三十七年正月，倭仍連艘環泊梅花、定海等處，戕殺男女，備極慘毒。所掠富家兒，揭名於路，令以數百金行贖則放還。沿海廬舍，焚燎一空，春燕歸，巢於林木。
三月，詔錦衣衛官校逮係巡撫福建右副都禦史阮鶚赴京，以言官劾其刮民間金帛賂賊故也。阮自浙參政超拜其地巡撫，尋移鎮閩，實意不在兵，未一年所費閩庫銀六十餘萬。
夏四月，閩各縣李樹上生桃，福清縣有豬蛻彀色如丹。
四月，倭蹂連江，逾北嶺，複逼會城，轉攻福清縣，陷之。執知縣葉宗文，劫庫獄，殺虜男女無算，焚官民廨舍一空，訓導郭中涵、舉人陳見死焉。
三十八年，倭由福寧寇福州，城門晝閉，遂掠近郊，陷永福而遁，義士謝介夫戰死。介夫，長樂人，故吏也，好勇喜俠，前歲倭屯城南門外，日暮酒酣，皆投戈熟寢。介夫結死士欲夜襲其營，阮巡撫意在和倭，乃痛箠之。介夫既挫，村野居民雖得賊首級，無敢報矣。阮巡撫逮去，有司複遣介夫追賊，竟為所殺。時有福清夏叔慎亦戰死。
五月，倭攻福清，巡按禦史樊獻科劾巡撫都禦史王詢、參將黎鵬舉失律，奪俸抵罪有差。
三十九年，倭舟尚屯沿海，劉巡撫燾下令大開城門，往來不禁，親率兵追賊於閩安鎮。劉精騎射，家蓄健兒數十輩，俱習戰。賊素懾其威名，遁去。
四十年，倭寇泉州，分其黨圍福清。廣兵王鳳等作亂，自江西渡關，欲乘虛窺福州，至茶洋，聞有備，不敢下，劉巡撫單騎諭之，還所虜男女七百餘人。
四十一年正月朔，地震有聲。三月，三衛軍郭天養等作亂。先時，巡撫囗震得遣兵往古田山寇，通判彭登瀛與指揮王毫爭禮不相得，師旋無功。彭通判委罪於指揮，巡撫怒，斬隊長四人。三衛軍因閱校場，大嘩，侮辱監軍副使汪道昆，圍之，自旦至暮。馬侍郎森、陳參政元珂出諭乃定。
八月，倭攻福清，圍未解，遊巡撫告急於浙江，總督胡宗憲遣戚參將繼光率戴都司衝霄、把總胡守仁等兵萬人，由間道趨閩。戚禦兵有律，所過秋毫無犯。福清民大悅，家具簟食餉兵，人屯於城，夜半出擊賊，斬首千餘級。賊退屯牛田，泥塗數裏，以官軍不能至。繼光忽下命人負草一束，將領不知所為，明晨疾馳賊營，以草填地。賊愕，奔遁，赴逕江，死者萬計。
十月，衛軍郭天養等再作亂。以藩司勾算月糧，眾噪聚鼓樓前，公署皆閉。天養等益驕，突入龔祭酒用卿家，斧其柱。莆田黃侍郎太用新構將軍山居，毀之。馬侍郎森複出諭，乃散。
四十二年，大將戚繼光大破賊於興化。既解其圍，遂分別將趨福州，合擊長樂賊，破之，斬首二百餘級。倭屯海上者盡遁，殘寇五百，由北嶺窺會城，千總胡世兵驅之，多赴海死。先時，倭為閩患累年，華亭徐相公憂之，薦劉巡撫，又不合於嚴相，病免，閩亂益滋。山寇起，衛兵驕，人情洶洶，莫保其生。至是徐相得專政柄，適倭陷莆，乃與兵部楊尚書博，謀超拜譚參政綸為禦史大夫，又以巡按福建禦史李邦珍屢薦戚繼光戰功，用為總兵，發南京庫帑二十二萬兩助餉。譚巡撫至，以戚麾下千人自衛，始申法令。時糧儲為戚囗囗召亂軍郭天養囗之，三衛股栗。山海諸寇，遣諸將以次討平。由是流亡複業，閩人始甘食其土矣。故議者謂勘定禍亂，雖諸將戮力，若非仰賴世皇帝之知人善任，其成功未必若是之速也。蓋真所謂：“其備不在邊疆，而在囗朝廷”雲。
四十五年正月朔日，地震。
隆慶元年，詔蠲福州府逋稅。
萬曆二年八月，晝暝，空中有聲如雷，地大震，方山巨石墜於田。
五年，巡撫龐尚鵬奏蠲福州府軍餉未輸者數萬兩。
六年五月，大水，侯官、懷安稼損十之八。是秋大旱。
七年正月，丈量官民田畝。先是升平日久，田畝衝崩及裏胥飛灑，各縣浮糧難以數計。巡撫劉思問奏請丈量，報可，乃沿丘履畝，逐一清丈。然奸猾舞文，其害尤甚。不過取足原額而已，閻閭之病未廖也。
三月，裁懷安縣，並入侯官縣。
六月，新作貢院成。六年，給事中蕭崇業冊封琉球，暫為使館，家人弗戒，毀於火。至是重建東西號舍，始改砌以磚。
十八年正月，不雨至八月。
十九年夏，大旱。
二十年三月二十五日，有星隕於閩縣東南者三。
二十一年，閩縣知縣王仰為家奴毒死，仰子廷試手殺家奴三人於城隍廟。