1630年敕封無瑕為“應身菩薩”，並題額“為善最樂”，賜無瑕肉身塔名“蓮花寶藏”。同年，無瑕弟子慧廣和尚於此建佛殿，造戒堂，立方丈，安單接眾，易“庵為寺”。正因為萬年寺是為紀念百歲公無瑕和尚而興建的，因此又名“百歲宮”。
至後來的清康熙年間，百歲宮毀於大火，之後多次進行修葺和重建，命名為“萬年禪寺”，創成“十方叢林”，無瑕和尚的肉身也移至殿內供奉。
1879年，僧人寶身主持重建並赴京請《藏經》一部。光緒末年再次遭火，幸撲滅及時，未造成重大損失，無瑕肉身、明清帝王所賜的金章、玉印和《血經》等完好無損。
寺院內的無瑕和尚肉身重上漆、貼金，塑三如來、十八羅漢、彌勒佛、韋馱諸像。之後又建造了五百羅漢堂，供奉五百羅漢坐像，像高1.3米。
百歲宮是典型的皖西民居寺院，5層高樓融山門、大殿、肉身殿、庫房、齊堂、僧舍、客房和東司為一整體，沒有單體建築的配置，遠觀恰似通天拔地的古代城堡，這種形製在我國寺院建築中極少見。
百歲宮的布局是充分利用了由南向北下跌的坡勢，樓層由低爬高，層層上升，形成曲折幽深、恢宏多變的迷宮。
從正門下麵看大殿，它隻是一層樓，而大殿東側的廂房是兩層樓，通高隻有10米，但從它的後門看，東側牆高達55米，為5層樓。而屋頂隻是一個完整的皖南民居式有天井的四落水頂。
寺下不遠處有一山亭，亭內原供皆大歡喜形象的彌勒佛。佛經上說彌勒住在兜率天，所以小山亭的題額為“兜率院”，頗有以山亭作為寺門之意。
穿過山亭便至峰頂，石庫式的大雄寶殿門上方，懸掛著“敕建萬年寺，欽賜百歲宮”楷書寺名豎題。寺門前，兩邊平房對稱，中間是一塊呈長方形的坪地。牆壁上鑲砌著清雍正、乾隆等年間的碑刻10餘通，有詩刻，有《藏經》、修寺院、捐獻“功德”等碑記刻石，其字跡有魏碑、正書、榜書、館閣體小楷。
西邊一排平房，為香積廚、庫房等。東邊數間平房，臨崖而建，屋內懸有古鍾，謂之鍾房。鍾為銅質，重約1000千克，鍾麵凸出銘文和花紋圖章。此鍾也稱“幽冥鍾”。撞鍾和尚邊念鍾上的文字邊撞鍾，循環往複，日夜不停。
這種布局在其他的寺廟中是非常少見的，由大殿側門可進入同一樓層的肉身殿，供奉著裝金無瑕和尚肉身。和尚頭戴蓮花寶冠，身披朱紅袈裟，頭部大小與常人相似，身軀已幹縮如孩童，端坐蓮台之上。這種金身，置於空氣中已有350多年，依然不腐。
大殿4個樓層內有巨岩橫陳，有磐石鑲嵌，岩石與建築，建築與山峰有機結合，巧奪天工，令人歎為觀止。
清代佛教的政策幾乎是完全繼承明代。清代帝王雖然對喇嘛教十分推崇，但對漢地佛教也極力崇信。世祖順治曾召玉琳國師到京說法，並命選僧1500人受戒，以示對漢族地區佛教的扶持。
其次，清聖祖康熙和高宗乾隆曾多次出巡常住名山巨刹，並賦詩題字、撰製碑文，表示對佛教的濃厚興趣，還多次派遣官員專程上山向地藏致祭，屢賜重金修繕化城寺，欽賜禦筆匾額。
此後，九華佛教又有了進一步發展。寺廟林立，僧伽雲集。化城寺的寮房增至72家之多，又自稱禪院，各立門戶。僧人多達三四千人之眾，金地藏可謂是“身後沙門多似沙”了。
1858年，太平軍與清軍激戰於九華山，許多佛寺禪院毀於戰火。戰後，清朝廷出於政治需要，扶持佛寺的恢複。光緒年間給甘露寺、百歲宮等寺3次賜予《龍藏》各一部。地主紳商及善男信女競相捐輸，佛寺、精舍修複很快，還陸續出現了一些茅蓬小廟。
