雲南孫可望所遣使始至，疏稱於某日接敕封臣秦王、於某日接敕封臣平遼王，莫知所從；絕不及原敕所封及諸臣矯詔事，意在必得「秦」也。於是滇使接踵行在，亦時有貢獻。貴州總督兵部尚書範礦、匡國公皮熊交章論胡執恭罪狀，留守式耜請斬執恭，並正邦傅指使之罪。滇使候命日久，馬吉翔請於上封澂江王；滇使聞之，力陳非「秦」無以報命，廷議不能決。輔臣嚴起恒語某曰：滇必欲得「秦」，上意決不予「秦」，奈何？某曰：何不於「秦」字上加一字，或為「興秦」、或為「定秦」，既不失滇指要，猶是草澤王號耳。起桓以為然。方欲奏聞，而忠貞營鄖國公高必正、興平侯黨守素入覲至梧州，聞滇使在梧，召至舟次，以大義責之；言本朝無異姓封王例；若爾主要求王爵，吾豈不足以王耶？因自數其破京城、逼死先帝滔天大罪，蒙上赦宥，加以爵賞。爾張氏乘聞竊據一隅，罪固減等。今爵列上公，當與吾同心報國，洗去賊名，豈非大幸！勿欺朝廷孱弱！兩家兵馬彼此所知，鞭弭橐鞬足以相當也。隨作書致可望，纚纚數千言，詞義嚴正。滇使唯唯而退，議遂寢。
初，吳貞毓等以閣臣嚴起恒數為丁時魁、金堡等所指摘，意其銜恨，必乘此下石；不意其申救甚力，得免死。江西王化澄者，素貪庸；與王坤、馬吉翔等比夤緣入閣。二年，上在南寧；粵東反正，迎駕東來，命化澄留南寧扈太後兩宮，特賜手敕以便宜行事。化澄因賣官鬻爵，惟賄是求。有土司納銀數百兩，竟改宣慰司者；初不知宣慰與土司等級之懸殊也，諸夷譁然。上頗聞之。既至行在入直，屢被金堡參駁詆之；上亦厭其所為，因請假注籍，遂久之不召。至是，貞毓等合疏請起用化澄，思以排去起恒，計必殺五人而後已。陳邦傅遠駐三水，外無應援，恐上不見聽。聞忠貞營入覲，大喜。是時興國公李赤心巳死，兵權皆歸於高必正、黨守素兩人；時帶兵五千，以五月十三日抵梧。朝臣皆郊迎四十裏，列牛酒犒師，必正大悅；貞毓等極言朝事壞於五虎，為之主者嚴起恒也。公今入見，請除君側奸，不過數語即決。公功在社稷矣。高頷之。起恒聞其語，即日注籍，五人皆惴惴待命。到梧之次日，請對水殿。必正意忽中變，見上，言閣臣嚴起恒虛公，宜端委任；金堡等處分過當。化澄、貞毓等皆大失望。是時起恒已移舟，兩勳請手敕追及於平浪，邀還。越二日，高必正複召對於龍舟；李元允適自肇慶至，同對。慈寧王太後垂簾，上東向坐。元允奏事畢，忽伏地請死曰：金堡等非臣私人；有罪，皇上何不處分於端州，必俟到此地處分？是以臣與堡等為黨也。向以封疆事急，不敢請罪；今事稍定，請正臣罪。上慰勉曰：卿竭忠盡孝，朕豈疑卿。元允曰：皇上既不疑臣，何為以處四臣之故，賜臣敕書；令臣安心辦事？王太後曰：卿莫認堡等是好人；卿如此忠義，他卻謗卿謀反。元允曰：說臣謀反，還是有本、還是麵奏、還是傳言？上不答。必正曰：皇上重處堡等也是；但處堡等之人看來不如堡等，處堡等之後也不見有勝於堡等之事。複麵質王化澄徇私植黨；化澄窘急申訴，不能成語。上為解釋之。科臣張孝起、李用楫與禦史廖永亨互相糾訐；太後語上：傳諭中書科，以後科道本章不許封進。