其中一位年老的土著人告訴他們說：“在對麵不遠的海島上，盛產大量的黃金，不是顆粒狀的沙金，而是很大的金塊。”
哥倫布一聽，極為興奮，他認為傳說中的黃金島日本就在眼前了。
哥倫布率領隊伍回到了伊莎貝拉鎮，經過一番修整之後，他決定率船隊出發了。
臨行前，哥倫布向弟弟迪亞戈交代說：“我準備去探尋日本，現在馬上要出航了。我不在伊莎貝拉鎮的時候，一切職務由你代理。這些貴族們驕橫跋扈，你要小心應付，凡事忍讓，盡可能不要跟他們發生衝突，如果真的有人不識好歹，該鎮壓的時候也要鎮壓。”
迪亞戈點點頭說道：“哥哥，我知道，你早去早回。”
1494年4月24日，哥倫布率領3艘船從伊莎貝拉鎮出發，繼續向西航行，想進行新的發現。
可這一次航行十分不利，不僅是逆風，而且暴雨不停，炎熱的氣候使船上食物開始腐爛。正當這3艘帆船在古巴南岸迷宮似的群島中危險地航行的時候，水手們一個一個病倒了。哥倫布迎著暴風雨，整夜不能合眼，25天以後才從這無數小島中穿出來，再往南到達了牙買加島。
在長期的操勞和精神緊張的情況下，即使是鐵打的漢子也難以支撐。哥倫布站在甲板上，遠遠看著牙買加島，一陣感慨，突然暈倒了下去。哥倫布病倒了，他隻能躺在吊床上指揮航行和整理航海資料，用他那發抖的雙手繪製這一帶的地圖。
哥倫布考察了40天以後，才又回到海地島的總部伊莎貝拉鎮，當幾個精疲力竭的水手把他從船上用擔架抬下來的時候，哥倫布已經是骨瘦如柴、奄奄一息了。
哥倫布到了伊莎貝拉鎮後就一直昏迷不醒，發著高燒，說著胡話，連醫生看了都搖搖頭說：“沒有希望，哥倫布要見上帝去了。”
哥倫布在伊莎貝拉鎮已經像風前殘燭，心髒隨時可能停止跳動。他已經有五天五夜什麼也沒有吃，什麼也沒有喝。
到了第六天，哥倫布才清醒了一點，勉強喝了一點水。他把弟弟迪亞戈叫到床前，進行臨終前的囑咐。
哥倫布指著床頭的小匣子，斷斷續續地說：“這是……我全部的航海資料……日記，你把它拿去，帶回歐洲……我的遺體，用海葬的方式處理……”
哥倫布喘著氣，停了好長一陣，才又繼續說道：“隻是這個地球儀……”
說著抬起他那幹枯的手，指了指那木製的地球儀，接著說：“這是我青年時代自己製作的……一直在我身邊，跟隨我從地中海到大西洋，從意大利到西非洲，已經幾十年了，它是我最心愛的東西，就作為我轉送給你的一件禮物吧……希望你能把這次航行繼續堅持下去，一定要尋找一條通往印度和中國的新航路。”
迪亞戈十分悲傷地聽完他大哥的囑咐，並準備安排他的後事。
但是，哥倫布卻奇跡般地戰勝了死神。他開始進食了，並且一天天好起來。
可是黃熱病仍在伊莎貝拉鎮流行，兄弟兩人商量的結果，便將伊莎貝拉鎮從海地島的北部遷到風景更加優美而陽光燦爛的南部，改名為“聖多明各”。
這一場大病幾乎使哥倫布送了命，5個月後他才基本上恢複健康。
一天，當哥倫布清醒過來以後，睜開眼睛環顧四周時，差一點驚叫起來。
二弟巴索洛繆竟然出現在眼前！該不是在夢中吧！還是自己病得眼花了？
哥倫布驚異不定地喊了出來：“哦！上帝，難道我還在做夢嗎？”
“感謝神的恩典，你總算醒過來了。大哥，你已經昏睡了兩天，我們都很著急呢！”
這明明是二弟的聲音，絕非夢幻。哥倫布心頭一陣喜悅，精神也就振奮了起來，他以微弱的聲音問道：“巴索洛繆，你怎麼會趕到這兒來的？”
“哥哥，我來了，你放心吧，有我在這裏，不會有事情的。”
