另一項工程是修治赤山湖。湖在句容境內，彙集茅山諸水流，經溧水、上元、江寧流入秦淮河。湖底因多年淤積升高。湖堤也坍壞，旱時幹涸，汛期又漫溢湖周農田。左宗棠命兵勇在湖南岸加築圩堤，長二十餘裏，堤上遍植桑秧保護堤岸。又在下遊修建橋閘；秦淮河流經南京通濟門和金川門，進入長江，在這兩處修建石閘壩，以收納附郭諸水。瀕江圩堤溝道也都次第加以修治。
還有一項工程是修治範堤和湖墩。淮南通泰場範堤原是北宋範文正公仲淹所議建。自鹽城北接阜寧，南抵海門，亙600餘裏。堤下聚居了許多“鹽民”，俗稱“灶戶”，他們在此設灶熬鹽以謀生。堤外修建了許多潮墩，是灶戶避風潮之處，因為年久失修，潮墩多已損毀。前一年颶風大作，海潮澎湃而至，席卷漂沒廬舍千數百所，淹斃民戶不可勝計。左宗棠親往堤邊視察，與鹽運使商量，先集資修築潮墩，以保護鹽民安全，然後再修築範堤。是年七月，通泰場潮墩修成96座，次年（光緒九年）五月，範堤也築成。
江蘇沿海盛產鹽，蘇淮鹽務影響國家收入和廣大鹽民和鹽商販的利益，受到曆任地方官的重視。左宗棠竭力推行陶澍試行過的票鹽製，以往販鹽隻由少數鹽商壟斷，票鹽製則準許任何人販鹽，隻要按規定領取鹽票，付出一定鹽價買鹽，繳納稅款，就可以到各地銷售。一票鹽按時值計約一二千兩銀。推行鹽票是使自由貿易取代封建壟斷，既增加了國稅，又便利了民商。左宗棠同意魏源、包世臣的主張：農業重要，商業也重要，有時候商業更為重要。
揚州是鹽商薈集之地，自古繁華屬東南之冠，又是南北通衢要道。左宗棠年輕時赴京會試南歸時經過揚州，在邗江小麵館裏吃了一碗雞湯麵，當時是窮書生，正饑腸轆轆，覺得味道美妙無比，以後常常想起揚州麵雞湯麵，和家人朋友談起來，還津津有味。40年後他為視察蘇淮水利和防務，數度經過揚州，他倒不曾為瘦西湖和二十四橋的美景所打動，卻回憶起年輕時吃過的那碗揚州雞湯麵。這年他到瓜州閱兵，特命犒賞所有將士每人雞湯麵二碗，由自己掏腰包，不要公家花錢。他對將士們說：“古來名將都與士卒同甘共苦，你們都多年跟隨我南征北戰，備嚐艱苦。我享受了美味，怎敢不和你們共同分享呢？”將士們吃了美味的雞湯麵，雖然是件小事，心裏卻很悅服。從此邗江雞湯麵出了名，經過該地的人都要嚐一嚐，因此利市三倍。
他在南京除了辦水利、鹽務外，還重視其它能使國強民富的洋務，如電訊、鐵路、礦山等。他看到上海有許多洋商銀行，就主張創辦本國的銀行，以抵製洋人操縱中國的金融。西方列強為了擴張侵略勢力，還想染指中國的電訊和鐵路事業，他們提出用外資在長江鋪設一條水下電纜，直達漢口。左宗棠認為鋪設寧漢電纜是很有利的事，但是不同意由外人鋪設，利權不能外溢。他立即建議清廷，由中國自行建設陸上線路，經費由本國商人自籌。這條從南京南岸到漢口的電報幹線，全長1600裏左右，於光緒十年（1884年）竣工。
左宗棠積極鼓勵和支持民辦企業，光緒八年有一位候選知府胡恩燮在徐州創辦了利國驛煤鐵礦，用機器開采，不請“官本”，全部由商集股辦理。創辦初期，投資大，收益少。左宗棠就上奏代為請求減免稅款，以保護民辦企業，“維持商本，而塞漏卮”，以便和外國產品競爭。他還看到沿海地區洋油（煤油）傾銷，就下令兩江各府州縣廣植烏桕樹，取烏桕子可榨油，以代替洋油供民間照明之用，抵製洋油的傾銷。