上曰：科道是言官，以言為職。若本章不封進，是絕言路也。但今有言軍國大事，許非時進；其餘是非本章，不許擅封可耳。對罷，上忽問廷臣曰：金堡畢竟是君子、是小人？再問無有對者，遂罷朝出。次日，詞臣錢秉鐙上疏言：臣昨侍班次，聞皇上再問金堡為君子、為小人？惡堡者皆在班列，無有對者；則良心難昧、天理難欺，堡之不為小人可知。因言堡受刑特重，左腿已折；僅相隨一仆，複墮水死。今遠戍金齒，以孑然殘廢之身、〈足敝〉〈足薛〉於蠻荒絕域之外，去必不到、到亦必死。雖名生之，實殺之也。伏乞量改近邊，以全堡命！得旨：改青浪衛。高必正以百金為堡藥資，不受。馬寶亦自德慶來朝，親為堡洗創；堡竟不死。嚴起恒仍留用，王化澄亦不求退；複召朱天麟入直。
是時，李元允守肇慶，忠貞裨將淮□侯劉國昌與高必正、李相失，潰入肇界。元允堵禦之，受約束，乃去，肇賴以全。南韶逃將羅成燿奔至肇，元允數其棄城罪，稱詔斬之。北兵過三水，直下廣州，廣州守甚堅，總兵吳文獻以舟師守東南門，北兵不敢進；張月、李建捷等屢出城戰，多有斬獲。非時捷聞，奏使往來不絕，行在以是少安。
上以張孝起為吏科都給事中（孝起，原名起，吳江人；庚午科舉人。為人孤峻無欲，吳中之錚錚者也），以張載述為禦史，改中書吳霖為給事中（霖，歙人；在中書司誥敕著勞已久，輔臣請以清華酬之，為五人所抑。至是，始受今職）、兵部右侍郎萬翱掌兵部尚書。時兩粵諸帥方喪師失地，朝廷不能問，惟寬假之；翱請於上，一概晉封。魯可藻既為留守式耜劾罷，因附吳貞毓、萬翱之黨冒升樞貳；晉封之請，實倡之可藻，欲以結援於諸勳也。於是焦璉宣國公、趙印選開國公、胡一青衛國公、曹誌建保國公。識者謂上公之爵，祗以賞敗百戰之將，其何以酬功哉？
高必正朝回，陳邦傅嗔其不附己，潛遣標將襲其老營。六月十九日，高必正請援於桂林。留守遣滇營總兵劉崇貴等駐柳慶，遙為聲援。上聞之，急敕陳邦傅。諭以和好。
九月初八日，北帥馬蛟麟襲破恭城、灌陽，曹誌建敗走。先是三月十九日北兵破龍虎關，誌建戰敗，闌入恭城、陽朔地方，將入桂，焦、滇二營皆洶洶。留守式耜發犒金五千兩，命兵科吳其靁往營撫諭；而北兵亦漸退劄衡州，誌建遂營於恭城、灌陽。至是，再失利。十八日，馬進忠敗於瓜裏，走入武岡山中。報至，桂林大震。焦璉兵久駐平樂，其大榕江一帶皆滇營汛守地，北兵再薄全州，滇帥自全州退榕江，自榕江退甘棠渡；必正曰：焦兵來桂林襲老營也。初，東阿任子於元燁督兵桂林，有女許聘寧遠伯王永祚子矣。趙印選聞之，強求焉；遂更嫁印選子。由是，王、趙成隙。印選又與胡一青爭總統，大哄。一青出守榕，從事獨勞；印選居城內守老營，惟酒色是耽，心甚不平。三帥各有私憤。璉兵在平樂，猝呼不至；故北兵破全州，長驅入嚴關，莫有能堵禦者。十月二十九日，胡一青，王永祚俱入桂林府城分餉，榕江一帶遂為空壁。
