三年四月日，上禦經筵。初，式耜屢疏請開經筵，薦詹事劉湘客為講官。至是，乃加副都兼銜，與詹事黃奇遇同直進講。然彭年、時魁等每有建議，必決於湘客而後行。彭年所恃者，正紀綱、慎名器；其實，祗爭體統、重資格而已。湘客好言典製；然所習者，皆先朝陋規也。湘客，本諸生；由薦舉起家，受知於留守。初以編修兼禦史，繼以詹事兼副都禦史，亦隨彭年等以資格繩人，人益不服。丁時魁頗招權，剛狠有氣習；同輩亦不善其所為。蒙正發惟依附諸公，聽其指使。獨金堡素負清直，遇事敢言；然性溪刻、不近人情，筆鋒甚銳，人頗憚之。袁彭年先朝給諫，有名譽；既降北，物情大減。及總憲，核資俸、清冒濫，不少寬假；怨者尤眾。又每自恃有同謀反正功，嚐爭論上前，語不遜。上責以君臣之義，彭年曰：使去年此日惠國公以五千鐵騎鼓行而西，此日君臣之義安在？聞者咋舌。由是，上心不善五人。彭年初為給事，吳其靁特疏參；上不問。至是，有張載述者，涇縣人，原任江西盧溪知縣，以節義自命；至行在，久不得官，謂彭年輩抑之也。於是伏闕，疏彭年罪；或雲司禮監夏國祥使之。國祥為宏光幸璫，入粵新用事；與載述同鄉，能探知上意者，故有是疏。彭年自是氣稍沮。久之聞母艱，李元允疏請奪情，不允；遂解任，僑居肇慶城外。先是，朝士有東、西之分。自粵東來者，以反正功氣淩西人；而粵西隨駕至者，亦衿其發未薙以嗤東人。而東、西又各自為類，久之遂分吳、楚兩局。主持吳局者，閣臣朱天麟、吏部侍郎吳貞毓、給事張孝起、李用楫，外則製輔堵允錫也；而江右之王化澄、萬翱、雷德複、蜀中之程源、粵東之郭子奇，實為之魁。主持楚局者，丁時魁、蒙正發、袁彭年。彭年楚人，然私粵而不私楚；陝西劉湘客、杭州金堡既與時魁等合，桂林留守耜式耜亦每事關白，居然一體矣。至於禮部尚書吳暻、文選司郎中施召徵，皆吳人；吏部尚書晏清，楚人。俱浮沉吳、楚之間。其不得為局中人者甚多：如工部尚書耿獻忠、兵部侍郎曹燁、吏部侍郎洪天擢、大理寺卿潘曾緯、通政使毛毓祥、廣東學道李綺，雖與彭年同為粵東反正，而於楚人氣脈不通。凡自湖南、廣西隨駕至，出於督師留守門下者，大半歸楚。吳人謂楚東恃元允、西恃留守。然吳亦內倚吉翔、外倚邦傅；特其蹤跡秘密，不似時魁等招搖人目耳。
五月，惠國公李成棟喪至自嶺北，元允回廣州治喪受吊；上賜祭九壇。事畢，詔赴行在。時惠國舊部董方策、楊大甫各據一鎮；大甫尤驕悍不法。至是入覲，元允招飲於宅，即席稱詔斬之。
自成棟歿，庾關不守。聞北兵將有窺粵意，粵督杜永和奏請寶豐伯羅成燿出鎮韶州，許割南韶屬之；要賄萬餘金始行。
六月，留守式耜疏題尚寶司丞張同敞複原官翰林學士兼兵部右侍郎，總督各路兵馬；又題僉都禦史毛壽敦監督襄國公王進才、鄧國公馬進忠兩路軍務。皆奉旨給敕印。壽敦，湖廣公安人；禦史毛羽健之子。好讀書，有謀略，能耐勞苦；楚奇才也。同敞為江陵曾孫；以世廕錦衣衛前戶。先帝時，改中書科舍人；隆武帝愛其才敏，特授翰林院編修，累陞學士。在武岡忤劉承允，仍還任子之職。至是，留守抗疏題複，且以知兵，兼總督之任；諸大帥皆以所舉為得人雲。同敞為人健瘦而髯，有膽氣。每出師，輒躍馬為諸將先；或敗，諸將奔，同敞危坐不去。諸將複還，再與敵持，敵亦旋退，故卒以此全。意氣慷慨，詩文數千言援筆立就。年四十無子；妻死，蕭然一榻。
