為國家正當用途舉辦外債，原是無可厚非的事。但是一般中國人的保守思想，總認為借外債，仰外國人的鼻息，是可恥的事情，連左宗棠也不免，當時投降派反對他借外債，後世也不斷有人非議。近年來，一些曆史學家對西征借洋款作出了公正客觀的評價，說：
“他（左宗棠）排除了國內外反動勢力的幹擾，為籌措西餉作了一切的努力，終於使西征軍度過了軍餉的危機”。（董蔡時）“盡管付出了較高利息，但卻為清軍西征提供了物質保征，這與那種附加政治條件、損害國家主權的借外債，不可相提並論。”（楊東梁）“重息借外債，從經濟觀點看，當然不合算，但是，如果沒有這筆貸款，則西征軍根本不能出關，而收複新疆的大業，必將成為泡影。”（楊東梁）
有了足夠的軍餉，糧和運也有了著落，北路由歸化、包頭采糧500餘萬斤，繞道5000餘裏，運到巴裏坤；俄國人沒有失約，也果真將糧400餘萬斤運到古城。南路由肅州運到安西、哈密的糧超過1000萬斤，還有400餘萬斤也已運到古城。
士飽馬騰，是大舉出關的時候了。左宗棠於是決定將大本營向西推進2000裏，由蘭州移到肅州。光緒二年二月初八日，劉典到達蘭州，左宗棠將鎮守後方的大權交給他，商妥了各項事宜；二月廿一日，率一小隊親軍，由蘭州出發，前往肅州。當時甘中主要戰事雖已平定，但各地還時有小股回軍竄擾，左宗棠吩咐路上仍需小心。
一路曉行夜宿，一天傍晚，行程已將過半，到了一處山林茂密、有水有草的地方。左宗棠見天色已晚，下令紮營安歇。將士們經過一天的行軍，已十分疲勞，吃飽飯後，倒頭便睡。左宗棠照例是和將士們同住營帳中，他習慣早睡，到半夜三鼓，就起床治理軍書。那晚他睡下不久，聽到“篤篤”的擊柝聲由遠而近，是值勤的軍士巡夜打更。他朦朧之中，忽然披衣坐起來，靜聽了一會，立即把將領們叫來，命令連夜拔營，向前推進30裏。士兵們正在酣睡，聽到移營令，大家都有怨言，有幾名將官向左宗棠請求，是不是等天明再走。左宗棠大發脾氣，命令不許多說，趕快拔營，軍令如山，將士們知道不能違抗。於是立即收拾行裝前進。後隊離開宿營地不久，隻聽得一聲巨響，原宿營地突然沉陷，一股回兵埋伏在近處山林中，聽到聲音急忙出擊，幸而左宗棠親率部隊已開走了，隻撲了一場空。原來回軍預料到該處是清軍必經歇宿之地，挖了一個大坑，虛掩了土草木片，設了埋伏。將士們受了一場虛驚，對左宗棠未卜先知，十分佩服。將官們就請教宗棠，怎麼能知道設下埋伏的。他笑答道：“其實也很簡單，我聽到打更聲，似乎有回響，因此知道必然是地空了。”他又告知將領們：“凡事都要細心。打更是人人都聽到的，打更聲音有了變化，隻要細心聽，誰都可以聽出來，隻是許多人不去細心聽而已。”
“緩進急戰”的總戰略已經定下來了，還需要正確的戰術，所有軍事行動都必須細心、謹慎。諸葛亮一生謹慎。左宗棠常愛用的一句話是“慎之又慎”。“細心”是宗棠在軍事上取得成功的關鍵之一。其實，這也是所有事業取得成功的關鍵因素。
光緒二年三月十三日，左宗棠到達肅州，指揮大軍出關。駐在肅州的是主力部隊劉錦棠的老湘軍，正待命出發，可是在部分官兵中產生了畏戰、厭戰、不願出關的情緒，特別是在老湘軍內。南方人來到西北，不服水土，聽說又要去新疆，一路上沙漠戈壁，飛砂走石；夏天熱氣蒸騰，冬天朔風大雪，湖南人都聞之生畏。張曜和金順兩軍是看湘軍行事，不敢打先鋒。隻有在陝北招降的董福詳部隊董宇三營和回軍精善五旗，敢作先驅，但他們也在窺察主力部隊湘軍的動靜。湘軍士氣低落，可又不能將士兵們一個一個軍法從事，隻能想辦法激勵、鼓動他們，變消極為積極。左宗棠到肅州那天，劉錦棠率部隊出城十裏迎候。他向左宗棠彙報了軍中情況，特別是士氣低落的情形。左宗棠認為這是一個大問題，就和劉綿棠密商，如此如此，這般這般，仿照三國演義中諸葛孔明的辦法，麵授了一通機宜。
