包世臣首先提出的整治漕務對策是京畿屯田，以紓江浙民困。在《說儲》裏已有提及，不過他似乎僅點到為止，並未深入探討。道光五年（1825）他回憶道：
餘少小見官民相爭必於漕，而無以已之。嘉慶七年遊海上，比物察物，以為舉海運則公費大省，而官之困丁，與民之困於官者，可以少紓。
他遊上海，見沙船數千艘停泊黃浦，因發海運可救漕弊之議。嘉慶九年（1804），他寫成《海運南漕議》一文，駁斥了反對海運的意見，指出海運在安全、費用上的可行性，並主張雇用民船，說：
秦、漢、唐漕粟入關，未嚐言官艘，唯劉晏傳有寬估之說，諒亦雜雇民船。國家除南糧之外，百貨皆出采辦，采辦者官與民為市也。間歲並有采買米糧，以民船運通之事，而山東、江南撥船，皆由雇備，是雇船未嚐非政體也。取其便適無他患，何必官艘哉？
然而當局並未聽從他的建議。
道光四年（1824），清江浦高家堰處黃河決堤，衝毀運道，運道更加淤積，漕運十分困難，海運迫在眉睫。第二年道光帝頒布上諭，令江浙等地督撫要員就所屬地方情形，廣谘博議，據實上奏。是年包世臣寫成《海運十宜》，把二十年前的建議具體化，同年清廷實行海運之策。道光二十八年（1848），包世臣回憶此篇文章的作用，稱：“是時新撫（陶澍--筆者注）至吳，茫無津涯，得此稿，依仿定章，海運乃舉。
包世臣提倡海運，又有鑒於河工危機。乾隆後期，黃河河床日淤日高，已經高於運河道。為了能使糧船順利渡過黃河，在嘉慶九年（1804）後，運道引入黃河水，靠河水浮送，才能完成漕運。但黃河水本身攜帶著大量泥沙，又使運河道淤積，堤壩也常常潰決，同時為了借黃濟運，導致黃河南徙，經蘇北入海，使黃河失去自然之慣性，使河南至蘇北地區經常決口。
而漕糧海運，無疑成了治黃治運的突破口。包世臣在提出海運的同時，也著眼河工，屢說：“為今日計，能舉海運以專力治河者，上也。
“故善謀國者，莫如暫舉海運。
在思考漕糧海運的同時，包世臣仍在考慮徹底解決漕務弊端之法。在他看來，海運隻能暫時減緩官民之間的矛盾，降低運費，並使漕糧不受運道堵塞影響而順利抵達通州，卻不能一勞永逸。這個時候，他又回到了最初的思路，就是《說儲》提到的京畿屯田。明清時候，國家專設運軍，用於護送糧船，為了確保運丁的收入，實行漕運屯田製，規模不大。包世臣的設想是民屯，目的和規模與漕運屯田製都完全不同。
嘉慶十五年（1810）包世臣上京參加會試，與協辦大學士戴衢亨在海澱見麵，較係統地提出屯田的主張。
嘉慶二十五年（1820）又寫《庚辰雜著三》、《庚辰雜著四》，繼續闡述此想法。
道光十五年（1835），包世臣寫成《畿輔開屯以救漕弊議》，全麵分析當前局勢，提出完整的屯田設想，他說：
水利與屯田，同理而殊勢。水利者明農之先務，主於足民；屯田者足食之上理，主與裕國。故水利之興，多在閑暇之時，民足而國儲亦富；屯田之興，多在有事之秋，國裕而民急亦解。
包世臣認為屯田需因時而定。他分析清朝曾有過兩次大規模的屯田，但不久即廢除的原因，指出這是因為當時國家穩定，北方沒有乏食之虞，無須進行屯田。他寫道：“詳考當日時勢，即開屯亦不能以垂久也。”但是如今“京通兩倉存糧，曾不足以支歲半，運河略聞淺滯，則都下人心為之惶惑，……今年吳中民戶，田租所入，僅足當漕，而條銀必須賠墊。即衿戶訟戶輸納較輕，亦複倍差額征。民戶脧削不堪，非鬧倉不能邀減，眾誌成城，不謀而集，故搶斛、拆倉、毆官之案，相望而起。從前鬧漕皆棍徒，今年則皆力農良民。封圻大吏，知良民鬧漕之實出於不得已也，每事姑息，漸不可長。……無論平日官聲，漕開則怨斂，民戶日少，訟戶日增。……旗丁所得津貼，仍不敷沿途閘壩起撥盤糧交倉之費，傾覆身家，十丁而六，是民困官困丁困皆至於不可複加”。於是他高呼“窮則變，變則通”，提出變通之權，惟決於開屯而已。他主張在北京周圍數百裏之內，附近河道通舟處，開河渠，招募江浙農民進行耕作。