祇園寺、東崖寺、百歲宮等大的叢林又恢複了“受戒法會”、“講經法會”，開壇講授戒律和《法華經》、《地藏經》等，並刻補經書雕版，印刷發行。各寺都恢複“水陸法會”等宗教活動。
康熙年間，朝廷派包衣昂邦赫奕、內侍李環、太仆寺少卿格爾芬到九華山進香“賜銀三百兩”。次年賜禦書“九華聖境”。
旃檀林是化城寺十二寮房之一，由4座廳堂式民居和宮殿式大雄寶殿組合而成。
東為僧房和齋房，敞廳堂，3層樓閣，有內落水小天井。西為雲水堂，敞廳四開間，兩層樓，小天井。僧房和雲水堂之間為前廳，內用板壁隔成彌勒殿和韋馱殿，進深20.5米，殿兩側是兩層樓閣。
韋馱殿前有兩個小雕像。其中一個一手拿著薄如紙的小酒盅，另一手搖著破芭蕉扇兒，笑盈盈，喜哈哈，手舞足蹈，似酒醉歸來，逍遙自在，他就是濟顛和尚。另一個是瘋僧，赤足，手揮拂塵，左肋下夾著一把掃帚。韋馱殿裏，韋馱身著鎧甲，手扶金剛杵，麵對大雄寶殿佛像而立。
彌勒殿裏供“西方三聖”，又稱“阿彌陀三尊”，即西方極樂世界的教主、三世佛之一的阿彌陀佛，他有13個名號，是淨土宗的主要信仰對象。與左邊的觀世音菩薩，右邊的大拋至菩薩，合稱為“西方三聖”。
從韋馱殿向左，進門又是一幢樓閣，樓上佛堂寬敞，樓下廳堂高大，古色古香。廳前天井狹長，左右為庫房、僧寮。
由韋馱殿向右，進角門穿過樓間小巷，是又一組樓堂。樓下3間敞廳，屏風後和左右兩端有10間客房，樓前天井，上有巨幅壁畫，為“墨龍行雲圖”，龍首向下噴水，鯉魚向上跳躍，也稱“魚龍變休圖”，左右上方還有“蘆雁秋景”、“秋菊傲霜”和春蘭、冬梅等小品圖畫。古雅清幽，可供觀賞。
在兩廂樓柱間，有唐玄奘率孫悟空、豬悟能、沙悟淨西天取經的雕像，4人風塵仆仆，遠道而來，各自佇立於廊下一角，好像等待寺中住持和尚出來迎接款待，十分有趣。
穿過一石板鋪地、潔淨如洗的長方形天井，就可達大雄寶殿。大雄寶殿高18米，寬11.5米，深15.5米。仰觀大殿，鐵黑色葫蘆矗立在正脊中間，魚龍尾翹在兩邊。重疊的飛簷，條條魚龍飛來，裝點得八角殿更加壯觀。重簷間繪著青獅彩鳳。
四周廊柱上，雕有“八仙”人物像：跛足蹣跚的鐵拐李，腰間葫蘆搖晃；風度翩翩的呂洞賓，瀟灑自如，春風滿麵；袒胸露腹的漢鍾離，須髯飄灑，手搖寶扇；倒騎毛驢的張果老，手擊漁鼓，欲唱一曲“道情”；身穿官服的曹國舅也趕來檀板輕敲。
還有仙人劉海，喜盈盈地在戲弄金蟾，這些都是道家神仙。
殿前廊下左右鍾鼓高懸，古鍾重有上千千克以上，鎏金大字閃爍有光。殿堂正中供奉著釋迦牟尼佛像，兩旁侍立著是阿難、迦葉。兩側是觀音、地藏像，觀音像兩側有“金童”、“玉女”，地藏像兩旁有閔公、道明侍立。
大殿兩側依牆而塑的十八羅漢，與祇園寺的十八羅漢各有千秋。自台基以上至殿梁間，塑的是大海波濤。十八羅漢或立，或坐，或昏睡，或驚異，他們各異顯神通，在驚濤駭浪裏穩如泰山。鼇魚、龍、鱉、蝦、蟹、蚌之類水族都在他們腳下，為其效勞。水麵上還有一隻空蕩蕩的“法舟”，最高處還有佛龕、寶塔，仿佛是海上奇觀。
大殿中的佛像均用生漆夾紵法製成。一枝花莖能擎兩三丈的塑像。
佛像製作工序較為複雜，預先雕刻好能分能合的木質佛像模型，拚合成一整體，外纏紵麻布，塗上生漆、鐵砂調和的塗料，如此重複。
