有種芽孢杆菌能把酚類物質轉變成醋酸作為營養物質吸收利用，除酚效率可達99％，有的微生物還能把穩定有毒的DDT轉變成溶解於水的物質而解除毒性。
微生物治理水域環境
除了廢水汙染外，石油對水體的汙染也很嚴重，每年運輸過程中有150萬噸原油流入世界水域，同時由於近年來原油和各種精煉石油產品在陸地上就地排放或進入水域中，特別是油船遇難或由於海上鑽井的操作失控，引起石油的大規模泄漏，使水域被石油汙染。
除石油引起的水質汙染也是治理環境汙染的一大重點。用微生物處理石油汙染既經濟又快捷。
美國賓夕法尼亞州某村地下泄漏約6000加侖汽油，嚴重汙染了水源，影響供水。最初，事故的責任者使用的是掘井提油的辦法，即開掘能夠打出地下水的深井，用泵打撈浮在水表層的汽油，用這種方法約除去3000加侖。但剩下的汽油如果仍采用這種方法清除，預計尚需100年時間。
在不得已的情況下，決定利用培養當地有分解汽油能力的細菌的方法來解決，從而成功地進行了淨化。微生物淨化石油的方法將是21世紀環境治理的主要手段之一。
石油是多種烴類組成的混合物，僅靠一種細菌不可能完全分解石油。現在科學家們將能夠降解石油的幾種基因，結合轉移到一株假單孢菌中，構建“超級微生物”，能夠降解掉很多種原油成分。
在油田、煉油廠、油輪和被石油汙染了的海洋、陸地都可以用這種“超級微生物”去消除石油汙染。
微生物治理農業環境
施用化學農藥和環境衛生殺蟲藥劑都是造成環境汙染的人為因素，應用生物殺蟲劑和生物防治方法，已成為生物技術應用的新領域。
1989年，吉隆坡醫學研究所在一處密林沼澤地發現一種蘇雲金杆菌的亞種“馬來西亞菌”，這種菌可在發酵椰殼等農業廢棄物中大量繁殖。可把含有這種細菌的發酵椰殼磨碎，稀釋後噴灑到蚊蟲滋生場所滅殺蚊子的幼蟲。用這些生物滅蚊劑不會汙染環境而留下後患。
科學在進步，社會在發展，經過科技工作者的共同努力，我們相信在新世紀治理環境汙染領域必定可以取得更大的成就。讓我們人類還給地球一個潔淨的空間，把我們的家園建設得更加美麗富饒。