培根辛勤地把自己所能得到的，主要是有關古代及近代的自然史材料，全部不加選擇地彙集起來。《林木集》就是由這麼一些材料彙集的集子。
培根很看重《林木集》，他認為這本集子至少會有助於《偉大的複興》第三部分，即自然與實驗的曆史所需材料的分類整理。
1625年，培根身體不佳，他在給富爾簡蒂奧神父的信中寫道：
我不可能完成自然史的寫作了。但我已經把自然史清楚明白地描述過，如同已把任務交付給後人一樣。我深信《林木集》至少有助於《偉大的複興》的第三部分，即自然與實驗的曆史所需材料的整理。
培根在自己生命中最後的日子裏，大部分時間和精力都傾注於《林木集》的著述。這本集子由羅萊於培根去世後的第二年，與《新大西島》同時出版。
為科學獻身的偉人
培根患有周期性發作的熱證。賄賂案發生時，他曾一度病危，後來雖然治愈，但身體狀況已大不如前了。
有段時間，培根看上去比實際年齡老了很多。幾十年的重壓、失望，不斷生病以及失眠，都在他的臉上刻下了深刻的印痕，甚至連他敏捷的思維和不屈的靈魂，都不能將這種印痕洗刷掉。
1625年春天，培根對《論說文集》進行了大量的修改和補充，出版了第三個版本。他撫摸著新印製的書，像抱著新生的嬰兒一樣，對封麵仔細觀看了許久，然後輕輕翻開書，聞著淡淡的油墨香，心裏有一種說不出的欣慰和愉悅。
培根翻閱著書中論人生、論社會的文章，每一篇都與他的生活經曆有關，每一篇都是他的生活經驗的總結。看著這些，他的兩眼開始模糊了，往事一幕幕地浮上心頭，種種滋味，難以說清。
1625年3月，詹姆士國王因患瘧疾而故去。新登基的查爾斯國王在很多方麵，都與父親不同。培根對此十分清楚，他曾當過查爾斯的老師。
一切已今非昔比。人人都清楚，此時真正掌握實權的是白金漢公爵，年輕的查爾斯國王不過是他手中的一個小木偶。新國王太羸弱，也缺乏對事物的判斷能力。培根預見到了查爾斯統治的最終命運：在斯圖亞特王朝內，朝臣們自私自利，君主政體幾乎陷於癱瘓。
查爾斯繼承王位之後，培根請求取消對自己當年的判決。因為其他當年被判決的人，都得到了完全的赦免。
培根知道老詹姆士國王最後也一定會赦免他，隻是老國王已經死了，這位新國王卻在推托。培根在給查爾斯國王的信中說：“我希望自己不是唯一沒有得到赦免的人。”但是，赦免書卻遲遲不來。
培根夫人愛麗斯去了一趟倫敦，她要麵見白金漢公爵，代表自己的丈夫請他向新國王提出赦免培根的請求。愛麗斯在去倫敦時，還刻意打扮了一番，所乘坐的馬車也是當時最好的。但是愛麗斯缺乏丈夫培根的那種內在氣質，也由於培根的被貶使她蒙羞。
在她眼中，如果不是在剛剛嫁給培根的時候，也會在後來的某些日子裏，他看上去就是個乏味無趣的老頭子。他的年齡更接近她的父親，而不是她。
有段時間，培根和愛麗斯看上去好像分居了。在1625年，培根修改了遺囑。至於為什麼要修改，原因並不清楚。最早的遺囑是在1621年寫的。當時，培根正在遭受審判。
在遺囑中，培根將分配給愛麗斯的遺產內容做了詳細說明：“把所有錢物留給子爵夫人，使她保持能擁有此房產的競爭能力。”在4年之後，一切都發生了變化。英國法律要求，必須給遺孀留下一定數額的財物。
培根的一份簡潔的遺囑附錄，撤銷了早先說好留給愛麗斯的那份遺產：“我在原來的遺囑中曾允諾、同意、證實或指派給我妻子的所有一切，現在皆因公正與更大的事業，全部撤銷，宣布無效。僅將她以妻子權利所應當得到的給予保留。”
培根去世前的第11天，愛麗斯與他們家的門房結婚了。
1626年1月底，培根剛過完65歲的生日，他就開始感到了年歲的壓迫和因此帶來的巨大的壓力。他曾試圖吃些補藥，舒解痛苦，但效果不是很好。
培根在逝世前的相當長的一段時間裏，健康狀況已經很糟糕了，但他仍堅持不懈地進行學術研究。
1626年3月底，一個春意盎然的日子，空氣潮濕而涼爽，地上還有未化的積雪。培根在一個叫威特伯恩的蘇格蘭醫生的陪護下，從倫敦出來，搭乘一輛四輪馬車，朝倫敦北郊的海蓋特而去，那裏有更好的空氣。
據培根的秘書說：“當時地上的積雪，使培根突然產生了一個念頭，雪和鹽可否一樣能起到防腐的作用？於是，他決定立即做個冷凍防腐的實驗。他下了車，到海蓋特山腳下一個窮婦人的屋裏，買了一隻雞，讓婦人去除內髒，然後在雞腔裏塞滿雪。爵士自己也幫著去做。”培根剛做完這件事，就覺得渾身發冷。
這時，培根已無法回到葛萊公會的寓所，於是被抬到了阿倫德爾伯爵在海蓋特的家中。此時的阿倫德爾正因為安排自己的兒子秘密娶了一位王室裏的姑娘，在塔樓裏遭囚禁。
培根知道阿倫德爾不在家。阿倫德爾的忠實管家迎接了這位不速之客，馬上準備床鋪讓他休息。然而，這床已經有近一年沒人睡過了，很潮濕。由於身體著了涼，加上床榻又潮又冷，結果培根感冒了，並發起了高燒。
開始時，培根並未意識到病情的嚴重，他還清醒地給主人阿倫德爾伯爵寫了一封感謝信，興奮地告訴伯爵，他的冷凍母雞實驗大獲成功。同時，他還風趣地把自己冒著嚴寒做實驗的舉動，與老普林尼要在維蘇威火山附近觀看它的爆發的決心相提並論。
培根寫道：“我有著類似老普林尼的命運，由於企圖要做關於維蘇威火山的實驗而喪失了自己的生命。”
他的命運不幸被自己言中了。培根終因支氣管窒息，於1626年4月9日，很平和地離開了這個世界。
培根和老普林尼兩位偉大的科學史家，都是為科學獻出了自己的生命！培根成全了他自己所盼望的“在熱烈的搜求中靜靜地死去”。
臨去世時，培根在遺囑中，指明除把部分遺產留給他的管家、仆人外，其餘規定了一個總數作為大學設置自然哲學和科學講座的基金，以及25個名額的學生獎學金。
不過，實際上，培根在去世時，他的負債總數已達22371英鎊，而他的財產估價僅為7000鎊，因此大學實際未能獲得這筆捐贈。
在培根的遺囑中，他要求把自己葬在離聖奧爾本斯不遠的聖邁克教堂裏。培根的理由是：“我母親就埋在那裏，那裏也是唯一的基督教堂。”培根要求把他葬在安妮·培根夫人所在的教堂裏，她是唯一沒有離棄他的人。
培根的秘書托馬斯·米奧蒂斯為他在教堂中立了紀念碑，碑上是培根坐著的雕像。羅萊稱讚這雕像逼真地表現了培根凝神沉思時的樣子。