兩天以後，譚拔萃的後援軍到達，運來了幾門開花大炮，於是立即趕築炮台，準備攻城。正當這時，從山後來了數百名敵軍增援的騎兵，陶生林和餘虎恩從兩路分頭抄襲，敵軍敗退，被殲百餘人，陶、餘二軍追趕了幾裏路，前麵又有一大批約千餘敵騎，正在向達阪前進，敗退的敵騎奔進敵人大隊中，大隊見勢不妙，也趕緊掉頭逃走了。
阿古柏在南疆的統治極其不得人心，他采取一套民族壓迫、經濟剝削、特務監視的極端野蠻、殘酷的手段。所有地方和軍隊的官員都由安集延人擔任，他們可以隨意搶奪居民的財物，甚至搶奪他們的妻女。沒有法律，不講道理，安集延人肆意橫行。當時的中外記載說：“在現今的南疆是很難生活的，無論是人身安全和財產，都沒有保障，人人都為明天擔心。”（杜勃羅文：《普爾熱瓦爾斯基傳》）“維族幼女自八歲以上悉被奸淫，維族家長死，家產悉被安集延酋長取去。有不繳者，則非刑吊拷，一旦夕間，而人亡家破，流離失所。”（《新疆圖誌》）不僅在南疆，各族同胞過著非人的生活，當阿古柏勢力到達北疆後，也在那裏“大殺回漢居民”，剩餘的人則強迫遷到南疆。各族同胞對安集延人無不痛恨萬分，聽到清軍到來，都暗暗歡欣鼓舞，有些人還冒險向清軍遞送情報。達阪城被清軍圍困後，也有少數維族同胞冒險從城中逃出來，向清軍報告，城中敵人因為久盼援軍不至，已經絕望，準備要逃跑了。
劉錦棠得到這項重要情報後，立即命令各軍加強戒備，防止敵人逃走。到了夜間，各營都將火把點起，照耀如同白晝，使敵人無處可以逃遁。各門大炮對準城上炮台和城牆猛烈轟擊，敵人炮台接連被打塌，城牆也轟塌多處。忽然一枚炮彈正好擊中城中彈藥庫，一聲巨響，如山崩地裂，頃刻濃煙彌漫，一片火起，加上正刮大風，火借風勢，迅速蔓延開來，彈藥庫裏的開花子彈不斷砰砰爆炸，城中人馬傷亡慘重，敵人喪魂失膽，紛紛集結到城東，想從東門逃竄出來，但是官軍已在四麵牢牢圍住，敵人插翅難飛，經過短時間的激戰，敵軍被擊斃2000餘人，其餘的紛紛投降，南疆門戶第一座要寨達阪城被攻克了，俘虜1300人，繳獲炮械千餘件，馬800匹，還俘獲了幾百名偽官員，包括大通哈（即大總管）愛伊德爾呼裏和胖色提（營官）6名；清軍僅傷亡100餘人。劉錦棠命將敵俘解赴肅州大營，對被脅從附敵的南疆維吾爾族和其他各族同胞千餘名，一律釋放，發給衣服糧食，各遣送回原籍。
達阪城的攻克，是左宗棠預料的數大惡戰中的第一仗，也是一次閃電式的攻堅戰，是“緩進急戰”戰略的又一次成功的體現。湘軍在達阪的勝利，使南疆敵人大為震動。劉錦棠認為不能讓敵人有喘息的機會，休整幾天後，於三月十一日連夜發兵，次日，全軍抵達白楊河，劉錦棠命羅長祜、譚拔萃分率3000人進攻吐魯番，與張曜、徐占彪二軍會師；自己率領7000兵直搗托克遜。
當劉錦棠軍到達距托克遜不遠的小草湖時，托城中的維族同胞久受安集延人的壓迫，冒險逃出城來，向清軍報信說：“安集延敵人聽到達阪失守，恐慌已極，準備逃竄；白彥虎的叛軍正在各處村莊燒殺擄掠，希望官軍速進，解救當地老百姓。”劉錦棠認為事不宜遲，即命黃萬鵬率馬隊向托克遜先行進發，自己親率大軍分路接應。托城敵軍沒有料到官軍來得這樣快，倉促應戰，從四麵包圍黃萬鵬軍。黃萬鵬軍縱橫衝擊，劉錦棠接應的大軍及時趕到，分從幾路馳入，將敵圍衝散，殺散無數。敵軍主帥海古拉下令縱火燒城，自己先棄城而逃，殘餘的敵軍也紛紛潰逃。劉錦棠命譚上連等率軍追擊敗寇，自己率大軍進入托克遜城，安撫了當地維族和從吐魯番、哈密裹脅來的各族同胞共約2萬餘人。