這幾年左宗棠雖然年齡更老了，身體更差了，但仍經常到各地視察。光緒九年他到高郵、邵伯、泰州、泰興一帶視察河工，沿途百姓陳列香案迎送，一是感謝築堤修堤，上一年因而獲得了豐收；一是感謝減免了厘金，老百姓得到實惠。老百姓都說：“幾十年來從沒有見到製台到我們這兒來過。”左宗棠對百姓熱烈歡迎的情形很受感動，又覺受之有愧。他後來寫信告知兒子說：“好官可做，好官之名亦實不易副。”古人雲：“盛名之下，其實難副。”封建時代，也有少數官吏想為人民作點好事，但是困難重重，阻力很大，宗棠深有體會，他自覺為老百姓作的好事是太不夠了。
光緒九年（1883年）正月，他在南京為陶澍和林則徐建立了陶林二公祠，合祀二位先行者。他寫了一副對聯：
三吳頌遺愛，鯨浪初平，治水行鹽，如公皆不朽；
卅載接音塵，鴻泥偶踏，湘間邗上，今我複重來。
左宗棠慨然以陶林二公的繼承者自居，他不僅繼承了二公辦水利、農業、鹽政、漕運等事業，還繼承了中華民族大無畏的愛國主義精神，沒有辜負陶林二公的知遇。
兩江總督衙門是江、皖、贛三省最高權力機構所在，也是總督的官邸。衙門外觀森嚴，大門常開，有親兵守衛。裏麵庭院深深，從甬道進去，第一進是大堂，第二進是接見官員談論公事的客廳和簽押房，第三進是內眷住房，這裏陶澍、林則徐和曾國藩的眷屬都住過多年，如今左宗棠、張夫人和兒、孫、媳婦等也住在這裏。幾個兒子中，孝寬常年在長沙管家，孝勳、孝同遇到鄉試期間要回鄉參加考試，他們經常在兩地來往，孫兒孫女們多住在南京，左宗棠過了一段熱鬧的家庭生活。
他每天清晨四五點鍾天尚未明即起床，洗漱後立即到簽押房批閱公事；到了天明，一家男女老少齊集在大廳裏用早餐，左宗棠坐在當中，家人侍坐兩側。早點通常是蒸紅薯和煮蠶豆，他的九孫念惠（作者的伯父）後來回憶說：小孩們隻能分到半個紅薯。吃完早點，左宗棠就和張夫人及兒子們談論家事，有時講些古聖先賢的故事和格言給兒孫聽，除了夫人和兩位女兒可以坐著，其餘人都得站著聆聽。據念惠回憶說：他的聲音極為宏亮，眼光炯炯逼人，孫兒女們看到那副眼神，很有點害怕。
早飯過後，他立即開始工作。那兩年還算太平無事，但他對軍事防務等一點也不放鬆，特地在總督署內設一營務處（相當於現在的參謀處），每天要到營務處辦事數小時，中午就在該處用膳。隨他來南京的幾位老部下如王德榜、王詩正等也常到營務處議事，他們無所不談，即討論軍事防務，也討論水利建設，中午就在一起用飯，有客人和僚屬來談公事，也留在一桌吃飯。桌上常有一盤狗肉，湖南人有愛吃狗肉的習慣，江浙人則多數不願吃，左宗棠就勸他們嚐嚐，還說：“這肉名叫地羊肉，味道很美，何為不食？”說著還用筷子夾一塊狗肉送到客人碗內。有一次曾國藩女婿聶緝在營務處共進午餐，左宗棠夾了一塊狗肉到他的碗內，勸他嚐嚐美味。聶緝雖然是湖南人，但堅決不吃狗肉，趁宗棠不留意，偷偷把它夾到桌上，可巧又給宗棠見到了，他就問：“美味怎麼不吃？”聶緝回答道：“素來戒吃牛肉和狗肉，不敢犯戒。”宗棠笑笑而已。
到南京不久，有一次他外出拜客，經過城北一帶，看見跨儀鳳門有一座高山矗立，卻是光禿禿的。他問隨從人員這座山的名字，隨從告訴他是獅子山。他慨歎道：“獅子無毛，何以壯觀瞻？”立即拿出一百兩銀子，命隨從官員采辦鬆柏桑茶等樹苗，栽種在獅子山上。又命調查附近各山的土性，廣種各種樹苗，在城內空地也遍植桑柏鬆杉數百萬株，以供人民養蠶和樵采。南京城經戰亂後，還留下大片荒地，他命設立清丈局，作出規劃，用公款修造城北房屋數百所，租給老百姓住，這樣，老百姓的生活有所改進，流離失所的人有了安居之處，南京城的市容和綠化也有所恢複。
