杭州被清軍攻陷，對太平王朝是一次重大打擊。原來太平軍據有浙江，作為天京屏障，又可南下閩越，西出贛皖，活動餘地很大。如今浙省既失，蘇常又被攻陷，天京已成一座孤城，岌岌可危了。
清朝廷對收複杭州十分欣慰，論功行賞，詔加左宗棠太子少保銜，賞穿黃馬褂，將士也都分別升官。
作為總督兼巡撫，左宗棠是首次進駐省城。杭州為七大古都之一，江南重鎮。曆來文化興盛，商業繁榮，又有西湖風景勝地，煙雨畫橋，山光塔影，為天下人所向往。可是十餘年來，人民飽受戰禍的蹂躪，左宗棠入城來，看到的是一片淒慘景象。城中原有人口81萬，現在隻剩下七八萬，死的死，逃的逃，逃不了的也多數衣食無著，流浪街頭。一路上還看到許多路斃的屍體，無人掩埋。
左宗棠進城後辦的第一件事，就是設立賑撫局，收養難民，對孤寡婦女兒童都妥善安置。對暴露在街頭野外的屍骨，鼓勵人民掩埋，給以報酬。又定了幾條嚴禁：嚴禁軍士擅入民居，凡兵勇擾害閭門者斬，拐掠販賣人口者斬，擾索詐脅紳民者判罪；禁止屠殺耕牛，以保護農業生產。他帶兵作戰所過之地，雖然餉糧困乏，仍命官兵發散錢米或煮粥分給窮苦人民。到杭州後繼續散發錢米。浙江富紳楊坊、毛象賢、俞斌等過去願出巨資供養“常勝軍”洋兵將，但對老百姓卻為富不仁。左宗棠上奏彈劾他們，責令他們籌集巨資，去各地購糧，運回浙江辦賑。他還采取以工代賑的辦法，修理城牆、衙署等，並教婦女紡織。
他認為“為政先求利民，民既利矣，國必以與”。設賑撫局、收難民、嚴禁擾民等是利民的一方麵。浙江人民在政府腐敗統治之下，苛捐雜稅重重，民不聊生，“興利不如除弊”，為了減輕人民負提，他辦了幾件事：
1.減漕糧浮收。左宗棠在湖南幕府時，辦理過漕糧，深知此中積弊。浙江浮收漕糧也與湖南一樣，超出原規定的稅則很多。漕賦一石如直接納米（所謂“收本色”），須納二石五六鬥至三四石，如折色納錢，米價每石兩千文，卻要折價七八千以上。左宗棠認為：“減征一事最為當今急務。”他奏準減征浙東地丁和南米浮收，緩征本年全省額賦，革除一切攤捐及陋規。攻占湖州後，他裁汰所有浮收陋規，原定額也減少30%。同治四年，又減收杭嘉湖三屬米廿六萬石。
2.停關稅。當時貨物稅既有厘金，又有關稅。浙江關稅向由杭州織造管轄，織造隸屬內務府，南北新關稅收是供清皇室揮霍享用的。左宗棠上奏說：“兵燹凋敝，若更關厘並舉，竭澤而漁，遺孑之民必益形窮蹙，清暫緩開關，於厘捐歲輸銀十萬兩供織造。”織造是滿人恒延，他雖然反對，認為這違反舊製，但左宗棠掌握地方大權，朝廷還有所依賴他，對此也無可奈何。
3.行票鹽。陶澍雖早在道光二年於淮北實行票鹽，左宗棠在湘幕也推行過，但是浙江仍是舊製，鹽商與官府勾結，高價售鹽，老百姓吃苦。左宗棠在浙江也改行票鹽，民販憑當地州縣執照，就可去鹽場買鹽，到指定地區銷售。同時裁汰了一些陋規。鹽的成本輕，售價低，人民普遍得到好處。
這幾件興利除弊的事，多是左宗棠以前在湖南辦過的，他已積累了經驗，駕輕就熟。現在的地位已完全不同，以前是幕客參政，如今則是掌握實權的總督兼巡撫，幹起事來更方便。 浙江戰後一片淒涼景象，百廢待興，左宗棠在奏折中形容當時的情景是：“人物凋耗，田土荒蕪，彌望白骨黃茅，炊煙斷絕。現屆春耕之期，民間農器毀棄殆盡，耕牛百無一存，穀豆雜糧種籽無從購覓。殘黎喘息僅屬者，晝則緣伏荒畦廢圃之間，擷野菜為一食；夜則偎枕頹坦破壁之下，就土塊以眠。昔時溫飽之家，大半均成餓莩。憂愁至極，並其樂生哀死之念而亦無之，有骨肉死亡在側，相視漠然不動其心者。哀我人斯，竟至於此。”真是一幅“哀民圖”！
左宗棠針對這種百廢待興的局麵，舉辦了幾項善後措施：一是招商開市，並減低厘稅，使市場逐漸繁榮起來。農民逃亡的很多，就廣招鄰省農民來浙，貸給耕牛和種籽。種地的人仍然不夠，就命軍士就地開墾。荒廢多年的田經軍士耕種好，或到了收獲季節，原主來認領了，命軍士一律歸還，不許留難。劫後餘生的農民對這些措施十分感動。當部隊拔營時，農民們包括兒童婦女都“環拜泣謝”。
左宗棠看到浙江蠶桑之利，就教農民種桑、養蠶，還教種棉花。他說：“教種桑棉，為養民務本之要。”另外，要發展農業和桑棉，水利最為重要。浙江海塘關係江浙兩省蘇杭七郡。戰爭以來，石塘已坍壞，修複需百餘萬兩銀，一時難以籌措資金。他命前按察使段光清在原石塘後麵先築一道土塘（堤），暫禦鹹湖水的侵襲，這樣簡易的辦法，也需要廿萬兩銀，就責成富商捐辦。其他還有三項水利要辦：杭州西湖關係仁和、海寧水利，餘杭南湖關係仁和、錢塘水利，省城中河是民商飲用和舟楫運輸需要。他在杭州不到一年內，將中河修浚完工，對南湖工程不很滿意，自己說隻是“草草畢事”。西湖則因淤墊已高，葑長水枯，沒有來得及疏浚。當他於同治三年十月離杭州去福建時，還念念不忘這幾項水利工程。
他一向重視吏治，認為：“經武之道，豐財居一……理財之要，在修明政事”，“課吏之要，在於劾貪獎廉”。他的部隊過處，嚴禁地方供養。對於貪官汙吏，毫不容情地予以罷劾。他給福建巡撫徐樹人的信說：“察吏必先懲貪。貪吏如某某等，請薭弟銜劾辦……知公仁心厚德，必有大不忍者。然一家哭何如一路哭？！”
“一家哭何如一路哭”是宋代名臣範仲淹的名言。左宗棠一生懲辦過許多人，他堅持認為，對壞人，對該懲辦的人，決不能心慈手軟。懲辦少數壞人，正是為了挽救絕大多數的人，也是為了全民族國家的利益，是不得不為、不得已而為之的。
浙江凋弊的民生，經過左宗棠一番整頓，出現了複蘇現象，人心一時翕然。杭州有收複，較諸曾國荃攻入南京和李鴻章攻陷蘇州時的暴行，明顯有所區別，受到當時的讚許。《清史稿》說：“百廢俱興，東南諸省善後之政，以浙江為最。”近代史學家對這一段善後政績也給予了公正的評價（如方之光、萬靈等）。