焦循作為經學大師，易學研究和《孟子正義》最為後世稱道。關於這方麵的研究，學界敘述頗為詳盡，成果累累，如賴貴三、陳居淵等對於焦循易學的討論（賴貴三：《焦循雕菰樓易學研究》，台灣裏仁書局，1994年；陳居淵：《焦循儒學思想與易學研究》，齊魯書社，2000年）。
但他的成就並不局限於此，在義理闡釋上的認識，同代學者就罕有其比，後人視之為戴震的繼承者。
錢穆評價道：“裏堂論學極多精卓之見，彼蓋富有思想、文學之天才，而溺於時代考據潮流，遂未能盡展其長者。然即其思想上之成就言之，亦至深湛，可與東原、實齋鼎足矣。
焦循學風與戴震相符，故對戴震重視義理的行為極為看重。戴震本以天文、算法、小學、典章製度等領域成就受到時人推重，不意晚年專力撰寫義理之作，提倡從字義而明義理，自謂：“仆生平論述最大者，為《孟子字義疏證》一書，此正人心之要。”淩廷堪所作《東原先生事略狀》，提及“《原善》、《孟子字義疏正》，由古訓而明義理，蓋先生至道之書也”。
焦循不受他們影響，對戴震讚頌有加，他所作的《讀書三十二讚》，就以《孟子字義疏證》作為戴震的代表著作，讚頌道：
性道之談，如風如影。先生明之，如昏得朗。先生疏之，如示諸掌。人性相近，其善不爽。惟物則殊，知識茫茫。仁義中和，此來彼往。各持一理，道乃不廣。以理殺人，與聖學兩。焦循：《讀書三十二讚》，《雕菰集》卷六，叢書集成初編本。錢大昕撰《戴先生震傳》（《潛研堂文集》卷三九）讚譽戴氏“考證通悟”之功，列舉撰述謂：“有《毛鄭詩考證》四卷、《考工記圖》二卷、《孟子字說》三卷、《方言疏證》十三卷、《原善》三卷、《原象》一卷、《勾股割圓記》三卷、《策算》一卷、《聲韻考》四卷、《屈原賦注》九卷、《文集》十卷，則曲阜孔戶部繼涵為刊行之。”焦循對之頗有看法，雲：如戴震之學，錢氏詳矣，然其生平所得，尤在《孟子字義》一書，所以發明理道情性之訓，分析聖賢老釋之界，至精極妙，錢氏略舉之，尚未詳著之也。（《國史儒林文苑傳議》，《雕菰集》卷一二）
焦循曾生動描述戴震重視義理的言行，其文《申戴》雲：
王惕甫未定稿載上元戴衍善述戴東原臨終之言曰：“生平讀書，絕不複記，到此方知義理之學，可以養心。”……江都焦循曰：“……東原生平所著書，惟《孟子字義疏證》三卷、《原善》三卷最為精善，知其講求於是者，必深有所得，故臨歿時往來於心。則其所謂義理之學可以養心者，即東原自得之義理，非講學家《西銘》、《太極》之義理也……浮慕於學古之名而托於經，非不研究六書爭製度名物之是非，往往不待臨歿而已忘矣！夫東原，世所共仰之通人也，而其所自得者，惟《孟子字義疏證》、《原善》，所知覺不昧於昏瞀之中者，徒恃此戔戔也。噫嘻危矣！焦循：《雕菰集》卷七《申戴》。
焦循重貫通，強調思辨。對於經學和義理的提倡，使他能夠持平漢宋之爭，即不限於學者對漢儒之說的詮釋，也不看重宋學之義理。清代學者以漢代為宗的一個不言而明的原因，就在於他們認為漢代距離孔子的年代遠較宋代為近，對於孔孟言論的注疏自然較為準確。但在焦循看來，“學者，學孔子者也，學漢人之學者，以漢人能述孔子也，乃舍孔子而述漢儒，漢儒之學，果即孔子否邪？”他把自己處於和漢人同等的地位，提出在孔子麵前人人平等。以孔子為例，焦氏闡述自己的主張：
孔子之述堯舜，見於《易》者一，見於《論語》者六，惟執中述堯之言，餘探其微，且能道其病。蓋深契乎堯舜之道之所以是，雖胥臣、管仲、穆薑之言，而實足以明堯舜之道則取之，不必持堯舜之言，以為述堯舜者也。
