但是在巴比倫實行時，卻引起了信奉柏爾·馬杜克（巴比倫之主宰神）的有權勢的祭司們的猜忌，他們和鄰國米堤亞帝國的統治者、波斯人居魯士合謀，想要讓他取代拿波尼度，逼近拿波尼度退位。當時，居魯士因征服東方小亞細亞的呂底亞王國富有的國王克裏薩斯而聲名大燥。於是，他率軍攻打巴比倫，僅在城外打了一仗，就有人打開城門迎接他（公元前538年），他的軍隊長驅直入，不費吹灰之力就占領了這座城市。據《聖經》記載，當時拿波尼度的兒子——伯沙撒王太子正在舉行宴會，突然看見一隻手進來，在牆壁上寫了些神秘的文字：“彌尼，彌尼，提客勒，烏法珥新”。於是他召見先知但以理來解謎。但以理解釋到“上帝已知道你的末日，已在天平上稱出你的分量不夠，因此你的國家當分給米堤亞人和波斯人”。信奉柏爾·馬杜克神的們早就知道這種牆上寫字的把戲。《聖經》上說，伯沙撒王太子當晚即遭殺害，拿波尼度也被捕入獄。由於這次占領基本未動幹戈，所以對柏爾·馬杜克神的祭典也從未中斷過。（世界通史112下）
就這樣，巴比倫和米堤亞兩大帝國統一起來了。後來，居魯士的兒子岡比西斯征服過埃及。岡比西斯情緒暴躁，十分瘋狂，後因暴病而猝死。居魯士的寵臣希斯塔斯皮斯之子、米堤亞人大流士繼位，他就是大流士一世。
大流士一世統治的波斯帝國，是古代文明舞台上最早出現的新雅利安帝國，也是當時世界上規模最為空前的大帝國。它擁有小亞細亞全境、敘利亞、古亞述與巴比倫帝國的全部，還擁有埃及、高加索到裏海一帶，以及米堤亞、波斯等地，甚至遠伸到印度的印度河。當時世界上已經出現了馬匹、騎兵、戰車和修建的道路，因此也就有可能有條件建立這樣一個大帝國。在此以前，驢、牛和沙漠中的駱駝是最方便、最快捷的交通工具，如今，波斯的統治者為了管理他們的新帝國，建築了許多幹線道路；驛馬隨時待命，以供政府的信使或得到政府特許的旅行者們使用。與此同時，鑄幣開始使用，這就大大促進了商業的發展，推動了人員往來。但是，這個幅員遼闊的帝國的首都已經不是巴比倫了。從長遠來看，那些信奉柏爾·馬杜克神的祭司們並沒有從他們的背叛行為中獲得什麼好處。巴比倫城雖然還是很重要，但卻日漸衰落。珀塞波利斯、蘇薩和愛克巴坦那成為新帝國的重要城市，帝國的都城設在蘇薩。尼尼微城已為世人所拋棄，逐漸成了一片廢墟。