他為管風琴寫的6首三重奏鳴曲(BWV525-530)是他把意大利室內樂三重奏鳴曲的形式移植到管風琴上的一種嚐試。每首樂曲都是以意大利的快—慢—快結構構成，又都以3個平等的聲部寫成對位的織體，其中一個聲部用腳踏板演奏。
巴赫的眾讚前奏曲是這種形式的最高成就。在他的手中，眾讚前奏曲已經超出了一般對眾讚歌簡單的改編和加工，而具有很高的藝術性及內心情感的抒發。巴赫共寫了約170首眾讚前奏曲，其中一部分編成《小管風琴曲集》，另一部分在萊比錫創作的被編輯成3冊。《小管風琴曲集》裏的眾讚前奏曲體現了巴赫對這種體裁的典型創作方法，一般由高聲部將眾讚歌的曲調全部呈示出來，然後采用卡農或裝飾加花的方式發展或改編，其伴奏聲部大多從與眾讚歌曲調無關的獨立動機中，進行展開。而在萊比錫創作的3冊作品，則規模更大，更具符號的寓意性，也更注重樂思的展開和表情意義。
羽管鍵琴及楔槌鍵琴作品
巴赫為羽管鍵琴及楔槌鍵琴寫了大量的前奏曲、幻想曲、托卡塔、賦格曲、組曲、變奏曲、奏鳴曲、隨想曲、小品以及這兩件樂器與樂隊的協奏曲等等。他在作品中還運用了自己在管風琴創作中的經驗，如將即興性、悲壯的氣概、複調形式等吸收進來，並借鑒了法國鍵盤樂、小提琴藝術及琉特琴音樂的因素。他為這兩種鍵盤樂器譜寫的《平均律鋼琴曲集》《法國組曲》《英國組曲》《帕蒂塔》《f小調托卡塔》《c小調托卡塔》《d小調半音階幻想曲與賦格》(BWV903)、《戈爾德堡變奏曲》等，都體現了他創作的獨特性。其中如《平均律鋼琴曲集》中每首各包括一首前奏曲與一首賦格，它們用24個大小調證明了平均律在鍵盤樂上的可行性和藝術創作的優越性。第一集幾乎每首前奏曲都有意識地解決演奏上的某個技巧及介紹了鍵盤樂器創作的一個類型。而每首賦格也提供了賦格寫作方法的可能性，它們都有鮮明的音樂個性和完美的樂思發展邏輯。在當時還采用其他的調律方法的時候，巴赫卻用平均律寫了這套作品，充分體現了他的敏感和這套作品的意義。它們是鍵盤藝術的經典，堪稱鋼琴的《聖經·舊約全書》，與後來貝多芬的32首鋼琴奏鳴曲(被譽為《聖經·新約全書》)競相輝映。這套樂曲標誌著拉莫的理論體係在實踐中已完全成熟。
巴赫的組曲創作把這個流行已久的體裁推向了最高極限。其標題“法國“和“英國”雖非巴赫本人所起，但反映了他創作中吸取融合其他民族風格的影響(法國組曲 BWV812-817是因為“按法國風格寫成”，英國組曲BWV806-811是因“為英國顯貴而作”)。2套組曲都包括標準的4個舞曲，每首英國組曲前都有一首前奏曲，其中有些是巴赫特意將意大利的室內樂形式移植到鍵盤樂的試驗，如第三組曲的前奏，實際是全奏與獨奏交替的協奏曲快板樂章。
為羽管鍵琴寫的《d小調半音階幻想曲與賦格》(BWV903)是巴赫鍵盤樂的一個傑出範例。這首作品狂想性的即興發揮、音色和情緒的豐富變化以及技巧的精湛，都體現了巴赫高超的即興能力、創作技巧和充沛的感情。它們也都吸收了管風琴創作的宏大氣魄和悲壯風格。而將最自由的幻想曲與最嚴格的賦格組合於一首作品，這種典型的作法，又體現了巴羅克時期對戲劇性的對比統一的美學追求。
在《戈爾德堡變奏曲》BWV988中，巴赫又使主題加變奏這種形式達到了高度發展的水平。其主題是一首薩拉班德舞曲，全曲有30個變奏，以3個變奏為一組，每組最後一曲都是卡農。最後一個變奏是一首集腋曲(quodlibet)，它將兩首德國民歌《我離開你已經很長久》和《青菜蘿卜》用對位結合到一起。
其他獨奏曲
巴赫為小提琴、大提琴、長笛等寫了各種獨奏曲，並在創作中發揮了這些樂器的獨特技巧和表現力，如為小提琴寫的《六首獨奏奏鳴曲和一首帕帝塔》 (BWV1001-1006)采用了小提琴的雙音及旋律大跳等。他為大提琴寫的《六首組曲》 (BWV1007-1012)及獨奏長笛帕蒂塔(BWV1013)也采用了意大利奏鳴曲的形式。這些樂曲都發揮了獨奏樂器的歌唱性和表情性的長處，帶有法國琉特琴和楔槌鍵琴的音樂風格。
小型合奏曲
巴赫的這類作品包括為小提琴和羽管鍵琴創作的奏鳴曲(BWV1014- 1015)、為維奧拉甘巴和羽管鍵琴創作的奏鳴曲(BWV1027-1029)及長笛和羽管鍵琴的奏鳴曲(BWV1030-1035)。這些作品多數實際是三重奏鳴曲，采用教堂奏鳴曲慢—快—慢—快四樂章的形式，由右手彈奏羽管鍵琴的旋律，跟另一樂器的旋律形成二重奏，而羽管鍵琴的左手則彈奏通奏低音。
大型合奏曲
巴赫的協奏曲形式多樣，他寫過兩首小提琴與樂隊的協奏曲，一首為兩把提琴與樂隊的協奏曲，他還是音樂史上首先為羽管鍵琴創作和改編協奏曲的少數作曲家之一。