十一月初五日，興安塘報至，知本月初四日嚴關諸塘盡掃。留守檄印選出城赴子營，為城守計，戀老營不行；再促之，則已盡室而去。一青、永祚與武陵侯楊國棟、寧武伯馬養麟、綏寧伯蒲纓各家老營則俱已奔竄，永祚且迎降矣。獨存留守式耜危坐府中，家人盡散。總兵戚良勳操二騎至，邀留守速出，再為後圖。留守叱曰：爾去則去耳，我去，不過多活幾日。自古至今，誰不死者；但願死得明白耳。良勳去。總督張同敞自靈川回，聞知城虛無人，止留守在；遂泅水過江，直入府。曰：事迫矣！奈何？留守曰：皇上以留守命吾，當與城存亡。自丁亥三月桂林頻破時，已構一死；今得死所矣，夫複何言。子無留守之責，盍去諸？同敞毅然曰：死則俱死耳。古人恥獨為君子，吾師固不許予同死乎？遂呼酒，與共坐飲。四顧左右，惟一老兵不去；命召中軍徐高至，以敕印付之，諭令星馳赴行在，完歸皇上，勿為敵人所得。張燈相向坐，至天明，有數騎腰刀挾弓矢執二人。二人曰：吾兩人坐待一夕矣，無容執。遂與偕行。至靖江王府後門，見孔有德。有德於正月初十日差人持文書啟十餘函詣留守及滇、焦諸營，陳說天命、指譬人事，為劫降之語；留守焚其書、斬其使以聞於上。及是，有德見二人至，蹲踞於地舉手曰：誰是閣部瞿先生？式耜曰：某是也。城既陷，惟求一死耳。有德霽色慰之曰：吾在湖南，已知有留守在城中。吾至此，即知公不怕死不去。吾斷不殺忠臣，何必求死？今人事如此，天意可知；閣部無自苦！吾掌兵馬、閣部掌錢糧，一如在前朝可耳。式耜曰：吾天朝大臣，為皇上供職；豈為汝供職耶？有德曰：吾居王位，於閣部亦非輕。式耜曰：安祿山、朱泚自以為王，何王之賤也！
有德又曰：吾先聖之裔，勢會所迫，以至今日；閣部何太執耶？同敞厲聲曰：爾無辱先聖，不過毛文龍部下走卒耳！乃自以為聖裔耶？罵語甚多，不具述。每一語，留守一為之撫掌。有德怒叱左右縛之，逼令跪，不屆；折其兩臂、傷一目。式耜曰：是宮詹司馬張同敞也。與吾同難，應與吾同死焉。焉得辱之。有德命解其縛，還衣冠，令坐。兩人曰：吾中國人不慣坐地，呼椅來！且曰：汝何不速殺之？殺吾兩人，天下事定矣。有德顧笑，召副將全節護之出，幽於民居；雖異室，而聲響相達。有德又遣官王三元、彭爌往勸諭之，令薙發，不可；令自請為僧，亦不可。曰：為僧，薙發之漸也。發短命長，吾不為也。南冠而囚，終日賦詩唱和，以明厥誌。至十一月十四日，式耜語同敞曰：吾兩人待死十日矣！尚隱忍偷生，其為蘇武耶？李陵耶？誰實知之！同敞曰：即草檄，命老兵間道馳諭焦璉曰：「城中滿兵無幾，若勁旅直入，孔有德之頭可立致也」。老兵去八十裏，為邏卒所獲，獻之。十七日辰刻，有數騎至係所，請留守出；留守曰：已知之。援筆作詩二首。一自題，一贈同敞。肅衣冠，南向拜訖。所錄臨難時與同敞唱和諸稿共一百一首，置幾上；從容步出。遇同敞於道，同敞曰：快哉，行也。厲鬼殺賊，誰敢忘之。行至城隅，見一磐石，式耜曰：吾生平愛佳山水，此石頗佳，可以死矣。刑者從之，遂與同敞並遇害。同敞既刑，屍不仆；首墜，躍而前者三。頃刻大雷電，雪花如掌，空中震擊者亦三；敵人為之股栗。而廣州亦以是月初三日破；蓋範承恩獻西門降也。杜永和及諸將帥其眾入海南，保瓊州。