時焦、滇兩營兵鬥。璉既受知留守，再保桂林；遂以桂為老餐具。滇師久在督師標下，每赴疾人往，與璉兵有主客之分，多不和。已而移璉駐不樂、陽朔。元年冬，湖南潰，滇帥趙印選、胡一青等棄永州，率其兵奔入平樂，又與璉部將趙興於五月二十九日治兵相攻。興兵敗，滇兵追至陽朔；遇糧道王奕昌，殺之。留守引罪自劾，請恤奕昌，檄璉斬興以謝滇，而移鎮老營駐桂林。滇兵自此，益驕不可用。
七月，留守糾舊撫魯可藻久駐平樂·戀任不解。且既聞母憂，日以墨纕從事，但取錢糧、不理兵馬。致新撫餘心度觀望不前。奉旨切責。先是，粵東反正信至，可藻希冒昧躐進，列銜自署。兩廣舊例：東撫稱製，兼粵西；西撫稱撫。留守劾其擅署官銜違製；奉旨：革職；於留守軍前戴罪立功。
八月初一日，焦璉部將劉起蛟輕兵出全州，深入重地，敗績；璉按軍法斬之。初，留守聞北兵漸近，檄趙印選出全州，楊國棟、焦璉分兵堵截開州、海陽坪間。璉病臥陽朔，不即行；其部將張明綱、劉起蛟奮勇爭行，以全營疾趨興安而敗。留守疏言：起蛟貪功致敗，法所不容；但今兵驕將悍時獨肯身先士卒，一往不顧，其忠義之氣，有足嘉者。請以其子襲職！從之。
九月初五日，太監秦宗蛟自湖南返；過桂林，言辰常總兵馬蛟麟有歸國心。式耜疏請敕印，命宗蛟往；至則，蛟麟但修書報命而已。
監軍毛壽敦赴楚，路經柳慶，為邦傅標下曾海虎劫掠一空。式耜飛檄地方嚴獲賊首，追取敕書，並鄂國營諸印信誥敕；立提海虎置之法，遠近稱快。
粵督杜永和入朝。粵人黃奇遇、郭之奇以小忿爭直於永和前，為永所笑；朝士恥之。
十一月二十一日，留守報王進才、劉子良於本月初四日恢複靖州；又報曹誌建複永興、來陽二縣。二十三日，報馬進忠於十月二十七日恢複武岡；胡一青進屯東安，直取永州；牛萬才、張光翠兵逼寶慶。軍聲複振。
是月，上禦文華殿親政。是時史官乏員，誥敕多出中書，上欲歸其職於翰林。內閣輔臣黃士俊、嚴起恒奏請考選，留守瞿式耜疏薦部屬臣某等堪備宜職；上意特重科名，於是禮臣黃奇遇等議仿唐、宋開科取士。有詔：廷臣三品以上各舉所知、卿貳等自舉其屬，彙送吏部；敕塚臣晏清會同禮、詹、翰諸臣嚴加考核，取及格者若而人，其乙榜知名未仕者亦與焉。十二月二十四日，上臨軒親試經藝三道、論一道、詩一首。取中八人，授翰林院庶吉士官。先是，輔臣請詹、翰諸臣同入閱卷。是日，外廷密奏：閱卷官頗通關節；上聞，即時敕遣出，獨留兩輔臣宿文華殿宮中，賜臥具，內小豎司飲饌，關防特嚴。拆卷日，鴻臚傳齊各官侍班，上出禦文華殿。輔臣將閱過卷分上中下進呈拆號，上詔科道麵舉情弊，以示至公。且曰：朕自即位來，才有是舉用此數人；毋於用後，爾等又多言也。每拆一名，禦筆親為填寫。填過六卷，遽命已；輔臣再三奏請，更允兩卷，合得八人，俱改庶吉士。輔臣以諸臣有資俸深者，引先朝推知考選例，請授編簡；上雲：此朕特典，與考選不同。次早，上親灑宸翰，敕內閣吏部：朕親試取士，劉〈洍〉、錢秉鐙、楊在、李來、吳龍楨、姚子壯、塗宏猷、楊致和等八員，著即授翰林院庶吉士官。特諭。上命輔臣即擇日送館教習，推禮、詹、翰大臣有品行者為館師。是時，黃奇遇、郭之奇俱以詹事兼禮部侍郎；之奇曰：黃由推知考選，安知庶吉士典故？奇遇曰：郭以庶吉士浮躁出禮部，營轉福建學僉。宏光時，通賄馬士英，轉升詹事。品行如此，可為館師乎？相爭久之。輔臣黃士俊，亦粵人也；請並推候上親自點定，乃巳。
