海馬繼《閩中海錯疏》之後，李調元(字雨村，四川人)於乾隆年間(1779)著《然犀誌》二卷，記廣東水產近百種，記其形狀，考其出處，一一精細備載，也很可觀。例如記“海馬”：“其首如馬，其身如蝦，其背佝僂，有竹節紋，長二三寸，雌者黃色，雄者青色。”也很生動，可與現在海馬圖相對照。書內還引徐衷《南方異物誌》的記載雲：“海魚，有魚狀如馬頭，其喙垂下，身黃或黑，海人捕得摹幹，以備產患。”也有價值。又清代經學兼博物學家郝懿行著有《記海錯》一卷(1874年)，追記所見海產動物40餘種(包括海帶一種)。特點是注意考證，文筆精煉。例如記“望潮”(蟹)：“海蠕間泥孔漏穿，平望彌目，穴邊有一小蟹，跂腳昂頭，側身遙睇，見人歘入，……”於海天泥沙生境中記海蟹形態活動曆曆如繪，生意盎然，令人神往。記“海盤纏”：“大者如扇，中央圓平，旁作五齒歧出，每齒腹下皆作深溝；齒旁有髯，小蟲誤入其溝，便作五齒反張，合界其髯，夾取吞之。既乏腸胃，純骨無肉。背深藍色，雜以頳點……”形象逼真，活動如實。郝氏還記了“魱鮥魚”“鱗有異彩，入夜光明”的特點，糾正了王漁洋以何羅魚為鰣魚之誤。在郝氏稍後，1886年郭柏蒼根據自己數十年在海濱的親見，加上采詢老漁民的經驗，還證之古籍，寫有《海錯百一錄》五卷。卷一卷二記漁，寫捕魚工具及捕魚方法，兩卷共記魚174種。卷三記介、殼石121種。卷四記蟲30種(另附記海洋植物24種)，補充和豐富清代以前諸書的內容，所記多為實際觀察記錄，采用民間資料也較多。例如記鯊就達25種之多，首先列舉“其皮如沙，背上有鬣，腹下有翅，胎生”的特點，然後根據身體大小、頭部尾部特點、體紋體色等加以區分。共記有：海鯊、胡鯊、鮫鯊、劍鯊、虎鯊、鮈鯊、黃鯊、時鯊、帽紗鯊、出入鯊(以仔鯊從母口出入而名)、吹鯊、秦王鯊、烏翅鯊、雙髻鯊、圓頭鯊、犁頭鯊、鼠鯃鯊、蛤婆鯊、泥鰍鯊、龍文鯊、扁鯊、烏鯊、黃鯊、白鯊、淡鯊、大鯊、乞食鯊等。卷五記海鳥、海獸、海草。《海錯百一錄》堪稱海洋生物全誌。
明清魚類專書中，以明黃省曾(字勳之)的《種魚經》較早(約1582)，其中對《陶朱公養魚經》的魚池設計作了進一步補充和改進：在魚池中作島，環島植樹，頗有人工生態係統意味。書中分列18種淡水魚類(如鱘鰉、鰳魚、石首、銀魚、鯽魚等)加以記述。稍後，有明楊慎(升庵)撰、胡世安補的《異魚圖讚》、《異魚圖讚補》和《異魚圖讚閏集》，特點是以韻文形式寫作，語言十分簡練。例如記“八魚異性色”僅用了16個字：“鰋偃、鯉俯、鱧圓、魴方、青、鮮赤、鰻白、鰭黃。”頗能抓住主要特征。記“烏鰂”：“魚有烏賊，狀如算囊，骨間有髻，兩帶極長，含水噀墨，欲蓋反章。”既記形態，又記生理，還對烏賊吐墨行為作了描述。全書記魚類110餘種，其他水生動物(龜、鱉、蚶和哺乳動物鯨、海牛等)近30種，對鯨的自殺行為亦有記載：“東海大魚，鯨鯢之屬，大列如山，其如屋，時死岸上，身長丈六，膏流九頃，骨亥棟不……”《補》和《閏》集引用典故較多，種類也有所補充。顧起元(1573～1619)寫有《魚品》，所記都是江東地區水產數十種，文字簡明。另外福建發現乾隆八年(1743)抄本《官井洋討魚秘訣》，記錄了當地漁民的捕魚經驗，對官井洋的暗礁位置和魚群早晚隨潮汐進退方向以及尋找魚群的方法都有詳細記錄，很有實用價值。還有清·陳鑒寫有《江南魚鮮品》記鯉、鱗、鱸、鱖、鱧、鮪等淡水魚類18種，均有形態描述，但側重食用價值。另外《漁書》和《魚譜》兩書，雖有著錄，但都已佚失。
綜上可見，我國古代魚書(包括所有水生動物)，明清數目較多，記述較詳，有不少發現，其中不少種名為現代所沿用，分類方法亦有所進步，有些關於魚類生理習性的記載頗有價值。一些淡水魚類飼養和海洋魚類捕撈的生物學原理和方法，值得我們做進一步研究、繼承和發揚。我國海域寬廣、河湖眾多，水生動物產量和飼養量均位世界前列，尤其是魚文化源遠流長，在世界文化史上呈奇光異彩，應特別珍視促其發展。昆蟲研究的發展
元明清時期，對昆蟲的研究有了進一步發展。
對昆蟲形態習性的深入了解
李時珍在《本草綱目》中對蟻、蠅的生活史有描述：“蟻，處處有之，有大小黑白黑赤數種。穴居卵生。其居有等，其行有隊，能知雨候。春出冬蟄，壅土成封…其卵名蚳…”；“蠅，處處有之，夏出冬蟄，喜暖惡寒。…其足喜交，其蛆胎生。蛆入灰中蛻化為蠅”。對蟻、蠅的習性和生活史說得很清楚。但是李時珍說蠅蛆胎生是不正確的。蠅蛆實際上是由體外蠅卵孵化而成的，隻是蠅卵小不易為人察覺。李時珍和另一著名學者王夫之對持續長達千年之久的蜾蠃之爭，作了科學的結論，後者在《詩經稗疏》(1692)中說：“蜾蠃之負螟蛉，與蜜蜂采花釀蜜貯以食子同。物之初生，必須飼於母；胎生者乳，卵生者哺，細腰之屬則必貯物以使之自食，計日食盡而能飛……蟲非能知文言六蘭者，人之聽之，仿佛相似耳。物理不審，而穿鑿立說，釋詩者之過。”
清·趙學敏在《本草綱目拾遺》(1756)中，對水黽、龍虱、蜜虎(燕尾天蛾)作了形象的描述。段玉裁在《論文解字》(1807年前)中記：“蛓，按今之刺毛蟲是也，食木葉，體有棱角，有毛而彩色，能螫人……其老而成蛹，則外有殼如雀卵，《本草經》謂之雀甕，或出成蛾，放子如蠶子。”把刺蛾的生活史也說得很清楚。