北風大作，養甲乘風追之；子壯退保九江，又棄去，入高明，與監軍麥而炫、知縣朱實蓮嬰城固守。邦彥亦退；會清遠指揮白曹燦反正迎邦彥，邦彥率舟師赴之。成棟用四姓賊鄭昌等為導至高明，發炮破其城，殺實蓮於南門樓；子壯、而炫被執。成棟遂圍家玉於博羅；城破，家玉走增城，急攻之。成棟赴救，內外夾擊。家玉敗，火藥盡，乃與諸將痛飲，夜投濠死；將士數千人皆死，無降者。子壯臨刑罵不絕口，養甲寸磔之，分其胔骼散置各郡城樓。遍召廣州諸紳坐堂上，觀其受刑以懼之。而炫從死。而家玉首亦至東筦，李覺斯與家玉有隙，時在坐，請審視，恐為所欺；養甲曰：視此貌清正，固是義士；必家玉也。未數日，成棟破清遠，邦彥率兵巷戰，力屈赴水；北兵鉤出之，與總兵曾天奇同檻送至廣州。既至，亦大罵而死。陳子壯、張家玉、陳邦彥事雖不成，然義旗並舉，牽製李成棟使不得西上，而桂林、武岡間猶得從容駐蹕者，三人不為無功也）。
九月，上在柳州。式耜再疏迎駕，極言粵西山川形勝、兵馬人心，俱有可恃；年幸豐稔，飛挽有貲。上遣閣臣嚴起恒、詞臣劉湘客至桂林，與式耜酌量移蹕事宜，何騰蛟亦至。忽爾安侯郝永忠帥銕騎萬餘自湖南來，百姓震駭，複與焦璉兵主客不和。會宜章伯盧鼎亦至，自是兵勢稍壯。騰蛟遂帥鼎、璉等與永忠分汛防禦，桂林以安。而柳州叛將覃鳴珂與守將龍文明構釁攻殺，幾至犯駕。上幸象州。
十一月，北督佟養和帥兵至全州灌陽，騰蛟、式耜集永忠、璉誓於神，刻期出師；又命盧鼎與滇帥趙印選、胡一青等分路駐全。北兵至，合擊大敗之，追殺三十餘裏；斬首千級、奪馬三百餘匹，養和僅以身免。諸帥連營而軍，亙三百裏。北兵退，式耜複請駕還桂林。
十二月初五日，上自象蹕桂，太後及兩宮俱駐南寧府。先是七月，司禮監龐天壽奉敕至桂，催兵下梧州。王坤既被劉承允逐，夤緣馬吉翔，複入。自武岡至柳、至象，票擬皆出吉翔手也；及至桂，始歸諸內閣。閣擬複多改票，式耜爭之不能得。是時騰蛟督諸將列營永福，而璉與永忠兵益不睦；璉走平樂，永忠壁興安。
永曆二年戊子正月，上在桂林。敘元年全州功，晉封騰蛟世襲定興侯、柱國太師、兵部尚書；諸將周金湯、熊兆佐、馬春麟各與掛印，滇帥趙印選新寧伯、胡一青興寧伯，焦璉進封侯。
二月二十一日，報北兵前驅至靈川。二十七日，郝永忠興安被襲，急奔回，逼上移柳州。式耜請侯督師騰蛟報至，不聽；嚴起恒請遲至天明。方五鼓，乘輿已發矣；永忠放兵大掠。適滇營兵亦自靈川徹回，城中煙焰蔽天，兵刃相加，不辨主客；公私塗炭，朝士皆被戮辱。式耜亦被劫入舟，行三日，方回。泊漳木港，遇刑部侍郎劉遠生、給事中丁時魁，請式耜下陽朔，催焦璉入援；先遣一吏入城，息煙火、收倉儲餘粒，草檄分路四發，俾遠近知留守在也。於是焦璉自平樂馳入桂；楚鎮周金湯、熊兆佐、滇帥胡一青聞變，皆至；督師騰蛟亦提兵自永福至。北兵偵知桂林兵變，乘虛襲桂，直抵北門。式耜守城；騰蛟督師三麵出，一青領兵出拱極門，周金湯、熊兆佐領楚兵出武勝門，焦璉隨督師出北門。璉才遇敵，即奮臂大呼諸將軍看璉殺敵，單騎橫矛直衝敵營；敵圍之數重，璉左右奮擊，敵散而複合者數次。璉部將劉起蛟見璉被圍，大呼殺入與璉合，連砍數十人，貫其營而出。趙興、白貴以銳師四麵急攻之，皆殊死戰；滇、楚諸營又從旁夾擊、敵不能支，遂潰。一青從東來奮擊，複大敗之。一青騎剪鬃馬，敵呼之為牛；遇之，輒曰：避騎牛蠻子。為人短小便捷，馬上騰擲如飛；善用鐵標槍，於十數步中取人，百發百中。馬斃，斬一敵，躍上其馬以馳，與璉追殺二十裏。北帥墮馬幾獲，遂北渡甘棠遁去。留守於北門待督師還，並轡入城；時三月二十二日事也。當永忠之亂，監司、府縣俱哄散，百姓逃匿山寮間，是時諸將列營榕江，日需米數百石無所出；式耜多方搜括，得升升往、得鬥鬥往，督師計升鬥分給士卒。久之，民多樂輸，餉大足；督師乃得率諸帥出嚴關，與留守交相勞苦，複交相慶。