他在南京也如在其它各地一樣，十分重視文化事業。他來之前有人建議撤銷金陵書局，他到南京後，不僅不撤，還集資趕印各種書籍。那年正逢大比之年，來南京購書、觀光的士人很多，書局果然生意興隆，勝於往昔。他為南京鍾山書院題了一塊《正誼明道》的匾額，鍾山書院後來改為南京中學，民國時期還有人在該校看到那塊匾額。
江蘇地方上的士紳很有勢力，常常幹預公事。左宗棠很厭惡這種行徑，但又不宜隨便得罪他們。當士紳們來晉見他，將有所幹謁時，不能拒之門外，他就想了一個辦法。客人就坐後，照例端茶敬客，寒暄兩句，他就滔滔不絕一個人談起來，內容是無所不有。據客人們說：多半談的是西征軍的經曆，如何克敵製勝，如何神機妙算，那是客人聽得膩煩的，他談得眉飛色舞，客人又無從插口，隻能一旁恭聽。談得差不多，隨從就端起茶碗，按照清代官場規矩，這就是示意時間已到，“端茶送客”了。那些士紳碰了軟釘子，一個個氣得不得了，卻又無可奈何，背後罵他驕踞，或說他昏庸老朽，隻會擺功自誇，殊不知他的用意。
也有一些湖南同鄉，特別是本家、親友等，紛紛來南京找他求差使，他一概不收錄，自己掏出腰包，送路費給他們回家。他定下一個辦法，在南京下關輪船碼頭給一半旅費，到了漢口後，托人再付給一半。本家和親友埋怨他不講“情誼”，他也計較不了這許多。不過他認為作官並不容易，要有一定本領；要愛老百姓，誠心誠意，為百姓作事；要廉潔方正；他不能將官隨便封給本家子侄和親戚朋友。
其實他也是很講情誼的，對於來求職未遂的人，總要盡心安排送他們回家；他常說，為本家和親友受累不少；對於故人子女，他也總悉心照護。那年曾國藩的滿女紀芬（湖南話稱幼兒女為滿兒女）和夫婿聶緝正在南京，夫婦二人曾多次拜謁左宗棠。
紀芬晚年自號崇德老人，在她的《自訂年譜》中記述了他們這一段有趣的交往。
光緒七年歲尾，左宗棠剛到南京不久，紀芬就去總督署拜謁，在大堂下轎，步行走過數重庭院，才到內室，恰好那天宗棠因公外出，沒有見著，隻見到的張夫人和幾位兒媳。兩江總督衙門是紀芬舊居之地，同治十一年曾國藩去世，她才和全家回湘，如今恰已整整10年。她撫今追昔，百感交集，以後不想再來這塊傷心之地了。
左宗棠回署後，知道了這件事，以為她還會再來，但是久等不見來。聶緝是常在營務處見到的，宗棠問了他幾次，要紀芬來見見，她始終不來。有一天宗棠專派了一乘轎子，將她接來督署，還特地開了中門，讓轎子一直抬到三堂內院。紀芬下轎，見了宗棠後，進入內室，不覺流下眼淚。宗棠問她為什麼傷心，她回答道：“回到了舊居，想起了當年光景，尤其是想到了先文正公已不在人世，不覺悲傷淚下。”宗棠也感歎不已。
宗棠又問她：“文正公是壬申年生的嗎？”紀芬回答說：“是辛未年生的。”宗棠說：“那麼比我長一歲，你把我當作叔父好了。”他讓紀芬在督署中各處看看，又找到她十年前的臥室中去流連一番，紀芬很感動。後來曾國荃來到南京，宗棠高興地告訴他說：“滿小姐已認我家作娘家了。”
