但菲律賓的經濟條件使這一計劃最終未能實現，麥克阿瑟在菲律賓僅組建了一支為數不多的陸軍。
他嘔心瀝血地訓練這支軍隊，仔細研究他們可能與敵人交戰之處的地形，深入探討他們在未來戰爭形勢下所必需的後勤供應、武器裝備和戰術問題。盡管許多人認為這種戰爭形勢永遠也不會出現，麥克阿瑟還是傾注了全部精力去策劃和布置菲律賓的防務。
有人問他：“如果菲律賓落入日本人之手，你擔心什麼呢？你已盡了最大努力。”
他回答說：“就我個人而論，我一定不會失敗！世界的明天在很大程度上依賴於這裏的成功。也許這些島嶼不是控製太平洋的門戶，甚至不是這個門戶的鎖，但對美國來說，它的確是打開門鎖的鑰匙，我決不讓這把鑰匙丟失。”
第二次世界大戰爆發後，隨著戰爭形勢的發展，日本於1941年占領了印度支那半島後，亞太地區形勢驟然緊張起來。
７月，華盛頓動員菲律賓陸軍與美國駐菲部隊合並，麥克阿瑟被任命為美國遠東軍司令，司令部設在馬尼拉。
同年12月７日，珍珠港事件爆發，10個小時後日機轟炸了菲律賓的美軍克拉克空軍基地，炸毀了機場上幾乎全部美國Ｂ-17型轟炸機和大部分戰鬥機，極大地削弱了美國遠東軍的防守力量。
三天後日本開始進攻菲律賓。麥克阿瑟指揮的遠東軍僅有美軍19000人，菲律賓軍12000人，另外還有10餘萬當地民兵。空軍僅剩下菲律賓軍隊的150架飛機，海軍隻有一支小艦隊。
在日軍的強大攻勢下，美國遠東軍損失慘重並節節敗退，麥克阿瑟隻得放棄馬尼拉的防守，將部隊撤到早已有所準備的馬尼拉灣西麵的巴丹半島組織抵禦。日軍對巴丹半島多次發動猛攻，遠東軍憑借堅固的工事英勇抗擊，多次擊退日軍。
但這時戰爭形勢對遠東軍十分不利，美國在西太平洋地區的空軍已損失殆盡，無法從空中配合陸軍防守，再加上此時美政府正花大量精力援助歐洲戰場的反法西斯戰爭，影響了對遠東的援助。
日本突然發動太平洋戰爭後，日本海軍在太平洋上一度占據優勢，使美國本土難以有效地支援菲律賓的遠東軍。這一切使巴丹的守軍處境日益惡化。
1942年3月，日軍向巴丹大規模增兵，使美國遠東軍的堅守更加困難。日本方麵興高采烈地宣布，若能生擒麥克阿瑟，將在東京帝國廣場當眾絞死他。
這時美國政府為了在太平洋地區進行陸海軍協同作戰，命令麥克阿瑟把軍隊指揮權交給喬納森·溫萊特將軍，他自己到澳大利亞去擔任新建立的西南太平洋地區盟軍的總司令。
3月11日夜裏，麥克阿瑟登上魚雷艇準備駛離巴丹時，向眾人發誓：“我還會回來的！”他離開之後，美國遠東軍堅守巴丹近兩個月，最後因寡不敵眾而向日軍投降。
麥克阿瑟乘魚雷艇闖過日軍海空巡邏隊的封鎖後，於3月17日到澳大利亞的墨爾本。盡管他受到當地人民的熱烈歡迎，他的心情還是非常沮喪。
當他得知巴丹守軍投降的消息後說：“我是那個失敗事業的領導者，從我痛苦的內心深處，我祈禱仁慈的上帝，不久就把那裏的失地收回。”
麥克阿瑟這時懷著強烈的複仇情緒，他認為自己活著就是為了早日重返巴丹。他在澳大利亞建立起西南太平洋地區盟軍司令部，積極著手整頓澳大利亞防務，組織和訓練部隊，積蓄反攻力量，製訂積極的進攻計劃。
他命令他的參謀人員要用“這是巴丹”來回答所有的電話，他本人的專機“吉恩號”也改稱“巴丹號”。