努力協調教派之爭
1607年6月25日，培根終於被委任為副檢察長，這是20年前伊麗莎白拒絕給予培根的職位。在此後兩三年的時間裏，培根忙於協調英國的教派之爭。
當時的英國，教派紛爭劇烈，主要是英國國教與清教之爭。其時，清教內部也有保守的長老派和激進的獨立派之爭，但主要還是清教與國教的紛爭。
清教要求以加爾文教派的精神，對英國國教的教會組織、教義等進行徹底改革，要求徹底消除天主教的影響。
而在16世紀30年代，英王亨利八世開始的宗教改革，是由國王自上而下進行的。改革後的英國國教，除了不承認羅馬教廷的最高權力外，主教製度、天主教的主要教義與儀式等卻留存著。英國國教是英國王權的工具，都鐸王朝的伊麗莎白和斯圖亞特王朝的詹姆士，都極力加強國教的統治地位。
詹姆士一世非常明白神權統治的共和製度化是對君主專製的威脅，為此，他對清教徒揚言：
如果你們要一個長老製的教會，這與君主政體勢不兩立，正如魔鬼與上帝勢不兩立一樣。沒有主教，也就沒有國王。如果你們堅持自己的主張，我將強迫你們接受國教，不然就把你們驅逐出境。
斯圖亞特王朝殘酷地迫害清教徒，對其進行嚴厲的懲治。此時，教派紛爭已經明顯地與政治鬥爭結合在一起了。英國的資產階級正是以加爾文教派作為反對英國國教和王權的武器，後來他們終於在1640年在清教的旗幟下，掀起了反對君主專製的革命。
對於教派紛爭，培根持中庸之道，既反對國王對清教徒的迫害，也反對清教徒利用宗教達到其政治目的。他主張國教、清教雙方和國王都應當保持一種寬容的態度，但是他的努力終歸無效。
培根認為，既然宗教是維係人群的，那麼其自身也應當保持一種和諧一致。在培根的《論無神論》和《論迷信》兩篇文章中，都論及教派的分裂。對於這種事情的原因、結果和害處，他做了中肯的評價。
培根的宗教寬容思想認為，宗教應該統一，但宗教統一不等於劃一，要允許教會間在非根本問題上教義、教儀等的不相同。培根說，上帝的外衣的確是完整無縫的，但教會的衣服卻是多色的，應該允許教會有多種色彩的思想。
培根還強調不能為了取得或增強宗教的統一而動用武力，即不能“以流血的壓迫手段強迫人的良心”。他既對國王迫害清教徒的舉動甚為不滿，同時也反對利用宗教來顛覆政府。
培根說，使宗教大義墮落到謀殺君主、屠戮百姓、顛覆國家與政府，是殘忍而可恨至極的行為。這樣的行為如同在聖靈的像上以兀鷹取代鴿子，或把基督教會的船舶掛上一麵海盜或凶徒的旗幟一樣。武力在這兒是不允許的，是罪惡的。
培根事實上在反對宗教迫害的同時，也未做區分地反對了資產階級以宗教外衣為掩護的鬥爭策略，這與他作為一個王權的擁護者不無關係。
當時，英國政治上也有一個大的爭論，就是所謂“王權天賦”之爭。這場爭論實際是“君權”與“民權”的消長之爭。這場起於詹姆士一世之朝的鬥爭終究釀成內戰，下一代的君主查理一世也因此而上了斷頭台。
培根起初的主張是一種“中和主義”，他認為“君權”、“民權”之間應該有一種“中道”、一種妥協的辦法。他還著文讚揚過民主共和國的“政治很優良”，認為民主共和國比有貴族王室的國家通常都較為平靜，不易發生叛亂，國家也能持久。因為有民權的地方，政治上的爭議都比較重事而不重人，民眾對納稅等也較為樂意。在那裏維係民眾的是實利而非對在位者個人的崇仰。
從這些議論看，培根讚賞共和的民主國家。不過，議論終究隻是議論。“王權天賦”之爭引起的枝節太多，使培根不知不覺地修改了他的主張，由一個具寬容態度的“自由主義”者變為一個比較溫和的王權擁護者。他完全讚成和擁護英國當時的體製，即中央集權的君主專製體製。而且培根強調，在君主國裏要保持一個足以增加君王威嚴的、在一種高位上的貴族階級：“一個完全沒有貴族的君主國總是一個純粹而極端的專製國。”