失意晚年
身為一位科學家必須堅決確信，世上的知識以及它所賦予的力量對全人類具有真正的價值。——奧本海默奧本海默失意晚年受到政治迫害
在富克斯醜聞之後，緊接著又有一項指控，告發奧本海默一直都是共產黨員。
有位名叫西爾維亞·克勞奇的女士，向附屬在加州立法機關下的清共委員會告密，她的丈夫以前是位共產黨員，她指控奧本海默曾主持“一個共產黨最高組織的會議……這個組織十分重要，一般共產黨員都不清楚內部細節”。
奧本海默立刻發表聲明，“他未曾加入過共產黨”，也沒有在“我的房子或任何地方”主持過共產黨會議。
然而，克勞奇女士的指控，使得一直保持警戒的聯邦調查局又再度緊張起來，開始對普林斯頓及其他各地的奧本海默家族進行電話監聽以及巡邏監視。
更糟的是，有關奧本海默叛國的謠言開始在政府機構間傳播開來。對他最懷疑的是空軍將領們以及路易·斯特勞斯，路易·斯特勞斯在奧本海默的好友大衛·利連索爾退休後，於1952年接任“原子能委員會”主席一職。
空軍之所以不信任奧本海默，乃是因為他阻礙了空軍成為三軍中最強大的一支。
空軍十分清楚，氫彈若研發順利，將會為空軍帶來好處，因為戰爭一旦爆發，需要更多的飛機及運輸計劃來運送這個巨大的核武器。
簡而言之，一個氫彈的誕生，也就代表一個更壯大、更重要的空軍部隊，這是每位空軍將領都追求的目標。
很快地，空軍就開始表明對奧本海默的不滿，空軍的首席工程師大衛·葛利格在“原子能委員會”表達他的意見：“製造氫彈的過程中，有一路障，那就是‘全國性顧問團’，特別是奧本海默博士的幹涉。”
後來，當葛利格當麵提出這項指控時，奧本海默大發雷霆，指責葛利格“喪心病狂”。最後，為了緩和這個爭論，空軍部長湯姆士·芬來特邀請奧本海默一起共進午餐來討論這個問題。
在這次會麵中，奧本海默的“劣根性”暴露無遺。芬來特認為這個物理學家的表現實在“粗魯得令人不敢相信”！餐後，待奧本海默離開後芬來特告訴席間的同事：“我相信，你們大概不會希望我對他還保留任何好感吧！”
到了1952年，奧本海默所提的國家核政策一再遭到否決。愛德華·泰勒和數學家史丹尼斯洛·烏拉姆兩人共同突破了氫彈設計上的困難，得以製造出第一個粗略的氫彈實體。
泰勒在烏拉姆的建議下放棄原先利用熱度來促進原子融合而改用原子彈爆炸瞬間所釋放出的X光所產生的熱量去“啟動”。
這些以光速傳輸的X光比熱波速度快很多，有效地“煮熟”氫原子，提供足夠的熱量，使得氫原子在“啟動”爆炸把氫彈炸散之前就開始進行融合。
由“原子能委員會”所舉行的第一次試爆於1952年11月1日在南太平洋的埃尼威托克環礁展開。科學家預測，這顆命名為“麥克”的氫彈可以產生約100萬噸至200萬噸的威力，也就是相當於在廣島爆炸的20000噸炸彈100倍的威力。
結果，威力竟高達1040萬噸，相當於三一基地及廣島試爆炸彈的“500倍”！一位目擊者描述：“火球的直徑大約有5000米。”甚至在16千米外的目擊者都為其威力所震撼。在場的科學家為他們所創造的威力也深感驚愕及害怕。但這枚重達65噸氫彈仍無法以飛機運送。
無論如何，這次試驗代表著武器競賽中新的一章。在政府內部，對奧本海默的謠言攻擊更加嚴重。
在國會極端保守的約瑟夫·麥卡錫參議員開始對奧本海默的共產黨背景展開調查。同時，參眾兩院聯合的原子能委員會又再次對奧本海默進行調查，在這個委員會中，就有他曾在眾人麵前取笑過路易·斯特勞斯。
1953年12月，聯合委員會分別送出一封信，給聯邦調查局以及“原子能委員會”，信中依次列出奧本海默的罪行，部分內容如下：
在1939年至1942年間，奧本海默是位相當強硬的共產黨員，他不是自願就是受指示將資料透露給蘇聯，從事間諜活動。更可能的是從1942年起，他就是一名間諜！
更可能的是從1942年起，他就在蘇聯的指示下影響美國在軍事、原子能、情報及外交上的政策。
這份國會新的調查報告，不僅破壞了奧本海默的名聲，也損及“原子能委員會”的威信，路易·斯特勞斯立即采取行動，阻止參議院展開調查。