焦氏認為，孔子本人在敘述堯舜之道時，也不是拘泥於堯舜的原話。隻要是符合聖人之道的宗旨，言辭與時代的遠近並無關係，“孔子而生近世，必不屏絕唐宋元明，而專取漢人也明矣”，正如孔子能獲堯舜等聖人之心，後世學者隻要能獲孔子之心，也是無所謂漢宋之爭了。由此他批判學者佞漢之心：
學者述孔子而持漢人之言，唯漢是求，而不求其是，於是拘於傳注，往往扞格於經文。是所述者，漢儒也，非孔子也。而究之漢人之言，亦晦而不能明，則亦第持其言，而未通其義也，則亦未足為述也。且夫唐、宋以後之人亦述孔子者也，持漢學者或屏之不使犯諸目，則唐宋人之述孔子，詎無一足征者乎？學者或知其言之足征，而取之則又必深諱其姓名，以其為唐宋以後之人，一若稱其名，遂有礙乎其為漢學者也。焦循：《雕菰集》卷七《述難四》。
焦循以恢複經學，維護孔孟之道為己任，以他的學識魄力，自不拘於闡述漢代經師的注疏，乾隆五十五年（1790），焦循尋繹經文，撰成《群經宮室圖》，內容涉及城、門、明堂、宗廟、社稷等9類，並作圖50幅，因圖附說加以解釋，阮元評價其書“所見似創而適得夫經之意也，其所解似新而適符乎古之製也”阮元：《研經室集一集》卷一一《焦裏堂（循）群經宮室圖序》，四部叢刊初編本。
然由於焦循在撰寫過程中，將漢代大儒鄭玄的學說作了一定的改動，引起了前輩學者江聲的注意，江聲信守吳派傳統，以漢注為宗，遂寫信於焦循，反複辯之，然焦循依舊堅持己見，談到鄭玄“經注炳如日月，不難於阿附而難於精核，果有以補其所不足，則經賴以明，不則其書自在，非易者所能蔽”。
焦循對於漢學的批判，認為是“第持其言，而未通其義”，倒不是否定漢學的訓詁輯佚之功，他也依舊批判宋學，說：“宋之義理誠詳於漢，然故訓明乃能識羲、文、周、孔之義理。宋之義理仍當以孔之義理衡之，未容以宋之義理即定為孔學之義理也。”焦循：《雕菰集》卷一三《寄朱休承學士書》。
屢屢批評漢學和宋學各自的弊端，並在自己的著作中堅持體現自己的學術立場，焦循博學而多思的特征，在乾隆末年一場考據與文學相互關係的討論中，亦可見一斑。這場討論的主角是袁枚和孫星衍。孫星衍年少時以詩著名，袁枚譽之為“天下奇才”，與他定忘年之交。但孫星衍不願以詩顯名，而把精力放在了學術領域，深究經、史、文字、音韻之學。袁枚見他從事考據之學後，所作詩文已然無往日風采，便把其中原因歸咎於考據之礙，認為考據之學僅是抄摭故實，並不似創作時需要抒寫性靈，體現自己的思考能力和聰明才智，惋惜孫氏驚彩絕豔之才卻為考據之學，才為學害，故寄信規勸孫星衍放棄考據之學。但是孫氏並不以袁枚之語為然，在回信中大談考據無所不在，雲“古人之著作即其考據”，又雲“前人不作聰明，乃至技藝亦重考據”。兩人的立場和觀點截然不同，實無再談必要，後袁枚再次寫信於孫星衍，約定以後兩人相談不再有一字爭考據，以全君子相交之道。
兩人的書信往來告一段落後，焦循很快便參與進來，他並不站在任何一方，而是對於雙方都加以批駁。焦循雖是孫星衍學術領域的誌同道合者，但是他不滿孫氏把自己的學術研究稱之為“考據”。在焦循看來，對於清代經學的發展總結，隻是概以“考據”之名，顯然不夠。按照他的理解，考據僅僅是補苴掇拾之學，而清代的經學的高度發達，其宗旨是要完整準確地敘述孔孟之學，由此上窺伏羲堯舜之道，不僅僅是皓首窮經，將輯佚古書，采而聚之，如“斷圭碎璧，補苴成卷”；也不僅僅是博覽古籍，訂一字和辨證一書，“略所共知，得所未有”。清代的學術成就不能隻以“考據”概括，而應該以“經學”正名，否則隻會限製清代經學成就繼續發展。焦循論當時學術大勢，並正以“經學”之名，不以“考據”之名為然，言謂：
