明代楊慎著有《異魚圖讚》四卷。卷一、卷二記魚類，卷三記有烏鰂、鯨，卷四記其他水生動物。共100餘種，是較早的水生動物專著。1567年至
1572年清代俞茂鯤在《痘科金鏡賦集解》中說：“種痘法起於明朝隆慶年間寧國府太平縣”，並“由此蔓延天下”，說明最遲到16世紀中葉以前，中國已經發明應用種痘法。1578年醫藥學家、博物學家李時珍，著成《本草綱目》這部世界名著。全書52卷，約19萬字，分部14、類60，記藥物1892種，插圖1160幅，附方11096則。對每種藥物以“釋名”確定名稱；“集解”敘述產地、形態、栽培及采集方法等；“辨疑”、“正誤”考訂藥物品種真偽和糾正曆史文獻記載的錯誤；“修治”說明炮炙法；“氣味”、“主治”、“發明”分析藥物的性味與功用，該書係統地總結了中國16世紀以前的藥物學成就，而且對動、植物的分類、生理、生態和遺傳等方麵也都有論述。1596年明代屠本畯根據自己在福建地區的觀察寫成《閩中海錯疏》。全書分三卷，共記水產動物200多種中以海產經濟魚類為主(有少數淡水種類)。
明代張謙德在他所著《殊砂魚譜》中，記述了對殊砂魚(金魚)大規模選種培育新品種的情況，表明當時人們已經對金魚進行有意識的人工選擇。1607年至
1641年明代徐弘祖(號霞客》傾畢生精力進行地理考察，探索自然奧秘，足跡遍及中國，寫成《徐霞客遊記》。書中記有珍奇植物約130種，菌類9種，動物約50種，其中魚類18種，昆蟲和鳥類各6種，猿3種，鼠類4種，蛇類2種。他在考察生物時，特別注意生物與環境的關係。研究涉及海拔高度與地理緯度、溫度和風，以及地形對植物生態和分布的影響。1621年明代王象晉著《群芳譜》。全書28卷，分為天譜、歲譜、穀譜、蔬譜、果譜、花譜、卉譜、鶴魚譜等十二類，每譜先列小序，說明寫譜意圖，再列首簡，說明本譜要點，記曆史文獻，再記植物形態特征。《群芳譜》所選取的植物種類多、範圍大、數量大、記述詳實，是植物譜錄的新發展。1630年徐光啟在《除蝗疏》中，揭示了蝗蟲的生活史和蝗卵的發育環境條件。並提出了消滅蝗卵，改造蝗蟲滋生地的防治措施。1637年據宋應星《天工開物》記載，明代杭嘉湖地區蠶農已知道利用一化性雄蠶和二化性雌蠶雜交獲取雜交種，供夏蠶生產使用。1642年吳有性在《瘟疫論》中，提出了感染戾氣和機體功能狀況不良，為機體發病原因的新觀點。它使人們對傳染病的認識大大提高了一步。1670年明末清初王夫之在其所著《思問錄·外篇》中提出：“質日代而行如一…肌肉之日生而舊者消也。人所未知也。人見形之不變而不知其質之已遷……”這裏是以肌肉為例，說明形態雖然沒有變，而物質組成實際上已經發生了變化。“日生”而“舊者消”說明物質代謝更新是不斷進行的，這裏顯然包含了生物體新陳代謝的基本概念。1688年陳子著《花鏡》。全書把觀賞植物分為三類：花木、藤蔓和花草。基本是按木本、藤本、草本特點分類。共收記295種植物，所記18種種植方法，多是根據對觀賞植物生長發育的生物學特點而采行的，如扡插、嫁接、雜交、選擇以及盆景製作、瓶花培養等。是繼《群芳譜》後的又一觀賞植物專著。1700年屈大均《廣東新語》記載，廣東農戶已知道利用魚類不同食性，進行四大家魚(青魚、草魚、鰱魚、鱅魚)混養。1708年汪灝主編《廣群芳譜》問世，全書共100卷，其中穀譜記穀類、豆類43種，桑麻譜記纖維植物10種，蔬譜記蔬菜類140種，茶譜記茶3種，花譜記觀賞植物花234種，果譜記食用果類150種，木譜記樹木241種，竹譜記竹類6種，卉譜記草本植物191種，藥譜記藥用植物527種，共1545種。是中國近代以前最大的一部經濟植物譜錄。18世紀初期據《康熙幾暇格物篇》記載，康熙帝以單株選種法(一穗傳)，選育出“早熟”、“高產”、“氣香而味腴”的水稻良種——禦稻。李元著《蠕範》一書，專門記述有關動物的知識。全書共八卷，記有420種動物的材料，廣泛探討有關動物形態、生理、生態及應用諸方麵的問題。1830年清代醫學家王清任，通過對屍體的實際觀察研究，著《醫林改錯》一書，糾正了一些前人在人體解剖學上的錯誤認識。1848年句曲山農作《金魚圖譜》，全書分原始(考證起源)、池畜、缸畜、配孕，養苗、辨色、相品、飼食、療疾、識性、征用等項，記敘較詳。配孕裏提出：“咬子時，雄魚須擇佳品，與雌魚色類大小相稱。則生子天全而性純。”就是指金魚交配時，要選擇性狀大小相稱的親魚，進行交配，以提高效果。
吳其濬著《植物名實圖考》，收載植物1714種，插圖1865幅。所記植物比《本草綱目》多出519種，其中許多是中國南方或邊疆地區植物。對於每種植物的描述，包括形態、顏色、性味、用途和產地，尤其注意同物異名或同名異物的考訂。該書所附插圖大多是在植物新鮮狀態時描繪的，而且很多是將根、莖、葉、花全株繪下，能充分反映植物特征，有的可資以鑒定植物到科、屬，甚至到種。1851年英國醫生哈信和中國學者陳修堂合作編譯《全體新論》一書，介紹西方近代人體解剖構造和生理知識。1858年我國學者李善蘭和英國學者韋廉臣根據英國植物學家林德利(1799～1865)的有關植物學著作，合作編譯出版了《植物學》一書，這是我國介紹西方近代植物學基礎知識的第一部譯著。在這部譯著中李善蘭結合中國傳統文化，創譯了許多名詞術語。例如“科”、“植物學”等等。1886年郭柏蒼著《海錯百一錄》，記福建沿海動植物400多種。其中動物360多種，植物40多種。1898年嚴複《天演論》介紹了達爾文進化論“物競”“天擇”思想，在中國學術界產生了深遠的影響。二、古代生物的淵源二、古代生物的淵源