2013年中共中央、國務院頒發的“一號文件”也明確提出，要“提升食品安全水平”，就是說不光要吃得飽、吃得好，還要吃得安全、綠色，減少農產品生產中化肥、農藥的使用量，禁止使用劇毒和殘留期長的農藥。這就迫使農業生產中要更多地采用新的無公害生物技術、低毒無害的有機方法和農藥，來為農產品防病、治病。這種轉變也需要通過專業合作社來實現。現在，不少合作社已經注意對入社農戶加強這方麵的培訓，提出統一的生產管理標準，以充分保證農產品的食用安全和質量。
例如，黨參一直是甘肅省的傳統名牌中藥材。但近年來，世界上不少植物藥大國都製定了更為嚴格的中藥材二氧化硫限量標準，其中以韓國最為明顯。而省內很多地方的黨參收獲後，為便於保存都采用傳統的硫黃熏蒸方式來防黴防蛀，結果因二氧化硫超標而嚴重影響了甘肅黨參在國內外的銷售。《南方周末》等媒體還曾經專門進行了報道。渭源縣白條黨參農民專業合作社按照甘肅省地方標準DB62/T824-2002《定西地區無公害中藥材黨參生產技術規程》、DB62/816-2002《定西地區無公害中藥材黨參質量安全》，生產、精選，並采用現代真空保鮮技術加工黨參，產品直接由合作社社員生產，合作社統一收購、統一加工，避免傳統的硫黃熏蒸及有毒有害農藥汙染，完全符合國家綠色中藥材的標準。合作社生產的“老白條”牌無硫黨參暢銷國內，遠銷日本、韓國、泰國、新加坡、美國及港、澳、台地區；在市場上的銷售價格一般比含硫黨參高出20%—30%。
（四）形成品牌，促進銷售
要讓農產品賣出好價錢，不僅要提高、保證農產品的質量，同時還必須打造屬於自己的品牌。在現代市場經濟中，品牌就是一種農產品本身產量和質量穩定的保證、標識，是農產品在市場上能夠暢銷的通行證。農產品有了好的品牌，會吸引更多的人來購買；還能比沒有品牌的同類產品賣出更高的價格。
既要提高農產品的質量，還要打造品牌，對於一家一戶進行生產的農民來說，難度非常大，成本也極高。如果有了專業合作社，這些難題就有可能得到解決。就拿隴西縣的弘泰馬鈴薯購銷專業合作社來說，他們注冊了“弘泰”品牌，還進行了無公害馬鈴薯生產基地和無公害馬鈴薯產品的認定。在省內主要以“農超對接”為主要營銷模式；在省外主要以代理形式進行營銷，已經在全國設立8個銷售總代理，產品遠銷上海、廣東、山東、湖南、河南、四川等省市的20多個大中城市，深受消費者喜愛。
天水市麥積區綠旺葡萄種植專業合作社采取了“合作社+社員+基地+市場”的運作模式，采用統一管理、統一培訓、統一農資采購、統一銷售的管理機製。針對葡萄生長過程中出現不同程度的病害和死苗、掛果率低等問題，合作社積極采取措施，成立病蟲害防治小組，加強病蟲害防治，保證葡萄質量。合作社嚴格農戶入社的規範要求，采取無公害生產，並與葡萄種植戶簽訂《葡萄無公害栽培責任書》，嚴禁使用硝態氮肥和催熟劑、增紅劑等高毒、高殘留農藥，以確保合作社所產葡萄的食用安全。合作社通過加大對社員及果農葡萄栽培科學技術的培訓力度和規範要求，使葡萄質量有極大提高，連年被農業部綠色發展中心檢測為“A級綠色食品”並獲得認證，成功注冊了“下曲葡萄”商標。
（五）統一采購，降低成本
合作社發展到一定規模，就可以由專業的技術人員統一向生產企業訂購優質的種子、化肥、農藥、地膜等，而且可以與企業和供貨商討價還價，按照比市場上零售價便宜許多的批發價格批量購買這些農業生產資料，由企業或供貨商送貨上門。再由合作社直接發售給社員和農戶。這樣既保證了農資的質量，也方便了農戶，而且可以降低生產成本。這就比一家一戶單獨采購要好得多。