留守疏報湖南情形，言北兵已抵長沙。據胡一青、趙印選書有雲：北來之帥，所稱定南王孔有德也；實抵衡州。水陸並進，一麵發寶慶，一麵大隊來永州等語。是時永州為王永祚、張明綱圍五月矣。其將李東鬥堅守不下；有德命辰常鎮帥馬蛟麟為前鋒以拔永。十二月十二日，一青方薄城下。北兵銜枚疾趨，遠出永州河外，一青不設備，遂大敗。是夜複被劫營，滇將普明全軍俱沒。報至，總督張同敞馳赴全州，檄武陵侯楊國棟駐全州策應。全州為粵西門戶，危如累卵；北兵既解永圍不敢深入者，曹誌建兵屯龍虎關（即鎮峽）為衡、永之左路，馬進忠屯瓜裏為武、寶之右路，兩相犄角也。而除夕前一日，北兵自江西來者已踰嶺破南雄；粵東門戶已失，粵西亦勉強支持而已。
永曆四年庚寅正月元旦，上禦行殿，受朝賀。初六日，南雄報至，南韶守將羅成燿棄韶州走。上將移蹕西幸，召對群臣，皆言車駕不宜輕動；給事金堡、禦史彭佺爭之尤力。上命堡同戎政侍郎劉遠生往廣州敕諭諸將；諸將初欲棄城航海為颶風折回，始定死守計。遠生與堡複溯流上清遠，聞南雄雖望風奔潰，北兵尚未至也。馬吉翔自李成棟疏廠衛不得幹機務；大恚。久與李元允共事，外合中離；急欲上移舟，棄東如屣。嗾夏國祥趣上，以初八日登舟。百官倉皇就道，粵東人皆奔回；惟輔巨黃士俊獨坐閣中，不去。上念其年且九十不能從行，敕令回籍，候亂定再召；乃去。袁彭年亦請隨駕。南陽伯李元允奏曰：百官皆去，將委空城，以待敵耶？上自西來，今日仍歸西；元允留之，恐宵人謂吾有異誌。一朝不戒，生劫入舟；至今思之，獨負芒刺。但廣東一塊土，臣父成棟立功於此、殞命於此；皇上若猶顧念東土，臣願留督肇慶一帶，與江寧伯杜永和互相堵禦，以壯聲援。此元允之職也。上遂發筆，命元允留守，督理各營軍務。十三日，解維。過德慶，鎮將安定伯馬寶領兵扈駕，軍容甚肅。寶，陝西人；亦拔自流賊中來者。頗恭順知禮，好與士大夫交。
二月朔，上至梧州，駐蹕水殿。始聞北來者稱：為平南王尚可喜、靖南王耿仲明二王久頓江西吉安府未發，惠潮道李士璉（本田仰中軍，吉安人）與潮州鎮將郝尚久密往投誠，自陳迫脅；繳敕印，受北官。惠、潮兩郡謂：北有士璉，悉以國情輸之，督兩郡餉，接應北兵，導之入關。凡江右宗室依士璉寓惠州者，盡殺之，沒其家；執郡王十三人以獻，北兵遂長驅而進。
是時，堵允錫已沒。戶部尚書吳貞毓、禮部侍郎郭之奇、兵部侍郎程源、萬翱、禮科給事中李用楫、戶科給事張孝起、李日煒、吏科給事朱士鯤、禦史朱統銅、王命來、彭佺、陳光允等十二人合疏，參袁彭年、劉湘客，丁時魁、金堡、蒙正發號五虎者把持朝政，罔上行私，罪當死。龍舟甫駐，即相率請對，極言其罪。奉旨：下錦衣衛獄，敕掌衛事張鳴鳳嚴加鞫問；獨彭年以反正有功，免議。閣臣嚴起恒請對，不得入；跪沙濱申救，不允。先是，有呂爾嶼者，為吉翔門下士，冒入台班；金堡劾逐之嶼亦有疏，堡駁參雲：臣何人也，爾嶼何人也，以仁傑之袍、賭昌宗之裘，誌士猶為怏怏。顧且肆言無忌也，語甚不倫。惡堡者，業以是語構於兩宮。是日，程源在舟側揚言曰：金堡即「昌宗之寵方新，仁傑之袍何在」兩語，便該萬死。其聲達慈寧舟中。慈寧，上嫡母王皇太後也。於是張鳴鳳奉密旨，必致堡死，故堡受刑獨酷。堡等下獄時，潯帥陳邦傅方擁兵入朝；上敕邦傅暫駐兵三水，防北兵西突。式耜疏辯五人罪，且雲：就使其罪狀一如其疏中所指，處分豈無時日，而急急於倉皇移蹕之頃？又且不先不後，恰當邦傅到梧之時。能無「吾雖不殺伯仁」之疑乎？久之，上知堡無死法，與時魁俱減死，謫遠戍；湘客、正發贖徒追贓。