10月12日，日美雙方爆發了一場“台灣近海航空戰”，日本飛機遭到重創。10月14日，哈爾西親自揮師南下菲律賓。10月20日，美軍大舉登陸萊特島。
對日本來說，菲律賓至關重要。一旦失守，日本與東南亞各地的海上交通線路將被切斷，所以為了保住菲律賓，日本決定孤注一擲。
但日軍航渡組織不嚴密，空中掩護無力，突擊也沒有做到出其不意，而且各艦隊之間的通訊聯絡也很差，因此日軍的各編隊在海空戰中被各個擊破。
20日黃昏，6萬名美軍官兵和10多萬噸物資已經上岸。萊特灣海戰大捷，在第二次世界大戰中具有深遠的戰略意義，因為美軍占領萊特，意味著向菲律賓的大門已經打開，而日本從海上通往東南亞的通道被切斷。太平洋戰爭已接近尾聲了。
萊特灣海戰雖然取得了重大勝利，但也暴露了很多問題，美軍由於沒有組成統一的作戰指揮部，參戰的兩個艦隊仍屬兩個戰區統轄，因此協調很差。戰鬥中出現了一些險情，而這種狀況幾乎使美軍處於不利態勢。
這種態勢的造成在某種程度上說也與哈爾西作出的決定有直接關係。海戰結束後，哈爾西為此遭到激烈批評。但尼米茲和金上將拒絕對哈爾西作出處分，並以哈爾西在這次大海戰中獲得的戰果為其辯解。當時麥克阿瑟也起勁為哈爾西辯護，他說：“不要對‘蠻牛’再說長道短了。在我的名冊上，他仍然是一個善戰的海軍將領。”羅斯福在1945年1月的國情谘文中也這樣說：
哈爾西將軍報告說對萊特島的直接進攻……加速了菲律賓的解放和最後的勝利，同時也保住了許多人的生命。否則，為了攻占那些現在已被占領的和留在我們戰線後方的島嶼就要死不少人。
由於這麼多頭麵人物的支持，才使風波平息下來。而且，為了表彰哈爾西在菲律賓戰役中的貢獻，羅斯福總統還親自將第三枚“優異服務勳章”掛在哈爾西的胸前。
1945年1月26日，哈爾西一度把指揮權交給斯普魯恩斯。5月18日，哈爾西又披掛上陣，以“密蘇裏號”為旗艦。7月1日，哈爾西率艦從萊特灣啟程，發動了太平洋戰爭中最後的海軍攻
勢。8月6日，美軍在廣島投下第一顆原子彈。
8月15日，日本宣布投降。9月2日，舉行日本投降簽字儀式。簽字儀式在哈爾西的旗艦——一艘以海軍部長福萊斯特家鄉命名的戰列艦——“密蘇裏號”上舉行。哈爾西費盡心思安排了這次舉世矚目的儀式。尼米茲代表美國政府簽字時，哈爾西站在他的身後，並得到尼米茲簽字的3支筆中的一支。至此，第二次世界大戰結束。10月15日，哈爾西回國受到舉國上下的熱烈歡迎。一位戰地記者報道：
“戰爭中最著名的海軍部隊哈爾西的第三艦隊，今天回家了！”回國後，哈爾西官升五星上將，並且獲得第四枚“優異服務勳章”。哈爾西在第二次世界大戰中的經曆令世人矚目，他從“密蘇裏號”開始他的海軍曆程，至第二次世界大戰結束，他的事業達到了頂峰，代表美國政府參加了日本政府的投降簽字儀式，與曆史一起定格在帶給他起點又帶給他輝煌的“密蘇裏號”戰艦上。