高能微波武器主要用於攻擊現代武器係統中的電子設備和電子元件，使之損壞或失效。001～1微瓦/平方厘米的弱微波能量可以對相應頻段的雷達和通訊設備產生強電磁幹擾，使之不能正常工作。001～1瓦/平方厘米的微波能量輻射，可直接使對方通信，雷達，導航等係統的微波電子設備失效或燒毀。
10～100瓦/平方厘米的強微波輻射形成的瞬變電磁場，會在各種金屬目標的表麵產生感應電荷和感應電流，這些附加的感應電流可以通過天線，電源線，傳輸線和各種開關，縫隙等入口，進入被攔截目標的內部電路。
感應電流比較小時，會改變電子線路中某些元器件的工作狀態，導致電路功能紊亂，出現誤碼，控製失靈或邏輯混亂等現象；感應電流較大時，就會造成元器件的永久性損傷。
強微波輻射還可直接使工作於微波波段的電子設備因過載而失效或燒毀。從遨遊太空的衛星到橫跨大洋的洲際彈道導彈，巡航導彈；從飛機到通訊器材，雷達，武器的計算機係統及其它光電器材，隻要處於強微波的覆蓋範圍內，都會遭到毀滅性的打擊。
此外，微波武器還可以對付隱形飛機，隱形導彈，隱形坦克，隱形艦船等在內的“隱形武器”，具有得天獨厚的優勢。因為這些隱形武器主要是通過外殼采用吸波材料或塗抹吸波塗料層來吸收雷達波（微波）而達到隱形目的的，這就為微波武器效能的發揮打開了方便之門。“隱形”武器的外殼一旦受到高功率的照射，便會因吸收過多的微波能量而受損，甚至燒毀。
除了對目標係統進行加固和覆蓋外，對微波武器的防禦還沒有有效的辦法。
未來軌道武器
軌道武器是中國軍方正在加速研究的另一種重要的高速武器。這種武器能夠發射高超音速的精確製導彈丸，在數分鍾而不是數小時內就可以對數百公裏遠的目標進行打擊。
電磁軌道炮的原理並不複雜，其最簡單的形式是由兩個通過絕緣體分開的平行導體（軌道）構成。電流沿著一條軌道，通過一個活動電軸自由沿軌道流動，和另一條軌道形成一個回路。
一個短暫高功率的電子脈衝產生一個極其強大的電動力，沿著軌道驅動綜合發射裝置——電樞，膛片和彈丸，“發射”彈丸。
中國軍方在研的未來驅逐艦艦載軌道炮係統數據如下：彈丸發射重量（包括推進器和膛片）20公斤；飛行重量15公斤；初始速度25千米/秒；初始動能63兆焦；膛口動能150兆焦，炮管長度12米；發射速度6～12發/分鍾；係統功率需求15～30兆焦；彈丸攜帶量2560發；最大射程360千米；作用於目標的能量為17兆焦。
在作戰中，15千克的動能（非化學能）殺傷彈丸能夠以8倍音速發射到外大氣層，攻擊遠至360千米範圍內的目標，時間不超過3分鍾！
電磁軌道炮除了在作戰上的好處外，對海軍後勤和艦船設計也將產生深刻影響。軌道炮的維護保養將明顯比傳統線膛化學能武器設備簡單，同時在同等情況下未來艦船將可以裝載更多的彈丸。由於每發彈丸/綜合發射裝置的體積更小而且不需要推進劑，每艘艦船裝載的綜合發射裝置將是傳統的10倍。