當湘軍進攻達阪城時，徐占彪和孫金彪兩軍也進展神速。他們度過風沙莽莽的戈壁，三月初八日攻破七克騰木，第二天，乘勝攻占了吐魯番東南的辟展，敵人望風而逃，官軍追斬了安夷首領才米邪斯；十二日，分路克複了魯克沁、連木沁台和勝金台各城；十三日，兩軍會合，由哈拉和卓城直搗吐魯番。吐城敵人看到清軍突然來到，城中敵軍傾城而出，與城外守卡敵軍和從達阪、托克遜逃來的敵軍會合，在距城十餘裏許與清軍遭遇，準備迎戰。不料劉錦棠派來的羅長祜、譚拔萃3000湘軍突然從北路攻來，宛如飛將軍從天而至，敵人猝不及防，驚駭萬分，軍心已亂，在三軍夾擊之下，大敗棄城而逃。三軍合勢又追擊數十裏，於是清軍進入吐城，繳獲安集延所儲存的大量軍糧火藥。吐魯番還有一座漢城，是由馬人得據守，馬人得看到大勢已去，隻是率領全城軍民萬餘人出城迎降，吐魯番全境平定，南疆門戶達一托一吐三角地全部收複。
南疆門戶之戰是一次關鍵性的戰役，西征軍收複吐魯番、托克遜、達阪三城，是一次重大勝利，這次勝利，用兵神速，也是古今中外所未有。從三月初一日劉錦棠軍從烏魯木齊出發，到三月十三日官軍克複托克遜和吐魯番，一共隻花了12天。左宗棠對這次戰役很滿意，說：“實西域用兵以來未有之事。”這次戰役殲滅敵軍2萬餘人，約占阿古柏總兵力的二分之一，阿古柏匪軍受到了一次毀滅性的打擊。 左宗棠於是派道員雷聲遠到吐魯番，安撫被脅裹的各族同胞；又命張曜、劉錦棠二軍將巴裏坤存糧運來吐城，轉輸托克遜，以備進軍南疆之用，留徐占彪和孫金彪兩軍駐守吐魯番，金運昌軍進抵古城，左宗棠奏請任他署烏魯木齊提督。一切安排已定，隻等軍糧運到，計劃到秋天就大舉南下。
吐魯番和托克遜被清軍攻占後，南疆門戶洞開。阿古柏的精銳部隊又已損折大半，他感到十分恐慌。維族同胞對阿古柏的殘暴統治，早就深惡痛絕，他們聽到清軍即將來到，互相轉告，準備配合官軍隨時起義。阿古柏看到日益孤立，自知大勢已去，前途渺茫，日夜憂傷哭泣；四月十七日淩晨，他在庫爾勒服毒自盡，結束了侵略者可恥的一生。
阿古柏的次子海古拉（哈克胡裏）聽到父親死訊，趕緊從喀喇沙爾趕來，將資財軍械都交給白彥虎，叫他堅守庫爾勒，自己運送阿古柏屍體往西逃走。他逃經庫車、阿克蘇，將到達目的地喀什噶爾時，在克孜勒蘇河橋上遇到長兄伯克胡裏，伯克胡裏趁海古拉不備，將他殺死，自己率部占據了喀什噶爾。喀什有滿漢兩城，他派他的黨羽占守滿城，命清朝叛將守備漢人何步雲守漢城。又派兵去征討占據阿克蘇、自立為汗的叛將阿克木汗。阿克木汗被打敗，逃入俄羅斯。原來投靠阿古柏的南疆上層分子看到清軍逼近，阿古柏又已自殺，形勢不妙，紛紛向清軍投誠，敵占各城的維族同胞日夜盼望官軍到來，準備起義配合。伯克胡裏已經陷入十分孤立的絕境。隻有白彥虎占據開都河西岸，還在觀望最後的形勢。他從陝西一路逃來，從來不和清軍打硬仗，逃到關外，投入阿古柏懷抱，現在眼看大勢已去，也準備好了一條最後逃亡的道路。
形勢對西征軍非常有利，全軍已作好準備，軍糧運到，就一鼓作氣，削平南路。明明是勝利指日可待，偏偏朝中又有一批患了“恐外症”的人出來反對進兵南疆。首先發難的是庫倫大臣誌崇，他上奏說：
“西事今昔不同，英俄兩大國表麵上不與我爭，暗地裏卻幫助阿古伯入侵之敵，實深可慮。宜於天山南北安置兵勇，招徠農商，為深根固本之計。然後與兩大國從長計議，劃定疆界，庶不至與接為構，進退維穀。”
他的意思很明顯，他害怕強大的英俄，如果進攻南疆，英俄就會參與戰事，中國將陷於進退不得的困境。隻有放棄戰爭，偃旗息鼓，與英俄兩國講和。所謂“劃定疆界”，實際上就是割讓南疆和伊犁，以求取和平。這是一套缺乏民族自信心、徹底的投降、綏靖主義思想。與從前李鴻章提出的意見如出一轍。
