人們通常把湖水含鹽量小於1‰，或者礦化度小於1克/升的叫淡水湖；含鹽量在1‰～3‰，或礦化度在1～3克/升的叫微鹹水湖；含鹽量在3‰～35‰，或礦化度在3～35克/升的叫鹹水湖；而含鹽量大於35‰，或者礦化度大於35克/升的稱為鹽湖。
沙漠地區湖泊如有可靠水源，尤其是地下水源的補給，一般水質較好，大多數為礦化度小於1克/升的淡水，如騰格裏沙漠的高璃瑪海子，敦煌鳴沙山中的月牙泉，塔克拉瑪幹沙漠東北部靠近塔裏木河下遊一帶的賽特庫裏、巴什庫裏、彥格庫裏和烏魯克庫裏等。但是，沙漠地區多數湖泊沒有可靠的足夠水源補給，加上氣候幹旱，湖麵蒸發強烈，鹽分不斷積累，湖水礦化度越來越高，因而成為鹹水湖，甚至鹽湖。一般湖水礦化度可達5～10克/升，有的可高達100克/升以上。如巴丹吉林沙漠巴丹吉林廟以東的他馬義克海子，礦化度為8.64克/升；騰格裏沙漠西部的嘎順諾爾的湖水達87克/升；塔克拉瑪幹沙漠的台特馬湖、羅布泊，大都在100克/升以上；吐魯番盆地的艾丁湖，湖水麵低於海平麵154米，是中國最低的湖泊，湖水礦化度在夏季高達210克/升。
淡水湖的湖水可供飲用和灌溉，而且可發展養殖，成為漁業生產基地。鹹水湖的鹹水一般人們不能直接飲用，工農業生產也不能大量地直接利用它。目前，科學技術的成就雖可以使鹹水淡化，有些地方利用鹹水灌溉農田的研究實驗也已獲得成功，但這些都還隻是處在剛剛開始的階段。鹹水雖然不能直接為人們所利用，但它能滋潤沙地，有利於耐鹽植物的生長，使濱湖的沙丘一般多處於固定、半固定形態，對沙漠的治理有利。
中國沙漠中星羅棋布的大小湖盆以及湖濱地區，總是生長著豐美的花草，成為牛羊的天然牧場，它是千百年來沙區少數民族生息的場所，被稱之為沙漠中的顆顆明珠。