南唐時，有圓證禪師居住臥雲庵。此時山上的名僧並不多，九華山的佛教出現了衰微的跡象。
兩宋時期，九華山的佛教略有發展。除先後修複唐代建造的佛寺庵院外，新建了淨居寺、聖泉寺等6座，使九華山的寺廟增至25座。朝山進香的善男信女日漸增多，香火日趨興旺。
愛慕九華山風光的文人雅士、達官顯貴也接踵而至。“唐宋八大家”之一的王安石在遊覽九華山時，曾寄宿在主刹化城寺內，並題《宿化城寺》詩：
白雲如驅羊，滿穀不可量。
散作兜羅錦，中藏寶月光。
山窗夜閑靜，時聞葉鳴廊。
僧房杳清寐，佛爐篆餘香。
南宋名臣、學者周必大，遍遊九華山之後也撰寫了《九華山錄》。他遊化城寺，稱讚殿宇寬敞。登神光嶺謁地藏塔，徐步階前，至塔後遠眺大江，並和守塔和尚品茗論茶，盛讚九華山茶色味俱佳，品得皇室所賜的名茶。
文人吳夢祈，在“春樹連村，早鶯喚人，綠水浮雲，紫煙繞穀”的景色中，尋訪李白的遊蹤。他和遊伴在太白書堂前，橫琴花間，吟詩作歌，又舉杯暢飲。酒醉後到溪邊俯視清流，枕石而臥，說自己坐與李白同石，臥與李白同夢。傍晚，涼風起天，落日照耀雲海，群峰如海上島嶼。山雲薄暮，江色映秋。他們又“酌白酒，顧影起舞，浩歌以待明月”。
後來，宋代朝廷給佛教以適當的保護，以加強國內的統治力量。宋南遷後，由於江南地區的佛教基礎比較雄厚，朝廷財政又有利於度牒征費及免除稅役等收入以作為補充，因而佛教還能保持一定的盛況，這個情況一直持續至宋代末年。
由於地處江南的九華山區處於宋代的保護措施之下，故九華山地區的佛教得到了進一步的發展。據統計，宋代九華山的寺院在晚唐和五代的基礎上發展至40多座。
其中前山和後山新建著名寺院有淨居寺、聖泉寺、廣勝寺、廣福寺、天台寺、翠峰寺、曹溪寺、龍安院、五台院、永福寺、興教寺等，先後被朝廷賜額的有12座。以化城寺為中心開始出現“寶塔香燈諸洞見，石樓鍾磬半天聞”的興盛局麵。
天台高處也陸續建成一批寺院，一些在當時很有影響的禪師來山傳法，如臨濟宗楊歧派高僧宗杲，曾來山傳臨濟宗法。宗杲圓寂後，九華山僧徒尊其為“定光佛”。
此外，宋代九華山僧人中有影響者還有玉田、寂祖、雲澤等人。在元朝建立之後的短短90年間，由於元世祖忽必烈信仰佛教中的喇嘛教，曾拜西藏的喇嘛為帝師，除在京城內外有較多的喇嘛寺外，其他漢民族居住地的佛教並沒有太大的發展。
而九華山的佛教則依舊是“慶雲生處梵王宮，躡蹬攀蘿一徑通。金殿忽開青嶂裏，天人疑在白雲中”，基本上保持了宋代時的狀況。同時還新建了一批寺廟，如西峰堂、成德堂等。當時比較有名的僧人有智津、如理等。
至元代末時，有真觀和尚以臨濟禪師的身份來九華山，曾住持化城寺，人稱“無象禪師”。
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據說諸葛節拿出自己的家產為金地藏建造寺廟的時候，特意從南海請來了一個木匠和一個畫師。畫師是木匠的女兒，長得異常嫵媚，手藝也極精。後來有個財主看上了她，多次派人來說媒不成便欲搶親。寺廟造好了，父女倆知道這財主會來搶人，就用木頭雕了一個和女孩一樣的木頭人，手腳都會動。女兒將木頭人繪上色彩，和自己打扮得一模一樣。他們將這個木頭人立在住房中的窗戶邊，第二天天不亮，就動身回南海去了。這天中午，財主領著一幫人來到寺前，從窗外一看，見“畫師”立在窗前，便一擁而上搶了回去，直到晚上洞房花燭才發現是個木頭人。