他們定下計策，劉綿棠作好了布置。於是大隊人馬這才緩緩前進，向肅州城進發。當他們經過董字營前時，忽然有一名湘軍老兵從行列中跑出來，直奔到左宗棠乘坐的大橋前，高聲大喊，隨從親兵拉他不走。宗棠當他是瘋子，不理睬他。不料隨從隊伍聽到這個老兵的話，都大吃一驚，一個個屏聲斂息，隻聽那老兵大聲喊道：
“我是老統領派來的，老統領要出關打先鋒，無衣無食，如何打仗？請宮保發給一個月滿餉，大家吃飽了，好隨老統領去打新疆。”
劉錦棠統率的湘軍原是劉鬆山的部下，劉鬆山生前受部下的愛戴，稱他為老統領，劉錦棠接任後，稱為少統領。劉鬆山戰死，湘軍作戰奮勇當先，誓為老統領報仇。他們忽然聽到老統領英魂下凡，還口口聲聲要帶隊伍去新疆打仗，士兵們又敬畏，又感動，滿腔熱血沸騰起來，行列也停止不前了。左宗棠趕忙命大家向空頂禮膜拜，向老統領致敬。
那老兵鬧了一陣，清醒過來。看他號衣是董字營勇丁，劉錦棠勸他歸隊。第二天，劉錦棠找董福詳來問：何以留下這個瘋子？董福祥說：“這個人平時好好的，在營已有五年，未犯過錯誤。不知道這次是怎麼回事？”
劉錦棠又把那個老兵找來，親自問他是怎麼回事？老兵答道：“那陣子感覺從西北吹來一陣冷風，不覺之間，老統領已到。他命令我講這番話，後來我也不知道自己幹了些什麼。”
劉錦棠向左宗棠報告，左宗棠立即命全軍設祭，致尊劉鬆山，還焚化紙錢、車馬、衣服，行軍道路上火光蔽天。這件事一傳十，十傳百，兵營中又有人加油添醋，說是到肅州後，早就聽說老統領已到嘉峪關，催少統領製備寒衣萬件，準備出關。這話也不知從何而來，可是說的人眉飛色舞，聽的人肅然起敬。
自從老統領英魂下凡，部隊中人人磨拳擦掌，個人奮勇當先，那種畏葸不前的情緒基本消除了。左宗棠將這宗奇事，寫信告知留守蘭州的劉典，還若有其事地說：“忠壯（劉鬆山諡號）歿後，遇有大戰，必先示夢其部曲。忠義之靈，固常在也。”
天機不可泄漏，除了左宗棠、劉錦棠和那個老兵外，對他人還以保密為妥。當時的社會，上自宮廷、官僚，下至士卒、百姓，無不充滿了封建迷信思想。利用將士們對老統領的崇敬、懷念的心理，以激勵他們愛國殺敵的勇氣和決心，也是一種有效的方法。當然，這隻能是臨時、權宜之策，偶爾行之有效而已。
湘軍於是大舉出發了。譚上連、譚拔萃、餘虎恩三員將領分率部隊先行出關，劉錦棠大軍也隨之前進。玉門關外是春風不度的一片荒涼地帶，大軍行經之處，天空上常有一大群烏鴉，總有數萬隻，黑壓壓的一片，隨著部隊飛行。部隊歇息時，這大群烏鴉就在天空飛翔，呱呱鳴噪。部隊開拔，鴉群飛翔在前，似乎是作向導。土人說這裏生物稀少，從來沒有見過這種盛況，士兵們驚訝不已，稱之為“烏鴉兵”，認為必是老統領英靈率神兵相助，都感奮不已。