從1953年聖誕節起，斯特勞斯下令不準奧本海默得知核武器發展的任何最新消息。另外，原子能委員會也根據聯合委員會的報告準備對奧本海默進行起訴。如果指控屬實，“叛國罪”成立，那麼奧本海默將被剝奪接近國家核機密的權力，也不準參與任何相關的政府研究工作。
在起訴開始之前，原子能委員會官員私底下要求奧本海默辭去“全國性顧問團”主席一職，當他拒絕辭職時，委員會主席斯特勞斯就要求展開秘密起訴。
他在給斯特勞斯的信中說：“你認為，我請求原子能委員會終止我的顧問合同也許會是個皆大歡喜之舉，因為那樣會蒙混過關……我認真考慮了這個選擇，但是，在目前情況下，這樣做就等於我承認了自己不適合為政府服務的看法，而我到現在已經差不多幹了12年。如果真不稱職，那我就不會在這個位置上工作這麼長時間，也當不上普林斯頓研究院的主管，也不會在眾多場合代表我們的國家和我們的學科發言。”
整個聽證會以審判的形式由1954年4月5日一直進行到5月6日。奧本海默的審判過程和一般美國法庭的審判有一些特別不同的地方。
第一，一般審判是公開的，但他的審判卻秘密進行，一直到《紐約時報》在4月中旬發掘出來，才改以公開方式進行。
第二，一般審判的被告律師有權看任何原告律師的資料，但在奧本海默的案子，一些對他不利的證據卻以國家安全為理由不準他的辯護律師過目。
第三，很多對奧本海默不利的證據，都來自一些匿名的消息，以及非法的電話錄音內容，這兩項在一般審判中都是不被接受的。
1954年6月 28日，因為奧本海默的遠見才得以存在的“原子能委員會”竟投票通過剝奪奧本海默的國家安全許可權。
在這項判決的最後一條，委員會判定羅伯特·奧本海默“人格偏差、不夠深謀遠慮、極具危險性、與顛覆分子相勾結”，因此不再適任公職。
奧本海默的間諜罪並未成立。他的主要罪行反倒是他莽撞及傲慢的個性，以及他在1945年至1950年間反對氫彈的研發。總而言之，奧本海默的權力運用已近尾聲，美國政府再也不需要他的意見及谘詢服務了！
麥卡錫主義的餘威
20世紀50年代的反共熱潮，有時也被稱為“麥卡錫主義運動”，是根據在這次反共運動中最重要的一位威斯康辛州參議員約瑟夫·麥卡錫來命名的。除了奧本海默之外，也有不少人因此斷送前程。
他的弟弟弗蘭克亦遭受很多打擊，在他以前的共產黨員身份被公開後，他在明尼蘇達大學教書的工作就保不住了，之後，在一直找不到物理研究或教學工作的情況下，他在科羅拉多州買了處牧場安定下來，過著平靜的生活。但他的學曆及知識卻因此浪費了！
在戰後10年內，奧本海默以前的學生大衛·波姆、羅西·洛曼尼茲以及伯納德·彼得斯，全都在聯邦調查局以及美國國務院的黑名單上。跟著奧本海默到普林斯頓工作的波姆在1949年被判藐視國會，因為他拒絕前往國會的反美活動委員會去為他的過去辯證。
被免除普林斯頓大學教職後，波姆前往巴西聖保羅大學任教，那是當時唯一提供工作給他的地方。之後，他又曆經千辛萬苦才得以前往英格蘭教書。
美國陸軍由於對羅西·洛曼尼茲的忠誠有所顧慮，使得他在戰時隻做個軍隊中的士兵。戰後，他則在福斯科大學教授物理。不過，洛曼尼茲最後也被傳喚到反美活動委員會中為自己的過去作證，而他也引用“第五條修正案”：“保護證人，免於為自己作證”拒絕合作。
他因此被福斯科大學開除，20世紀50年代時，他一直待在奧克拉何馬州做些勞力工作，一直到20世紀60年代中期，他才又回到學術崗位，在新墨西哥州礦冶技術學院任教。
甚至到1954年恢複到單純學術生活後，奧本海默仍然和波姆及洛曼尼茲這些人保持距離。對這些在20世紀30年代的伯克利把他當成偶像的學生，奧本海默現在則把他們視作禍源，他不想再和這些人有任何瓜葛。他們將他完全毀滅，因此，他也無情地在這個時期將這些激進的同誌全部趕出他的生活。
1964年，奧本海默在晚年收到一封這些人其中之一所寄來的信，這人就是他在伯克利的同事哈康 ·舍瓦利耶。
舍瓦利耶當時正在寫一本有關奧本海默以及第二次世界大戰時伯克利情況的書。他要求奧本海默同意發表一份他20世紀40年代初所持有的資料。