巴索洛繆親切的聲音讓哥倫布感動得熱淚盈眶，句句都讓他淚流不已，巴索洛繆又用手帕悄悄地擦去哥倫布眼角的淚水。
但是，越是這樣，哥倫布眼角的淚水就越多，怎麼擦也擦不幹淨。他一生曆盡千辛萬苦，心如磐石，但是現在老來生病，弟弟的問候竟然讓他感到無比溫暖，像一個孩子一般地哭泣。
哥倫布一邊掙紮著起床，一邊接過巴索洛繆手中的水杯，喝了幾口之後他還是沒有想清楚巴索洛繆是怎麼到這個地方來的。
“哥哥，這件事情說來話長，當年我遵照你的吩咐，到英國去向亨利七世求助，沒想到在半路上遇到海盜，被海盜洗劫一空，弄得潦倒不堪。”
“後來，我又從英國流落到了法國，想要說服法國國王開辟新航路。正巧，法國國王也正有開辟海外領土的想法，他認可了我的計劃，並且準備接見你。”
“當我來到西班牙之後才知道哥哥你已經在進行第二次遠航了，我就向女王請求，準許我前來協助哥哥。承蒙女王允準，命我率領3艘船，滿載食物、藥品等趕來接濟。”
“不巧，我剛好趕到，哥哥卻又到南方探險去了。我立即率領船隊向南方追趕，越過了古巴島，隻見一片汪洋大海，根本見不到哥哥船隊的蹤影，隻得又再回頭，在伊莎貝拉鎮耐心地等待。”
“好不容易盼到哥哥的船隊回航，想不到哥哥卻又病倒了！”
“原來是這樣，巴索洛繆，辛苦你了。”
哥倫布聽完了弟弟的敘述，口中不斷地祈禱，感謝神的恩典，眼眶裏充滿了喜悅的淚水。從此兄弟三人緊緊聚在一起，哥倫布不再感到孤寂了。
在巴索洛繆和迪亞戈的悉心照顧下，哥倫布很快就恢複了健康。但是這個時候的海地島，卻陷入了一片混亂之中。
治理新大陸
幾個月前，哥倫布出航的時候，將島上的大小事務都交給弟弟迪亞戈全權處理。
但是迪亞戈性情太溫和了，他雖然是一個老好人，但是卻並非一個理想的行政長官，他缺乏處理複雜殖民地事務和解決緊急問題的能力。
而二弟巴索洛繆則和迪亞戈恰恰相反，他遇事果斷，剛毅不屈，對任何事情，隻要作出決定就絕對不會輕易更改。不管麵臨著多大的苦難都會盡自己的一切力量去克服它，不達目的誓不罷休，是一位卓越的領導人才。
打虎親兄弟，上陣父子兵。哥倫布一直以來都被看成是外國人，在西班牙一直不受到重視，那些船員對於哥倫布總存在著某種程度上的敵視。
第一次遠航的時候才會有“賓達號”的背叛，第二次遠航的時候才會有三番五次的陰謀反叛。但是現在有了兩個兄弟的加入，哥倫布相信他們很快就能夠在殖民地站穩腳跟。
哥倫布任命巴索洛繆為海地島副總督，讓他代自己行使職權，處理好島內所有的紛亂狀態。
這麼一來，自然又會引起一番私下議論。
“哥倫布私心太重了，他弟弟剛來不久，就被任命為副總督，這也太任人唯親了。”
“一人得道雞犬升天啊！”
“我看哥倫布這樣做不像是那麼簡單，用自己的親人做副總督，掌管島內的一切事物，看起來野心不小。”
“說不定哥倫布想要在這裏稱王稱霸呢？”
“也許他想要在這裏建立獨立國家，我們應該馬上報告國王，讓國王知道這裏發生的事情。”
“把哥倫布這個外國佬趕出西班牙去。”
哥倫布沒有想到自己的這一紙任命竟然會引起這樣大的騷動，可是憑借著他個人的權威，這件事情還是被他壓製下來了，但是島內的混亂局勢卻是有增無減，而且更加不安了。
那麼，好端端的海地島，又怎麼會突然間發生這麼多騷動和不安呢？
原來，哥倫布向南方出航前，把行政業務交由弟弟迪亞戈代理，而軍隊則由馬加利特負責統率指揮，負責維持島內的治安和安撫土著人。