正當包世臣還在全力探討傳統社會中的河、漕之事解決之道時，鴉片走私現象日益猖獗，其直接的後果就是白銀的大量輸出，以致於銀貴錢賤，而這又導致米價的下跌，無疑是對農民經濟生活的重創。時局的嚴峻，促使包世臣在19世紀30、40年代，把注意力轉向銀貴米賤的現象，指出：
蓋賦重地區，民力本敝，又數十年無此賤米，數百年無此貴銀，漕運者米，而費用皆銀，不寬民力，則伐國本。然不寬官力，無已寬丁；不寬丁力，無以寬民。是必通盤籌劃、一無窒礙而後可，非一枝一節所能奏效也。
鴉片戰爭後，洋布的大量傾銷，又嚴重威脅著江浙農民的棉紡織業，而許多農戶能完成繁重的漕賦，就是依靠棉紡織業的收入予以彌補。包世臣在道光二十六年（1846）提到洋布衝擊棉布的影響時說：“木棉梭布東南杼軸之利甲天下，鬆太錢漕不誤，全仗棉布，今則洋布盛行，價當梭布而寬則三倍，是以布市消減。
諸種問題交織在一起，晚年他不得不放下海運、屯田諸事，而專講鈔法。
包世臣講鈔法，出發點是平定銀價，曾說：“方今要務，固亦紛歧，而至急至大者，莫如銀價。
而銀貴的現象就是由鴉片輸入所造成的，如果說包世臣19世紀初在《說儲》文中主張閉關鎖國，禁絕貿易，是出於社會風俗和道德倫理的考慮，那麼他在嘉慶二十五年（1820），仍主張放棄與西方的貿易，實已注意到鴉片對國民經濟的影響。他寫道：
買食鴉片，則其銀皆歸外夷。每年國家正供並鹽關各課，不過四千餘萬，而鴉片一項散銀於外夷者，且數倍於正賦。夫銀幣周遊，礦產不息，何以近來銀價日高，市銀日少，究厥漏卮，實由於此。……鴉片煙之禁已嚴，而愈禁愈盛，……但絕夷舶，即自拔本塞源。一切洋貨皆非內地所必須，不過裁撤各海關，少收稅銀二百餘萬而已。國課雖歲減二百萬，而民財則歲增萬萬。
但是他在鴉片戰爭後清楚地看到，在當前局勢下，奢談禁絕外國商品進入，銷毀鴉片已經不可行：
欲重嚴土禁，屏絕呢、羽諸洋貨，增茶、絲之值，竊恐無益。土禁莫嚴於戊戌（道光十八年，1838）、己亥（道光十九年，1839），都中罪至藩服，而外省幕府友丁，燈未嚐息，員弁兵役，癮日益大，以日夜捕土，不煩惱錢買而自得飽餐，故也。其大吏主燒毀者，……真土佳槍，顧在上房。
朝政上下，早有禁止鴉片之舉措，已是如此狀況，更何況“茶、絲價值，非官所能主，呢、羽本非例禁。夷人酣睡臥榻之側，賣鹽賣硝，明犯大禁，而封圻率破例受如恐後，況欲新倡此條目乎？且內外富室貴胄，無不尚洋貨，其將悉出之焚於通衢以為民先乎？抑將洋貨店悉加籍沒乎？
嚴格禁止鴉片甚至於其他商品，在包世臣看來，本是平息銀價高昂之本，隻是當前情況下，實不可行，他隻能退而求其次，提出行鈔方策，其主要內容就是：“唯在明示以錢為幣，使銀從錢，以奪銀之權歸於錢，而廣錢之用，操之一鈔。”他要求剝奪銀在商品流通中的地位，以製錢取代之，“公私各項一切以錢起數，銀隨市價，以準錢數”。
紙鈔由戶部發到各布政使，再轉發州縣。由州縣設立鈔局，與民共平買賣，他認為由此用銀日少，銀價就自然下跌。包世臣反對大量發行紙幣，針對有人提出“造百萬即百萬，造千萬即千萬，是操不涸之源”之說，他道：“從來鈔法難行而易敗，正坐此耳。初屆造鈔，以足當一歲錢糧之半為度，陸續增造，至倍半於歲入錢糧之數。循環出入，足利民用，即止。
他說：“是故行鈔之外，更有良法，可以減銀價，複舊規，則自當從長計議。鄙人日夜思維，實無他術，是以持此頗堅。
然他的貨幣主張卻是錯誤的，被經濟史家所批判。胡寄窗指出包世臣以銀從錢之法，在貨幣理論上是錯誤的，違反了商品經濟發展中貴金屬倒替賤金屬的客觀曆史趨勢，實踐上也是不可行的。
趙靖亦提出同樣的看法。
道光末年，西方商品的進入，鴉片貿易的發展，銀價的抬高，自與資本主義的經濟入侵息息相關，並由此打開了中國傳統經濟的缺口。包世臣是傳統體製下的經世者，實難處理如此的困局，然他和常州士人在嘉道之際的經世活動，昭示著近代中國文化之走向，也說明近代變革實有儒家傳統經世思想的原動力。