朝廷中也有些人附和誌崇的意見，說是西征軍事耗費過大，現在烏魯木齊和吐魯番既已收複，已有屯兵之處，不必再前進了。應當廣封各地盤踞的回酋，令他們作為中國的藩屬，以節省中國的兵力。這也就是投降派意見的重現。
左宗棠再次據理駁斥了投降派，他寫信給總理衙門和劉典說：
“此時正有機可乘，能一舉收複失地，為何要行此劃地縮守之策？如此怎能鞏固邊疆，對強鄰示以不可輕侮？將來追咎貽誤大局之人，老臣不能任也。即使時論一致讚同妥協，我也堅持要作戰到底。”
清朝廷再次同意了左宗棠的意見，下詔說：
“關外軍情順利，吐魯番收複後，南八城門戶洞開，自當乘勝底定回疆，殲除醜類，以竟全功。惟計必出於萬全，事必要諸可久。”
清廷仍然信任左宗棠，詢問他南八城的情況，並囑他對伊犁失地，“前此未遑兼顧，此次如能通盤籌劃，一氣嗬成，於大局方為有裨”。最後說：“該大臣親總師幹，自以滅此朝食為念。而如何進取，如何布置，諒早胸有成竹，為朝廷抒西顧之憂。其即統籌全局，直抒所見，密速奏聞，以慰廑念。”
左宗棠於是上奏，報告了阿古柏自殺的情況，還提出了對西北形勢的看法，他說：
“自古以來，中國邊患，西北比東南嚴重，因為東南以大海為界，形格勢禁，敵人難以攻入；西北則廣漠無垠，專靠兵力強弱。兵少難以抵擋敵人，兵多又耗費資財；言防，又無險可守，言戰，又無舟楫轉運之便。”但是他認為新疆十分重要，接著說了一段對中國國防意義深遠的話：
“是故重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以衛京師。西北臂指相連，形勢完整，自無隙可乘。若新疆不固，則蒙古不安，非特陝、甘、山西各邊，時虞侵軼，防不勝防，即直北關山亦將無晏眠之日。”
最後，他提出：“為新疆劃久安長治之策”，必須“設行省，改郡縣”。這是一項重大的、意義深遠的策略。當時南疆和伊犁地區還沒有收複，設行省的建議被擱置了下來，但是清廷采納了他的堅持收複全疆、保蒙古、衛京師的意見。
西征大軍集結在吐魯番、托克遜一帶。吐魯番是新疆的熱點，明代稱為“火州”。它的熱和巴裏坤的冷、安西的風並稱為關外三絕。當時正是伏暑，左宗棠決定等秋高氣爽再向南八城進軍。
南八城是乾隆二十四年平定南路後，建立的8座城池，即：喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐、阿克蘇、烏什、庫車和喀喇沙爾。吐魯番是南八城門戶，官、兵、商、民來往南八城都要通過這裏。由吐魯番往西，經喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、葉爾羌、英吉沙爾，直抵喀什噶爾，計程約4000裏，比烏城到伊犁還要遠三倍。
南八城是阿古柏入侵後的根據地，現在門戶洞開，英國眼看安集延將徹底失敗，又出來幹擾了。其時安集延正派了一個使節賽爾德來到英國，請求英國代向中國請降。所謂“請降”，實際上是一個花招，它仍要保持一部分中國領土，這正符合英國的意圖。英國在前一年曾為阿古柏請降，雖然碰過清政府和左宗棠的釘子，但心仍不死。這次將駐英公使郭嵩燾找去商量，要求清政府讓安集延在南疆保持一部分城池，成為英俄之間的緩衝國。 郭嵩燾將英國代請降一事奏陳朝廷，並說：“英國人的意圖是害怕俄國侵入，進而侵略印度。護持安集延是為印度增一屏障。西路軍務情形，這裏一無所知，隻聽說阿古柏已死，如能乘此席卷掃蕩，應不出數月之內，可以收複南疆。