哥倫布出發後不久，馬加利特命令阿隆索為守將，給他50多個士兵駐守在聖·湯姆斯營寨，自己則帶領著大部分的軍隊，到島上其他部落去了。
他們為“黃金熱”所驅使，不聽任何人的指揮，到各處去搶劫、殺害印第安人。
而其中有的人卻在海地島深處發現了金礦，但他們並沒有把這個消息告訴其他人，隻是悄悄地告訴了王室的官員。接著，這些人便在船艙裏商量著下一步的措施。
迪亞戈曾派人去製止他們，他們不但不予理會，反而勾結一些對哥倫布不滿的貴族、僧侶們，唆使他們乘船回國去向國王進讒言。
當他們看見哥倫布回來時已經生命垂危，更是喜出望外。第二天一早他們便搶占了5艘大船，帶著金礦的樣品逃回西班牙去了。
馬加利特的肆意橫行引起土著人們的憤怒，怒火就如同烈火一般地燃燒起來，島內所有的大小酋長都聯合起來反抗白人，他們焚毀小鎮和街道，看見有白人落單就將他射殺。
海地島本來是一個安靜祥和的天堂，但是現在卻成為恐怖和殺人的地獄了。這些酋長中反抗最猛烈的是大酋長卡奧那波，他本來就是一個天性好戰的猛將，他的部落也都是英勇善戰的士兵，對於這些白人的所作所為，他早就看不順眼了。
尤其是當哥倫布在海地島上修建城鎮的時候，他感到非常的憤慨，這裏本來是屬於印第安人的領地，但是現在這些白人竟然硬生生地在這片古老的土地上修建城鎮，這不是非法入侵嗎？
大酋長卡奧那波登高一呼，立即募集到10000多名的土著人，當他們打聽到那個殺人魔王馬加利特已經回國，而聖·湯姆斯營寨僅有50多名士兵留守的時候，他覺得消滅這些白人的機會來了。
這個時候白人兵力空虛，如果不乘此機會殺死他們，恐怕以後就再也沒有機會了。
在大酋長卡奧那波的領導下，10000多名土著士兵手持棍棒、短矛、弓箭，越過山嶺，穿過密林，把聖·湯姆斯團團圍住，日夜猛烈攻打。
聖·湯姆斯位於丘陵地帶，四周有河川圍繞，易守難攻，駐守的士兵心裏明白，一旦被他們攻陷就難逃一死，所以個個奮戰抵抗，誓死不屈。
西班牙人竭力奮戰，把那些狂暴粗野、鬥誌旺盛的土著人大軍殺得血流成河，土著人雖然人數眾多，但是他們的弓箭不及西班牙人的槍炮厲害，幾次交手都未能攻破城門。
相反的，土著人大軍損兵折將，眼看死傷累累，士氣低落，大酋長們還在奮力抵抗，但是小酋長們已經害怕了，他們暗中偷偷溜掉了。
這樣，大酋長們和哥倫布他們在城下對峙了30多天，雙方互有傷亡，但是誰也奈何不了對方，大酋長卡奧那波隻好下令撤退。
聖·湯姆斯的危機終於得到了一絲緩解，哥倫布三兄弟也能鬆一口氣了。
海地島重歸平靜
海地島成為了“恐怖”的代名詞，這裏每天都在發生著各種各樣的戰爭，而且都是十分激烈的密林阻擊戰。
自從馬加利特與印第安人之間的矛盾產生之後，流血衝突不斷，聖·湯姆斯危機雖然暫時解除，但是白人和土著人之間的仇恨卻日益加深了。白人們隻要一進入森林，馬上就會遭到印第安人的射擊，印第安人躲藏在不同的角落，時時刻刻盯著白人的活動，隻要他們一落單就予以射殺。
西班牙人憤怒了，這樣下去總不是辦法，他們來這裏是尋找黃金的，不是來給印第安人當活靶子的。這批人總在總督府前鬧，聲稱要是哥倫布不能保障他們的生命安全的話，就要回國請求軍隊的支援。
“哥哥，你不用擔心，這件事情交給我來處理，我保證處理得穩穩當當。”巴索洛繆拍拍胸脯向哥倫布保證道。
