朱通過裁員改組並形成了一個全新的國務院機構，也就是官方常說的中央政府。他把原來的40個部委減少到29個。主要裁減的是在計劃經濟時期所形成的行業部委，如機械工業部，化工部等。這些原本遙控指揮著國有企業的行業領導中心下降為行業協調局，而經貿委也下降一格。它們的任務減為行業的協調，不再具有對下屬國有企業經理下指令的權力。譬如，化工部分為化工（行業協調）局和將要投放到股市去的化工國有企業。國家今後對企業所扮演的角色隻局限於作為所有者：它向企業要求獲得所擁有的資本紅利，而不再幹預企業的管理，而所有對贏利負責的事情，那都是企業經理的責任，至少從理論上講是這樣的。通過解決行業部委，朱鎔基既推開了舊體製的主要代表以及反對改革者，也刨掉了貪汙腐化的一個源泉。
在這場改革中，那重權在握的計劃委員會也受到消減。它被更名為“發展計劃委員會”，它的任務被局限在綜合研究、擬訂經濟和社會發展政策，進行總量平衡，指導總體經濟體製改革的宏觀調控。
新的機構把經貿部變成了重權部。朱把中國石油的老總石廣生任命為這個部的部長。
朱把郵電部和電子工業部合並為“信息產業部”，並以此為信息社會的基本設施建設專門設立了一個部。
朱隻有不斷通過其個人的直接幹預才能克服強大的官僚主義阻力，使裁員和機構改革得以落實。但是，在改革方麵，他有全國人大在人事上的支持，同時還有政治局成員那堅定不移的後盾。一個改革後的政府係統，即一個基於市場經濟要求為基準而設置並運作的政府，就這樣的產生了。
同時過渡進入市場經濟和信息社會是一項相當艱巨的重任。對於設立、形成一個現代的政府和管理機構來說，還麵臨另外一個任務，那就是一個新的選拔官員的方式、途徑。各部委從此刻起，通過選拔來招聘工作人員，而高級官員的任命依然由黨組織負責。
收 權
隨著現代政府管理機構的建立，不可避免地遇到了稅收和金融體係要向中央集權的問題。鄧小平把經濟和財政決定權的絕大部分下放給各省，這種放權有助於克服中央內部的思想意識反對派的幹預，同時也創造了活躍的幹部化企業，它們在80年代也確實帶來了經濟發展的奇跡。可現在卻到了把放下去的權力收回來的時候。