但是在2000年，賓漢姆的這個理論又被推翻，當時就職於耶魯大學的沃拉諾對骨骼遺骸進行了分析，結果發現女性和男性的比例各占一半左右。
有學者則認為馬丘比丘是一個皇室靜居之所，即是15世紀印加皇帝帕查庫提時期的皇室靜居之所，供其及皇室成員休息、狩獵和款待賓客使用。利馬考古學家吉爾莫·科克表示，古城供帕查庫提時期的皇室成員一年之中可能在這裏逗留幾天、幾周甚至幾個月。
這一“皇室房產”理論於20世紀80年代首次提出，主要基於16世紀的一份西班牙文獻資料，上麵提到的一處皇室房產被稱之為“比丘”，所處地區與馬丘比丘相同。
還有一些學者認為，印加人建造馬丘比丘擁有更深層次的精神上的目的，因為馬丘比丘再現了印加的創世神話。意大利米蘭綜合理工學院天體物理學家吉烏裏奧·馬格利2009年進行的研究發現，馬丘比丘是印加宗教神話中一個虛構地帶的縮小版。
馬格利指出，馬丘比丘是一個聖地，朝拜者能夠在這裏體驗他們的祖先經曆的一次艱難旅途。這段旅途從玻利維亞的提卡湖開始，而後進入地下，最後在庫斯科附近的一個地區結束。
另外一些學者認為建造馬丘比丘旨在向一個聖地致敬。考古學家和人類學家喬翰·萊恩哈德在1991年的著作《馬丘比丘：探索古代聖地》中提出，馬丘比丘坐落於印加的一個神聖之地。馬丘比丘所在的高山幾乎完全被烏魯巴姆巴河環繞。這條河在印加語中名為“維爾卡瑪約”，意為聖河。
萊恩哈德認為在馬丘比丘特定地區看到的日出日落能夠與夏冬至和晝夜平分點聯係在一起，說明這座山在宗教上具有重要意義。印加人認為太陽是他們的神聖祖先，而在這裏，印加人首次將宇宙與安第斯山脈聖地聯係在了一起，將地球與天空結合在了一起。絕大多數有關馬丘比丘的理論都強調，無論是具有實際用途還是精神方麵的用途，兩者之間並不衝突。
雖然以上觀點各有各的證據，但是這一切都隻是推測，而最終的答案，還需進一步的探索和考證。
馬丘比丘的建造工藝
印加古城的建築，全用巨石建成，見不到灰漿的痕跡，在那個荒蠻的時代，達到如此的工藝水平是一個謎。古印加人從哪裏，又是用什麼方法搬來了這些巨石材料？在崎嶇狹窄而危險的山脊上，把巨石運到山巔幾乎沒有可能。
有秘魯科學家認為，印加人並沒有在懸崖峭壁上搬運巨石，而是在山巔就地取材的。他們在選定的山巔就地采集岩石製作砌塊，在山頂開出了一片90000餘平方米的開闊平地，壘築古城。然後把剩餘的石塊、碎礫全部扔下了山崖，最終在山巔留下了這座奇跡般的古城。
關於這座印加古城未解的謎團還有很多，比如居民為什麼會消失？遺留的100多具頭骨和隨後發現的木乃伊帶來什麼樣的古文明信息？總之，馬丘比丘充滿了無窮的吸引力召喚著人們去探索。
拓展閱讀
馬丘比丘是保存完好的前哥倫布時期的印加遺跡，是南美洲最重要的考古發掘中心，也因此是秘魯最受歡迎的旅遊景點。在1983年，馬丘比丘被聯合國教科文組織定為世界遺產，是世界上為數不多的文化與自然雙重遺產之一。