根據巴索洛繆的建議，對島上的土著人恩威並施，實行分化管理。不久之後，許多部落的小酋長都紛紛來歸，彼此重修舊好，和睦相處。
但是威脅並沒有因此就解除，因為島上真正的反對派是那些大酋長，真正有能力反抗這些白人統治的也是這些大酋長，尤其是大酋長卡奧那波。
如果不能解決這個問題，白人的安全還是沒有保證。可是大酋長卡奧那波依舊頑強不屈，反抗到底，明顯不服管教，想要用安撫的手段讓他歸順，顯然不太可能。
可是要打仗的話，哥倫布的力量又明顯太弱小了一些，50多個人守城馬馬虎虎，但是想要主動出擊，可就不夠了。
“總督大人，讓我去吧，我去把那個大酋長抓過來。”哥倫布的一位部下叫做安傑森，他機智而且膽識過人，他自告奮勇地表示可以生擒卡奧那波。
哥倫布本來有些將信將疑，但因為安傑森一再地請求，就答應撥一小隊人馬，姑且讓他去一試。
安傑森來到大酋長的部落之後，開門見山地說道：“大酋長，前日裏你我雙方有一些誤會，現在我們總督有意與貴方簽署和平協議，互不侵犯，不知道大酋長覺得怎麼樣？”
大酋長卡奧那波說道：“你們白人說話出爾反爾，我不相信。”
“為了表示我們的誠意，我們總督大人特別贈送給大酋長您一件盔甲，這可是我們總督大人的心愛之物，現在轉贈給大酋長，足以表達我們總督罷戰言和的誠意了吧！”
大酋長卡奧那波對於哥倫布身上那件盔甲早已垂涎不已，現在看見安傑森竟然將哥倫布的專用盔甲送給自己，心中已經信了三分。
當即大酋長卡奧那波決定和安傑森一起去哥倫布的小城簽署協議，路過森林中一個小湖泊的時候，安傑森又說道：“大酋長，在穿上這件盔甲之前，還是先洗一個澡吧，這樣顯得莊重一些。”
大酋長想想也是，於是就下令手下離開，自己脫掉衣服準備跳入湖中洗澡，沒有想到這裏竟然埋伏了西班牙士兵，大酋長就這樣被安傑森俘虜了。
照理說，到此地步，整個島上應該恢複過去的平靜才對。可是沒有想到，卡奧那波的弟弟聽說哥哥被俘虜了去，憤怒到了極點，於是又唆使一些意誌不堅定的小酋長起而反抗，正在集合大軍，企圖突襲。
一場戰爭已經不可避免，哥倫布心想，敵軍勢大，如果等到對方突襲恐怕對於白人軍隊來說很不利，還不如先發製人，自己主動出擊。
1495年3月下旬，哥倫布和巴索洛繆率領步兵200多人，騎兵20餘人，軍犬10多隻，從伊莎貝拉鎮出發向希巴奧進軍。
巴索洛繆向哥倫布說：“哥哥，敵軍人數眾多，是我們的數倍，而且來勢洶洶，我們不宜正麵為敵，最好派人去和聖·湯姆斯的守軍取得聯係，采取夾擊戰術。敵人自恃人數眾多，必會輕敵。我們不妨虛張聲勢，假裝成很強大的樣子。我相信一定能夠以少敵眾，大獲全勝的。”
於是，哥倫布就把這200多人的部隊分成幾股，隱藏在密林裏等候信號。等到敵人進入他們的埋伏地區後，一聲信號，讓他們從四麵八方隱藏處向敵人猛襲。
果然，土著人以排山倒海之勢擁來，嘴裏怪聲叫喊，令人膽戰心驚。
突然間，淒厲的喇叭聲響徹山穀，隱藏在密林裏的西班牙士兵從四麵八方衝來，槍彈密如雨點，土著人想都不想就以為是白人大軍來襲，嚇得四處逃竄。
20多個騎兵手舞長劍橫衝直撞，衝入敵軍陣中，以一當十，雖然數量上不及土著人大軍，但是在士氣上已經占據優勢。
這些土著人人數雖多，怎禁得起訓練有素而且火力強大的西班牙軍隊的奇襲。頓時，死傷無數，潰不成軍，僥幸未死的也全都抱頭鼠竄逃得精光。
