現在他有更多的時間用於管理研究所的行政工作，同時他也發現自己與迪思·蒙哥馬利意見不合。迪思·蒙哥馬利是他研究院的一位數學家，他感到奧本海默更偏愛物理和哲學，而不太喜歡數學和應用科學。許多人聽過他們兩人的大聲爭吵。
蒙哥馬利提出要求說：“我要招聘世界上最好的人才。”
奧本海默的回答是：“這一點我清楚，但我們必須考慮到這些人是否符合這兒的工作需要。”
奧本海默的確酷愛物理。在戰後，他從加州帶來一批能力很強的學生與他在一起工作，並且籌建了一個研究室。這批人中有兩個當年在量子力學研究方麵同時獲得了諾貝爾獎的中國人，即李政道和楊振寧。奧本海默看著他們兩人在研究所的院子裏走路時都感到自豪。
1958年，奧本海默應法國索邦大學邀請，以交換物理學教授身份於4月帶著基蒂與女兒前往巴黎、以色列、希臘和比利時。奧本海默更多地應邀到各大學講學，參加宴會。
華盛頓大學也對1954年取消對他的邀請致歉，並再次邀請他去參加理論物理的國際會議。法國人授予他榮譽勳章。馬林·迪特裏希稱他為當代傑出的人物。
1960年，他收到“日本人才交流委員會”的邀請。在日本機場上，他受到了一群記者的包圍，有人問：“現在你對製造原子彈感到內疚嗎？”他回答：“我在製造原子彈的技術上獲得了成功，這一點並不後悔。”他又說，“我並不是說我不認為原子彈是件壞事，我一向認為它不是一件好事。”
隨著肯尼迪總統在華盛頓掌權，奧本海默的地位有了很大改善。政府的新官員中，阿瑟·小施萊辛格、麥克喬治·邦迪以及迪安·臘斯克等曾經都是奧本海默的學生。他們一直認為，奧本海默是一個出類拔萃的人。
1962年，在白宮招待諾貝爾獎獲得者的宴會上，也請了奧本海默。原子能委員會主席格倫·西博格問他，是否願意申請一次安全聽證會來恢複名譽。奧本海默說：“在我有生之年，我是不會重提此事了。”所以他的朋友們隻好另想辦法來為他恢複名譽了。
一種可能是由原子能委員會授予他一年一度的恩裏科·費米獎。他們征求了前一屆得獎人愛德華·泰勒的意見，泰勒感到這是一次結束他與奧本海默之間分歧的機會，也可以改善十年來他所處的尷尬境地。於是，經過一係列複雜的程序，4月白宮正式宣布1963年費米獎獲獎人為奧本海默。
奧本海默本人對此也感到欣慰，他立即發表一項聲明：“我們大家都指望得到同事們的好評與政府的嘉獎和信任，我也並不例外。”
很多記者要求他多說幾句話，但他拒絕了。“今天不是該我多說話的日子，我不想傷害那些目前尚在這方麵工作的人。”
1962年11月22日白宮宣布肯尼迪總統本人將在一周後出席主持授獎儀式。不幸的是，當天下午肯尼迪總統就在達拉斯遇刺身亡。
白宮宣布約翰遜總統仍將主持11月22日的授獎儀式。這一天正好是芝加哥的第一座費米的反應堆達到臨界的21周年紀念日。
授獎儀式在白宮內閣會議廳舉行，一開始約翰遜作了簡短的講話。他說，“肯尼迪總統的一項重要措施就是批準了這次授獎。”然後，他“代表美國人民”授予奧本海默榮譽狀、獎章以及50000美元的支票。奧本海默隨即站了起來，稍作沉思並看了一下獎章，然後對約翰遜總統說：“總統先生，您今天來為我頒發費米獎，表現了您的仁慈和勇氣。依我看來，這對我們國家是一個好的預兆。”
很多人都認為這次授獎表示恢複了奧本海默的名譽，但實際上並沒有改變多少他的處境。他仍然被認為不可信任，不能接觸國家的機密。對奧本海默來說，從貶黜生活中得到解脫，反倒磨煉了他的性格。他周圍的人注意到他的傲慢態度消失了，取而代之的是自我嘲笑與更加謙虛、和藹。他的兒子彼得察覺出父親對他更加慈愛了，因此他們的關係重新親密起來。
由於奧本海默不再掌握權力，他力圖通過另一種方式來為促進世界和平而工作。為此，他爭取到阿格尼斯·邁耶夫人的讚助。
邁耶夫人是一位有錢的寡婦，丈夫曾是《華盛頓郵報》的老板。奧本海默想召集世界最有名望的知識分子，來討論和平、文明世界的先決條件。