但如時間拖延過久，則應及時講求和議，可省兵力，以為消弭邊患之計。” 郭嵩燾與左宗棠是同鄉，青年時為莫逆之交；當宗棠受樊燮、官文構陷時，嵩燾曾在鹹豐帝麵前為他辯白，還極力推薦他，是他的恩人。宗棠對嵩燾心裏是感激的，但遇到公事，卻公事公辦，不受私情幹擾。同治初，宗棠任閩浙總督，嵩燾任廣東巡撫，宗棠以廣東協餉不力和督撫不和等原因，參奏嵩燾下台。嵩燾因而心懷怨懟，在他《日記》中不時流露對宗棠的不滿，認為他“忘恩負義”，有時還流於謾罵。這次他再出任駐英公使，自負為西洋通、英國通。他倡議在中國實行議會政治，這在當時具有進步意義。在他為英國人說項之前，曾寫信向李鴻章獻策，提出要在國內開辦采礦業，興修鐵路和郵政電信，禁絕鴉片等，也都具有積極意義。但他對待新疆的形勢，卻懷著極其暗淡的心理，隻看到了西方的強大，中國的弱，因而喪失了民族自信心；在向李鴻章的獻策中，還提出割地喪權的兩條意見：
“一曰喀什噶爾之地宜割與雅穀刊（即安集延的阿古柏）。……喀什噶爾之地逼近安集延，其勢不能築蔥嶺為長城以遮遏之。”他的邏輯是，既然抵擋不住侵略者，不如讓它占領。他還認為，侵略者“猶懾中國之威，而思托為附庸，去歲威妥瑪代為之請，郭嵩燾謂當俯順其心，與為約誓”。這樣，“可保百年無事。若徒將兵力攻之，曠日持久，耗費而已。”所以他讚同威妥瑪的請求。他還認為：“經國者務籌久遠，主兵者惟取進攻，是以棄地之義，不能出之主帥也。”左宗棠是主兵將帥，不會同意棄地，隻有他和李鴻章之流是籌國家久遠利益的人，才能提出棄地的主張，真是堂而皇之的放棄領土主權的議論。
另一條意見是：
“一曰伊犁一城宜與俄羅斯約，以垂久遠。”“英人多拓地以興利，俄人務襲土以開疆。”他認為俄國人占伊犁，目的是掠奪土地，如果要它交還，勢必要用巨款贖回。與其賠巨款，不如作筆交易，將伊犁賣給它。他還舉例說：“如日本庫頁一荒島，猶欲全據之，必不肯輕易退還伊犁明矣。”“與其含糊懸宕，以生其戒心，莫如明與定約，劃疆分界，可保數十年之安。” 郭嵩燾和左宗棠在對待外敵侵略的態度上，是截然不同的。嵩燾主張苟且偷安，割棄國土以求數十年之安。宗棠則認為，“我退寸而寇進尺”，退讓決不是善策，隻有抵抗才能圖存。嵩燾和李鴻章在這方麵倒是同聲相應，同氣相求。左郭失和的原因，顯然不單純是由於嵩燾曾被宗棠參劾，而且也由於兩人在對待國家利益的重大問題上存在原則的分歧。
郭嵩燾在代英國為安集延說項的奏折中，提出“數月之內席卷掃蕩”的要求，顯然是給西征軍出難題，真實目的還在：“應及時講求和議”。左宗棠在複奏中痛快地駁斥了他，說：他在南路用兵，已有周密布置，意在速戰速決，“與郭嵩燾片奏‘乘俄古柏冥殛之時席卷掃蕩’一語，尚無不合。惟迫於數月之內轉戰三千裏餘，竊恐勢有難能”。他後來用兵神速，果然在幾個月之內將南八城收複了，但他此時卻不能貿然許諾，而要揭露嵩燾出的是一道難題。他對英國庇護安集延，如今看到它將垮台，又要求中國割地與它立國，以屏蔽印度，抗拒俄國，駁斥得很幹脆，說：
“安集延侵我回部，諂附英人。英人陰庇之十餘年，明知為國家必討之賊，從無一語及之。上年官軍克複北路，乃為居間請許其降，而於繳回各城縛獻叛逆賊目，一字不及。…… “英俄均我與國，英人護安集延以拒俄，我不必預聞。……至保護立國，安集延非無立足之處，何待英人別為立國？即別為立國，則割英地與之，或即割印度與之可也，何為索我腴地以市恩？茲雖奉中國以建製小國之權，實則侵占中國為蠶食之計。……我愈示弱，彼愈逞強，勢將伊於胡底？”