諾斯納格的診療所是維也納全科醫院的一個分院。六個半月以後，弗洛伊德轉到梅納特的精神病治療所。在這裏，他當上了副醫師。
西奧多·梅納特同弗洛伊德以前的老師布呂克一樣，是一個著名的神經病學專家，他在維也納大學醫學院兼任教職。弗洛伊德大學時代很喜歡聽他的課，並且從聽他的課開始對神經病學發生了興趣。弗洛伊德曾說，他對梅納特的崇拜達到“五體投地的程度”。
梅納特是當時最著名的的腦解剖學專家，他對大腦神經錯亂症頗有研究。所以，在醫學上把這種病例命名為“梅納特精神錯亂症”。患有這種病的病人，有嚴重的幻覺出現，以致精神錯亂、意識顛倒。這是以後數年弗洛伊德研究潛意識及各種變態心理現象的開始。
在梅納特診療，弗洛伊德第一次親自得來的精神病治療經驗。在工作期間，弗洛伊德深受他的老師梅納特的高尚品質的感染。此時，他每天工作七小時，並用剩餘時間大量研讀有關精神病的著作。在這時候，弗洛伊德已經顯露出從事精神病研究工作的卓越才能。
到1885年2月，全科醫院院長通知他說，神經病科主任希望他離開那裏，這顯然是弗洛伊德與這位神經病科主任的矛盾的表麵化和尖銳化。
在此以前，神經病科主任舒爾茲一直與弗洛伊德問意見。舒爾茲是一位心地狹窄、無所作為的醫生。他不希望弗洛伊德長期留在神經病科，因為他看到弗洛伊德在神經病方麵的研究成果不利於鞏固他自己的主任職位。
就這樣，3月份，弗洛伊德滿懷怨恨轉入該院眼科。在這裏，他工作了3個月。在眼科，奧柏爾斯泰納請他到維也納郊外的奧柏爾道柏林兼任私人精神病院的臨時代理醫師，這樣，他可以稍微增加他的收入。
1885年4月，弗洛伊德的父親的一隻眼患病，幾乎失明。弗洛伊德同他的同事、眼科醫生柯勒一起去診斷，他們診斷的結果是青光眼。
第二天，弗洛伊德請另一位更有經驗的眼科醫生柯尼斯坦給他爸爸的青光眼動手術，手術是很成功的。弗洛伊德、柯勒和柯尼斯坦三人都是應用可卡因的先驅。弗洛伊德為自己能與同事們一起使用可卡因給患病的父親做成功的眼科手術而高興。
弗洛伊德三年裏在醫院的各個部門都工作過，因此在醫學的各個方麵都得到了充分的訓練。在院實習期間，他發表過一些有關古柯堿的綜合性研究成果，引起了醫學界對這種藥物的注意。
在弗洛伊德擔任神經病科醫生期間，他的興趣主要集中在神經病病理學方麵。他在這段時間內，曾連續在《醫藥科學中心雜誌》、《解剖學和生理學文庫》以及在英國倫敦出版的《大腦》雜誌上發表多篇學術論文，受到了神經病理學界的廣泛重視。他的論文很快被譯成捷克文、英文、意大利文與俄文。
1885年，弗洛伊德爭取到了一個獎學金名額，到巴黎去學習。
這是弗洛伊德從事醫學生涯後的又一個新轉折點。這意味著，弗洛伊德一生的主要奮鬥目標——研究神經病和精神分析的事業正式開始了。
《癔症研究》
1885年秋，弗洛伊德到達了巴黎，開始做當時最著名的神經病學專家沙考特的學生。沙考特是當時有名的神經病學專家，凡是能做他的學生的人，就等於獲得了終生的“護身符”，從此可以通行無阻地出入醫學界而受到尊敬。
在沙考特的領導下，法國沙爾彼得裏哀爾醫院成了舉世矚目的神經病學聖地。弗洛伊德到巴黎後，拜見了他，做他的學生，並在沙爾彼得裏哀爾醫院實習。
弗洛伊德從沙考特那裏學習到不少東西，而其中最給予他深刻影響的是沙考特關於歇斯底裏病症的治療成果。
弗洛伊德說：“和沙考特在一起給我印象最深的，是他對歇斯底裏症的最新研究，尤其是有一部分是我親眼看到的。比方說，他證明了歇斯底裏症現象的真實性及其合理性。他指出了歇斯底裏症也常常發生在男人身上，並且以催眠暗示等方法引發歇斯底裏性的麻痹和強直收縮，從而證明這種人為的歇斯底裏症和自發性的症狀發作，沒有任何細節上的差異。
沙考特的許多教範，先是引起我和其他就教者的驚奇，繼而發生懷疑，使我們想辦法去應用當時的學理以求證實他的學說，而他在處理這一類懷疑時，永遠都是那麼友善，那麼有耐心。”
在巴黎學習和研究過程中，弗洛伊德逐漸對巴黎的實驗室設備感到不滿。1886年2月底，弗洛伊德完成了在巴黎的研究計劃以後，終於離開巴黎回維也納。
弗洛伊德回到維也納以後，弗洛伊德就正式擔任兒科疾病研究所的神經病科主任。在那裏，他工作了很多年。與此同時，他在維也納正式開業行醫。
在這段時間裏，弗洛伊德所接觸的病人大多數是神經病患者。這就使他遇到了各種類型的神經病病例，積累了豐富的實際經驗。而且，他也可以借此機會，將自己自巴黎學習後的心得應用於實際治療中。