邁耶夫人非常高興地把她在紐約基斯科山上的房子拿出來提供會場。這樣，在1964年夏天，他們兩人組織了在基斯科山上舉行的第一次會議。
參加的人有天主教各界人士，包括現任政府顧問喬治·基斯塔科夫斯基，蘇格蘭的人類學家摩裏斯·卡爾斯泰爾斯博士，瑞士的哲學家珍妮·希爾奇小姐以及詩人羅伯特·洛厄爾。
在會議的頭幾次會上，參加者盡可能坦率地作自我介紹。然後再轉入對社會進行總評論。奧本海默是一位科學家，他希望通過這種方式來評價這個特殊組織是否適於用作分析這個世界的工具。為了鼓勵別人坦率發言，奧本海默就像對他最親近的朋友那樣，把自己的心裏話一股腦兒說了出來。
他說：“直到現在，特別是在我那幾乎無止境的青春時期，我對自己的所作所為總是感到厭惡與內疚。不論是做了某事，或不做某事；不論是寫一篇物理論文，或作一次學術報告；也不論是怎樣地讀書、怎樣地談話、怎樣地戀愛，都會在我內心引起這種感覺。”
“最後我發現，如果不承認自己所看到的隻是真理一個局部，那麼我就無法與他人共處，為了擺脫偏見並成為通情達理的人，必須承認對自己所作所為的懷疑是有必要的，而且是很重要的。但僅僅有這樣的認識還不夠，必須找出一種辦法從另外一個角度來考察自己的言行，因為別人看待這些言行與我的立場並不一樣。所以，我需要了解別人對我的看法，我需要他們。”
這一次會議和其他許多類似的會議一樣，沒有得出什麼結論。對目前的時弊進行了很中肯的分析，然而卻找不出未來解決的途徑。
對於以後如何繼續舉行這種會議，奧本海默的觀點是具有啟發性的。他在一次會議上說：“我們每個人首先必須立誌深入研究當前最壞的現象並成為解決這方麵問題的專家。”
奧本海默懷著如此堅定的信念並以其獨有的風格講出這樣的話，使人聽起來好像是一句至理名言。這對於那種長於空談而缺少實踐，對於那種愛好評頭論足而不願身體力行的流行風尚，無疑是一種鞭撻。沒有一個人能夠否認這次會議的良好願望，奧本海默也很希望以後再舉行更多的這類會議。
就在那一年，奧本海默回到洛斯阿拉莫斯參加物理學家尼爾斯·波恩逝世兩周年紀念大會，並發表了講話。會場上擠滿了聽眾 。話音未落，全場起立歡呼，熱烈鼓掌，掌聲經久不息。這真是激動人心的“榮歸故裏”場麵。
同年，當他返回伯克利時，12000多名群眾又以同樣的熱烈歡呼對他表示歡迎。這些激動人心的時刻深深地感動了奧本海默，他知道，他的所有努力都得到了回報。
這也是他最後一次到洛斯阿拉莫斯訪問，因為他的健康正在嚴重地衰退。1965年他患了肝炎，使他的身體越發虛弱。他不得不辭去研究所所長的職務，而接替愛因斯坦當了理論物理的高級教授。
過了不久，1966年，他被診斷出患了喉癌，他又不得不辭去教授的職務。對他喉部的腫塊開始進行放射性治療，並一直持續了幾個月。
到6月時，他隻能拄著拐棍勉強行動，但他仍出席了普林斯頓大學學位授受儀式，接受了名譽學位，榮譽狀對他的評價是“物理學家和水手，哲學家和騎士，語言學家和廚師，喜愛美酒與名詩。”
在與某一家雜誌的記者交談時，奧本海默笑著講述了一位將軍的軼事。他說：“在一次戰鬥之後，當檢閱部隊時，這位將軍在一名士兵麵前停了下來，問道：‘你在戰鬥進行時幹了些什麼？’這名士兵的回答是：‘我活了下來。’”
調查對家庭的衝擊
在“原子能委員會”審判後的幾年，對奧本海默及其家人來說，都備受煎熬。
奧本海默和基蒂夫婦二人在洛斯阿拉莫斯時就喜歡酗酒，而後來多年被調查的緊張生活使他們更多地飲酒，不可避免地摧殘了他們的身體。
甚至有一些朋友、同事也完全不再聯絡，包括與哈康 ·舍瓦利耶夫婦的交往以及與愛德華·泰勒的學術交流。
從聯邦調查局的4份報告中可以看到奧本海默所經曆的苦難。在1955年初，奧本海默夫婦再一次到維爾京群島度假，有一名在那兒的情報人員報告說，“奧本海默喝酒喝得很凶，事實上已經到了糟蹋自己的地步。”
3個月後，5月27日，聯邦調查局在紐瓦克辦公室的另一名特工人員報告“據可靠消息，他確知奧本海默已回普林斯頓，醫生已命令他臥床休息，一直到5月31日星期二才許起床。這就表明，奧本海默已經到了精神上崩潰的地步”。