其實，烏鴉在西北荒原很難覓食。大軍經過一路上和宿營地，都留下大量食物殘屑，是烏鴉的美食。因此鴉群跟隨大軍飛翔，越集越多。行軍途中，烏鴉飛得快，似乎是在為西征軍作前導。在荒漠上空，有一大片鴉陣伴隨西征部隊，既可為士兵解寂寞，也確實是難得一見的景色，無怪乎湘軍以為又是老統領降臨了。 大隊人馬不久到達哈密。劉錦棠命軍士將哈密的存糧先運到巴裏坤，再由巴裏坤運到古城。由哈密到巴裏坤要通過天山，巴裏坤到古城是一條重要的運輸通道。他調徐占彪進駐巴裏坤，保護這條運道，派張曜軍屯哈密，修治進軍台站，又在天山險要處樹立扶欄，以保護人馬車輛安全通過。左宗棠為此寫了一篇《天山扶欄銘》，銘曰：
“天山三十有二般，伐石貫木樹扶欄。誰其化險貽之安，嵩武上將惟桓桓。利有攸往萬口歡。恪靖銘石字龍蟠，戒毋折損毋鑽碩。光緒二年六月刊。”
大軍於是浩浩蕩蕩通過天山險阻，進入了渺無人煙的大戈壁，由董字營打前鋒。營中回兵都紛紛說：“戈壁中有巨怪，專食人畜，聽到人馬聲，就會刮起一陣颶風，頓時飛砂走石，人馬雙眼被沙礫眯住，妖怪隨風而至，會將人畜吃光的。”兵士們聽了害怕，不敢前進。將領們稟知左宗棠，宗棠大怒道：“哪來的妖魔？膽敢侵犯我的部隊嗎！隻要它敢出來，我們就開炮轟它！”他當即傳令全軍，一路鳴炮而過，妖怪並未出現。於是湘回各軍都認為左宮保天威，有神靈相助，平定新疆不在話下，士氣由此大振。
正當西征大軍克服了自身的低沉情緒，安全通過了天山險道，戰勝了戈壁“妖魔”，浩浩蕩蕩大舉出關的時候，不想朝野上下又響起了一片反對聲。投降派、妥協派以及一些“好心”的人，又紛紛出來反對，多方掣肘。反對者有些是出於妥協投降、苟且偷安的心理，有些則出於私心嫉妒，不願看到西征軍成功；至於那些“好心”的人，也認為收複新疆，談何容易？原以為左宗棠和朝廷都隻是口頭說說，虛張聲勢而已，不想大軍真的出關了。將來進不能進，退不能退，懸軍絕域，還要消耗東南各省巨額協餉，如此下去，民窮財盡，實在是下策。還不如李鴻章的建議，隻在幾處要地駐軍，將新疆交與阿古柏和其他民族分裂主義頭目分而治之，倒是省心得多。一些好心人看到左宗棠大膽冒進，一意孤行，也為他的安危擔心。
收複新疆是不是一件輕而易舉的事呢？確非如此！從當時國內、國外的形勢看，那些人的顧慮重重，是有一定的理由的。中國曆代用兵新疆，從漢唐到清初葉，都是處在強盛時期，要對付的隻是比較落後的上層民族分裂分子。現在呢？國內經過20餘年的內戰，又受到西方列強的不斷侵略，割地賠款，生產遭到極大的破壞，財政凋敞，政治腐敗。西征軍深入數千裏窮荒之外，道路險阻，糧餉不繼。當時的敵人雖然是一個中亞小國，背後卻有強大的英俄帝國主義撐腰，擁有從印度運來的精良的軍火。西征部隊呢？發不出餉，有時連飯也吃不上，行軍時兵士們每人背一袋生紅薯，用它既充饑、又解渴。左宗棠為了籌糧籌餉，常常深夜繞帳傍徨，不知所措，有時愁到寢食俱廢。這樣的部隊能打勝阿古柏匪軍嗎？即使戰勝了阿古柏，後麵還有英國和俄國。如果英俄出麵，孱弱的中國怎能打得過他們呢？左宗棠對敵人也作過充分的估計，他認為：“安集延帕夏狡悍能戰，將來非數大惡戰不能結局。”“俄在外國最稱強大，戰陣與泰西大國大略相同，火器精利，亦複相似。”他的頭腦也是非常清醒的。
糧餉確實是個大問題，清朝廷雖然已命令東南各省負擔，但各省經常借口加強海防，對西征軍餉拖欠不付，積欠達二三千萬兩。至於清朝廷，雖然將全權交給左宗棠，但如西征失敗，大軍陷於進退維穀之地，清廷是決不會來分擔責任的。上諭早就說得清清楚楚：“如果各該軍逗留不前，則罪在主將。倘因糧餉不繼，致誤戎機，惟左宗棠是問。”把自己的責任推得一幹而淨。清朝廷雖然腐敗，但封建專製統治依然強大。慈禧太後手下殺過好些親王、大臣。如果西征失敗，等待左宗棠的將不是什麼好下場，理所當然地會被拋出當替罪羊，這點左宗棠是很清楚的。
