他在婺源結識了一位任教諭的夏著了一部《述朱質疑》，對朱陸異同，辨析頗精。左宗棠也講朱子之學，和他很談得來。夏？不僅和他討論學問，又懂兵法，每天到營幕來，常和他談論些作戰機宜，又為他籌辦軍糧。左宗棠在婺源住了3個月，為人民吊死扶傷，與婺源人相處很好。臨行時，婺源士民送萬民傘和旗牌的絡繹不絕。後來夏？還常和他聯係。 幾個月後。左宗棠軍收複遂安，夏？寫信給他說：“鉞下以五千士卒，當全浙數百萬之敵，來諭謂‘慎以圖之，當可無患’。愚以為慎於前攻，亦當慎於後顧。得尺則尺，得寸則寸，乃吾人拳拳弗失之學，用兵何獨不然！前此諸帥隻知前攻，而所複疆土不轉瞬而複失之，百姓之遭蹂躪更甚於未複之時。鉞下自樂平、浮梁、而婺、而遂安，前後所得，無複再失，此鉞下之師所以超越諸將也。惟願後此常守弗失。未得之地慎於前攻，不可輕犯賊鋒，以墮詭計。已得之地，慎於回顧，不使賊出我後，頓失前功。” 左宗棠認為他說得很對。“得尺則尺，得寸則寸”，不單是學問之道，學到的必須鞏固，能為己所用，如隨學隨忘，則是白學。用兵之道亦然。左宗棠自出師以來，每得一地，必加以鞏固，決不輕易放棄。後來西征時也嚴守這條原則，這是他取勝之道，也是夏？所說“所以超越諸將”之處。太平軍也恰恰在這方麵犯了嚴重的錯誤，攻城陷地很順利，但旋即放棄，沒有鞏固的後方基地，形成流寇主義。這也是他們在軍事上失敗的重要原因之一。
左宗棠到婺源後，國內發生了幾件大事。七月十五日鹹豐帝病逝於承德行宮。他是於前一年英法聯軍進入北京之前，逃往承德的。他死後由年僅6歲的載淳即位，改元同治，慈安、慈禧兩宮太後垂簾聽政，實際則由同治帝生母慈禧掌權。不久就發生了一次宮廷政變：由於以肅順為首的八大臣反對太後聽政，分別被處死、流放、免職，而由道光帝第六子恭親王奕盉當政。因為太平王朝仍然盤踞天京，勢力尚未衰退，清朝廷還要利用湘軍，所以慈禧對曾國藩和湘軍將領仍信勉有加。十月，曾國藩奉詔辦理蘇、皖、贛、浙四省軍務，他的勢力進一步擴大到浙江。
八月一日，長期被包圍的安慶終於為曾國藩軍攻下，這是湘軍的一次重大勝利，太平軍的重大挫折。太平軍西上武漢的通道受阻，曾軍解除了後顧之憂，又能抽出包圍安慶的軍力，增援對天京的進攻。從此，太平軍形勢日蹙一日，開始走下坡路了。
八月廿六日，胡林翼在武昌病逝。他病危時致信給左宗棠，與他訣別，勉勵他和曾國藩繼續未盡的事業。左宗棠得信後，急忙派人專程去看望，並送藥物給他。使者看到胡林翼“血盡嗽急，膚削骨峙”，顯然是患了肺結核或肺癌，這在當時都是不治之症。胡林翼是湘軍三領袖之一，足智多謀，富有政治頭腦。他的死是湘軍集團的重大損失，對左宗棠也是一個重大打擊，他在軍中，不能前去吊喪，寫了一篇情真意摯的祭文，文首談到與生俱來的兩家交情：“詹事文學，讀書麓山，兩家生子，舉酒相歡。”而後談到在京師初遇：“縱言闊步，氣豪萬夫，我歌公篔，公步我趨。”他遭官樊構陷時，是胡林翼同情和幫助他：“我方憂讒，圖隱京門，晤公英山，尊酒相溫。公憫我遭，？焉若，憂蘊於中，義形於色。”然而，當他們商定大計，取得了初步成功時，“何圖我公，積勞成瘵，中興可期，長城遽壞。”失去了一生真知己，也失去了事業上的一個最忠實的夥伴，他隻有長歎涕零。祭文結尾說：
