又如有的本草認為“黃精即鉤吻”，“旋花即山薑”。黃精是一種補藥，無毒，鉤吻卻有劇毒；旋花與山薑也是兩種不同的植物，分屬旋花科和薑科。這些東西怎麼可以互相混淆呢?
曆代諸家本草“似茲之類(的錯誤)不可枚舉”。藥搞錯了，盡管醫生處方開得再好也還是不能治病，甚至會因此引起醫療事故，所以這些錯誤都需要及早加以糾正。
同時，從《證類本草》問世到李時珍生活的時代，已經過去四個多世紀了，這四百年來本草學仍在繼續向前發展。
在與疾病作鬥爭中，一些醫家積累了豐富的經驗，在古代醫學的基礎上，有了新的收獲。金、元時期有四大醫家聞名於世，他們是：主張用寒涼藥的劉完素，常用攻下藥的張從正，擅長用補養脾胃藥的李東垣，研究滋陰降火藥的朱丹溪。他們提出了不應當盲目搬用古方的觀點，指出了舊醫書和本草的許多訛誤不足之處。四大醫家研究新藥理，推廣新藥效，發現新藥物，討論如何組成新的有效方劑。他們的學術爭鳴對李時珍的思想產生了深刻的影響，更增強了他重新修訂本草的意願。
另外，宋元時期海陸交通日益發達，對外貿易超過了唐朝。1973年，考古人員在福建省泉州灣發現了一艘宋元時期沉沒的海船，船艙中除有大量古銅錢和瓷器外，還發現了許多藥物，如沉香、檀香、水銀、朱砂、胡椒等。可見那時我國與國外醫藥學交流已經相當發達。
元朝時，由阿拉伯邀來了醫生，在北京開設了“回回藥物院”，並且翻譯 了阿拉伯醫藥書籍《回回藥方》。
明朝時，鄭和七次奉命下西南洋，最遠航行至非洲東岸，帶回了蘆薈、乳香等外國藥材和許多國外的醫藥學知識。
隨著本草知識的日益豐富、發展，舊本草早已不夠用了。應當早日有一本新的本草問世，來全麵地總結祖國本草學的新認識、新經驗，以提高醫藥學的水平，更有效的為人們治病。
曆代本草許多是由當時的封建朝廷主持修訂的，如前麵談到的《新修本草》、《開寶本草》、《嘉祜本草》。但李時珍所處的時代，如嘉靖皇帝和萬曆皇帝這些明朝統治者，一心隻想煉丹求仙，長生不老，對重修本草卻不熱心。重修本草的工作已經迫不及待了，李時珍毅然決定，由自己獨自承擔起這一艱巨的工作。
明嘉靖三十一年(1552)，李時珍開始編寫《本草綱目》，這一年李時珍是三十五歲。
前麵提到，李時珍曾經多年掌管過楚王府的良醫所，這使他有機會飽覽了王府所藏許多民間難得的醫藥書籍。此後他到太醫院任職，太醫院的生藥庫裏保存著各種民間稀有的珍貴藥材，圖書資料也更豐富。這些都是李時珍編寫《本草綱目》時極有參考價值的資料。但是太醫院的許多醫官隻知道一味地討好皇家，沒有多少真才實學。這樣的環境對他從事《本草綱目》的編寫工作，沒有什麼好處。任職一年以後，他終於棄官回鄉了。
北京離李時珍的故鄉蘄州有幾千裏路。李時珍在南歸的路上還念念不忘本草，隨時為重修本草收集材料。他在旅途中看到北方的車夫常常帶著一種叫旋花的粉色小花，於是就向車夫作了調查。車夫告訴他，這是“暮歸煎湯”飲用的。因為他們是幹力氣活的，這草每晚煎湯飲下，可以舒筋活血，補氣長力。於是李時珍記下了車夫的話，以後並在《本草綱目》中寫道：過去醫書中旋花能“益氣續筋之說，尤可證矣”。