但基蒂是受刺激最深的人。因為她感情上受到的壓力與胰腺的疾病綜合在一起，需要不斷地服藥治療。她的生活方式還跟過去一樣，經常在下午或晚上和老朋友們一起酗酒。
據她的弟妹傑基回憶：“我還能記得在她家裏度過的一個典型的夜晚，讓你坐在廚房裏，聊天，喝酒，不吃別的東西。然後大約到22時左右，基蒂打幾個雞蛋到平底鍋裏，再加點辣椒，然後就著這些東西再喝酒，這就是我們所吃的一切了。”
其他到過她家吃飯的人也發現基蒂在晚宴開始時是一個和氣的女主人，但時間一長，她的行為和儀態就慢慢地失去自製。奧本海默總是盡一切可能寬容她。
50年代初期的痛苦歲月也影響到他們的兩個孩子。彼得一直熱愛他的父親，在聽證會達到高潮時，他在他臥室裏的黑板上寫道：“美國政府不公正地指責某些人，我知道這些人正在受到不公平的待遇。由於這是事實，我認為，美國政府中有那麼一些人，可以這樣說，應該入地獄。你的忠誠的人民的一分子。”
聽證會後，彼得的朋友們發現，彼得似乎對任何擾亂他父親生活的行為都表示憤恨；他不願意別人提到任何有關他父親被解除政府職務的事。
他想盡一切辦法多有些時間和他的父親待在一起，但奧本海默仍然是一個經常不在家的父親，從而很難與他的孩子們相處得很親密。
奧本海默愛他的一雙兒女，想對他們表達愛意，但他的嗜好卻是很難懂的法文詩、印度哲學以及古典音樂，都是一些讓孩子根本不懂也不會喜歡的東西。
不過奧本海默在星期天仍然和家人在一起玩撲克，有時他看看電視中佩裏·梅森的節目以便稍事休息。
然而，到20世紀50年代中期，彼得已長成一個非常怕羞的少年。多半是由於他父親的不幸，使彼得在學校裏成績不十分出色。
彼得被送到賓夕法尼亞州的貴格派教會的喬治學校去讀書，因為奧本海默認為貴格會教徒為人正直。他對兒子彼得的期望太高，而彼得卻無法追上父親的腳步。
1958年，彼得未能通過普林斯頓大學的入學考試，這令奧本海默十分氣憤，為此不讓彼得跟他們一起去歐洲進行為期兩個月的學術講演旅行。
在暑假結束前，彼得曾由喬治學校回過一次家，由於覺得父親對他的關懷不夠，他發誓以後再也不回家了。不久彼得就動身去美國西部旅行，最後到達科羅拉多弗蘭克叔父家的農莊，在那兒住了幾個月。
從那時起，奧本海默父子之間見麵的機會就少多了。母親基蒂與彼得也多年相處不和，在母子爭論中奧本海默總是不可避免地站在基蒂一邊，這樣就使家庭關係更加惡化。
然而，彼得和奧本海默雙方對這種分離都感到痛苦，奧本海默不止一次縮短了他在維爾京群島海濱小屋度假的日期，原因是他“非常想念彼得”。
在奧本海默家庭和工作諸事不順的時候，有一些同事為奧本海默提供了精神上的支持，特別是漢斯·貝特、尼爾斯·波恩，以及奧本海默在加州理工學院及洛斯阿拉莫斯的同事物理學家羅伯特·巴徹爾等人，使他從心理上得到了一些慰藉。
大致來說，他對他自己的沒落坦然接受，秘密審判後的災難及結果似乎讓他更成熟。當記者問他，如何將痛苦及失望置之腦後時，他隻說：“我不能憤怒地過一輩子！”
長期的政治“囚徒”
奧本海默曾對朋友說，如果把用於監視他所花費的資金的一小部分給他，他就會成為百萬富翁。像他這樣受到如此嚴密而長期的監視的人的確不多。
1942~1955年，除了一兩次很短的時間外，奧本海默的行動都有人跟蹤，他的電話被竊聽、信件被檢查，他的辦公室和家裏都被安裝了竊聽器。
在長達13年之久的時間裏，特工部門曾幾次劍拔弩張，對收集到的材料進行了詳盡的分析。然而結果是，仍然允許他繼續工作。
經過了安全委員會徹底的調查後，也隻能得出結論：盡管把奧本海默早期“卷入左翼活動”看做“最嚴重”的事件，但從中也找不出“不忠誠的跡象”。
在1940年蘇德簽訂條約及蘇芬戰爭後，他所寫為美國共產黨辯護的文章是為保衛美國共產黨爭取自由的立場，而非維護美國共產黨與蘇聯的聯係。