悠悠我思，不寧惟是，交公弱年，哭公暮齒。自公元亡，無與為善，孰拯我窮？孰救我偏？我憂可訴？我喜何告？我苦何憐？我死何吊？追維疇昔，曆三十年，一言一笑，愈思愈研……有酒如茲，有淚如絲，盡此一哀，公其鑒茲。
30年的交情縈懷於心，但是逝者已矣，左宗棠似乎從此更覺孤獨寂寞了。曾國藩讀了祭文，不禁評論說：“祭潤帥文，愈讀愈妙，哀婉之情，雄深之氣，而達以恢弘之氣。”他對胡林翼的死也不勝傷感。
太平軍在紹興失守後，退守杭州、餘杭一帶，首領李世賢已於上年回援天京，留下部將聽王陳炳文和歸王鄧光明踞守杭州，康王海洋守餘杭，雖然仍擁有10萬之眾，但四麵受敵，形勢已很不利。
同治二年四月，清廷任命左宗棠為閩浙總督，仍兼浙江巡撫，他的權力又擴大了，這時楚軍已有3萬餘人。雖然人數少些，但主將有謀略，士兵有銳氣，兵將團結一致。他們的主要目標是攻取杭州重鎮。為了防止皖南太平軍南下抄襲後路，左宗棠派劉典、王文瑞兩軍共1萬餘人進入安徽防堵；蔣益澧1萬餘人進攻富陽，直逼杭城；其餘各軍則分布在下遊新城、桐廬、紹興和上遊淳安、遂安，以及衢州、金華等地。左宗棠的大本營在嚴州，各軍逐步向杭州進逼。
八月初，楚軍大舉進攻富陽，初七深夜攻破富陽城。徐文秀、高連升等部水陸會師向杭州進發。十二日，魏喻義、康國器兩軍由新城趨餘杭，廿五日，高連升部攻破杭州清波門太平軍堡壘，進駐萬鬆嶺。蔣益澧軍抵達留下。杭州已兵臨城下。太平軍進行了幾次反攻，但都被擊退。因為杭州的得失，對全局的形勢十分重要，太平軍決心死守，趕忙在城四周增築堡壘，挖掘長壕，準備長期抵抗。
左宗棠於十一月由嚴州進駐富陽，並到餘杭前線視察。十二月，高連升軍攻杭州鳳山門，連破9個堡壘，水師也攻破了江邊石壘。初二日，大軍逼城，將四門困住。餘杭城也被黃少春、楊昌？等部隊將北、東、西北三麵包圍，留了一個缺口。
太平軍不僅在杭、餘一線緊張，整個形勢也很險惡。同治二年十月，李鴻章借戈登“常勝軍”洋將力量，攻克了蘇州，十二月又克無錫；同治三年正月連克宜興、溧陽，同時派一軍攻常州，另一軍進入浙江，會合楚軍進攻嘉興。而太平軍在浙江的部隊看到形勢不妙，有多處發生叛變。靠近嘉興的平湖、乍浦、海鹽、嘉善等地的守將紛紛投向清軍，其中以海寧太平軍首領蔡元隆的叛變影響最大。他投降清軍後，改名元吉，成為反攻太平軍的一員悍將。一個月後，他偷襲桐鄉，太平軍守將何培章投降。二月，元吉又參加蘇、浙軍會攻嘉興，十八月，蘇軍將領程學啟領部隊先登上城，嘉興城遂被攻陷。
困守在杭州的陳炳文部隊得到海寧蔡元隆叛變的消息後，一部分將領產生了動搖，他們派人到李鴻章軍中約降，李鴻章叫他們也到左宗棠軍中聯係，不料為城中發現，陳炳文將內應者捕殺。但是左宗棠已得到密信，知道城內軍心已亂，就下令加緊攻城。二月廿一日，水陸軍攻破城外四壘，廿四日淩晨分兵攻五門，另派一支兵攻擊駐守城外的太平軍，戰到中午，天下起大雨，雙方暫時休戰。雨止後又大戰。太平軍支持不住，收兵入城。蔣益澧估計太平軍困守孤城，無力反攻，敗局已定，有可能突圍逃走。於是收兵回屯，沿城邊設下埋伏，靜靜等待。到半夜時分，聽到城中人聲鼎沸，知道有變，就急命各軍準備截擊。杭州城隻剩了北門沒有合圍，太平軍紛紛從北門逃走，清軍立即從東、南、西三門爭先恐後地湧進，雙方衝殺，傷亡都很大。廿五日楚軍攻占杭州。踞餘杭的汪海洋聽到杭州失守，也於當天棄城而出，與杭州敗軍會合，逃到德清、武康一帶。