明清兩代佛教的鼎盛時期
明代之後，鑒於元代崇奉喇嘛教，朝廷開始轉而支持漢地佛教，使其得到恢複和發展。因而喇嘛教在漢族地區漸衰，而禪、淨、律、天台、賢首諸宗都得到了恢複和發展。
從16世紀至17世紀，明皇室對九華山的佛教進行了多方位的扶持。1391年，明朝廷特賜金重修化城寺，並建立叢林製度，使得九華山的主刹化城寺逐漸發展為擁有東西兩序72座寮房的大叢林。
1422年，明成祖棣封妙峰寺妙廣和尚為“護國瑜伽上師”，並賜金斕衣，敕封淨居寺住持圓慧為“大度禪師”。1427年和1583又屢次賜金修葺主刹化城寺和肉身寶殿，並先後頒賜了兩部《藏經》，同時還賜予了量遠和尚紫衣，優寵備至。
1457年，化城寺的主持道泰和尚歿於寺內，因道泰和尚生前曾奉旨進京，在紫禁城外的萬壽寺任戒壇宗師，所以景宗朱祁鈺特派遣使者持他的“諭文”專程上山致祭，可謂哀榮已極。
明王朝的重視，促使九華山的影響越來越大，常住山上的僧眾也日益增多，朝拜九華山的佛教徒歲無虛日，香火越加興盛。
至此，九華山已同山西的五台山、四川的峨眉山、浙江的普陀山並稱為我國佛教的四大名山，其“香火之旺，甲於天下”。
祇園寺位於九華山東崖西麓的迎仙橋東，是九華山四大叢林之首，始建於明代嘉靖年間，原名為“祗樹庵”。
清代嘉慶年間祇園寺缺少住持，一度出現了衰頹的跡象，於是諸山的長老們議定迎請禪居伏虎洞20多年的隆山和尚來山住持。
隆山率弟子大根等人在祇園寺聚眾說法，開壇受戒，大興土木，重建殿宇，其規模為全山寺院之冠，將一座蕭條古寺變成了“十方叢林”，於是改名為“祇園寺”。
同治年間住持僧大根重建，增設戒棚，安單接眾。後來，又在住持僧寬揚的帶領下募建了大雄寶殿，成為當時九華山的四大叢林之首。
祇園寺由靈官殿、彌勒殿、大雄寶殿、客堂、齊殿、庫院、退居寮、方丈寮和光明講堂等9座單體建築組成，建築麵積5175平方米，除彌勒殿和大雄寶殿屬宮殿式建築外，其他殿堂都是民居式建築。祇園寺全寺殿宇層層疊疊，回旋曲折，結構精巧，氣勢磅礴。其中最有特色者是靈官宮殿，它是我國佛、道融合的一個文化象征，從寺院構造上就已表現出來。
祇園寺第一進殿堂不是天王殿，而是靈官殿。龕內站立靈官，周身金黃鎧甲，赤麵紅須，圓睜怒目，大張嘴巴，額頭上還有一隻小眼睛，據說是“三眼能觀天下事”。
靈官右手高舉鋼鞭，左手攥拳，作械門姿勢，形象十分威猛。神龕左右為哼哈二將，均是怒目圓睜的赳赳武夫，如臨大敵。
靈官塑像出現在佛士殿堂，大約是金元以後的事。
金元時，全真的創立者王重陽主張儒、釋、道三教合一。他說：“儒門釋戶道相近，三教從來一祖風。”又說：“釋道從來是一家，兩般形貌理無差。”道教的神給佛教看門，原因即在於此。
祇園寺有一條浮雕蓮花甬道，由100多塊長方形石條鋪砌而成。每塊石條均有等距相同的浮雕圖案3個，左右金錢古幣滾圓，縱看似兩串金錢。中間一路方形圖案，像一條鬥方畫圖，三步一朵盛開的荷花。其他畫麵，有菡萏出水，有蜻蜓戲蓮葉，有青蛙伏於蓮莖下，生動有趣。
佛寺建築以蓮花雕飾甚多，那是因為僧人對“七寶蓮池”琉璃世界的憧憬，古錢鋪路，為一般寺院少見。這種特例出典於佛經的一段故事。