趙宋以下，經學一出臆斷，古學幾亡……王伯厚之徒，習而惡之，稍稍尋究古說，摭拾舊聞，此風既起，轉相仿效，而天下乃有補苴掇拾之學……不知起自何人，強以“考據”名之……本朝經學盛興，在前如顧亭林、萬充宗、胡朏明、閻潛邱；近世以來，在吳有惠氏之學，在徽有江氏之學，戴氏之學精之又精；則程易疇名於歙，段若膺名於金壇，王懷祖父子名於高郵，錢竹汀叔侄名於嘉定。其自名一學，著書授受者不下數十家，均異乎補苴掇拾者之所為，是直當以經學名之，烏得以不典之稱之所謂考據，混目於其間乎？焦循：《雕菰集》卷一三《與孫淵如觀察論考據著作書》。
焦循也不滿袁枚的性靈與經學對立的言論。焦循所處的年代，雖是漢學高歌猛進的時代，很大一批人浸染其中而怡然自得，但他有自己的堅定信念，並不認為訓詁明，即能了解聖人之道，“聖人之道，日新而不已”，這需要學者的孜孜以求，“述其人之言，必得其人之心，述其人之心，必得其人之道”。很顯然，隻有具備較高思考能力，才能領悟聖人之道，經學並不是屬於笨人的領域，也需要聰明才幹。焦循續道：
經學者，以經文為主，以百家子史、天文術算、陰陽五行、六書七音等為之輔，彙而通之，析而辨之，求其訓故，核其製度，明其道義，得聖賢立言之指，以正立身經濟之法。以己之性靈，合諸古聖之性靈，並貫通於千百家著書立說者之性靈，以精汲精，非天下之至精，孰克以與此？不能得其精，竊其皮毛，敷為藻麗，則辭章詩賦也。
針對袁枚文學創作“性靈”之說，焦循可謂登其堂，入其室，操其戈，幹脆把它搬到學術領域，甚至於剝奪了辭章擁有“性靈”的權利，“惟經學可言性靈，無性靈不可以言經學。辭章之有性靈者，必由於經學，而徒取辭章者，不足語此也”。袁枚與孫星衍原討論的經學是否妨礙辭章之美的話題，在焦循這裏，變成了文學辭章隻有以經學為基礎，才能以性靈抒發胸臆，否則永遠也隻是皮毛而已。
焦循反對孫星衍以考據之名稱呼清代經學發展，並不是反對考據的過程和方法，他覺得僅僅冠以考據之名，隻能扭曲清代經學的本意，未能很好理解清代經學的曆史，他唯恐“考據”兩字限製了清代經學的發展，故反複申辯之，甚至要求同道中人一起搖旗呐喊。在給劉端臨的信中，他就希望劉氏能振臂一呼：
有明三百年來，率以八股為業，漢儒舊說，束諸高閣。國初經學萌芽，以漸而大備。近時數十年來，江南千餘裏中，雖幼學鄙儒，無不知有許、鄭者，所患習為虛聲，不能深造而有得。蓋古學未興，道在存其學；古學大興，道在求其通。前之弊患乎不學，後之弊患乎不思。證之以實，而運之於虛，庶幾乎學經之道也。乃近來為學之士，忽設一“考據”之名目。循去年在山東時，曾作劄與孫淵如觀察，反複辨此名目之非。蓋儒者束發學經，長而遊於膠庠，以至登鄉薦，入詞館，無不由於經者。既業於經，自不得不深其學於經，或精或否，皆謂之學經，何“考據”之雲然？先生當世大儒，後學之所宗，仰出一言以正其名。焦循：《雕菰集》卷一三《與劉端臨教諭書》。
焦循重思辨，甚至從經學中談性靈，有其理論基礎。他講究旁通，時行，故曰：
天下事物以相錯而治。錯而得乎道，惟在旁通。旁通情也。在舜為善與人同，在孔子為忠恕一貫，在《大學》為潔矩。後人自視為君子，不能旁通情，故與人相錯，遂互相傾軋……曰時行即變通以趨時……聖人教人存有餘，而不可終盡，故如是乃宜，如是乃不窮。……故盈宜變通，消亦宜變通，所謂時行也。其教人之義，文王、周公已施諸政治，孔子已質言之於《論語》。焦循：《寄王伯申書》，《焦裏堂先生軼文》，鄦齋叢書本。
