顯然，赫魯曉夫推測此事是有預謀的，與內務人民委員會和斯大林有關。
政治“大清洗”
基洛夫的被刺僅僅是一個開始，斯大林的政治“大清洗”開始了。
對於斯大林發動大清洗的動機，赫魯曉夫在“秘密報告”中說，“斯大林相信，這對於保護工人階級的利益，反對敵人的陰謀和帝國主義陣營的進攻是必要的，這是勝利的利益所在。我們說這些是一個輕率的暴君的需要……並以保衛革命戰果的名義來做的事。全部悲劇就在於此！”
斯大林自己認為：德國法西斯隨時可能發動侵略戰爭，應當對人民的公敵進行無情的打擊，否則，一旦希特勒打進來，就會把托洛茨基的同夥扶植上台。
艾薩克·多依徹在《斯大林政治傳記》中對斯大林的決定大清洗的動機作了如下分析：“斯大林真正的和更深遠的動機，是摧毀那些可以另組政府的潛在人物，也許還不是另組一個政府的人物，而是另組幾個政府的人物。”
基洛夫的遇害，為斯大林３０年代的大規模鎮壓提供了借口。
基洛夫死了，凶手是尼古拉耶夫，但尼古拉耶夫的背後又是誰指使的呢？斯大林認為，尼古拉耶夫以前是季諾維也夫的支持者，此人肯定是一個“季諾維也夫分子”。他對葉若夫等人指示說：“要在季諾維也夫分子中間尋找凶手。”
這是政治上的需要，需要尼古拉耶夫的指使者必須是托洛茨基、季諾維也夫等人。
起初，在審訊中，尼古拉耶夫堅決否認是受季諾維也夫反對派指使幹的，甚至還明確說是內務部的人迫使他幹的。於是，內務部工作人員對他采取了嚴厲的體罰，把他弄得疲憊不堪，負責審判的原蘇聯最高法院軍事委員會主席烏爾裏希對尼古拉耶夫說：隻要他招認謀害基洛夫是受列寧格勒一個恐怖中心指使就可免他一死。尼古拉耶夫不得已隻好供認：是的，在列寧格勒有一個恐怖中心，他們曾委托我來進行政治殺害活動的。是的，中心的領導人後來曾準備要殺害斯大林、莫洛托夫、伏羅希洛夫、卡岡諾維奇。
根據斯大林的指示和尼古拉耶夫的供詞，蘇聯政府確認在列寧格勒和莫斯科均存在一個總部。這兩個總部的成員是托洛茨基——季諾維也夫反對派成員，是他們策劃了謀害基洛夫的行動。
這樣，真正殺害基洛夫的指使者沒事了。
１９３４年１２月１６日，季諾維也夫、加米涅夫同時被捕，在隨後進行的審訊上，季諾維也夫、加米涅夫都嚴正地駁斥了對他們的指控，法庭因為證據不足，宣判季諾維也夫１０年監禁，加米涅夫５年。事情當然不能這樣完結，於是又組織新的行動。
按照計劃，內務部很快逮捕了３個人。一個是瓦連京·奧利別爾格，他是內務部的工作人員，內務部要他按照“工作要求”假裝成陰謀活動的參加者，並把季諾維也夫、加米涅夫冒充作自己的的領導，他必須提供證詞，幫助黨和政府來消滅季諾維也夫等人。
奧利別爾格事先得到保證，不管法庭將對他作出什麼樣的判決，他都被釋放，然後派他到遠東去擔任一個什麼要職。因此，奧利別爾格放心大膽地在事先準備好的審訊筆錄上簽了字。
另一個是賴因霍爾德，他是蘇聯棉紡工業總管理局局長，與加米涅夫有私交。還有哈德·皮克爾，他曾經領導過季諾維也夫的秘書處。