相傳當年釋迦在摩揭陀國說法時，舍衙城給孤獨長者皈依佛門，長者準備請釋迦到家鄉說法，於是選園林建造精舍。
當時唯有波斯匿王家的祗陀太子園林最佳，但要以黃金鋪地為優，給孤獨不惜重金買下。後來祗陀皈依佛門，自動將園林獻出，請釋迦到此說法。
於是這座園林的名字便冠有他們人名氏，合稱“祗陀樹給孤獨園”。祇園寺甬道刻滿金錢，是為了象征釋迦聖跡。
祇園寺寺門門樓寬5間，高3間。門頭三層廊簷，覆蓋金黃色琉璃瓦，飛簷高挑，簷角龍頭伸頭吐舌，有行雲之勢。梁棟雕飾彩繪，精致異常，有玄奘取經、水漫金山、渭水垂釣等神話故事。門額牆壁上，鑲嵌著白底青花圖案組成的“祇園禪寺”寺名瓷匾。
東崖禪寺位於九華山東峰頂，坐落於巨岩之上。在此可眺望長江，俯視九華鎮，仰觀天台頂，環顧九華群景。佛國風光，一覽無餘。
明代正德年間，有僧人周經在化城寺旁結茅，並建“晏坐堂”，以祀金地藏。
心學大師王守仁曾兩次來這裏與周經談經論道，相契甚深，並互有題贈。萬曆年間釋普通因石崖位於化城寺之東，所以把晏坐堂改名為“東崖精舍”。明代末期，擴建了大雄寶殿和天籟軒。
清代，住持定慧重修了大雄寶殿，並建造了萬佛樓、地藏殿和禪堂。後來，釋心舟主持修建了僧寮，名為“走馬通樓”，高達5層，可容數百人，安單接眾，遂成十方叢林。
清末，月霞禪師應聘任東崖禪寺方丈。禪師領眾參禪，設壇講經，四方僧眾慕名而來，常住多達數百人。同時又於翠峰寺創辦華嚴道場，推行僧伽教育，修學並重。繼月霞禪師之後，心堅法師住持東崖禪寺。
在此期間，心堅法師創建了東崖下院和法華寺，大力開展弘法活動，數次出任九華山佛教協會理事長和安徽省佛教協會的理事長。
東崖禪寺的石崖東有古洞穴，深數米，寬3米。洞口堆雲如雪，故取名“堆雲洞”，是金地藏初至九華山時棲身之所。洞上之東岩，巨石方正，金地藏常於石上誦經觀景，晏坐清修，故此石有“晏坐岩”之名。石崖之西、南兩側有摩崖石刻。南側之“飛身處”傳為金地藏出入東崖之處。西側的“雲深處”、“雲舫”、“贈周經和尚偈”為王陽明手書。當雲湧之時，遠望此岩，形如巨舫，故有“雲舫”之譽。“東崖雲舫”為九華山十景之一。
東崖的西北有一水泉，當年金地藏於洞中被毒蟲咬傷，當時有一女子來到跟前說：“少兒無知，願出泉補過。”然後指引西北一石便眨眼而去。金地藏揭石見泉，泉水清澈甘美，以泉洗傷，即刻痊愈。後知為龍女所助，“龍女泉”由此得名。
百歲宮位於九華山摩空嶺，又名“插霄峰”上。百歲宮初名“摘星庵”，又名“萬年禪寺”。百歲宮是九華山第二座肉身殿，供無瑕禪師肉身。
據寺前碑記載，明代萬曆年間，河北宛平僧海玉和尚，號“無瑕禪師”，由五台山遊至九華山，見此地九峰如蓮，便在摩空嶺摘星亭結茅布道，起名“摘星庵”。
無瑕禪師在此長年以野果為食，不食煙火熟食，並用舌血和金粉，費時20餘年，抄寫《大方廣佛華嚴經》81卷，至今保存完好，為國家文物一級藏品。
無瑕圓寂於1623年，享年110歲，世稱“百歲公”。逝前囑弟子3年後啟缸，弟子將其遺體跏趺缸中。
過3年後，恰逢王欽差來山進香，夜見霞光，因與無瑕弟子啟缸視之，見無瑕結跏趺坐，肉身不腐，顏麵與生時無異，弟子遂將肉身塗金保護，在庵內供奉，並奏聞朝廷。