紀芬夫婿聶緝（字仲芳），是湖南世家子弟，家裏很有錢，但沒有得一科第。他原隨親戚陳展堂應前任兩江總督劉坤一之約，來到南京，已經有兩年了。陳任江寧籌防局總辦，他任幫辦，月薪很低，每月隻支八兩，幸虧湖廣總督李瀚章送他一份湖北督銷局的幹薪，每月五十兩，這才勉勉強強度日，然而對他這種闊人出身的子弟，這點錢還是遠遠不夠。左宗棠初到南京，沒有留意這個不起眼的年輕人，而且曾國藩生前曾有“坦運不佳”之說，對坦腹東床的幾位女婿全不中意，因此宗棠對國藩這位滿女婿的印象也平平，沒有給他派上好差使。紀芬不敢向宗棠當麵請求，後來向宗棠兒媳透露了點她們的窘況，希望有所照顧。紀芬多年後還回憶說，這實在是不得已、說不出口的事。
左宗棠初次見到聶緝後，印象還不錯，聶緝那年才27歲。宗棠聽他提到家世後，就問他：“有一位名繼模的，寫過一篇誡子書，是不是府上先代？”緝答道：“是先太高祖。”
宗棠又問他：“你還能記得那篇文章嗎？”緝道：“能夠。”宗棠說：“二十年前我在《皇朝經世文篇》中讀到這篇文章，甚為嘉歎，至今還能背誦。”於是就背誦了幾段。聽到有漏落的句子，趕忙為他糾正。宗棠很高興，說：“數典不忘祖，你還能記住祖先的文章，這就不錯。”留他在營務處午飯，以後每次緝因事來營務處，總留他共進午餐，在多次談話之間，他覺得緝並不是想像中的紈絝子弟，肯說直話，對洋務也頗講求。經過一段時間的考查，第二年就委派聶緝為兩江營務處會辦。
這個差使還是較清苦，不久又委派他為上海製造局會辦，這是個闊差使。那天聶緝和一些同僚進見，在坐好幾位都委得了一份闊差。左宗棠送走他們後，單獨留下聶緝，對他說：“今天你可高興了吧？那班人都是為貧而仕，惟有你可當大事，可勉自為之！”因此聶緝一生中感激宗棠的知遇最深。
聶緝興匆匆來到上海，見了製造局總辦李興銳（勉林）。李興銳是曾國藩的門生，對老師昔日戲言“坦運不佳”也有所聞；他又見到過曾紀澤的日記。光緒四年曾紀澤出使英、法時，兩位妹婿陳遠濟（鬆年）和聶緝都要求跟去，曾紀澤委用遠濟為二等參事，但拒絕了緝。他在九月十五日日記中寫道：“同為妹婿，蚥薭鬆生而阻仲芳，將來必招怨恨。然數萬裏遠行，又非餘之私事，勢不能徇親戚之情麵，苟且遷就也。鬆生德器學識，朋友中實罕其匹，同行必於使事有益。仲芳年輕，而紈習氣太重，除應酬外，乃無一長，又性根無定，喜怒無常，何以攜以自累？是以毅然辭之。”在曾紀澤的眼中，妹夫緝隻是一個一無所長的大少爺，跟他出國會成為他的包袱。聶緝沒有能跟上這位“講原則”的大舅子出洋當差，因此隻得到南京來坐冷板凳，領份幹薪度日。這次好容易委了份闊差，不想李興銳又了解他的“底細”，也怕背上包袱，並不歡迎他。因為是製台的委派，也不便得罪他。李興銳就寫一封信給左宗棠，引述曾紀澤日記中對緝的評語，又說曾國藩生前也不喜歡這位女婿，因此準備送他一份幹薪，不必到局上班，隻當個掛名差使。這和左宗棠希望他幹一番事業的旨趣大相逕庭，因此宗棠回了一封長信給李興銳，說： “聶仲芳非我素識，據一些同僚稱他肯說直話，我見他在此尚稱馴謹。近來對造船、構炮諸事，極意講求；機器一局正可借以磨厲人才。仲芳尚有誌西學，故欲其入局學習，並非以此位置閑人，代謀薪水也。” 左宗棠對曾國藩的評介和曾紀澤的日記所談，都頗不以為然。信中又說： “文正嚐自笑坦運不佳，於諸婿中少所許可，即栗誠亦不甚得其歡心，其所許可者隻稢剛一人，而又頗憂其聰明太露，此必有所見而雲然。然我輩均其後昆，不敢以此少形軒輊。”