但是他毅然拋充了個人利害，以至生死的考慮，決心進軍新疆到底。為什麼呢？我們隻能用一個詞來回答：愛國主義精神。
他駁斥了所謂隻須在要隘駐兵的意見，在與沈葆楨的信中說：“烏魯木齊就是最重要的要隘，烏城未複，無要可扼；即使收複了烏城和瑪納斯、伊犁等地，如果將新疆分封給各民族分裂分子頭目，他們難道有能力、願意為中國固守邊疆嗎？他們力量分散，不久都將為俄國吞占，以後西北之患亟，內、外蒙古都不能安撫。所謂撤西防以裕東餉，不單不能填滿無底之橐，而且先就壞了萬裏之長城，真是是非顛倒，本未倒置了。”他與王加敏（若農）的信中又說： “此時關隴既平，兵威正盛，不及時規還舊城，以後日蹙百裏，何以為國，人臣謀國，不可不預為萬全，苟顧目前而忘遠大，徹夜自思，何以為安？議者乃借外寇以相恐嚇，尤為非理！”
左宗棠自入肅州後，就派出多批人員出關偵察敵情，對敵人兵力強弱、地勢險要、遠近等，都有比較充分的了解。他下定決心進軍新疆，於是上奏清廷，提出戰略方案和用兵程序等。在奏中有一段自己的表態，說：
“臣本一個書生，辱蒙兩朝殊恩，高位顯爵，出自逾格鴻慈，久為平生夢想所不到，豈思立功邊域，覬望恩施？況臣年已六十有五，正苦日暮途長，乃不自忖量，妄引邊荒艱巨為己任，雖至愚極陋，必不出此。而事頗有萬不容己者，……伊犁為俄人所踞，喀什噶爾各城為安集延所踞……若此時便置之不問，似後患環生，不免日蹙百裏之慮。”
左宗棠青壯年時期，長期在鄉村當窮教師，後來卻飛黃騰達，當了20年的總督，封了伯爵，如今身任大學士、欽差大臣，高位顯爵，聲望之隆，朝野中外無不側目。可以說名譽地位已到了頂了，而年齡又將近古稀，本來他早就想引退回鄉，如今卻堅持己見，力排眾議，必欲率軍深入萬裏西域荒漠，麵對強勁的敵人，難道他真會為了想立功邊疆，還有什麼更多更大的名利思想，就甘冒身敗名裂的風險，置個人安危於不顧嗎？正如他所說，連最愚蠢、最鄙陋的人，也不會這樣想、這樣幹的。他所以不顧個人安危，完全是為了國家的長治久安。淪陷的新疆，決不能不管，否則後患將不堪設想。作為一個中國人，特別是負守土之責的大臣，如果置國家安危於不顧，隻考慮個人安危得失，徹夜自思，良心能過得去嗎！?他給沈葆楨和王加敏的信中，已闡明了自己的信念，他還引諸葛亮《後出師表》中的話說：“至成敗利鈍非可逆睹，則雖武侯亦不易斯言。”又引範仲淹的話：“吾知其在我者當如是而已。”表明他為國馳驅、不計成敗，盡其在我的決心。
他並不考慮年老多病，在另一份奏折中說：
“微臣衰朽菲才，又值衰病侵尋，誌慮鈍竭，何敢不自忖量，謬以自承。顧念臣子之義，厥重匪躬，疆場攸司，責無他諉。自從戎伊始，即矢盡瘁馳驅，豈頭白臨邊，忽易初誌？”
一些曆史學家讀了這些奏折和信件，對他的強烈的愛國主義精神給予了高度評價，說這幾段話“感人肺腑”，讚揚他“是一個不顧個人安危的愛國誌士。”“因為他比任何人都清楚，這次進軍新疆，比中國曆史上任何一次用兵新疆都要艱難的多，危險的多”。（齊清順） 這一次，各種各樣的反對者，在他義正詞嚴的態度麵前，又一次退縮了。但是他們遇有機會還是會再次出來搗亂的，雖然阻擋不了大軍的西進。