上以三月初十日至南寧，扈蹕大學士嚴起恒、錦衣衛馬吉翔、兵部尚書蕭琦、給事中吳其靁、洪士聲、許兆進、尹三聘七、八人耳。至是，式耜乃上疏訊行在所，候上及三宮起居；上始知留守無恙、桂林複全，為之泣下。下詔褒賞，慰勞有加。
四月乙未朔，王子生。
初十日，江西金聲桓反正疏至。聲桓，本寧南侯左良玉之部曲；隨良玉之子夢庚降附，用為江西提督。副將王體仁本驍賊受撫者，兵最強，聲桓忌之；乃與其部將王得仁深相結，並相結帳下諸健兒，以計殺體仁，用得仁領其軍駐建昌。幕中曹子悅，信豐人也，每勸得仁反正；聲桓幕客吳遵周，陰與子悅同謀。黎士彥者，善撰偽敕印；因南昌鄉紳萬翱，以通於二客。兩帥猶豫未決，會禦吏某巡按江西貪虐，索取得仁家女樂；得仁憤甚，遂以正月二十七日殺禦史。舉兵反；聲桓稱豫國公、得仁稱建武侯，皆士彥敕印偽封也。遣人齎奏行在，至是始達。
同日，廣東北帥李成棟自負有取粵大功，一旦以佟養甲為總督，受其節製，意不平，亦懷異誌。念家屬在江南，遣標將範成恩潛往鬆江以計迎取；候至粵，然後舉事。值聲桓已定南、瑞、撫、建諸郡，路阻；成恩思密致聲桓蠟書。時養甲覘知上在南寧，檄成棟兩路進兵：一從連州入賀平，取桂林，一由高、廉襲南寧；又撥水師五千駐梧州策應。成棟辭以無餉，觀望不進；養甲趣藩司即行措辦，署布政司袁彭年以庫存八萬兩付成棟，養甲不知也。四月初十日黎明，成棟密令兵齊集教場，譁言無糧欲為變；自詣總督，請養甲親出撫輯。養甲出城，銕騎布滿城外，馬步五萬餘擁之，大噪；成棟先取其總督印握之，三軍歡呼，同時割辮，養甲亦自割辮。即時出榜安民，以反正曉諭軍民，用永曆年號。檄各屬郡縣改複衣冠，粵東十郡不半月而底定。廣西巡撫耿獻忠於梧州聞信，亦帥所屬割辮投誠；先遣官至南寧報知東省情事，舉朝未之信也。成棟於是遣官進賀表，具疏迎駕。原任廣東巡撫曹燁、高雷巡撫洪天擢，俱從成棟軍前來朝；成棟命部將羅成燿帶甲士五十迎駕潯州。封成棟廣昌侯，諸將俱與掛印；袁彭年、耿獻忠、洪天擢、曹燁、張調鼎等，即行擢用。
五月，上命所司修葺興陵（即端皇帝陵也）。
二十七日，督師何騰蛟複全州。
六月，上至梧州，謁興陵；上蹕梧州。晉封成棟惠國公、總兵杜永和江寧伯、副將楊大甫樂安伯、羅成燿寶豐伯、董方策宣平伯、郝尚久新泰伯、張月傳興伯、閻可義武陟伯；佟養甲雖係滿人，順正不撓，亦封襄平伯。成棟迎駕東幸；桂林留守瞿式耜力請幸桂，令簡討蔡之俊、給事蒙正發先後入迎。時東勳恃反正功高，挾上以不得不東之勢；上遂由梧入肇。成棟迎於百裏外，儲銀萬兩，以備賞賚。