雛形製成後，將模型一塊一塊抽出來，然後刮淨磨光，貼上赤金製成的金箔，金光閃閃的佛像就製成了。它具有防潮、防腐、防蟻蝕等優點，適宜於雨水多、雲霧濃、濕度大的江南山區。九華山佛寺中，這種造像較多。
大殿兩側是花廳，兩層樓，有花院，名“山中天”。牆下依地勢砌成花圃，種花植草。旁有山泉一眼，用石條砌成一方池，清澈見底，晶瑩如鏡。
1667年，玉琳國師奉旨進香九華山，見九華山山水環拱，於是在九華山化城峰半山腰建立了甘露寺。
傳說在動工前夜，滿山的鬆針盡掛甘露，人稱奇跡，又因《法華經·藥草喻品》中寫道：“釋迦說：我為大眾說甘露淨法”。阿彌陀佛又有“甘露如來”和“甘露王”的稱號，他化身說法時就有“澍甘露之雨”的話，於是定名為“甘露寺”。
甘露寺地處山腰，又是北路朝山必經之地，寺院寬宏，佛像眾多，茂林修竹，環境優雅，因此香火十分旺盛。有洞安和尚在此兩度登壇的說法。乾隆年間住持僧優曇開壇傳戒，成為叢林。
甘露寺全寺由3組民居式建築與宮殿式大雄寶殿組合，依山而建，高達5層，琉璃瓦頂，金光閃耀。
該寺為不規整布局。北麵的韋馱殿和知客堂兩組建築布置在高2.5米的台基上，3層閣樓，其中知客堂牆上開4層窗戶，實際隻有3層，開設頂層窗戶，增加了層次感。
韋馱殿南為高15米的大雄寶殿，前有伴廊，殿身築在6.8米高的台基上，大殿東為兩層走馬通樓，內天井，進深22米，寬15米，樓層上下分別為祖師殿、方丈寮、禪堂和客房。
進入大門後，從山門的側門出，轉向上坡十數級台階，再從側麵進入大殿，有明顯的空間層次感和明暗變化的效果。
寺內有3個天井，上百個外窗，屋麵為硬山兩落水或四落水，而大殿為歇山頂。
甘露寺全寺殿宇寬宏，樓閣整齊，背倚青山，前有流水，極富詩情畫意。古人宿此寺中，曾有“屋角泉聲落，床頭嵐氣過”、“到此禪關宿，方知山色多”的詩句。寺前路旁有石砌冰紋通花欄杆，可在古木蔭下憑欄遠眺，一覽山色。寺旁有“定心石”，四周翠竹修林，遮天蔽日。
乾隆年間，朝廷賜禦書“芬陀普教”，並遣欽差當時的江寧布政使司普福朝山進香，各地方官府也對九華山佛教給予了大力地的支持。由於官紳和信徒的捐助，清中葉全山還新建和擴建了眾多寺宇。
清代光緒年間，朝廷向九華山甘露寺等寺3次頒賜《龍藏》。再加上紳商及信徒們的競相捐贈，至清末九華山有寺廟達150餘座，祇園寺、甘露寺、東崖寺、百歲宮四大叢林開始形成。
1898年，月霞法師在翠蜂寺舉辦“華嚴道場”，進行僧伽教育，開創了我國佛教史上興辦佛學院的先例。
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在九華山上有一棵千年古鬆，形如鳳凰展翅，被稱讚為“天下第一奇鬆”。
相傳在南北朝時候，九華山有位姑娘喜歡畫鳳凰，引得天上的真鳳凰常常落在她的身邊不肯離去。久而久之，人們就叫她“鳳凰姑娘”。一天，正在作畫的鳳凰姑娘被縣官撞見，縣官見其貌美就想把她獻給皇帝做妃子。鳳凰姑娘寧死不屈縱身跳進道邊的萬丈深淵。這時，一隻金色的大鳳凰展翅飛上前去托住鳳凰姑娘，馱著她向天外飛去了，並撒下了一粒鬆子。第二年，土裏長出了一棵青翠的小鬆樹，小鬆樹越長越大，越長越奇特，活像一隻美麗的綠色鳳凰。人們認為它是鳳凰姑娘的化身，所以稱其為“鳳凰鬆”。