同盟”。
第一，《百科全書》把一切都放到理性的法庭麵前裁判。
18世紀的啟蒙思想家喜歡說他們所生活的時代是“理性的時代”或“哲學的世紀”。所謂理性，在這裏不僅是指認識過程中與感性相對應的另一個認識階段或認識方式，而是指與宗教信仰相對立的人的全部理智能力。狄德羅在《百科全書》的“理性”一條中指出，理性除了其他的含義之外，有兩種含義是與宗教信仰相對而言的，即一是指“人類認識真理的自然能力”，一是指“人的精神不靠信仰的光亮的幫助所能夠自然達到的一係列真理”。在中世紀，這種自然的光亮被宗教的黑暗統治湮沒了，愚昧、迷信、偏見支配了人類精神一千年。現在，啟蒙思想家們就是要用人類固有的自然的光亮——理性去啟迪人類，使之從中世紀的宗教蒙昧的迷夢中醒過來。啟蒙思想家都堅信這是人類精神的一場偉大革命，之所以是一場革命，就在於人們是以哲學即理性的名義去反對長期以來盤踞在人們頭腦中的一切舊傳統和一直被視為神聖的權威。狄德羅等人都以飽滿的熱情大喊大叫要以理性的尺度去重新審查一切、衡量一切、批判一切。
第二，《百科全書》是對教會統治和宗教迷信的批判。
法國是舊教的國家，天主教會與封建專製統治緊密地結合在一起。在18世紀革命以前，僧侶在法國社會中與貴族並列為社會的特權等級。教會和教士在政治上思想上都是最頑固最反動的力量。因此，《百科全書》在大量的詞條中對教會和教士們的黑暗反動的本質和罪惡作了充分有力的揭露和抨擊。
天主教會宣揚教權來自上帝和基督，神聖不可侵犯。狄德羅在“等級製”一條中對天主教會的封建教權作了曆史的追溯，指出所謂教會和教皇的權力來自上帝、是耶穌基督所規定的等等鬼話是毫無根據的。他認為教權不是永恒的，“創造了它們的權力也可以消滅它們”。
狄德羅對於中世紀以來宗教迫害的暴行做了無情的揭露和痛斥。所謂宗教迫害就是“統治者本人或者讓人們以他的名義對那些在宗教問題上與他持有不同意見的人實行暴虐的壓迫”。他認為，其實迫害隻能使人成為不說真話的“偽君子”，而“決不能使人改變信仰。”不僅如此，迫害的結果還可能導致迫害者自己的垮台。狄德羅對教士們敵視科學、敵視理性的宗教狂熱和反對社會進步的頑固的反動的嘴臉也做了淋漓盡致的揭露。他說，教士就是專門以搞宗教迷信為業的人，這種人是很難服從良好的社會秩序的。《百科全書》中對基督教的許多教條、教規和儀式以及其他宗教的迷信觀念都有所揭露和批判。狄德羅在有的地方甚至用毫不含糊的語言大膽地向一切宗教宣戰。