八月癸巳朔，上至肇慶，以肇慶府治為行宮。成棟解甲胄、肅冠裳入見上；出語人曰：南麵坐者，真天子也；某見之，不覺頓首至地矣。詔贈陳子壯大學士、吏部尚書、番禺侯，諡「文忠」；張家玉少保、武英殿大學士、吏部尚書、增城侯，諡「文烈」；陳邦彥兵部尚書，諡「忠湣」。時六部九卿台省員缺，輔臣嚴起恒請補用反正諸臣；準依隆武原官銓補。敕召舊輔臣黃士俊、何吾騶原官入直，以袁彭年為左都禦史、洪天擢為吏部左侍郎、耿獻忠為戶部左侍郎、曹燁為戶部右侍郎，張調鼎、王芊等俱列卿寺。兵科給事吳其靁疏言：反正乃成棟功，於文臣何與？躐居卿貳，爵賞太濫，有傷國體。不報。李成棟陛見後，大治宮闕於廣州城，吏部侍郎吳貞毓疏請上幸廣城。刑部侍郎劉遠生入朝，會成棟適自嶺還，方修行宮迓乘輿；上命遠生勞之。遠生與成棟有鄉誼，因謂成棟曰：天子，天下主也；爵賞征伐，出自天子。天子又與天下共之；若在此，則爵賞征伐，人疑天子必有私隱，令寄政不可不嫌也。且江、廣同時反正，六師當不日下金陵。上不返桂林，猶雲直從南韶出江右耳。若幸廣城，則示天下以苟安之局矣。成棟曰：善；遽止其役，第加繕肇慶府城為寧蹕之地。
有士人某獻白玉一雙，皆方廣盈尺；雲漁人得之南海。上命製成璽，文曰：「皇帝受命之寶」。其一，藏之內府。
是時，南昌已被北兵圍困三月矣。初，金聲桓、王得仁反正疏至，敕書慰勞，改豫國公為昌國公、建武侯為繁昌侯；兩勳不悅。識者以為昌為「兩日」，私憂兩勳之不能久也。一時海內響應，乃不即乘勢東下直取江南，聽江右迂儒謬計，以「寧庶人起兵不破贛州，卒貽後患」；因並力攻贛州。久之不下，而北帥譚泰乘虛襲南昌，始舍贛州，退保南昌。南昌兵頗盛，每出戰，勝負相當；後為奸僧所紿，擇日決戰。於是閉城自守，北兵乃益築壘、掘深塹；圍合，求出一戰不可得矣。七月，惠國公李成棟提兵三萬出庾嶺攻贛州，以救南昌；軍容甚盛。贛州守將高進庫偽約降，其實堅城以綴惠國之師，使南昌坐困也。惠國信之，遂還軍嶺上。
十一月初一日，督師何騰蛟率保昌侯曹誌建、宜章侯盧鼎、新興侯焦璉、新寧侯趙印選克複永州，殺其鎮將餘世忠、巡撫李懋祖。永州堅守曆三月，前後大小四十餘戰，殺傷過半，所存羸兵不滿千。糧盡，咽糠吃草；初食馬，繼食人，城中婦女老弱皆食盡。城破之日，灑掃官署，所剔婦人陰棄不食者出之，計十五石。初五日，監軍禦史餘鵬起、職方司主事李申春領兵複寶慶兩府。捷音同日並奏，軍聲大振。
二十九日，督師露布至，恢複衡州；又據忠貞營李赤心捷報，已取益陽，直抵湘潭。於是瞿式耜密疏請上西幸，有雲：天下大勢在楚、不在粵；粵東三麵險阻，易入難出。臣不敢爭者，以成棟一片血忱，方倚為江右聲援；一旦拂其望幸之心，何以勸忠？今衡、永恢複，遊魂東竄，粵西之背愈厚；贛州愈困，江圍未解，粵東之齒尚寒。在成棟奉皇上去危就安，既無內顧，可畢力以圖贛；而楚師得萬乘親臨，勇增十培，便可乘勝以長驅矣。
時陳邦傅恃恩驕橫，夤緣禁近，與馬吉翔相為表裏。初，冒封富川伯；以迎駕功，封思恩侯，已晉封慶國公。又冒功，封其妻父茅守憲寧端伯、中軍胡執恭武康伯。複奉世守廣西之敕，行文巡按禦史查核通省錢糧。式耜特疏參之，兵科給事中吳其靁疏論世守非製，並劾撰敕中書張立光。廣西巡撫魯可藻、巡按禦史吳德操皆有疏參，騰蛟亦上疏駁正，湖南勳鎮曹誌建等皆譁然不平，事遂寢。究其故，皆由吉翔與桂林留守不悅；故加邦傅世守，以擅全省予奪，以撓留守之事權。立光小臣，奉旨承行。及迫於公論，吉翔乃稱原頒敕書，止「居守」、非「世守」也。外議益重邦傅以改敕之罪，然國體大褻矣。吉翔與邦傅皆浙東人；崇禎時，執恭為兵部火房舞文，吉翔、邦傅皆由以得官，執弟子禮於執恭。故執恭雖為邦傅中軍，而邦傅猶稱之為老師，惟其指揮是聽。三人者，一線關通、內外呼應。滇南半壁，實壞此三豎子手也。