經此一戰之後，那些大酋長們紛紛逃回自己的部落，小酋長們則紛紛來與哥倫布締結和平條約。一場風波終於平定了下來。
島上終於恢複了平靜，土著人也不敢再行公然反抗。但是哥倫布心中卻不好受。他的本意是傳播基督，卻沒有想到要用流血衝突來平定時局，這讓他心中愧疚不已。隻能暗自祈禱這樣的事情以後不再出現。流言飛語的攻擊
1494年6月，哥倫布正在海地島上辛勤經營、艱苦奮鬥的時候那幾位先前受馬加利特唆使，潛返西班牙的貴族和僧侶卻在國內大放厥詞，拚命地攻擊哥倫布，肆意地對他加以誹謗。
“哥倫布這個野心家，意圖獨占新大陸的財富，對待部下極為苛刻，強迫他們去從事勞動。”
“所有的人都要不眠不休地工作，但即便是這樣也得不到合理的待遇，簡直連牛馬還不如。”
“由於過度的勞動，加以糧食缺乏，每個人都體力不支，病倒下去，但是哥倫布卻把病人看做是蟲子一樣，不給他們醫治，死了就隨便扔到山澗中。”
“如果部下不小心犯一點過錯，不管是貴族還是百姓，他就動輒鞭笞，任意侮辱。他簡直沒有把國王和女王放在眼裏，他自己就是一個暴君。”
抨擊誹謗哥倫布的流言從那些叛逃回來的人們口中流傳出來，如此一傳十，十傳百，人們慢慢也就相信了。
流言越傳越廣，最後傳到了國王和女王的耳中，兩王召見了這些人，想要了解一些哥倫布在新大陸的具體情況。
“哥倫布到達新大陸之後都做了什麼事情？又到過什麼地方呢？最近可有什麼新的發現？”
這幾個船員一直待在海地島上，哥倫布在古巴島南岸和牙買加的那40天的航行，他們並沒有參加，所以回答起來隻能是吞吞吐吐、前後矛盾。
斐迪南國王皺著眉頭，沒有再說什麼。
伊莎貝拉女王說：“你們先回去，等候我們的答複。”
第三天，女王和國王召集了禦前會議，首先由財政大臣作了一個冗長的發言，他將哥倫布兩次遠航的費用和哥倫布帶回的物資進行了詳細的比較。
“陛下，臣以為，這是一項完全賠本的買賣，哥倫布從新大陸帶回的少量黃金、珍珠和其他物資，遠遠不能抵償兩次航行所耗費的錢財。”財政大臣最後總結說。
會上吵吵嚷嚷，莫衷一是。有的主張立刻將哥倫布逮捕法辦，說他是個十足的騙子。
有的主張必須敦促哥倫布帶回更多的黃金，用來補償國庫的虧損。還有的人認為，哥倫布的成績不容抹殺，海地島既然已經有了金礦，就說明希望仍然是存在的。
人們吵鬧不休，爭執不下。
斐迪南國王緩緩開口說道：“隻要將掘出黃金的2／3上繳國庫，任何企業主都可以裝備帆船去西方發現新土地並開采黃金。”
後來，流言從國內新來的人們口中傳到了哥倫布的耳朵裏。他心想，我忠心耿耿地為政府效力，辛辛苦苦地在這裏規劃經營，卻無端地受到人們的讒毀、誹謗。馬加利特這幫人實在太可惡了。為了澄清這種可怕的流言飛語，看樣子他有必要回國一趟。
哥倫布建造了一艘新船，定名為“聖·庫列茲號”，另外又把“尼納號”翻修一新。哥倫布把一些水土不服、不適於島上居住的以及需要回國治病的人分別載在這兩艘船上，向西班牙回航。
沒有想到哥倫布又一次遭遇到了第一次回航途中的那種大風暴，不過比起第一次來，這一次顯然有了經驗，兩艘船雖然差點沉沒，但是船隻並沒有損壞。
因為受到怒濤和狂風的阻隔，船隊不能如期回到西班牙，更為重要的是，這次船上隨行人員很多，船隊麵臨著斷糧的危險。
每人每天都隻能分到一個麵包和一點點淡水，如果吃光了，他們就隻能眼睜睜看著其他人吃麵包。每個人都困苦饑餓，但是在這種條件下他們也隻能祈求上帝的保佑。