弗洛伊德在治療病人的過程中，進一步深信電療、浴療、推拿療法和催眠療法對於治療精神病的積極效用，這些療法往往取得了令人滿意的成功。
在弗洛伊德以前，奧地利醫學界，一直很少應用催眠術。就連著名的梅納特教授也把催眠術在醫療上的應用看作是一種“不幸”。弗洛伊德的可貴之處在於隻服從真理，而不服從任何“傳統”或“權威”。他追求真理，也善於發現真理，對於催眠術的研究和應用，正是體現了弗洛伊德的這種優良品質。
從1887年開始，弗洛伊德更集中地使用催眠療法。這些初步的成功，使他對治好精神病更加充滿著信心。催眠術的應用不僅標誌著精神病治療法的一次革命，而且，也使弗洛伊德從對歇斯底裏病症的治療中得到有益的啟示，這是他轉向精神分析研究的重要關鍵。正是通過催眠術的應用，弗洛伊德發現在人的意識背後，還深藏著另一種極其有力的心智過程——“潛意識”。
為了介紹催眠法和暗示法，弗洛伊德在1888年就已把本漢的有關暗示及其治療效果的兩大本巨著的第一卷翻譯成德文。弗洛伊德還寫了詳細的序文。本漢的這本書叫做《催眠法、暗示與精神病治療法》。
與此同時，弗洛伊德還在《維也納醫學周刊》上發表了該書的詳細摘要。弗洛伊德在該書第一卷序文中，還詳細探討了南錫學派與沙爾彼得裏哀爾學派之間的分歧意見。
到1891年，弗洛伊德發表了《論失語症》一書。這本書詳細地總結了當時被公認的維尼克和李斯德海姆學說的不足之處和缺點，在失語症的研究方麵開創了新生麵。
1895年，弗洛伊德與布洛伊爾合著的《歇斯底裏研究》出版了。在書中，弗洛伊德說，這本書的重點並不是描述歇斯底裏病症的特性和各種現象，而是探索和尋求發生歇斯底裏症狀的最深刻的“源頭”。
《歇斯底裏研究》弗洛伊德與布洛伊爾共同研究歇斯底裏病症的成果。這本書的出版，為弗洛伊德的精神分析學的創立奠定了理論基礎。同時，這本書的出版也意味著精神分析的誕生。
然而，神經分析的誕生並沒有給弗洛伊德帶來榮譽和財富，相反，由於他的著作中廣泛中廣泛地涉及了性的問題，以至於他的理論一出現就遭到世人的猛烈抨擊，他在整整10年裏，幾乎無人理睬。
《夢的解析》
《歇斯底裏研究》揭示了歇斯底裏症背後的那些深層原始意識的根源，但沒有回答“在心智演進過程中，它們何時開始成為病態的現象”。
為了解決這個問題，經過不斷探，索弗洛伊德開始進行了自我分析的研究。他的自我分析是從1897年7月正式開始的。雖然，弗洛伊德在這以前的理論研究和精神治療的實踐也可以算作是他進行自我分析的基礎，但是，促使他進行自我分析的導火線是他父親的逝世。
弗洛伊德後來說：“我一直高度地尊敬和熱愛他，他的聰明才智與明晰的想象力已經深深地影響到我的生活。他的死終結了他的一生，但卻在我的內心深處喚起我的全部早年感受，現在我感到自己已經被連根拔起來。”
在分析中，弗洛伊德發現，自我分析過程應該是從童年生活的自我再現開始的。對於童年生活經曆的發掘，使弗洛伊德發現人類潛意識的基本成分恰恰就是幼年生活的凝縮物。因此，有目的地再現幼年生活經曆，將有助於了解潛意識的內容及其形成過程。這是揭示潛意識神秘王國的捷徑。
為了進行自我分析，進一步揭開覆蓋著潛意識世界的帷幕，弗洛伊德在父親逝世後，更頻繁地詢問自己的母親，打聽自己在小時候的生活情景。他試圖從他母親提供的線索和片斷材料中，盡可能完美地回憶那些早已遺忘了的童年生活。
很快，弗洛伊德發現，自己從小就有親近母親的特殊感情，當他發現自己的親母感情具有排他性、獨占住——甚至由此產生妒忌父親對母親的關係時，他得出了一個極其重要的結論，即人從小就有一種“性欲”。
而且這種“性欲”構成了人的最基本的“原欲”，它是人的一切精神力和生命力的原動力之一，弗洛伊德稱之為“性動力”或“性原欲”。也因為這個發現，弗洛伊德創立了“奧底帕斯潛意識情意綜”理論。
當發現“奧底帕斯潛意識情意綜”的時候，弗洛伊德已經意識到他自己的理論所必然遭遇到的曆史命運，該理論中關於涉及到傳統家庭倫理，而他的理論在大眾看來，無疑違背了正常的倫理觀念。這種被成為“邪惡的”或“肮髒的”理論也必然使自己陷入被動，但弗洛伊德毫不畏懼。
果然，由於在自我分析中發現“奧底帕斯潛意識情意綜”的結果，弗洛伊德在十九世紀末的最後幾年中陷入了孤立的地位，連一向支持他進行科學研究的布洛伊爾教授也開始與他分離。而他的其他朋友、同事都開始躲避他，唯恐沾上“肮髒”的罪名。