舍瓦利耶在信中寫道：
我之所以會和你聯絡是因為我們兩人從1938年至1942年間，都曾是共產黨某一單位的黨員。我希望能以恰當的方式來處理這件事，於是我決定將我所記得的事實報道出來。
因為這也牽涉到你的生活，而我以為你根本不必為此而感到羞辱，如果它不能被公開，我深覺遺憾。
奧本海默回了一封刻板的信給舍瓦利耶：“我從來未曾加入共產黨，更不是共產黨某一單位的黨員。我自己很清楚這事實，而我以為你也知道。”
舍瓦利耶因此信守諾言，未在書中提到奧本海默與共產黨員的關係。
為了躲避記者的騷擾及不斷的電話鈴聲，奧本海默全家決定前往維爾京群島的別墅去度個長假。在戰後，奧本海默漸漸地厭倦了“培洛卡立安地”這片新墨西哥州的農場，於是選擇加勒比海的海洋氣候。
在他們的身後，美國人民對於共產主義及蘇聯的恐懼仍未減少。在這種氣氛下，任何一絲風吹草動，對右派政治不合的言論或是不當的謠言，都會轉變成對個人忠誠及操守的攻擊。
盡管奧本海默在維爾京群島，仍逃不過這種恐懼所衍生的攻擊。不知怎地，聯邦調查局聽到謠言說蘇聯正在想辦法誘使奧本海默投誠，這些著急的調查局人員開始追查奧本海默的下落。
當他們確定了他的行蹤後，便算準他回國的日子，對他嚴加追問這個謠傳的真實性。他否認了這些控訴，並向聯邦調查局保證，如果真有這個情況他一定立刻通知他們。
他公開斥責聯邦調查局的愚行，一位調查員轉述道：“雖然他認為蘇聯是傻瓜，但他認為蘇聯不至於傻到接近他，更別說向他提出這種建議。”
私底下，奧本海默一定在想這種折磨不知要等到何時才會結束？當他在度假時，千方百計要摧毀他政治生涯的斯特勞斯，又忙著打擊他這位昔日好友的學術地位。斯特勞斯先前為奧本海默爭取到“高等研究院”的院長職位，現在則反過來要求普林斯頓大學開除奧本海默。
斯特勞斯在夏天對同事吹噓：“如果奧本海默自己不提辭呈，學校也會要求他走人。”又說：“高等研究院的董事會，13位董事有8位會投票要奧本海默辭職。”
但是，很顯然地，董事會的大多數成員在經過幾個月的深入評估之後並不附和斯特勞斯的做法。在1954年10月，奧本海默又再次當選院長，他也一直都留在研究院裏，直至病逝。
重新得到肯定
愛德華·泰勒指出奧本海默有著一種殉道者的變態心理。這也許是一個刻薄評論，但奧本海默確實由於先天和後天的各種條件的巧合而構成了這種形象，使他發展成為一個傳奇式的人物。
他柔和的音調和深思熟慮的談吐，他修長而清瘦的身材頂著一頭鐵灰色的美發，這些體質上的特征使他頗適合於充當這樣的角色。他受審判的這段時期足以構成一部傳奇，而奧本海默本人似乎也樂意走上犧牲的聖壇。
奧本海默究竟在人們的心目中產生怎樣的影響，可以從約翰·馬遜·布朗的著作中得到啟示。這位《當代人物》的作者生動地描繪了奧本海默：
為了彌補他身體上的脆弱，他的個性變得分外倔強。他說話的語氣豪邁，好像連身體也因此變得壯大起來，這是因為他對他所表達的內心願望如此之強烈，以致使人把他身體的瘦弱忘得一幹二淨了。
他那纖弱的雙手和瘦得像雞爪似的手指，在他與人談話時，不是拿著角質框架的眼鏡做手勢，就是用他的右肘或左臂迅速地畫圈，再不然就是用手拍打他那瘦得像公火雞般的脖子，好像在向人顯示他如何瘦弱。
至於這場審判所產生的影響，布朗寫道：
這場審判的陰影仿佛像一個常住的客人那樣一直留在奧本海默的家中。基蒂一直對此事義憤填膺，這種憤慨的心情是可以理解的。
奧本海默竭力想忘掉這一切，他振作起精神，用聖經式的語言說了一句自我解嘲的話：“爾勿怨天尤人。”
當布朗問他，這場審判是否像把耶穌釘在十字架上的刑罰，奧本海默苦笑著說：“不至於那麼冷酷吧！我還能感到我手心裏的血是熱的呢！”好多年以來他一直忍受著這種惡意誹謗的痛苦。
他被貶黜後，華盛頓大學撤銷了讓他擔任高能物理會議主席的邀請。
1954年10月，奧本海默重新當選為普林斯頓高級研究院院長，聯邦調查局撤銷了對他的監視。同時在研究院內設立賓館，專門招待訪問奧本海默的客人。奧本海默成為一個經常出去訪問、經常接待來訪的著名人物。