他甚而提出人與物的區別就在於變通，言道：“以己之心通乎人之心,則仁也。知其不宜,變而之乎宜,則義也。仁義由於能變通。人能變通,故性善;物不能變通,故性不善。
焦循所治的易經，體現了他的一貫思維方式，時人評價最高。阮元評之為“處處從實測而得，聖人複起，淘不易斯言矣。”阮元：《研經室集一集》卷五《焦氏雕菰樓易學序》。
王引之讚之為“鑿破混沌，可謂精說之兵”。
焦循談到自己從易學所悟道的義理：
餘學“易”所悟得者有三：一曰旁通，二曰相錯，三曰時行。……夫“易”、猶天也，天不可知，以實測而知。七政恒星，錯綜不齊，而不出乎三百六十度之經緯；山澤水火，錯綜不齊，而不出乎三百八十四爻之變化。本行度而實測之，無以漸而明；本經文而實測之，“易”亦以漸而明，非可以虛理盡，非可以外心衡也。餘初不知其何為“相錯”，實測其經文傳文，而後知此例之義出於相錯，不知相錯則比例之義不明。餘初不知其何為“旁通”，實測其經文傳文，而後知升降之妙出於旁通，不知旁通則升降之妙不著。餘初不知其何為“時行”，……而後知變化之道出於時行，不知時行則變化之道不神。……十數年來，以測天之法測“易”，……發明旁通、相錯、時行之義，……非能越乎前人，亦由前人之說而密焉耳。焦循：《雕菰集》卷四《易圓略自序》。
焦循論學種種，在當時就博得盛名，阮元歎之為精深博大，冠之為“通儒”。阮元：《研經室二集》卷四《通儒揚州焦君傳》。
錢穆論焦循思想地位，視之並肩戴震。汪榮祖甚而提出把焦循思想與清末思潮加以聯係，希望推論他的思想與清末變通思想與多元思想是否存在聯係，說：
焦循的思想，確有可述，尤其時變旁通之義與異端執一之說，非同凡響。錢穆雖言裏堂旁通異端之說頗詳，惜未能就兩者之意義多所發揮，如時變旁通，是否已發清季變通思想之先聲？異端執一，是否已具多元思想的色彩？皆大可推論，實無須局限於漢宋調和一端也。
焦循諸種言論，確實能體現出超邁時人的學力，無怪乎能獲得後代研究者幾乎一致的溢美，但問題的關鍵是，焦循闡述的義理之變，通貫之說，究竟是為什麼服務的呢？在現實生活中的政治、社會、思想諸問題，焦循如何運用他的思辨的呢？我們試從以下三個方麵論述：
1．室女問題的討論
古代社會的婚姻過程比較嚴格地遵循了《儀禮·士昏禮》所規定的程序，男女成婚經過納采、問名、納吉、請期、親迎六個儀節，此中納采和親迎最為關鍵。“納采”就是長輩給子女確定婚約，“親迎”為男方親自去女方家中迎親。所謂室女即女子由長輩做主許配男方，雖確定婚約，但未過門而該男子卻已死亡之稱謂也。那麼室女有無必要給男方守貞，不再嫁人呢？明清時期由於訂婚時間普遍較早，未婚而男方病死的人數極為龐大，室女已經成為比較尖銳的社會問題。對於明清婦女的守貞問題，衣若蘭研究較為深入。她稱：明清政府與士人嚐試建構理想的性別角色與關係，他們崇尚女性實踐貞烈，造成諸多文史、誌書或女教書中的女性傳記，以貞烈為主要內容。《明史》中凸顯崇禎年間的女子烈行，這樣的表述方式，呈現了史家對婦德的看法，也構成史家對其社群之道德認同。（衣若蘭：《女性入史：正史列女傳之編纂》，台北中國明代研究學會第四屆第二次會員大會論文，2004年。）清代以來，政治上的專製加強，不斷地強調女子貞烈，從一而終，由人倫而指向政治，強調了在下者對於上者的絕對服從，焦循無疑是迎合了統治者的思路。